AcinetobacterbaumaniiACICU

的系統發育分析與全基因組注釋Contents：123基于ACICU16srRNA基因的系統發育樹的構建基于ACICU全基因組的系統發育樹構建ACICU全基因組的基因注釋MEGA6.06CVTree3.0RAST2.0系統發育樹的介紹：

系統發育樹也稱系統進化樹(phylogenetictree),它是用類似樹狀分支的圖來表示各種(類)生物之間的親緣關系,通過對生物序列的研究來推測物種的進化歷史。主要是通過DNA序列,蛋白質序列,蛋白質結構等來構建系統發育樹,或者通過蛋白質結構比較包括剛體結構疊合和多結構特征比較等方法建立結構進化樹。系統發育樹的介紹：系統發育樹主要是它的拓撲結構和分支長度。根據拓撲結構的不同系統發育樹可以分為有根樹和無根樹。有根樹有一個根節點，代表所有其它節點的共同祖先，從根節點只有唯一路徑經進化到達其他任何節點；無根樹只表明了節點之間的關系，沒有進化方向，但是通過引入外群（outgroup）或外部參考物種可以在無根樹中指派根節點。

系統發育樹構建一般過程：序列比對提供一種衡量核酸或蛋白質序列之間相關性的度量方法。將兩條或多條序列寫成兩行或多行，使盡可能多的相同字符出現在同一列中，將不同序列中的每一位點進行逐一比對，構建一個打分矩陣來表示序列間的相似性或同源性。

評估的目的是對已經得出的系統發育樹的置信度進行評估，常用的方法是自舉檢驗法（bootstrap

methods）。

即將所有的序列組用某種算法生成多個新的進化樹。將生成的許多進化樹進行比較，把所有新的樹中相同拓撲結構最多的樹認為是最真實的樹，樹中分支位置的數值表示該種結構占所有樹中的百分比值，該值小于75通常都認為是置信度較低的分支。

.fasta格式系統發育樹的構建方法以及種類：系統發育樹基于離散特征的方法

基于距離的方法

最大簡約法（maximumparsimony）

最大似然法（maximumlikelihood）

貝葉斯法（Bayesian）

非加權組平均（UPGMA）

鄰接法（neighbor-joining）

16SrRNA是所有原核生物蛋白質合成必需的1種核糖體RNA，其具有以下特點：

1.多拷貝。每個細菌含5～1O個16SrRNA拷貝，這使得檢測敏感性較高。2.多信息。16SrRNA基因內部結構由可變區和保守區組成。保守區為所有細菌所共有，可變區在不同細菌之間存在不同程度的差異，具有屬或種的特異性，可變區與保守區交錯排列。3.長度適中。16SrRNA編碼基因長度1500bp，包含大約5O個功能域。

1.基于16srRNA基因的系統發育樹的構建

鄰接法（neighbor-joining）:Kidd&Sgaramelh-Zonta（1971）最早提出基于距離數據的系統發育樹重構算法，從所有可能的進化樹中選擇進化分支長度總和最小的那棵樹。距離法通常不能找到精確的最小進化樹，只能找到近似的最小進化樹，但是它的計算速度非常快，而且準確率較高，因此被廣泛應用于系統發育分析。

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AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR19677791000.005AcinetobacterbaumanniistrainATCC19606AcinetobacterbaumanniiNava-81AcinetobacterbaumanniiMDR-TJAcinetobacterbaumanniiACICUAcinetobactervenetianusstrainATCC31012AcinetobacterjuniistrainATCC17908AcinetobacteroleivoransDR1951007775利用MEGA6構建系統發育樹：最大簡約法（maximumparsimonymethod）最大簡約法首先是由Camin&Sokal（1965）提出來的，經過Hein（1990，1993）的研究發展使得用最大簡約法來建立進化樹得到極大的發展及應用。最大簡約法是基于奧卡姆剃刀原則（Occam‘srazor）而發展起來的一種進化樹重構的方法，即突變越少的進化關系就越有可能是物種