1、目 錄 TOC o 1-3 h z u HYPERLINK l _Toc157845476 Q1：為什么使用Discover進行Dynamics計算時，如果設定了Pressure=1GPa，在計算結果中會出現Pressure等于0，而Stress的XX、YY、ZZ方向為1GPa的情況？ PAGEREF _Toc157845476 h 4 HYPERLINK l _Toc157845477 Q2：如何在Discover計算中分別對相同環境原子分配不同力場類型？ PAGEREF _Toc157845477 h 4 HYPERLINK l _Toc157845478 Q3：如何在CASTEP計算中限

2、制某個原子的移動方向？ PAGEREF _Toc157845478 h 4 HYPERLINK l _Toc157845479 Q4：在安裝新的MS時，事先沒有停掉License Server，在卸載、安裝MS后，發現MS的License Server無法正常啟動。 PAGEREF _Toc157845479 h 5 HYPERLINK l _Toc157845480 Q5：如何修改Windows或者Linux下的端口號： PAGEREF _Toc157845480 h 5 HYPERLINK l _Toc157845481 Q6：如何使用DMol3進行動力學計算？ PAGEREF _Toc1

3、57845481 h 6 HYPERLINK l _Toc157845482 Q7：如何讓Discover程序輸出.arc文件？ PAGEREF _Toc157845482 h 7 HYPERLINK l _Toc157845483 Q8：如何使用rattle關鍵詞來限制水分子的幾何結構？ PAGEREF _Toc157845483 h 7 HYPERLINK l _Toc157845484 Q9，如何使用Standalone方式運行DMol程序？ PAGEREF _Toc157845484 h 7 HYPERLINK l _Toc157845485 Q10：如何在DMol中加入外界電場？ P

4、AGEREF _Toc157845485 h 7 HYPERLINK l _Toc157845486 Q12，如何以Standalone方式運行Discover作業？ PAGEREF _Toc157845486 h 8 HYPERLINK l _Toc157845487 Q13：為什么我在QSAR模塊中無法找到新加入的Jurs和DMol3描述符？ PAGEREF _Toc157845487 h 8 HYPERLINK l _Toc157845488 Q14：如何在DMol模塊中，對某一分子只允許其沿著Z方向進行優化，而XY方向則不變？ PAGEREF _Toc157845488 h 8 HYP

5、ERLINK l _Toc157845489 Q15：如果CASTEP計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在Keywords中有兩個關鍵詞Reuse和Continuation，它們有什么差異呢？ PAGEREF _Toc157845489 h 8 HYPERLINK l _Toc157845490 Q16：如果我在Cleave一個平面的時候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？ PAGEREF _Toc157845490 h 9 HYPERLINK l _Toc157845491 Q17：在使用DMol進行結構優化的時候失敗，通過對軌跡

6、的回放發現，整個分子在平面上下進行翻轉，并由此導致能量振蕩，這種情況應當如何處理？ PAGEREF _Toc157845491 h 9 HYPERLINK l _Toc157845492 Q18：如何使用XRD數據快速建立相關的晶體結構。 PAGEREF _Toc157845492 h 9 HYPERLINK l _Toc157845493 Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應？ PAGEREF _Toc157845493 h 10 HYPERLINK l _Toc157845494 Q20：如何使用MS軟件計算高分子的玻璃化溫度？ PAGEREF _Toc157845494 h 11 HY

7、PERLINK l _Toc157845495 Q21：在使用MS進行計算的時候，中間的xcd文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？ PAGEREF _Toc157845495 h 12 HYPERLINK l _Toc157845496 Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？ PAGEREF _Toc157845496 h 12 HYPERLINK l _Toc157845497 Q23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？ PAGEREF _Toc157845497 h 12 HYPERLINK l _Toc157845498 Q24：怎么樣能

8、讓CASTEP在并行計算時更有效？ PAGEREF _Toc157845498 h 12 HYPERLINK l _Toc157845499 Q25：在使用DMol計算過渡態結構時，經常會發現出現不止一個虛頻，怎么回事？ PAGEREF _Toc157845499 h 13 HYPERLINK l _Toc157845500 Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補丁加速運算速度？ PAGEREF _Toc157845500 h 13 HYPERLINK l _Toc157845501 Q27：為什么我在Linux下安裝license的時候，總是報錯呢？ PAGER

