1、精選優質文檔-傾情為你奉上伯杰氏細菌系統分類學手冊伯杰氏細菌系統分類學手冊伯杰氏細菌系統分類學手冊（“Bergrys Manual of Systematic Bacteriology”），第二版，2001 年春，Springer-Verlag 公司，Gerge M. Garrity, Mattew Winters和Nenise B. Searles    第二版五卷本與第一版相比又有較大改動，與第八、第九版伯杰氏細菌鑒定學手冊也有明顯區別。它不是根據表型，而是以系統發生（進化）的框架為基礎。參照了16S rDNA的序列。編輯們預計在手冊第一卷到最后一卷出版的5、

2、6年間，可能會再發現100多個新屬。他們會不斷修訂錯誤，在后繼出版的各卷中，出一個新的分類大綱。伯杰氏手冊公司的網站（）也會定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。                                 

3、60;                   古生菌域 （Domain “Archaea”）1. 第AI門 泉古生菌門(Crenarchaeota phy. nov.)第I綱 熱變形菌綱(Thermoprotei class. nov.)第I目 熱變形菌目(Thermoproteales)第I科 熱變形菌科(Thermoproteaceae)第I屬 熱變形菌屬(Thermoproteus)第II屬 熱桿菌屬(Caldi

4、virga)第III屬 熱棒菌屬(Pyrobaculum)第IV屬 熱枝菌屬(Thermocladium)第II科 熱絲菌科(Thermofilaceae)第I屬 熱絲菌屬(Thermofilum)第II目 硫還原古球菌目(Desulfurococcales ord. nov.)第I科 硫還原古球菌科(Desulfurococcaceae)第I屬 硫還原古球菌屬(Desulfurococcus)第II屬 (Acidolobus)第III屬 氣熱菌屬(Aeropyrum)第IV屬 漿果狀火球菌屬(Ignicoccus)第V屬 葡萄嗜熱菌屬(Staphylothermus)第VI屬 斯梯特氏菌屬(

5、Stetteria)第VII屬 恐硫球菌屬(Sulfophobococcus)第VIII屬 熱盤菌屬(Thermodiscus gen. nov.)第IX屬 耐熱球菌屬(Thermosphaera)第II科 熱網菌科(Pyrodictiaceae)第I屬 熱網菌屬(Pyrodictium)第II屬 棲高溫菌屬(Hyperthermus)第III屬 熱葉菌屬(Pyrolobus)第III目 硫化葉菌目(Sulfolobales)第I科 硫化葉菌科(Sulfolobaceae)第I屬 硫化葉菌屬(Sulfolobus)第II屬 酸菌屬(Acidianus)第III屬 生金球菌屬(Metallosp

6、haera)第IV屬 棲冥河菌屬(Stygiolobus)第V屬 硫代謝球菌屬(Sulfurisphaera)第VI屬 硫化球菌屬(Sulfurococcus) 2.第AII門 廣古生菌門(Euryarchaeota phy. nov.)第I綱 甲烷桿菌綱(Methanobacteria class. nov.)第I目 甲烷桿菌目(Methanobacteriales)第I科 甲烷桿菌科(Methanobacteriaceae)第I屬 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)第II屬 甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)第III屬 甲烷球形菌屬(Methanos

7、phaera)第IV屬 甲烷嗜熱桿菌屬(Methanothermobacter)第II科 甲烷嗜熱菌科(Methanothermaceae)第I屬 甲烷嗜熱菌屬(Methanothermus)第II綱 甲烷球菌綱(Methanococci class. nov.)第I目 甲烷球菌目(Methanococcales)第I科 甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I屬 甲烷球菌屬(Methanococcus)第II屬 甲烷嗜熱球菌屬(Methanothermococcus gen. nov.)第II科 甲烷熱球菌科(Methanocaldococcaceae fam. nov.)第I屬

8、甲烷熱球菌屬(Methanocaldococcus gen. nov.)第II屬 甲烷干熱菌屬(Methanotorris gen. nov.)第II目 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I屬 甲烷微菌屬(Methanomicrobium)第II屬 甲烷袋狀菌屬(Methanoculleus)第III屬 產甲烷袋菌屬(Methanofollis)第IV屬 產甲烷菌屬(Methanogenium)第V屬 葉形甲烷菌屬(Methanolacinia)第VI屬 甲烷盤菌屬(Methanoplanus)第II科 甲烷粒菌科(

9、Methanocorpusculaceae)第I屬 甲烷粒菌屬(Methanocorpusculum)第III科 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae fam. nov.)第I屬 甲烷螺菌屬(Methanospirillum)未定屬第I屬 產甲烷石狀菌屬(Methanocalculus)第III目 甲烷八疊球菌目(Methanosarcinales)第I科 甲烷八疊球菌科(Methanosarcinaceae)第I屬 甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)第II屬 甲烷擬球菌屬(Methanococcoides)第III屬 甲烷喜鹽菌屬(Methanohalobium)第

