1、蛋白純化和GST沉降技術【原理】細菌表達的谷胱甘肽s轉移酶（GST）融合蛋白主要用于蛋白的親和純化，也可以將GST融合蛋白作為探針，與溶液中的特異性搭檔蛋白結合，然后根據(jù)谷胱甘肽瓊脂糖球珠能夠沉淀GST融合蛋白的能力來確定相互作用的蛋白。一般在得到目標蛋白的抗體前，或發(fā)現(xiàn)抗體干擾蛋白質一蛋白質之間的相互作用時，可以啟用GST沉降技術。該方法只是用于確定體外的相互作用。【應用】1）確定融合（或探針）蛋白與未知（或靶）蛋白間的新的相互作用2）證實探針蛋白與已知蛋白質間可疑的相互作用【方法】一、GST融合蛋白的純化1、菌種的活化：按1%的量在螺旋管中活化所需菌種，一般50ul的凍存菌接入5ml的LB

2、中，37C220rpm培養(yǎng)2、活化的菌種轉接1%接種于5mlLB中，37C220rpm培養(yǎng)至Ot>0.4-0.6之問，即到達對數(shù)生長時期（大約34小時）3、取1ml菌液測定Ogg,至O>0.40.6之間，則取誘導前1ml,其余的按1/1000加入誘導劑IPTG，低溫小量誘導30C200rpm，誘導過夜（小于16hr）4、次日取誘導后1ml,誘導前和誘導后各1ml,12000rpm,離心2mins,棄上清，加適量的1*PBS,重懸菌液，再加1*loadingbuffer,混勻，沸水煮10mins,12000rpm,離心2mins,SDS-PAGE電泳考馬氏亮蘭染色5、如果考染結果顯示

3、GST融合蛋白（GST-X）誘導出來，則做大量誘導6、菌種活化后按1%轉接種于100mlLB中，30C200rpm擴大培養(yǎng)至OK0.40.6之間，即到達對數(shù)生長時期（大約3小時）7、取1ml菌液測定ODfi,至OK0.40.6之間，按1/10000加入誘導劑IPTG,低溫誘導20C180rpm,制冷系數(shù)0.5,誘導過夜8、次日50ml離心管收菌，4c5000rpm5mins離心，每瓶100ml重復離心收于同一離心管中，大型離心機提前預冷9、每100ml菌液沉淀加入10mlA液重懸10、超聲破碎。大探頭，冰浴，頻率5-10o超聲23s停23s,1520次一個循環(huán)，重新混勻，冰探頭，至菌液清亮為止

4、11、超聲后的細菌裂解液加入到50ml干凈離心管中，4c11000rpm10mins離心12、平衡Agrose-beads.每個干凈EP管中加50ulAgrose-beads。再加1mlA液，4c旋轉23mins后4c3000rpm/600g5mins離心,吸棄上清，重復3次13、吸取菌液離心上清到50ml干凈離心管，將平衡好的Agrose-beads力口入4c旋轉4小時左右14、4C3000rpm/600g10mins離心。移液管吸棄上清，留有1ml左右時用移液器槍頭混勻X-GST-beads,轉移至1.5ml進口EP管中，用A液反復洗50ml離心管多次至將全部珠子轉移至EP管中。3000r

5、pm/600g,5mins,離心，棄上清15、A液洗滌X-GST-beads,每次1m14c旋轉10mins后4c3000rpm/600g,5mins,離心,吸棄上清，重復3次16、 最后向X-GST-bead中加入100ulA液，4c保存17、 考染定量：取2ulGST-beads加入10ul1*loadingbuffer混勻，沸水煮樣10mins。12000rpm5mins離心后取上泊上樣（SDS-PAG丘下膠后，考馬氏亮蘭染色（新考染液23mins,舊的考染液1030mins）,脫色2h左右二、GSTPulldown1、轉染細胞24小時后，IPbuffer裂解，超聲破碎。大探頭，冰浴，頻

6、率510。超聲23s停23s,1520次一個循環(huán)，重新混勻，冰探頭，至菌液清亮為止，12000rpm,離心2mins,取上清作樣品，取部分作Input,剩下的作GSTPulldown2、根據(jù)定量結果取X-GST-beads加入到IPbuffer平衡，4c旋轉23mins后4c3000rpm/600g5mins離心，吸棄上清，重復3次。然后將平衡后的珠子于600ulcelllysis結合孵育4hS夜3、4C,3000rpm/600g,5mins離心后吸回裂解上清，IPbuffer洗珠子，4c旋轉10mins后，4c3000rpm/600g5mins離心,23次。最后用微量上樣器將全部IPbuff