9、EF _Toc157845501 h 13 HYPERLINK l _Toc157845502 Q28：在使用SGI Altix350，打補丁后運行RunCASTEP.sh np n seedname的時候，出現錯誤：MPI：asgetnetinfo_array(null) failed : array services not available，怎么解決？ PAGEREF _Toc157845502 h 14 HYPERLINK l _Toc157845503 Q29：MS的GFA是怎么對參數進行雜交的？參數多少與內存有無關系？ PAGEREF _Toc157845503 h 14 HYP

10、ERLINK l _Toc157845504 Q30：DFT方法對計算量和內存的要求是什么樣的？ PAGEREF _Toc157845504 h 15 HYPERLINK l _Toc157845505 Q31：為什么當DMol3在我機器上運行過的時候，總是出現以下錯誤：floating-point assist fault？ PAGEREF _Toc157845505 h 16 HYPERLINK l _Toc157845506 Q32：在使用DMol3算頻率的時候，突然斷電了，怎么才能繼續算頻率呢？ PAGEREF _Toc157845506 h 16 HYPERLINK l _Toc15

11、7845507 Q33：在Castep模塊中，Electronic中的Pseudopotential representation，有Real Space和Reciprocal space，如何取舍？ PAGEREF _Toc157845507 h 17 HYPERLINK l _Toc157845508 Q34：如何從Discover的輸出文件中查看每楨中原子的坐標以及速率等信息？ PAGEREF _Toc157845508 h 17 HYPERLINK l _Toc157845509 Q35：我使用的是Standalone方式進行Castep和DMol3計算，完成后怎么才能看到最終結構和軌

12、跡呢？ PAGEREF _Toc157845509 h 17 HYPERLINK l _Toc157845510 Q36：DMol中有TS Conformation也有TS Optimization，應該選取哪一個來搜索過渡態？ PAGEREF _Toc157845510 h 17 HYPERLINK l _Toc157845511 Q37：在使用CASTEP進行過渡態（TS）搜索時，當用reaction preview產生一個軌跡文件之后，對該軌跡文件進行TS search 運算時，在本機直接計算可以進行，但是進行save files時，卻無法完成提示Unable to set UserID

13、. Trajectory file will be invalid. PAGEREF _Toc157845511 h 18 HYPERLINK l _Toc157845512 Q38：在Castep中，怎樣輸出電荷密度？相關數據的單位是什么？ PAGEREF _Toc157845512 h 18 HYPERLINK l _Toc157845513 Q39：如何在Discover中使用BTCL語言進行多步MD計算？ PAGEREF _Toc157845513 h 18 HYPERLINK l _Toc157845514 Q40：如何用Dmol3計算Overlay Matrix，并進一步分析？ P

14、AGEREF _Toc157845514 h 21 HYPERLINK l _Toc157845515 Q41：如何使用Castep程序計算IR振動，為什么計算老是說不收斂？ PAGEREF _Toc157845515 h 22 HYPERLINK l _Toc157845516 Q42：為什么我在手工使用Castep計算能帶結構、態密度或者聲子譜的時候，程序始終提示沒有Check文件？ PAGEREF _Toc157845516 h 22 HYPERLINK l _Toc157845517 Q43：Discover的Non-bond中Summation的三種方法有什么區別？ PAGEREF

15、_Toc157845517 h 22 HYPERLINK l _Toc157845518 Q44：Castep中的Empty Band有何用處？怎么設置？ PAGEREF _Toc157845518 h 24 HYPERLINK l _Toc157845519 Q45：CASTEP中如何控制能帶結構的精細程度？ PAGEREF _Toc157845519 h 24 HYPERLINK l _Toc157845520 Q46：如何在MS中加入非限制性約束條件，例如約束兩個原子間距離？ PAGEREF _Toc157845520 h 26 HYPERLINK l _Toc157845521 Q47

16、：如何在DMol3中顯示大于999號軌道的Homo和Lumo軌道？ PAGEREF _Toc157845521 h 26Q1：為什么使用Discover進行Dynamics計算時，如果設定了Pressure=1GPa，在計算結果中會出現Pressure等于0，而Stress的XX、YY、ZZ方向為1GPa的情況？A1：這是由于在進行Dynamics計算時，選用的Ensemble不相同，如果選用了Parrinello方法，將使用Stress來進行判斷，此方法允許晶胞形狀與大小都發生變化，已形成剪切，從而使內部的Stress與外部Pressure相等。對于晶體計算來說，此方法應該更加合理。而And

