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最硬核的RNA甲基化修飾（m6A）位點預測網站——WHISTLE簡介人類表觀轉錄中有著豐富的RNA修飾，目前已經鑒定出超過150種RNA修飾。1974年，m6A第一次在poly-ARNA中檢測到，在過去的五十年間，已經證明了m6A的生物學意義，包括mRNA翻譯的調節，熱休克反應，DNA損傷反應，RNA-蛋白質相互作用和RNA穩定性調節等。因此，m6A位置的準確鑒定對于研究和理解RNA修飾在生物學中的下游效應是至關重要的。然而大多數現有表觀轉錄組數據庫，例如：MET-DB和RMBase，僅通過簡單的搜索RRACH模體（motif）進行預測，該方法不能區分隨機發生的RRACH模體和位于附近真實含m6A的模體，即位于m6A峰內的所有RRACH模體將被報告為m6A的一個位點，從而影響預測結果。自2015年以來，基于堿基分辨技術開發了大量RNA-甲基化位點預測方法和網絡服務器，包括iRNA-Methyl和pRNAm-PC；基于隨機森林機器學習框架開發的SRAMP(m6A在線預測網站——SRAMP)；還有許多其他的位點預測網站，例如:MethyRNA，RNAMethPre，RAM-NPPS，TargetM6A，AthMethPre，iRNA-PseColl，M6APred-EL，iMethyl-STTNC，iRNA-PseDNC等。這些預測完全基于序列信息，不考慮其他可能有用的基因組特征，例如保守性，轉錄物類型和基因注釋。那么，本期給大家介紹一個最硬核的RNA甲基化修飾（m6A）位點預測網站——WHISTLE。題目單位通訊作者孟佳畢業于西北工業大學航海學院并獲得測控技術與儀器專業工學學士學位，后赴美國德克薩斯大學圣安東尼奧分校獲得電子工程學碩士學位、博士學位并從事博士后研究工作。先后入選江蘇省雙創計劃，江蘇省六大人才高峰項目和蘇州市優秀教育工作者等高層次人才培養計劃和榮譽。雜志NucleicAcidsResearch（IF=10.162）構架優勢1.

WHISTLE基于數百個高通量測序的樣本構建，結合了多個基因組和常規序列的特征，在m6A位點預測的準確性方面取得了重大改進。在完整轉錄本和成熟mRNA模型下的平均AUC分別為：0.960和0.895，與現有技術的計算方法MethyRNA（AUC：0.830和0.772），SRAMP（AUC：0.835和0.794），MET-DB（AUC：0.8330.782和）和RMBase（AUC：0.8220.775）相比。2.

通過整合基因表達譜，RNA甲基化和PPI網絡，進一步注釋RNA甲基化位點的功能。步驟1.用谷歌瀏覽器打開WHISTLE，網址：/2.選擇“TakemetoWhis

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