7、er吸棄。4、向X-GST-beads其中力口入30ul1*loadingbuffer.細胞裂解液Input50ul中加入50ul2*loadingbuffer.沸水10mins。12000rpm5mins離心后取上清上樣進行SDS-PAGE5、電泳后進行WesternBlot來確定沉降的蛋白中是否有目的蛋白；也可以將膠考馬氏亮蘭染色觀察特異沉降的蛋白帶，進一步做質譜分析確定沉降的蛋白?！咀⒁馐马棥?）該實驗設立GST對照，反應均在4cC進行2）沸水煮樣以前的離心速度不要超過3000rpm,否則可能將beads離碎了。3）在檢測時如果發(fā)現(xiàn)GST對照組也有目的蛋白時，則表明有非特異的結合，這是我

8、們應當在GSTPulldown的第三步多洗幾次。4）GST對照蛋白的量和實驗組的蛋白的應該一樣，最好是對照的量比實驗組的多一點【舉例】inputGSTy-gst+GSTpulldown驗證兩種已知蛋白質的相互作用inputGSTx-gstY-GFP+X-GFP*Y-GFPX-GFPAnti-GFPAnti-GFPIncubationwithCellLysateorProteinMixtureAntibodyCoupledResin.SpinandwashcT3EluteCoupledAntibody,AntigenJ；三二'二V5ProteinInteracting.withAntig

9、enAnalyze圖2免疫共沉淀（co-IP）示意圖（1）原理1）當細胞在非變性條件下被裂解時，完整細胞內存在的許多蛋白質一蛋白質間的相互作用被保留了下來。如果用蛋白質X的抗體免疫沉淀X,那么與X在體內結合的蛋白質Y也能沉淀下來。這種方法常用于測定兩種目標蛋白質是否在體內結合，也可用于確定一種特定蛋白質的新的作用搭檔（圖2）02）缺點：可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質一蛋白質相互作用（2）方法1）轉染后24-48h可收獲細胞，加入適量細胞裂解緩沖液（含蛋白酶抑制劑），冰上裂解30min,細胞裂解液于4°C,取少量裂解液以備Westernblot分析做Input,剩余的裂解液以最大轉

10、速離心10min后取上清，2）取10仙lproteinA瓊脂糖珠，用適量裂解緩沖液（一般1ML/管）平衡3次，每次3,000rpm離心5min,3）將預處理過的10仙lproteinA瓊脂糖珠加入到細胞裂解液中4°C緩慢搖晃孵育1h,進行預沉淀。4）3000rpm離心后收集上清，將沉淀棄去，上清備用，5）加1Ng相應的抗體加入到4）的上清液中，4°C緩慢搖晃孵育1h（也可過夜），6）取10仙lproteinA/G瓊脂糖珠，用適量裂解緩沖液（一般1ML/管）平衡3次，每次3,000rpm離心5min,7）將預處理過的10履proteinA/G瓊脂糖珠加入到和抗體孵育過的細胞裂

11、解液中，4°C緩慢搖晃孵育2-4h,使抗體與proteinA/G瓊脂糖珠偶連，8）免疫沉淀反應后，在4°C以3,000rpm速度離心5min,將瓊脂糖珠離心至管底。將上消小心吸去，瓊脂糖珠用1ml裂解緩沖液洗34次。最后加入15仙l-30膜的1XSDS上樣緩沖液，沸水煮10分鐘,9）SDS-PAGE,Westernblotting質譜儀分析。（3）注意的問題1）細胞裂解采用溫和的裂解條件，不能破壞細胞內存在的所有蛋白質一蛋白質相互作用，多采用非離子變性劑（NP40或ThtonX-100）。每種細胞的裂解條件是不一樣的，通過經驗確定。一般如果相互作用很弱時可以考慮將鹽濃度盡量降低，同時可以考慮加入錢鏈劑。不能用高濃度的變性劑（0.2%SDS）,細胞裂解液中要加各種酶抑制劑，如商品化的cocktail。2）使用明確的抗體，可以將幾種抗體共同使用，抗體的用量參考抗體使用說明書。3）使用對照抗體：單克隆抗體：正常小鼠