17、ersen方法則只改變晶胞大小，不改變晶胞形狀，此時使用Pressure來作為判斷標準。因此，計算后的Pressure值和設定值相同。Q2：如何在Discover計算中分別對相同環境原子分配不同力場類型？A2：在Discover中，使用Assign按鈕為原子分配不同的力場類型。在Setup選項中，將Automation中的FF和Partial Charge設置為No。然后進行計算即可。注意：在具有周期邊界條件的體系中，在No-bond中，選擇Summation方式為Ewald（考慮分子間長程作用）然后進行計算才能正確生成能量表達式，其他方式計算可能會導致錯誤發生（分母為零）。 Q3：如何在CA

18、STEP計算中限制某個原子的移動方向？A3：CASTEP計算中只支持Fraction坐標，不支持Coordinate坐標。采用常規方式無法限制原子的移動方向，需要手動修改CASTEP的Cell文件，具體方式如下，在%BLOCK POSITIONS_FRAC Al 0.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 Al 0.2270171283 0.2094837802 0.5009850469 Al 0.5000000000 0.0000000000 0.5000000000 Al 0.5000000000 0.5000000000 0.0000000000%END

19、BLOCK POSITIONS_FRAC中包括每個原子的分數坐標，請留意每個原子的編號，在下面的計算中會有所幫助。在Cell文件中，關于原子坐標限制的部分如下：FIX_COM : false%BLOCK IONIC_CONSTRAINTS 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 3 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000

20、000 5 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 6 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 7 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 8 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 9 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000%ENDBLOCK IONIC_CONSTRAINTS其中包括每行編號（紫色），原子類型（紅色），原子編號（綠色）和需要限制的分數坐標

21、（黑色）。如果要限制第二個Al原子不能沿著X方向移動，那么在該部分的設置如下： 1 Al 1 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 2 Al 1 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 3 Al 1 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 4 Al 2 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 5 Al 2 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 6 Al 3 1.0000000000 0.00000000

22、00 0.0000000000 7 Al 3 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 8 Al 3 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 9 Al 4 1.0000000000 0.0000000000 0.0000000000 10 Al 4 0.0000000000 1.0000000000 0.0000000000 11 Al 4 0.0000000000 0.0000000000 1.0000000000 注意，編號要順次后移，否則會出錯，黑色部分分別對應于x、y、z三個方向，完成后，使用Run Files方

23、式即可進行計算。此外，在%BLOCK CELL_CONSTRAINTS 1 2 3 4 5 6%ENDBLOCK CELL_CONSTRAINTS中可以限制晶胞向量的變化，第一行分別表示三個晶胞參數a、b、c， 第二行表示晶胞角度、。上述結構表明參數可以被優化，如果需要加以限制，則需要改為0。Q4：在安裝新的MS時，事先沒有停掉License Server，在卸載、安裝MS后，發現MS的License Server無法正常啟動。A4：在“控制面板 | 管理工具 | 服務”中，可以看到Accelrys License Server啟動，首先將此服務設置為“禁用”，然后在“開始 | 運行”中鍵入“

24、Regedit”命令，查找“License Server”，多選項只選擇“項”，然后進行查找，將“Server”目錄下的“Accelrys License Server”全部刪除。重新啟動機器。按照正常流程啟動License Server即可。Q5：如何修改Windows或者Linux下的端口號：A5：在License文件中，第一行能夠看到以下信息：SERVER Itanium 00306EF38B48 1715其中，Itanium是機器的主機名稱(Hostname)，00306EF38B48是機器網卡的物理地址(MAC地址)，而1715表示的是License Server的端口號，可以在這里

25、將端口號改為任意端口XXXX(大于1000)，按照標準方式安裝License文件，此時，開放的端口就是所指定的端口XXXX了。如果要改變Gateway的端口18888，在Linux下請執行以下幾個命令：1進入/Gateway2運行./msgateway_control_18888 stop (18888是程序默認端口號)3運行./deconfigureall (刪除已有的Gateway信息)4進入/Gateway/config/，找到并修改gateway_config.pl，找到下面這一行：$defsgw_port = 18888; # the default port to use (程序默

26、認使用的端口號)將18888改為任意端口1XXXX，保存并退出。5運行./configure gateway (重新生成Gateway信息)6進入上級目錄，并運行 ./msgateway_control_1XXXX start (重新啟動gateway)經過上述步驟后，Gateway的端口號即被改為1XXXX。Q6：如何使用DMol3進行動力學計算？A6：需要使用命令行的方式進行提交，幾個關鍵詞是：MD_Time_Step, MD_Velocity, and MD_SimAnn_Panel，詳細地設置請參看：，user：science，passwd：faster。一個簡單的例子如下所示：# T