10、IV屬 甲烷嗜鹽菌屬(Methanohalophilus)第V屬 甲烷葉菌屬(Methanolobus)第VI屬 甲烷微球菌屬(Methanomicrococcus)第VII屬 甲烷鹽菌屬(Methanosalsum gen.nov.)第II科 鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceae fam.nov.)第I屬 鬃毛甲烷菌科屬(Methanosaeta)第III綱 鹽桿菌綱(Halobacteria class. nov.)第I目 鹽桿菌目(Halobacteriales)第I科 鹽桿菌科(Halobacteriaceae)第I屬 鹽桿菌屬(Halobacterium)第II屬 鹽盒菌屬

11、(Haloarcula)第III屬 鹽棒桿菌屬(Halobaculum)第IV屬 鹽球菌屬(Halococcus)第V屬 富鹽菌屬(Haloferax)第VI屬 鹽幾何形菌屬(Halogeometricum)第VII屬 鹽桿狀菌屬(Halorhabdus)第VIII屬 鹽紅菌屬(Halorubrum)第IX屬 鹽棲菌屬(Haloterrigena)第X屬 無色嗜鹽菌屬(Natrialba)第XI屬 鈉線菌屬(Natrinema)第XII屬 嗜鹽堿桿菌屬（Natronobacterium）第XIII屬 嗜鹽堿球菌屬(Natronococcus)第XIV屬 嗜鹽堿單胞菌屬(Natronomonas

12、)第XV屬 堿紅菌屬(Natronorubrum) 第IV綱 熱原體綱(Thermoplasmata class. nov.)第I目 熱原體目(Thermoplasmatales ord. nov.)第I科 熱原體科(Thermoplasmataceae fam. nov.)第I屬 熱原體屬(Thermoplasma)第II科 嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I屬 嗜酸古菌屬(Picrophilus)第III科 鐵原體科(Ferroplasmataceae)第I屬 鐵原體屬(Ferroplasma) 第V綱 熱球菌綱(Thermococci class. nov

13、.)第I目 熱球菌目(Thermococcales)第I科 熱球菌科(Thermococcaceae)第I屬 嗜熱球菌屬(Thermococcus)第II屬古老球菌屬(Palaeococcus)第III屬 熱球菌屬(Pyrococcus) 第VI綱 古生球菌綱(Archaeoglobi class. nov.)第I目 古生球菌目(Archaeoglobales ord. nov.)第I科 古生球菌科(Archaeoglobaceae fam. nov.)第I屬 古生球菌屬(Archaeoglobus)第II屬 鐵球菌屬(Ferroglobus) 第VII綱 甲烷嗜高熱菌綱(

14、Methanopyri class. nov.)第I目 甲烷嗜高熱菌目(Methanopyrales ord. nov.)第I科 甲烷嗜高熱菌科(Methanopyraceae fam. nov.)第I屬 甲烷嗜高熱菌屬(Methanopyrus) 3.細菌域“Bacteria”第BI門 產液菌門(Aquificae phy. nov.)第I綱 產液菌綱(Aquificae class. nov.)第I目 產液菌目(Aquificales ord. nov.)第I科 產液菌科 (Aquificaceae fam. nov.)第I屬 產液菌屬(Aquifex)第II屬 熱桿菌屬(Cal

15、derobacterium)第III屬 氫桿菌屬(Hydrogenobacter)第IV屬 熱發狀菌屬(Thermocrinis)未定屬第I屬 脫硫桿狀菌屬(Desulfurobacterium) 4.第BII門 棲熱袍菌門(Thermotogae phy. nov.)第I綱 棲熱袍菌綱(Thermotogae class. nov.)第I目 棲熱袍菌目(Thermotogales ord. nov.)第I科 棲熱袍菌科(Thermotogaceae fam. nov.)第I屬 棲熱袍菌屬(Thermotoga)第II屬 閃爍桿菌屬(Fervidobacterium)第III屬 地袍

16、菌屬(Geotoga)第IV屬 石袍菌屬(Petrotoga)第V屬 棲熱腔菌屬(Thermosipho) 5.第BIII門 熱脫硫桿菌門(Thermodesulfobacteria phy. nov.)第I綱 熱脫硫桿菌綱(Thermodesulfobacteria class. nov.)第I目 熱脫硫桿菌目(Thermodesulfobacteriales ord. nov.)第I科 熱脫硫桿菌科(Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.)第I屬 熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium) 6.第BIV門 異常球菌棲熱菌

