1、NGS-STR分型在個體識別和親子鑒定中的應用初探前 言Part I基于CE平臺的PCR-STR檢測是現階段法醫DNA實驗室的金標準Forensic DNA CaseworkDNA DatabasesMass DisastersMissing PersonsParentage and Kinship TestingGenetic Genealogy & Answering Historical QuestionsAuthenticating Human Cell LinesMonitoring Transplants更多Loci組合的有限性長度多態性檢測：未充分利用遺傳標記信息法醫STR分型中

2、國法庭DNA數據庫已有3877.1（4400）萬條數據已認定比中391.9萬次現場生物物證入庫比中率35.34%DNA序列分析技術下一代測序（NGS）DNA序列分析技術下一代測序（NGS）Massively parallel sequencing (MPS)DNA序列分析技術下一代測序（NGS）基于NGS平臺的法醫STR分型長度多態性 序列多態性材料和方法Part II實驗材料樣本：42個廣東漢族個體血痕樣本（3.0mm血片）包含14個父母子二代家系已采用Goldeye 20A體系進行19個STR基因座熒光標記復合擴增和毛細管電泳檢測，每個家系都包含12個STR突變位點陽性對照：007 (Th

3、ermo Fisher)9947A (Promega)實驗方法DNA提取：AutoMate ExpressTM自動化提取系統PrepFiler BTA Forensic DNA Extraction KitQubit3.0定量 DNA濃度實驗方法文庫構建：樣本文庫構建Early Access STR Kit （24個STR基因座）11個CODIS核心位點： CSF1PO, D3S1358, D5S818, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D21S11, TH01, TPOX, vWA5個CODIS補充核心位點： D1S1656, D2S1338, D2S4

4、41, D10S1248, D19S4338個非CODIS核心位點： D14S1434, D1S1677, D2S1776, D4S2408, D5S2500, D6S1043, D6S474, D9S2157樣本文庫純化磁珠 Agencourt AMPure XP Reagent (Beckman Coulter)實驗方法模板制備：文庫定量 qPCR定量到40-60pM乳化PCR Ion PGM HiQ Chef Kit（Thermo Fisher）陽性珠子的富集Ion Chef實驗方法測序反應：半導體測序ION PGM Hi-Q Sequencing Kit（Thermo Fisher）I

5、on 318 芯片：1GIon 316 芯片：100MIon PGM通過檢測pH值變化來進行測序，直接將化學信號轉換為電信號。實驗方法數據分析：PGM測序數據分析HID STR Genotyper Plugin v3.1 BAM 文件用IGV_2.3.72分析FASTQ文件用STRait Razor v2.6分析PGM分型數據和CE分型數據比較PGM家系數據分析實驗結果和討論Part III分型結果NGS-STR基因座分型所有樣本的分型結果總覽等位基因的核心序列簡式等位基因及其Stutter峰圖分型結果輸出格式NGS-STR基因座分型分型結果輸出格式NGS-STR基因座分型PGM檢測平臺的ST

6、R基因座分型陽性對照結果測序覆蓋深度（ depth of coverage, DoC）NGS-STR檢測的數據質量PGM檢測平臺的數據質量Stutter占主峰的峰面積比：Stutter出現比率：等位基因的雜合峰高比PGM檢測平臺的數據質量CE和NGS平臺的STR分型一致性：42個樣本和2個陽性對照DNA樣本（9947A，007），共1232個等位基因，分型一致率為98.13%。不一致原因分析等位基因丟失D21S11基因座X.1、X.2、X.3結構多一個重復單位NGS-STR與CE-STR的一致性研究各個基因座的等位基因個數等位基因（Isoallele）等位基因（Isoallele）Goldeneye 20A和Early Access STR Kit重疊基因座共14個：CSF1PO, D2S1338, D3S1358, D5S818, D6S1043, D7S820, D8S1179, D13S317, D16S539, D19S433, D21S11, TH01, TPOX and vWA14個三聯體二代家系：3個：母源突變（其中2個是多步突變）3個：父源突變3個：突變來源不明3個：有突變，但未涵蓋在重合的14個基因座中親子鑒定小 結Part IVNGS-STR分型的優點檢測序列多態性信息更充分利用，提高多態性；可組合的STR基因座的個數不受熒光種類限制；每個STR基