27、ask parametersCalculate Molecular_DynamicsOpt_energy_convergence 2.0000e-005Opt_gradient_convergence 4.0000e-003 AOpt_displacement_convergence 5.0000e-003 AOpt_iterations 50Opt_max_displacement 0.3000 ASymmetry on#MD and Simulated Annealing KeywordsMD_Time_Step 0.46185671MD_Velocity Random 0MD_SimAn

28、n_Panel 1 1 100 MD_NVT 300.000 10.000# Electronic parametersSpin_polarization restrictedCharge 0Basis dndPseudopotential noneFunctional gga(p91)Aux_density octupoleIntegration_grid mediumOccupation fermiCutoff_Global 3.3000 angstromScf_density_convergence 1.0000e-005Scf_charge_mixing 0.2000Scf_itera

29、tions 50Scf_diis 6 pulay# Print optionsPrint eigval_last_it# Calculated propertiesFrequency_analysis onQ7：如何讓Discover程序輸出.arc文件？A7：打開.inp文件，在文件最后能夠看到print history，將其改為print archive即可，如果只要輸出坐標，那么可以采用 + coordinates關鍵詞。完成后運行即可。Q8：如何使用rattle關鍵詞來限制水分子的幾何結構？A8：首先打開所需要進行限制的分子結構，在Dynamics選項下保存文件，會發現有一個叫做.ca

30、r的文件，打開此文件進行編輯。其中，關于水分子的部分按照如下方式進行修改：H1 1.964314103 -0.771667838 8.750601768 WTR 1 h* H 0.410O1 1.497763872 -0.131740466 8.158240318 WTR 1 o* O -0.820H2 0.676835179 -0.641967356 8.043372154 WTR 1 h* H 0.410end注意紅色顯示部分。WTR 為水分子的類型，注意WTR后有一個空格，為四字符格式。完成后另存到其它目錄。然后重新打開此文件，在此文件的基礎上進行修改，然后在.inp文件中加入以下語句：

31、rattle water -waterType SPC -tolerance 1e-4完成上述操作后，運行此文件即可。需要注意的有兩點：1. 水分子必須是單獨的結構，不要一堆水分子放在一起分不清楚（單個分子以end結束）；2. 修改完.car文件后，建議將原來的目錄完全刪除，這樣再次打開的文件后綴將是.xsd文件，否則可能為.car。通過此方法，還可以限制其它分子的幾何結構。Q9，如何使用Standalone方式運行DMol程序？A9：在MS中完成DMol設置后，保存Files，然后將.car和.input文件上傳到Linux服務器上。采用dos2unix命令轉換.input文件格式。完成后，

32、使用RunDMol.sh np n seedname來運行即可。上傳時請采用ftp工具，不要使用MS自帶FTP工具。Q10：如何在DMol中加入外界電場？A10：在DMol的Input文件中加入以下命令：Keywords: Electric_Field x y z其中xyz為電場的方向，例如要沿著Z方向加電場，則可輸入 0.0 0.0 0.2，其單位為標準單位制Hartree/Bohr，或者意味著52V/A（非常大的數量級，需要和實際體系聯系起來使用，公式為E=U/l）。下面是加了電場和沒加電場得到的數據對比：water No EF EF(Z) EF(X)Energy -76.4228083

33、-76.5010767 -76.5010767 Dipole 0.81340 1.09938 1.09938 O Charge -0.809 -0.813 -0.813H Charge 0.405 0.406 0.406HOMO -0.248311 -0.278503 -0.278503 C nanocube No EF EFEnergy -2666.5623585 -2683.287989Homo -0.2204 -0.0295Q12，如何以Standalone方式運行Discover作業？A12，在MS中完成DMol設置后，保存Files，對于MM和MD有不同的處理方式，對MM，需要上傳.