17、門(Deinococcus-Thermus)第I綱 異常球菌綱(Deinococci class. nov.)第I目 異常球菌目(Deinococcales)第I科 異常球菌科(Deinococcaceae)第I屬 異常球菌屬(Deinococcus)第II目 棲熱菌目(Thermales ord. nov.)第I科 棲熱菌科(Thermaceae fam. nov.)第I屬 棲熱菌屬(Thermus)第II屬 稍熱菌屬(Meiothermus) 7.第BV門 金礦菌門(Chrysiogenetes phy. nov.)第I綱 金礦菌綱(Chrysiogenetes class. n

18、ov.)第I目 金礦菌目(Chrysiogenales ord. nov.)第I科 金礦菌科(Chrysiogenaceae fam. nov.)第I屬 金礦菌屬(Chrysiogenes) 8.第BVI門 綠屈撓菌門(Chloroflexi phy. nov.)第I綱 綠屈撓菌綱(Chloroflexi)第I目 綠屈撓菌目(Chloroflexales)第I科 綠屈撓菌科 (Chloroflexaceae)第I屬 綠屈撓菌屬（Chloroflexus）第II屬 綠絲菌屬(Chloronema)第III屬 螺絲菌屬(Heliothrix)第II科 顫綠細菌科 (Oscillochlo

19、ridaceae)第I屬 綠顫細菌屬(Oscillochloris)第II目 滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科 滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I屬 滑柱菌屬(Herpetosiphon) 第BVII門 熱微菌門(Thermomicrobia phy. nov.)第I綱 熱微菌綱(Thermomicrobia class. nov.)第I目 熱微菌目(Thermomicrobiales ord. nov.)第I科 熱微菌科(Thermomicrobiaceae fam. nov.)第I屬 熱微菌屬(Thermomicrobium) 第B

20、VIII門 硝化螺菌門(Nitrospira phy. nov.)第I綱 硝化螺菌綱(Nitrospira)第I目 硝化螺菌目(Nitrospirales)第I科 硝化螺菌科(Nitrospiraceae)第I屬 硝化螺菌屬(Nitrospira)第II屬 鉤端螺菌屬(Leptospirillum)第III屬 磁細菌屬(Magnetobacterium)第IV屬 熱脫硫弧菌屬(Thermodesulfovibrio) 第BIX門 鐵還原桿菌門(Deferribacteres phy. nov.)第I綱 鐵還原桿菌綱(Deferribacteres class. nov.)第I目 鐵還

21、原桿菌目(Deferribacterales ord. nov.)第I科 鐵還原桿菌科(Deferribacteraceae fam. nov.)第I屬 鐵還原桿菌屬(Deferribacter)第II屬 氮還原弧菌屬(Denitrovibrio)第III屬 彎枝菌屬(“Flexistipes”)第IV屬 地弧菌屬(Geovibrio)未定屬第I屬 互養菌屬(Synergistes)第BX門 藍細菌門(Cyanobacteria)第I綱 藍細菌(Cyanobacteria)第I亞組        第I科第 I形態屬 管孢藍細

22、菌屬(Chamaesiphon)第 II形態屬 色球藍細菌屬(Chroococcus)第 III形態屬 藍細菌屬(Cyanobacterium)第IV形態屬 藍菌屬(Cyanobium)第 V形態屬 藍絲菌屬(Cyanothece)第VI屬 藍菌屬(Dactylococcopsis)第VII形態屬 粘桿菌屬(Gloeobacter)第 VIII形態屬 粘球藍細菌屬(Gloeocapsa)第 IX形態屬 粘桿藍細菌屬(Gloeothece)第 X形態屬 微囊藍胞菌屬(Microcystis)第 XI形態屬 原綠球菌屬(Prochlorococcus)第 XII形態屬 原綠藍細菌屬(Prochlo

23、ron)第 XIII形態屬 聚球藍細菌屬(Synechococcus)第XIV形態屬 集胞藍細菌屬(Synechocystis)第II亞組第I科第I形態屬 藍囊胞菌屬(Cyanocystis)第II形態屬 小皮果藍細菌屬(Dermocarpella)第III形態屬 斯塔尼爾氏菌屬(Stanieria)第IV形態屬 異球藍細菌屬(Xenococcus)第II科第I形態屬 擬色球藍細菌屬(Chroococcidiopsis)第II形態屬 粘八疊球菌屬(Myxosarcina)第III形態屬 寬球藍細菌屬(Pleurocapsa)第III亞組     

24、0;    第一科第I形態屬 節螺藍細菌屬(Arthrospira)第II形態屬 博氏藍細菌屬(Borzia)第III形態屬 發毛針藍細菌屬(Crinalium)第IV形態屬 吉特勒氏線狀藍細菌屬(Geitlerinema)第V屬 鹽螺旋藻屬(Halospirulina)第VI形態屬 纖發鞘絲藍細菌屬(Leptolyngbya)第VII形態屬 湖絲藍細菌屬(Limnothrix)第VIII形態屬 鞘絲藍細菌屬(Lyngbya)第IX形態屬 微鞘藍細菌屬(Microcoleus)第X形態屬 顫藍細菌屬(Oscillatoria)第XI形態屬 浮霉絲狀藍細菌屬(Planktot

