分子診斷的臨床應用上海交通大學醫學院樊綺詩教授用分子生物學技術通過檢測基因而達到診斷疾病的目的是生物學者在分子生物學技術發展的最初階段就有的設想。上世紀70年代人們開始在實驗室進行研究，80年代以來，基因檢測在許多國家已成為常規檢驗項目，主要用于感染性和遺傳性疾病等的診斷。1953年Watson和Crick提出脫氧核糖核酸的雙螺旋結構模型。1990年人類基因組計劃正式啟動。2001年2月科學家宣布完成人類基因組的全部序列圖。DNA重組技術(DNArecombination)轉基因技術(transgenictechnique)基因組學(genomics)蛋白組學(proteomics)基因治療(genotherapy)生物芯片(biochip)等技術已應用到醫學領域，對疾病機理的認識、疾病的診斷、預防和治療產生了深刻的影響。分子診斷不僅能早期對疾病作出確切的診斷，也能確定個體對疾病的易感性，判別致病基因攜帶者并對疾病的分期、分型、療效監測和預后作出判斷。分子診斷已成為實驗診斷學的一個重要組成部分，成為一門新的學科。MoleculardiagnosisMoleculardiagnostics

一、基因檢測在感染性疾病中的應用SARS相關冠狀病毒的分子診斷2003年4月，香港研究者Peiris等報告了50例SARS病人的臨床表現和病毒學研究結果。一種新的冠狀病毒(Coronavirus)是SARS的致病原因。

(Lancet,2003,361:9365)2003年4月，德國漢堡Bernhard-Nocht熱帶醫學研究所學者Drosten等用隨機擴增技術，獲得一段長度為300bp的核苷酸序列。根據這段序列，建立了檢測新冠狀病毒的常規和實時定量PCR技術。

onApril10,2003）檢測標本痰液、咽拭子、鼻拭子、支氣管肺泡灌洗液、血漿、糞便。檢測方法

1.逆轉錄-巢式PCR(Reverse-NestedPCR)2.逆轉錄-實時PCR(Reverse-RealtimePCR)有報道顯示，在可能SARS病人中病毒的檢出率為100%。在疑似SARS病人中的檢出率為23%。所有健康接觸者中未檢測到病毒。另一項研究顯示檢測病毒的3種方法（血清學檢測、病毒分離、PCR技術）中，PCR技術的檢出率最高。討論疾病的早期即可獲得陽性結果(早于血清轉換期）。SARS患者中的陽性率約為80%，對照中的陰性率約為98%～100%。現有的PCR方法有較高的特異性但靈敏度較差，陰性結果不能排除病毒感染。討論痰液中病毒RNA濃度極高，說明病毒從呼吸道排放是主要傳播途徑。血清中檢測到極低濃度的病毒RNA，提示病毒復制不僅發生于呼吸道。病人恢復晚期的糞便中存在病毒RNA，說明糞便可能也是一種傳播途徑。鼻、咽拭子中含有的病毒RNA顯著少于痰液，提示不適合作為標本（有可能漏檢）。SARS相關冠狀病毒基因檢測

必須注意的問題必須在規范的基因擴增實驗室中進行。應采取必要的質控規程，包括陽性對照和陰性對照。陽性結果時必須對原始樣本重復檢驗：或者擴增另一個基因片段或在另一個實驗室對同一樣本進行檢測。肝炎病毒基因的檢測

臨床價值主要體現在：病情評估血清中病毒含量的多少與肝臟病理損害程度相關，病毒載量越高，肝組織炎癥反應程度越重。療效預測治療前病毒核酸載量越高，療效越差；載量越低，機體清除病毒的可能性越大。

預后判斷病毒核酸載量持續處于高濃度者預后不良。垂直傳播途徑感染者，預后較差。反映肝細胞損害的其它指標正常，但病毒核酸水平經常波動者更易發展為肝硬化。

病毒分型和耐藥檢測各個編碼區段存在著大量有意義的自然變異或藥物誘導的變異，并由此產生不同的變異株，從而導致HBV感染的不同血清學和臨床表現。檢測HBV的變異株對了解疾病機制、藥物耐受和指導用藥有一定的價值。HPV基因的檢測在預防宮頸癌中的作用

宮頸癌是常見的婦科惡性腫瘤之一，發病率在女性惡性腫瘤中居第二位，每年約有50萬左右新發病例。我國每年有新發病例約13.15萬，占世界宮頸癌新發病例總數的26%。

持續的人乳頭瘤病毒(humanpapillomavirus,HPV)感染是引起宮頸癌和癌前病變的必要因素，93.0%-99.7%的宮頸癌組織中均可檢測到HPVDNA。高危型HPV-16和HPV-18分別占宮頸癌的50%和14%。高危型HPV的持續感染可使患宮頸癌的風險增加250倍。