34、car和.inp文件到Linux操作系統下，使用命令dos2unix將.inp文件轉換為Unix格式，再使用/bin/RunDiscover.sh 來運行MM計算；對MD計算，需要上傳.car、.inp和.mdf文件到Linux操作系統下，使用命令dos2unixj將.inp和.mdf文件轉換為Unix格式，再使用/bin/RunDiscover.sh 來運行MD計算。Q13：為什么我在QSAR模塊中無法找到新加入的Jurs和DMol3描述符？A13：使用這兩種描述符需要在QSAR模塊中引入引入新的QSAR模塊，具體方法是：打開QSAR模塊，在右側工具欄上選擇Import Model，在/Da

35、ta/Resources/QSAR/Model中，選擇DMol3MolecularModel.xmd、DMol3PeriodicModel.xmd和JursDescriptorModel.xmd，導入即可使用相關模塊。通過文本編輯器，可以打開相關的文件，從中可以看到相關的描述說明。Q14：如何在DMol模塊中，對某一分子只允許其沿著Z方向進行優化，而XY方向則不變？A14：首先選擇要優化的原子，在Modify菜單的Constrains中，固定其XYZ坐標，然后在DMol的Calculation對話框中進行相關設置，完成后Save Files。打開Input文件，找到下面一行文件：# Carte

36、sian constraintsOpt_fixed1 XYZ其中，XYZ表示對XYZ坐標都進行限制，如果只沿著Z方向進行優化，那么要將這一行改為1 XY，保存文件，并Run Files就可以了。如果1、2代表的原子不清楚，那么請打開mdf文件去查詢。Q15：如果CASTEP計算過程中斷電，怎么能夠重新開始計算呢？在Keywords中有兩個關鍵詞Reuse和Continuation，它們有什么差異呢？A15： 這兩個關鍵詞都是為了在上一步成功計算的基礎上，使用最終結構和輸入參數進行更進一步的計算的，無法在斷電未生成check文件時重新開始計算。1）用reusereruse是開始一個全新的計算，使

37、用最終結構以及其他的相關信息。在這里可以對相關設置進行修改已開始其他的計算工作。2）用continuation也是開始一個新的計算工作，會使用到最終結構，參數設置和上次工作的幾乎完全一致。注意：使用reuse和continuation關鍵詞都會使用到.chk文件，如果工作計算失敗，并且沒有得到.chk文件，那么只能使用第一種方法開始重新計算。如果要在斷電后重新計算，那么可以采用以下方法。用已經部分優化了的幾何構型重新交作業；使用的是最后一楨優化過的結構，能夠接著上面的工作繼續開始優化，但是第一次SCF計算過程會比較長一些，因為要估算受力情況，接下來就進入了正常計算部分。Q16：如果我在Clea

38、ve一個平面的時候，選擇的是(111)面，或者該晶體原來就是一個三斜晶胞，我怎么才能切出一個長方形的表面來呢？A16：首先Cleave所需要的米勒面，例如(111)面，然后使用Lattice工具將此表面放大，找出垂直于U或者V軸的某個垂線上的原子X，將該原子X作為新的V軸或者U軸的末端點，并找到相應的分數坐標，然后在Cleave工具的Surface Mesh中定義U、V取向即可。小技巧：可以先剪切平面，選擇要重新定義u、v軸所對應的原子，然后到原來的晶體中去找該原子的分數坐標，直接輸入mesh即可。 注意：查找原子的XYZ坐標的目的是為了找到原來原子的分數坐標，如果能夠通過數學變化來的得到的話

39、，也可以直接進行數學變化。另外，如果為了轉換晶胞(如三斜轉換為正交，在Cleave Surface的時候需要對Depth特別注意，一定要讓上層原子和下層原子完全重合，然后再加0A的真空層。)Q17：在使用DMol進行結構優化的時候失敗，通過對軌跡的回放發現，整個分子在平面上下進行翻轉，并由此導致能量振蕩，這種情況應當如何處理？A17：在使用DMol進行優化的時候，可以在Optimization的設置中，將Max Step Size調小，默認值為0.5，可以改為0.3或者0.1，從而使計算收斂。Q18：如何使用XRD數據快速建立相關的晶體結構。A18：在這里需要Word和Excel程序聯用了。首

40、先，將晶體的分數坐標拷貝到Word中，使用“表格 | 轉換 | 文本轉換為表格”，將文本轉換為表格形式。將數據拷貝到Excel中，并使用晶胞參數將分數坐標轉換為笛卡兒坐標（注意，這里不用管Alpha、Beta和Sigma的角度），選取原子類型、笛卡兒坐標，并將其拷貝到任意文本中，并保存為.xyz格式文件。Number of atomsTitleCoordinate （A1 X1 Y1 Z1A2 X2 Y2 Z2）使用MS打開該.xyz文件，會顯示出相關的原子來。現在請使用Build Crystal工具搭建晶體結構，請使用相關的分子點群和晶胞參數（Alpha=Beta=Sigma=90）。使用L