25、hrix)第XII形態屬 原綠絲藍細菌屬(Prochlorothrix)第XIII形態屬 假魚腥藍細菌屬(Pseudanabaena)第XIV形態屬 螺旋藍細菌屬(Spirulina)第XV形態屬 斯塔爾氏藍細菌屬(Starria)第XVI形態屬 束藍細菌屬(Symploca)第XVII形態屬 束毛藍細菌屬(Trichodesmium)第XVIII形態屬 灰線藍細菌屬(Tychonema)第IV亞組第I科第I形態屬 魚腥藍細菌屬(Anabaena)第II形態屬 項圈藍細菌屬(Anabaenopsis)第III形態屬 藍束絲藍細菌屬(Aphanizomenon)第IV形態屬 藍螺菌屬(Cyano

26、spira)第V形態屬 擬筒孢藍細菌屬(Cylindrospermopsis)第VI形態屬 筒孢藍細菌屬(Cylindrospermum)第VII形態屬 節球藍細菌屬(Nodularia)第VIII形態屬 念珠藍細菌屬(Nostoc)第IX形態屬 偽枝藍細菌屬(Scytonema)第II科第I形態屬 眉藍細菌屬(Calothrix)第II形態屬 膠須藍細菌屬(Rivularia)第III形態屬 單歧藍細菌屬(Tolypothrix)第V亞組第I科第I形態屬 擬綠膠藍細菌屬(Chlorogloeopsis)第II形態屬 飛氏藍細菌屬(Fischerella)第III形態屬 吉特勒氏藍細菌屬(Ge

27、itleria)第IV形態屬 (Iyengariella)第V形態屬 擬念珠藍細菌屬(Nostochopsis)第VI形態屬 真枝藍細菌屬(Stigonema) 第BXI門 綠菌門(Chlorobi phy. nov.)第I綱 “綠菌綱”(“Chlorobia”)第I目 綠菌目(Chlorobiales)第I科 綠菌科(Chlorobiaceae)第I屬 綠菌屬(Chlorobium)第II屬 綠臂菌屬(Ancalochloris)第III屬 綠滑菌屬(Chloroherpeton)第IV屬 暗網菌屬(Pelodictyon)第V屬 突柄綠菌屬(Prosthecochloris)&#

28、160;第BXII門 變形桿菌門(Proteobacteria phy. nov.)第I綱 “阿耳法變形桿菌綱”(“Alphaproteobacteria”)第I目 紅螺菌目(Rhodospirillales)第I科 紅螺菌科 (Rhodospirillaceae)第I屬 紅螺菌屬(Rhodospirillum)第II屬 固氮螺菌屬(Azospirillum)第III屬 磁螺菌屬(Magnetospirillum)第IV屬 棕色螺菌屬(Phaeospirillum)第V屬 紅簍菌屬(Rhodocista)第VII屬 紅螺旋菌屬(Rhodospira)第VII屬 海玫瑰菌屬(Rhodothala

29、ssium)第VIII屬 玫瑰弧菌屬(Rhodovibrio)第IX屬 薔薇螺菌屬(Roseospira)第X屬 斯科曼氏球菌屬(Skermanella)第II科 醋桿菌科(Acetobacteraceae)第I屬 醋桿菌屬(Acetobacter)第II屬 嗜酸菌屬(Acidiphilium)第III屬 酸球形菌屬(Acidisphaera)第IV屬 酸胞菌屬(Acidocella)第V屬 酸單胞菌屬(Acidomonas)第VI屬 (Asaia)第VII屬 脆弱球菌屬(Craurococcus)第VIII屬 葡糖酸醋桿菌屬(Gluconacetobacter)第IX屬 葡糖桿菌屬(Gluc

30、onobacter)第X屬 副脆弱球菌屬(Paracraurococcus)第XI屬 紅球形菌屬(Rhodopila)第XII屬 玫瑰球菌屬(Roseococcus)第XIII屬 星狀菌屬(Stella)第XIV屬 扎瓦爾金氏菌屬(Zavarzinia)第II目 立克次氏體目(Rickettsiales)第I科 立克次氏體科(Rickettsiaceae)第I屬 立克次氏體屬(Rickettsia)第II屬 東方體屬(Orientia)第III屬 沃爾巴克氏體屬(Wolbachia)第II科 埃里希氏體科(Ehrlichiaceae)第I屬 埃里希氏體屬(Ehrlichia)第II屬 埃及小體