HPVDNA的檢測方法實時定量PCR(RealtimePCR)核酸雜交捕獲（HybridCaptureⅡ，HCⅡ）HCⅡ可一次檢測所有致癌的13種高危型HPV。敏感度：對CINⅡ、Ⅲ和癌的檢出率為98%。陰性預期值：對高度鱗狀上皮細胞病變或更高度病變的陰性預期值99.9%細胞學檢查結果為意義不明確的非典型細胞時，HPV基因的檢測能預測受檢者患宮頸癌的風險。細胞學檢查+HPV基因的檢測是宮頸癌前病變和宮頸癌篩查的最佳方法，成為預防宮頸癌的關鍵。基因檢測在監測移植物排斥中的作用

關于多瘤病毒人類多瘤病毒中常見的3種病毒：BK、JC、SV40。BK病毒于1971年首次從腎臟移植受體的尿液中分離出。病毒主要在宿主的細胞核內進行復制。在美國，10歲以上的正常人群中60%～80%有BK病毒感染史。感染的病毒多潛伏于腎小管上皮細胞和尿道上皮細胞中。BK病毒重新激活大部分是由于免疫機制缺陷或大量使用免疫抑制劑后。

腎臟移植術后大量使用免疫抑制劑，使BK病毒重新激活，大量復制。BK病毒復制進一步發展，成為BK病毒感染的腎間質性腎病（BKVAN）。BKVAN患者中60%～70%會發生遠期的腎臟移植失敗。BK病毒感染已經成為腎臟移植遠期失敗的重要原因之一。BK病毒感染越來越受到關注。早期無臨床癥狀，后期癥狀與腎移植排斥和藥物毒性反應相似，易引起誤診和漏診。BK病毒感染和移植排斥治療原則相反：BK病毒感染需要降低免疫抑制劑量，而移植排斥則應加大用量。因此，建立有效的BK病毒檢測和監測體系是十分必要的。decoy細胞BK病毒感染的腎臟小管上皮細胞脫落至尿液。形態學檢測敏感性較好，但特異性差。細胞形態在尿液中很容易破壞。巴氏染色的decoy細胞未經染色的decoy細胞BK病毒感染的檢測BK病毒的檢測血、尿中BK病毒核酸定量檢測尿液中decoy細胞檢查尿沉渣涂片原位雜交組織病理學檢查（判斷腎臟間質性腎病）腎臟移植術后病人BK病毒檢測的研究對象瑞金醫院腎臟移植術后2個月～3年的患者95例正常人標本60例研究方法尿沉渣細胞形態學檢測血、尿中BK病毒DNA的定量檢測Decoy細胞形態學特征:小管上皮細胞的細胞核明顯增大，多偏向一側，核漿比例明顯增加；細胞邊緣常常出現毛玻璃樣改變；胞漿有細小顆粒，較均勻，呈果凍狀；細胞核常較粗糙。結果

95例患者的尿沉渣形態學檢查，35例患者的尿沉渣中出現可疑的病毒感染腎小管上皮細胞（decoy細胞）。尿液中BK病毒核酸定量檢測14例尿液中檢測到BKVDNA，病毒載量為4×103～2×109/ml，平均為5.6×105/ml。發生病毒尿的中位時間為移植術后14個月。血漿中BK病毒核酸檢測14例病毒尿中，有5例同時出現病毒血癥。核酸載量為2×104/ml～4.8×106/ml，平均為4.2×104/ml。陰性對照

6例病毒檢測陽性的核酸標本進行序列分析。所測片段序列均為BK病毒的核酸序列BK病毒核酸序列核酸序列分析3例患者在臨床上出現不明原因的發熱、白細胞降低、緩慢的肌酐升高等癥狀，有1例甚至出現了尿道阻塞。臨床上認為發生BKVAN的可能性較大，給予抗病毒治療。病例1、2治療前：尿液和血漿病毒核酸載量在104/ml～105/ml血肌酐分別為181μmol/L和168μmol/L治療后：血漿和尿液中BK病毒已檢測不出血肌酐降為160μmol/L和129μmol/L

病例3治療前尿液中BK病毒核酸載量為2×109拷貝/ml尿沉渣細胞中見到大量decoy細胞和炎性細胞治療后尿液中BK病毒核酸載量降至105拷貝/ml尿沉渣細胞中decoy細胞明顯減少治療前治療10天后治療20天后討論文獻報道BK病毒的復制感染率為5%～60%，本研究中發生BK病毒復制的占14.7%。35例患者中發現decoy細胞，僅14例被證實存在病毒核酸，提示形態學檢查特異性差。腎臟移植的患者容易導致包括BK病毒在內的多種病毒感染。因此是否存在BK病毒感染，形態學僅作為篩查實驗。病毒核酸定量可有效地動態觀察病毒核酸的復制。BK病毒核酸定量檢測用于檢測BK病毒是否復制為是否需要進行病理學檢查提供依據監測疾病和評價治療效果預防間質性腎病，防止移植遠期失敗二、遺傳性疾病的分子診斷