41、attice Parameter將相應的Alpha、Beta和Sigma調整至合適角度。最后請使用Find Symmetry工具再次確實空間群。Q19：如何在DMol中考慮溶劑化效應？A19：建立好模型后不要急著計算，請選擇Save Files，然后在input文件中加入相關語句。COSMO on （使用COSMO方法考慮溶劑化效應）COnductor-like Screening Model是連續介質模型，用介電常數的連續介質來反映溶液，而溶質分子會形成孔穴。溶質的電荷分布會使電介質發生發生極化，而電介質的響應則用孔穴表面所產生的屏蔽（或者極化）電荷來描述。詳細的機理如下圖所示：極化作用溶質

42、電荷分布電解質屏蔽電荷 COSMO_Dielectric XX （介電常數值，用來表示不同溶劑。默認設置為999.9，表示導體，水在室溫下為78.4）COSMO_Grid_Size 1082 （程序對每個原子考慮選取多少個格點來進行計算。 允許的值為：12, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。）COSMO表面是環繞著溶質分子，以不同原子為中心的球體表面重疊而成的。球體依靠離散點來描述，所以稱之為Basis Grid。）COSMO_Segments 92 （指定了每個原子表面的最大片段數。允許的值為12

43、, 32, 42, 92, 122, 162, 272, 362, 482, 642, 812, 1082, 1442, 1922。）程序將格點分配給不同的片斷，并在不同的片斷上加屏蔽電荷，電荷個數等于片段數。這是Cosmo方法中的主要參數，它決定了COSMO方法的主要性能。COSMO_Solvent_Radius 1.3 （指定溶劑探針的半徑，允許的值在0.5到2.0之間）注意，該參數用于構造Cosmo孔穴，不應該改變，特別在執行COSMO_RS關鍵詞時更是如此。COSMO_A-Matrix_Cutoff 7.0 （決定了COSMO表面靜電相互作用的精確性。該參數不應當小于2.0）表面上電荷

44、之間的靜電相互作用不僅決定于片斷而且也和格點有關系，這依賴于該參數設置的距離大小。如果兩個片段間的距離小于設置的Cutoff值，那么片段間的相互作用就會使用格點來進行計算。在更短距離內的格點計算方法將提供更高的精確度。COSMO_Radius_Incr 0.0 （指定構造Cosmo孔穴時原子半徑的增量）注意，該參數用于構造Cosmo孔穴，不應該改變，特別在執行COSMO_RS關鍵詞時更是如此。COSMO_RadCorr_Incr 0.15 （用來構造外部孔穴，以進行遠離中心的電荷校正）注意，該參數用于構造Cosmo孔穴，不應該改變，特別在執行COSMO_RS關鍵詞時更是如此。是一個非常重要的校

45、正，用于解決耗散到孔穴邊界外部的電子密度。對于陰離子計算特別重要。校正的Cosmo能量公式如下（以水為例）Total energy corrected (au) TE(corr)TE(corr) = TE + DE(corr) - DE = -76.4617695727對于包括非靜電溶劑化能的校正分析來說，能量表達式可以表述為：Total energy corrected (au) TE(corr)+ Nonelectrostatic Energy = -76.4576895922COSMO_RS on （使用此關鍵詞考慮溶劑的宏觀熱力學性質）Q20：如何使用MS軟件計算高分子的玻璃化溫度？A

46、20：這需要計算高分子的密度-溫度曲線，在得到了相關曲線后，就可以得到體系的Tg溫度以及Free Volume，具體圖示如下所示：TemperatureTgFree VolumeVolumeDensity注意：力場對計算結果非常重要，可以使用COMPASS力場來計算密度值。此外，在計算密度時會用到NPT系綜，可以選擇各向同性的Andersen方法。Q21：在使用MS進行計算的時候，中間的xcd文件無法及時更新，而其他文件則能正常顯示，為什么？A21：如果遇到這種情況，那么請檢查初始的xsd文件中是不是中間有小數點(.)，如果有小數點的話，那么可以正常進行計算，但是表格文件無法正常更新，并且只能