31、屬(Aegyptianella)第III屬 無形小體屬(Anaplasma)第IV屬 考德里氏體屬(Cowdria)第V屬 新立克次氏體屬(Neorickettsia)第VI屬 (Xenohaliotis)第III科 “全孢螺菌科”(“Holosporaceae”)第I屬 全孢螺菌屬(Holospora)第II屬 殺手桿菌屑(Caedibacter)第III屬 溶菌屬(Lyticum)第IV屬 多核桿菌屬(Polynucleobacter)第V屬 類殺手桿菌屬(Pseudocaedibacter)第VI屬 共生小體屬(Symbiotes)第VII屬 罩桿菌屬(Tectibacter)第VIII

32、屬 (Odyssella)第III目 紅桿菌目(Rhodobacterales)第I科 紅桿菌科(Rhodobacteraceae)第I屬 紅桿菌屬(Rhodobacter)第II屬 阿赫蘭氏菌屬(Ahrensia)第III屬 下水道球菌屬(Amaricoccus)第IV屬 南極桿菌屬(Antarctobacter)第V屬 芽殖桿菌屬(Gemmobacte r)第VI屬 海氏菌屬(Hirschia)第VII屬 生絲單胞菌屬(Hyphomonas)第VIII屬 海洋桿狀菌屬(Maricaulis)第IX屬 甲基盒菌屬(Methylarcula)第X屬 十八桿菌屬(Octadecabacter)第

33、XI屬 副球菌屬(Paracoccus)第XII屬 小紅卵菌屬(Rhodovulum)第XIII屬 玫瑰菌屬(Roseibium)第XIV屬 (Roseinatronobacter)第XV屬 粉紅活動菌屬(Roseivivax)第XVI屬 玫瑰桿菌屬(Roseobacter)第XVII屬 玫瑰變色菌屬(Roseovarius)第XVIII屬 紅色單胞菌屬(Rubrimonas)第XIX屬 魯杰氏菌屬(Ruegeria)第XX屬 箭頭菌屬(Sagittula)第XXI屬 斯塔雷氏菌屬(Staleya)第XXII屬 斯塔普氏菌屬(Stappia)第XXIII屬 亞硫酸鹽桿菌屬（Sulfitobac

34、ter）第IV目 鞘氨醇單胞菌目(“Sphingomonadales”)第I科 鞘氨醇單胞菌科(“Sphingomonadaceae”)第I屬 鞘氨醇單胞菌屬（Sphingomonas）第II屬 芽單泡菌屬(Blastomonas)第III屬 赤細菌屬(Erythrobacter)第IV屬 赤微菌屬(Erythromicrobium)第V屬 紅單胞菌屬(Erythromonas)第VI屬 產卟啉桿菌屬(Porphyrobacter)第VII囑 根單胞菌屬(Rhizomonas)第VIII屬 橙色桿菌屬（Sandaracinobacter）第IX屬 發酵單咆菌屬(Zymomonas)第V目 柄桿

35、菌目(Caulobacterales)第I科 柄桿菌科(Caulobacteraceae)第I屬 柄桿菌屬(Caulobacter)第II屬 不粘柄菌屬(Asticcacaulis)第III屬 短波單胞菌屬(Brevundimonas)第IV屬 苯基桿菌屬(Phenylobacterium)第VI目 “根瘤菌目”(“Rhizobiales”)第I科 根瘤菌科(Rhizobiaceae)第I屬 根瘤菌屬(Rhizobium)第II屬 土壤桿菌屬(Agrobacterium)第III屬 嗜碳菌屬(Carbophilus)第IV屬 螯合桿菌屬(Chelatobacter)第V屬 劍菌屬(Ensife

36、r)第VI屬 中華根瘤菌屬(Sinorhizobium)第II科 巴爾通氏體科(Bartonellaceae)第I屬 巴爾通氏體屬(Bartonella)第III科 市魯氏菌科(Brucellaceae)第I屬 布魯氏菌屬(Brucella)第II屬 枝面菌屬(Mycoplana)第III屬 蒼白桿菌屬(Ochrobactrum)第IV科 “葉瘤桿菌科”(“Phyllobacteriaceae”)第I屬 葉瘤桿菌屬(Phyllobacterium)第 II屬 異根瘤菌屬(Allorhizobium)第III屬 氨基桿菌屬(Aminobacter)第IV屬 污水菌屬(Aquamicrobium)

37、第V屬 廢水桿菌屬(Defluvibacter)第VI屬 中間根瘤菌屬(Mesorhizobium)第VII屬 假氨基酸桿菌屬(Pseudaminobacter)第V科 “甲基孢囊菌科”(“Methylocystaceae”)第I屬 甲基孢囊菌屬(Methylocystis)第II屬 甲基球形菌屬(Methylopila)第III屬 甲基彎曲菌屬(Methylosinus)第VI科 “拜葉林克氏菌科”(“Beijerinckiaceae”)第I屬 拜葉林克氏菌屬(Beijerinckia)第II屬 螯臺球菌屬(Chelatococcus)第III屬 德克斯氏菌屬(Derxia)第IV屬 （Me