分子診斷能夠檢出家系中的致病基因攜帶者或高危個體，能夠在胎兒出生前判斷其是否為患者，因此分子診斷是降低單基因遺傳病發病率的根本措施。單基因遺傳病是由于某一基因結構的變化或基因表達異常而導致的疾病用分子生物學技術檢測致病基因的遺傳缺陷是診斷這類疾病最根本的手段遺傳性疾病中常見的分子異常遺傳性疾病的產生是由于一個（或數個）基因發生異常導致這些基因所載有的遺傳信息受到改變，而發病是通過遺傳物質的表達產物——蛋白質（或酶）的表現異常所致。基因突變主要包括點突變、片段性突變和動態性突變。點突變(pointmutation)包括錯義突變、無義突變、移碼突變各種點突變所造成的后果：

蛋白質分子量改變蛋白質合成量下降無蛋白質合成片段性突變(fragememtalmutation)核苷酸的丟失和增多缺失：基因中鹼基（遺傳物質）的丟失插入：外來基因片段插入某一基因序列中倍增：基因內部某一段序列發生重復基因重排：基因組中原來不在一起的基因由于某些原因組合排列在一起動態性突變(dynamicmutation)以三核苷酸為單位的重復序列在傳遞過程中不穩定，會發生擴展，即子代的重復次數往往較親代大為增加，因此又稱動態性突變。脆性X綜合征：CGG重復少年脊髓型共濟失調：GAA重復

亨廷頓病：CAG重復X染色體（xq27.3）的脆性位點

脆性X綜合征是遺傳性智力缺陷最常見的一種。致病基因FMR-1的5’端有CGG三核苷酸重復區。普通男性群體中的患病率為1/4000。

普通女性群體中的患病率為1/6000。患者智力低下、語言障礙、行為異常、呈特殊面容。正常個體：CGG重復次數6~52次，中國人群以(CGG)28為多見。前突變(premutation)：(CGG)

53~230為攜帶者，雖表型正常，但在傳遞過程中易發生進一步擴展，使后代的CGG重復次數大大增加，并有異常表型。全突變：(CGG)≥230時，100%的男性表現為典型的脆性X綜合征,53%的女性表現為程度不同的智力低下。遺傳性疾病基因診斷的策略（一）直接診斷策略

基因診斷的直接策略是通過各種分子生物學技術檢測基因的遺傳缺陷，因此直接診斷的前提是被檢測基因的正常序列和結構必須被闡明。直接診斷由于是直接揭示遺傳缺陷，因而比較可靠。

DMD的基因檢測

Duchennemusculardystrophy(DMD)是一種高發病率、高致殘、高致死的X連鎖的遺傳性疾病，在3500個活產男嬰中即有一個患者。DMD基因的全長為250kb，有79個外顯子。DMD的最主要遺傳缺陷是外顯子缺失，約占60%～70%。DMD基因外顯子的檢測（二）間接診斷策略

間接診斷的實質是在家系中進行連鎖分析，通過分析可確定個體來自雙親的同源染色體中的哪一條為致病染色體，從而判斷該個體是否帶有致病基因。間接診斷不是尋找DNA的遺傳缺陷，而是通過分析DNA的遺傳標記的多態性估計被檢者患病的可能性。間接診斷：分析DNA的遺傳標記的多態性雙等位基因(bi-allele）多態性：限制性片段長度多態性（RFLP）

第一代DNA遺傳標記，所含信息量有限。

檢測技術：Southern印跡技術多等位基因多態性(multi-allele)小衛星序列又稱串聯重復可變數目（variablenumbertandemrepeats，VNTR）第二代DNA遺傳標記以6～70bp為單位，以串聯形式排列，構成數量可變的串聯重復序列等位基因常常達10個以上，信息量比RFLP大檢測技術：PCR

微衛星序列(microsatellite)以2～6bp為單位，重復次數可達幾十次，又稱短串聯重復序列(STR)。在基因組中分布廣泛，出現的數目和頻率不同，具高度多態性。檢測技術：PCR單核苷酸多態性(singlenucleotidepoly-morphism，SNP)第三代DNA的遺傳標記，其多態性僅表現為單個核苷酸的變異。在人類基因組中的數目可達300萬個，是一種信息量非常大的標記系統。

檢測技術：DNA芯片技術C50:C49:C45:C44:Cjp:11223C50:C49:C45:C44:Cjp:1221221313C50:C49:C45:C44:Cjp:2112121313C50:C49:C45:C44:Cjp:2112121313C50:C49:C45:C44:C