47、出現小數點前的文件名稱。Q22：怎么樣在MesoDyn中加入各種不同的限制？A22：在MesoDyn的隱含文件mask.MesoDyn_ascii中，能看到一個三維矩陣，該矩陣定義了mask的形狀和大小，只需要修改此文件即可保證出現各種mask結構，該文件的格式為：X1 Y ZX2 Y ZQ23：MS給出的DOS和能帶圖不是很清楚，我能不能自己來做圖？A23：可以，首先使用MS做出Band Structure和DOS圖，并在圖上單擊右鍵選擇Copy，打開Excel就可以將數據粘貼到單元格。DOS可以直接使用Origin做圖，而能帶結構則需要認真處理(按照K點采樣來處理的)。Q24：怎么樣能讓C

48、ASTEP在并行計算時更有效？A24：CASTEP是按照兩種方式來并行計算的，分別為G Vectors和K Points并行。G-Vectors表示FFT格點，K Points表示布里淵區采樣數目。在MS中，CASTEP程序是使用GK也就是綜合考慮兩者的比例來確定并行數的，所以，在分配CPU前一定要認真考慮。（G Vectors似乎是呈現1/2次冪的方式來增長的，增長速度并不很明顯）Q25：在使用DMol計算過渡態結構時，經常會發現出現不止一個虛頻，怎么回事？A25：在DMol計算過程中，如果始態與終態結構優化不完全，或者反應路徑設計不合理的話，很可能在過渡態中帶來多個虛頻。這時候就要注意振動

49、的模式了，如果只是某些鍵的扭轉，或者一些不大的平動，那么基本上就可以忽略過去了。在計算過渡態的時候，最重要的是虛頻最大的振動，一定要在始態和終態之間振蕩，這樣才能保證過渡態基本合理，此判據也用到某些原子必須固定的優化計算中，例如沸石分子篩的催化反應等。Q26：怎么在Altix350上安裝MS的Castep和DMol的補丁加速運算速度？A26：首先，正常安裝MS3.2，這時候，一定要確保CASTEP和DMol可以正常進行并行計算。注意：此時，CASTEP和DMol可能在進行超過8CPUs并行計算時出錯，不用管它，只要能夠在2CPUs以上并行正常就可以打補丁了，打完補丁后，遇到的問題就可以解決了。

50、如果不打補丁，那么請修改msi/ms/share/bin/ms_setup.sh文件，將globmemory 8000000改大即可。正常安裝MS后，請按照以下流程打補丁：1root登錄，運行rpm qa glibc，察看glibc版本，并選擇相對應的CASTEP和DMol補丁，如glibc的選擇DMol2.3.2的補丁；2使用補丁包中的castepexe_mpi_altix.exe文件替換msi/ms/CASTEP/bin/ castepexe_mpi.exe文件；同樣的使用dmol3_mpi_altix.exe文件替換msi/ms/DMol3/bin/dmol3_mpi.exe文件；3ms

51、i登錄，運行which mpirun，并記錄相關目錄。進入msi/ms/share/bin下，修改ms_setup.sh文件，找到 mpiroot=/opt/hpmpimpicommand=/opt/hpmpi/bin/mpirun -np ，并改為mpiroot=/usr/bin/mpicommand=/usr/bin/mpirun -np 重新啟動gateway，并在Windows的server console中對mpi路徑作相關修改，修改完成后即可順利運行。注意，對于DMol程序還需要注意MKL的版本，如果是7.2以前版本，將無法正常運行DMol，需要重新安裝MKL的補丁。方法如下：將文

52、件拷貝到msi/ms/share/lib下，解壓縮替換libmkl_i2p.so，修改該文件權限為755，完成后即可。Q27：為什么我在Linux下安裝license的時候，總是報錯呢？A27：License文件的格式如下：SERVER Altix 08006911E33A 1715DAEMON msi /usr/msi/REL/PLATFORM/exe/special/msid其中，Server表示License Server的主機名稱與網卡的MAC地址，其中主機名稱可以自行修改，而MAC地址是萬萬動不了的，否則會報錯。MAC地址可以通過ifconfig a (windows下使用ipcon

53、fig /all)來查找，如果發現License文件出錯，則可使用msi/License_Pack/ Linux_2_Intel_32/exe下使用mshostid來查看MAC地址，如果不符合，那么可能需要重新申請。DAEMON表示后臺程序的位置，主要指定的是msid這個后臺程序的位置，對于32位和64位Linux機器，位置一般為/home/msi/License_Pack/Linux_2_Intel_32/exe/msid。如果還是不行，那么還可以在安裝License文件后使用以下命令來檢查license文件的合法性，為(License Pack.6.5及以前版本)： source msi/