38、thylocella）第VII科 “慢生根瘤菌科”(“Bradyrhizobiaceae”)第I屬 慢生根瘤菌屬(Bradyrhizobium)第II屬 阿菲波菌屬(Afipia)第III屬 土壤單胞菌屬(Agromonas)第IV屬 芽生桿菌屬(Blastobacter)第V屬 包西氏菌屬(Bosea)第VI屬 硝化桿菌屬(Nitrobacter)第VII屬 寡養菌屬(Oligotropha)第VIII屬 紅假單胞菌屬(Rhodopseudomonas)第VIII科 生絲微菌科(Hyphomicrobiaceae)第I屬 生絲微菌屬(Hyphomicrobium)第II屬 臂微菌屬(Anca

39、lomicrobium)第III屬 屈曲桿菌屬(Ancylobacter)第IV屬 角微菌屬(Angulomicrobium)第V屬 水桿菌屬(Aquabacter)第VI屬 固氮根瘤菌屬(Azorhizobium)第VII屬 綠芽菌屬(Blastochloris)第VIII屬 戴沃斯菌屬(Devosia)第IX屬 雙歧微菌屬(Dichotomicrobium)第X屬 線狀微球菌屬(Filomicrobium)第XI屬 芽殖菌屬(Gemmiger)第XII屬 雙頭菌屬(Labrys)第XIII屬 耗甲基桿菌屬(Methylorhabdus)第XIV屬 土微菌屬(Pedomicrobium)第X

40、V屬 突柄微菌屬(Prosthecomicrobium)碧XVI屬 紅微菌屬(Rhodomicrobium)第XVII屬 紅游動菌屬(Rhodoplanes)第XVIII屬 塞里伯氏菌屬(Seliberia) 第 XIX屬 (Starkeya)第XX屬 黃色桿菌屬(Xanthobacter)第IX科 “甲基桿菌科”(“Methylobacteriaceae”)第I屬 甲基桿菌屬(Methylobacterium)第II屬 甲基桿菌屬(Protomonas)第III屬 玫瑰單胞菌屬(Roseomonas)第X科 “紅菌科”(“Rhodobiaceae”)第I屬 紅菌屬(Rhodobium)

41、60;第II綱 “貝塔變形桿菌綱”(“Betaproteobacteria”)第I目 “伯克霍爾德氏菌目”(“Burkholderiales”)第I科 “伯克霍爾德氏菌科”(“Burkholderiaceae”)第I屬 伯克霍爾德氏菌屬(Burkholderia)第II屬 貪銅菌屬(Cupriavidus)第III屬 勞特羅普氏菌屬(Lautropia)第IV屬 (Pandoraea)第V屬 熱絲菌屬(Thermothrix)第II科 “羅爾斯通氏菌科”(“Ralstoniaceae”)第I屬 羅爾斯通氏菌屬(Ralstonia)第III科 “草酸桿菌科”(“Oxalobacteraceae”

42、)第I屬 草酸桿菌屬(Oxalobacter)第II屬 杜搟氏菌屬(Duganella)第III屬 草螺菌屬(Herbaspirillum)第IV屬 紫色桿菌屬(Janthinobacterium)第V屬 (Massilia)第VI屬 地神菌屬(Telluria)第IV科 產堿桿菌科(Alcaligenaceae)第I屬 產堿桿菌屬(Alcaligenes)第II屬 無色桿菌屬(Achromobacter)第III屬 鮑特氏菌屬(Bordetella)第IV屬 居鴿菌屬(Pelistega)第V屬 薩特氏菌屬(Sutterella)第VI屬 泰勒氏菌屬(Taylorella)第V科 叢毛單胞菌

43、科(Comamonadaceae)第I屬 叢毛單胞菌屬(Comamonas)第II屬 食酸菌屬(Acidovorax)第III屬 水桿菌屬(Aquabacterium)第IV屬 短單胞菌屬(Brachymonas)第V屬 戴爾福特菌屬(Delftia)第VI屬 氫噬胞菌屬(Hydrogenophaga)第VII屬 艾德昂菌屬(Ideonella)第VIII屬 纖發菌屬(Leptothrix)第IX屬 極胞菌屬(Polaromonas)第X屬 紅育菌屬(Rhodoferax)第XI屬 玫瑰色半光合菌屬(Roseateles)第XII屬 紅長命菌屬(Rubrivivax)第XIII屬 球衣菌屬(S