54、License_Pack/msi_lic_cshrc lmstat （查看當前license文件是否能夠正常運行） license_verifier (查看當前License文件的合法性，如果有問題，會有提示)注意上述兩個命令使用后所出現的結果，并詳細檢查License文件格式。在License Pack7.0中，以上的命令改為：# 進入/bin/下，運行lp_admin console 讀取幫助信息，也可以直接執行以下命令： source msi/LicensePack/etc/lp_cshrc lp_install (安裝license文件) lp_server -cporthostnam

55、e (配置license server) lp_server s (啟動license server) lp_server -x (關閉license server) lp_tester (檢測license是否合法)Q28：在使用SGI Altix350，打補丁后運行RunCASTEP.sh np n seedname的時候，出現錯誤：MPI：asgetnetinfo_array(null) failed : array services not available，怎么解決？A28：這是由于array服務沒有開啟所造成的，解決方案如下：以root登錄，進入/etc/init.d/，運行：

56、./array start (開啟array服務) chkconfig array on (將array加入到啟動列表中)Q29：MS的GFA是怎么對參數進行雜交的？參數多少與內存有無關系？A29：QSAR模塊中的GFA計算是需要一定的內存的。如果使用10個參數做一個簡單的計算就可以發現：參數數目操作公式none10無操作nBinary Interaction55A, B, C, A*B, B*C, and A*C n+Simple Quadratic20A, B, C, A2, B2, and C2 2nFull Quadratic65A, B, C, A2, B2, C2, A*B, B*

57、C, and A*C2n+Simple Cubic20A, B, C, A3, B3, and C32nFull Cubic285A, B, C, A2, B2, C2, A*B, B*C, A*C, A3, B3, C3, A2*B, A2*C, B2*A, B2*C, C2*A, C2*B, and A*B*C3n+3+隨著復雜性的增加，參數數目的增長呈級數增長，這就導致了隨著參數增大的時候，所需要的內存數目迅速增加。實際測試發現，當參數的數目增加到160個的時候，所需要的內存達到了900M左右，此時，CPU的使用率保持在99%以上。此時，應該已經達到了GFA在1G內存機器上處理體系的上限

58、值。提示：在實際進行QSAR研究時，160個參數已經是非常多的體系了，建議在進行處理之前，先使用相關性矩陣將所有的參數進行排序，剔除出那些相關性非常高的參數，這樣，在進行GFA分析時會大大降低參數的數目，同時，也會幫助我們對得到的回歸方程進行分析。Q30：DFT方法對計算量和內存的要求是什么樣的？A30：使用DFT理論計算時，使用的與電子密度成正比，也就是說，在求解薛定諤方程時，計算量和電子數目的立方成正比。如果是同一體系，簡單來講計算量和原子數目的立方成正比。體系所需要的內存和硬盤與體系的電子密度的平方倍成正比，如果是同一體系，簡單來講計算量和原子數目的平方成正比。例如，對于ZnO體系而言，

59、當截取(100)表面，且真空層統一定為10A時，使用CASTEP程序進行計算，在考慮自旋極化的情況下。所需要的內存、硬盤以及CPU計算時間如下表所示：層數原子數計算時間(S)迭代次數單SCF計算時間(S)總內存(MB)硬盤空間(MB)24552.962126.33143.047.648932.572242.39179.361.56122416.9523105.08311.3114.88164173.5123181.46479.7182.5163230621.19271134.121548.7612.5 相應的計算時間、內存、硬盤與原子數目關系如下圖所示：注意：由于DFT理論方法受計算資源的限制

60、非常明顯，在計算大作業之前，最好能夠初步判斷一下所需要的內存和CPU時間，并盡可能調整計算參數和模型。這樣，才能比較好的利用計算資源。備注：對于CASTEP程序而言，除了和原子的數量有關外，還和空體積數有關。其關系為線形增長，即計算時間與體積成線形增長，內存也與體積成線形。 內存/原子數平方硬盤/原子數平方計算量/原子數立方Q31：為什么當DMol3在我機器上運行過的時候，總是出現以下錯誤：floating-point assist fault？A31：在IA64機器上，會出現此類錯誤，需要在安裝軟件的用戶登錄腳本(.profile, .bash_profile, .login)中，加入以下語