44、phaerotilus)第XIV屬 (Tepidimonas)第XV屬 硫單胞菌屬(Thiomonas)第XVI屬 貪噬菌屬(Variovorax)第II目“嗜氫菌目”(“Hydrogenophilales”)第I科“嗜氫菌科”(“Hydrogenophilaceae”)第I屬 嗜氫菌屬(Hydrogenophilus)第II屬 硫桿菌屬(Thiobacillus)第III目 “嗜甲基菌目”(“Methylophilales”)第I科 “嗜甲基菌科”(“Methylophilaceae”)第I屬 嗜甲基菌屬(Methylophilus)第II屬 甲基小桿菌屬(Methylobacillus)第

45、III屬 食甲基菌屬(Methylovorus)第IV目 奈瑟氏球菌目(“Neisseriales”)第I科 奈瑟氏球菌科(Neisseriaceae)第I屬 奈瑟氏球菌屬(Neisseria)第II屬 小鏈菌屬(Alysiella)第III屬 水螺菌屬(Aquaspirillum)第IV屬 鏈狀球菌屬(Catenococcus)第V屬 色桿菌屬(Chromobacterium)第VI屬 艾肯氏菌屬(Eikenella)第VII屬 甲酸弧菌屬(Formivibrio)第VIII屬 紫色小桿菌屬(Iodobacter)第IX屬 金氏菌屬(Kingella)第X屬 微枝桿菌屬(Microvirgu

46、la)第XI屬 嗜脯氨酸菌屬(Prolinoborus)第XII屬 西蒙斯氏菌屬(Simonsiella)第XIlI屬 透明顫菌屬(Vitreoscilla)第XIV屬 福格斯氏菌屬(Vogesella)第V目 “亞硝化單胞菌目”(“Nitrosomonadales”)第I科 “亞硝化單胞菌科”(“Nitrosomonadaceae”)第I屬 亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)第II屬 亞硝化螺菌屬(Nitrosospira)第II科 螺菌科(Spirillaceae)第I屬 螺菌屬(Spirillum)第III科 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)第I屬 嘉利翁氏菌屬(G

47、allionella)第VI目 “紅環菌目”(“Rhodocyclales”)第I科 紅環菌科 (Rhodocyclaceae)第I屬 紅環菌屬(Rhodocyclus)第II屬 固氮弧菌屬(Azoarcus)第III屬 (Azonexus)第IV屬 固氮螺菌屬(Azospira)第V屬 固氮弧菌屬(Azovibrio)第VI屬 鐵桿菌屬(Ferribacterium)第VII屬 丙酸桿狀菌屬(Propionibacter)第VIII屬 丙酸弧菌屬(Propionivibrio)第IX屬 索氏菌屬(Thauera)第X屬 動膠菌屬(Zoogloea) 第III綱 “伽馬變形菌綱”(“

48、Gammaproteobacteria”)第I目 “著色菌目“(“Chromatiales”)第I科 著色菌科(Chromatiaceae)第I屬 著色菌屬(Chromatium)第II屬 異著色菌屬（Allochromatium）第III屬 可變桿菌屬(Amoebobacter)第IV屬 鹽著色菌屬(Halochromatium)第V屬 鹽硫桿菌屬(Halothiobacillus)第VI屬 等著色菌屬(Isochromatium)第VII屬 閃桿菌屬(Lamprobacter)第VIII屬 閃囊菌屬(Lamprocystis)第IX屬 海洋著色菌屬(Marichromatium)第X屬 亞

49、硝化球菌屬(Nitrosococcus)第XI屬 斐佛氏菌屬(Pfennigia)第XII屬 桿狀色菌屬(Rhabdochromatium)第XIII屬 熱著色菌屬(Thermochromatium)第XIV屬 硫堿球菌屬(Thioalkalicoccus)第XV屬 莢硫菌屬(Thiocapsa)第XVI屬 硫球菌屬(Thiococcus)第XVII屬 囊硫菌屬(Thiocystis)第XVIII屬 網硫菌屬(Thiodictyon)第XIX屬 第XX屬 鹽莢硫菌屬(Thiohalocapsa)第XXI屬 硫明卵菌屬(Thiolamprovum)第XXII屬 板硫菌屬(Thiopedia)第X

50、XIII屬 熱紅球菌屬(Thiorhodococcus)第XXIV屬 硫紅弧菌屬(Thiorhodovibrio)第XXV屬 硫螺旋菌屆(Thiospirillum)第II科 外硫紅螺菌科（Ectothiorhodospiraceae）第I屬 外硫紅螺菌屬(Ectothiorhodospira)第II屬 非紅單胞菌屬(Arhodomonas)第III屬 需鹽紅螺菌屬(Halorhodospira)第IV屬 硝化球菌屬(Nitrococcus)第V屬 硫紅螺菌屬(Thiorhodospira)第II目酸硫桿菌目 (Acidithiobacillales)   

51、60;     第I科酸硫桿狀菌科(Acidithiobacillaceae)                第I屬酸硫桿狀菌屬(Acidithiobacillus)          第II科熱硫桿狀菌科(Thermithiobacillaceae)         

52、       第I屬熱硫桿狀菌屬(Thermithiobacillus)第III目 “黃單胞菌目”(“Xanthomonadales”)第I科 “黃單胞菌科”(“Xanthomonadaceae”)第I屬 黃單胞菌屬(Xanthomonas)第II屬 弗拉特氏菌屬(Frateuria)第III屬藤黃單孢菌屬 (Luteimonas)第IV屬 溶桿菌屬(Lysobacter) 第V屬 涅瓦河菌屬(Nevskia)第VI屬 假黃單胞菌屬(Pseudoxanthomonas)第VII屬 羅思河小桿菌屬(Rhodanobacter)第VIII屬 寡養單

53、胞菌屬(Stenotrophomonas)第IX屬 木桿菌屬(Xylella)第IV目 “心桿菌目”(“Cardiobacteriales”)第I科 心桿菌科(Cardiobacteriaceae)第I屬 心桿菌屬(Cardiobacterium)第II屬 腐蹄桿菌屬(Dichelobacter)第III屬 薩頓氏菌屬(Suttonella)第V目 “硫發菌目”(“Thiotrichales”)第I科 “硫發菌科”(“Thiotrichaceae”)第I屬 硫發菌屬(Thiothrix)第II屬 無色菌屬(Achromatium)第III屬 貝日阿托氏菌屬(Beggiatoa)第IV屬 亮發菌

54、屬(Leucothrix)第V屬 大單胞菌屬(Macromonas)第VI屬 硫小桿菌屬(Thiobacterium)第VII屬 硫珍珠狀菌屬(Thiomargarita)第VIII屬 辮硫菌屬(Thioploca)第IX屬 硫螺菌屬(Thiospira)第II科 “魚立克次氏體科”(“Piscirickettsiaceae”)第I屬 魚立克次氏體屬(Piscirickettsia)第II屬 解環菌屬(Cycloclasticus)第III屬 氫弧菌屬(Hydrogenovibrio)第IV屬 噬甲基菌屬(Methylophaga)第V屬 硫微螺菌屬(Thiomicrospira)第III科

55、“弗朗西斯氏菌科”(“Francisellaceae”)第I屬 弗朗西斯氏菌屬(Francisella)第VI目 “軍團菌目”(“Legionellales”)第I科 軍團菌科(Legionellaceae)第I屬 軍團菌屬(Legionella)第II科 “考克斯氏體科”(“Coxiellaceae”)第I屬 考克斯氏體屬(Coxiella)第II屬 立克次氏小體屬(Rickettsiella)第VII目 甲基球菌目(Methylococcales)第I科 甲基球菌科(Methylococcaceae)第I屬 甲基球菌屬(Methylococcus)第II屬 甲基桿菌屬(Methylobac

56、ter)第III屬 喜熱噬甲基菌屬(Methylocaldum)第IV屬 甲基微菌屬(Methylomicrobium)第V屬 甲基單胞菌屬(Methylomonas)第VI屬 甲基球狀菌屬(Methylosphaera)第VIII目 “海洋螺菌目”(“Oceanospirillales”)第I科 “海洋螺菌科”(“Oceanospirillaceae”)第I屬 海洋螺菌屬(Oceanospirillum)第II屬 浴者菌屬(Balneatrix)第III屬 海床桿菌屬(Fundibacter)第IV屬 海單胞菌屬(Marinomonos)第V屬 海螺菌屬(Marinospirillum)第V

57、I屬 海神單胞菌屬(Neptunomonas)第II科 鹽單胞菌科(Halomonadaceae)第I屬 鹽單胞菌屬(Halomonas)第II屬 食烷菌屬(Alcanivorax)第III屬 肉胞菌屬(Carnimonas)第IV屬 色鹽桿菌屬(Chromohalobacter)第V屬 德萊氏菌屬(Deleya)第VI屬 發酵細菌屬(Zymobacter)第IX目 假單胞菌目(Pseudomonadales)第I科 假單胞菌科(Pseudomonadaceae)第I屬 假單胞菌屬(Pseudomonas)第II屬 氮單胞菌屬(Azomonas)第III屬 固氮菌屬(Azotobacter)第IV屬 纖維弧菌屬(Cellvibrio)第V屬 金色單胞菌屬(Chryseomonas)第VI屬 黃色單胞菌屬(Flaviomonas)第VII屬 俊片菌屬(Lampropedia)第VIII屬 中嗜桿菌屬(Mesophilobacter)第IX屬 桑葚狀球菌屬(Morococcus)第X屬 寡源桿菌