《生物信息學》課程教學大綱課程編號：0235212課程名稱：生物信息學總學時數：28學時實驗學時：0學時先修課及后續課：先修課有《普通生物學》、《生物化學》、《微生物學》、《細胞生物學》、《遺傳學》、《基因工程》、《分子生物學》。一、說明部分1、課程性質生物信息學是生物工程專業的選修課程，適宜于已有生物化學和分子生物學基礎的學2、教學目標及意義互交流醫學知識必不可少的現代工具和技術手段。3、教學內容及教學要求術方法，特別是分子生物學中常用的關鍵技術及常用軟件。4、教學重點、難點列的一般分析。源，開拓視野；培養對生物工程專業課程研究的興趣。5、教學方法與手段問題的能力。6、教材及主要參考書教材：《基礎生物信息學及應用》，清華大學出版社，蔣彥等編。參考書目：《生物信息學網絡資源與應用ft大學出版社，黃韌等編。《生物信息學手冊》第2版，上海科學技術出版社，郝柏林等編。《生物信息學方法與實踐》，科學出版社，張成崗、賀福初等編。《生物信息學概論》，北京大學出版社，羅靜初等譯。《Bioinformatics:sequenceandgenomeanalysis》影印本，科學出版社,DavidW.Mount.二、正文部分第一章緒論（2課時）教學要求：本章重點掌握生物信息學定義、生物信息學研究的基本內容，難點生物信息學的應用。第一節生物信息學的誕生和發展本節要求了解生物信息學的誕生和發展(考核概率10%)，掌握生物信息學定義(考核概率60%)。什么是生物信息學生物信息學的誕生和發展第二節生物信息學研究的基本內容、任務本節要求了解生物信息學的任務(考核概率10%)，理解生物信息學研究的基本內容(考核概率30%)。生物信息學研究的基本內容生物信息學的任務第三節生物信息學的應用和意義本節要求了解生物信息學的意義(考核概率10%)，理解生物信息學的應用(考核概率30%)。生物信息學的應用生物信息學的意義第二章主要生物信息學數據庫及數據庫查詢（6課時）教學要求：本章重點生物信息學門戶網站、常用的生物信息學數據庫及其查詢系統EntrezSRS，難點生物信息學數據庫查詢系統EntrezSRS第一節生物信息學門戶網站本節要求了解CBI(考核概率10%)，理解EBI(考核概率**%)，掌握NCBI(考核概率30%)第二節常用的生物信息學數據庫本節要求了解DDBJEMBLPIRGenBankSwiss-ProtTrEMBL、PDF60%)。核酸數據庫蛋白質數據庫第三節數據庫查詢Entrez查詢系統SRS60%)。數據庫查詢系統Entrez數據庫查詢系統SRS第四節序列提交本節要求了解序列提交(考核概率10%)第三章序列相似性搜索、多序列比對和進化樹分析（6課時）教學要求：本章重點序列相似性搜索，難點序列的BLAST分析、多序列比對、進化樹分析。第一節序列相似性搜索BLAST30%)，掌握相似性和同源性、序列的BLAST60%)。相似性和同源性序列相似性搜索的任務和目的序列的BLAST專門的BLAST第二節多序列比對本節要求了解序列比對程序GenedoClustalXlignX**%W30%)。序列比對程序Genedoc序列比對程序ClustalX序列比對程序ClustalW序列比對程序lignX第三節進化樹分析本節要求了解進化樹的構建方法和常用的進化樹分析軟件(考核概率10%)，理解進化樹的應用(考核概率30%)，掌握進化樹的概念(考核概率60%)。進化樹的概念進化樹的構建方法常用的進化樹分析軟件進化樹的應用第四章序列的一般分析（8課時）教學要求：本章重點核酸序列的一般分析、蛋白質序列的一般分析，難點核酸序列的一般分析、蛋白質序列的一般分析。第一節序列格式轉化本節要求理解序列格式轉換軟件(考核概率30%)，掌握常見序列格式(考核概率60%)。常見序列格式序列格式轉換軟件第二節核酸序列的一般分析10%ORFRNA30%30%)。ORF限制性內切酶分析引物設計RNA第三節蛋白質序列的一般分析本節要求了解蛋白質的亞細胞定位(考核概率10%)，理解膜蛋白的跨膜區預測、蛋白質序列的二級結構預測、蛋白質序列的三級結構預測(考核概率30%)，掌握氨基酸的理化性質分析(考核概率60%)。氨基酸的理化性質分析蛋白質的亞細胞定位膜蛋白的跨膜區預測蛋白質序列的二級結構預測蛋白質序列的三級結構預測第五章生物信息學在人類基因組研究計劃中的應用及蛋白質組信息學（4課時）教學要求：本章重點在人類基因組研究計劃中生物信息學主要研究內容、蛋白質組信息學，難點在人類基因組研究計劃中生物信息學主要研究內容、蛋白質組信息學。第一節生物信息學在人類基因組研究計劃中的應用本節要求了解生物信息學在人類基因組研究計劃中的發展趨勢、生物信息學的發展展望(考核概率10%)，理解當前主要研究內容(考核概率30%)。當前主要研究內容生物信息學在人類基因組研究計劃中的發展趨勢第二節蛋白質組信息學本節要求了解蛋白質組學簡介、蛋白質組信息學相關資源(考核概率10%)，理解蛋白質組分析的內容和方法(考核概率30%)，掌握蛋白質組信息學(考核概率60%)。蛋白質組學簡介蛋白質組信息學蛋白質組分析的內容和方法蛋白質組信息學相關資源第六章文獻檢索（2課時）教學要求：本章重點國內外有關生物信息學文獻的查找，難點國內外有關生物信息學文獻的查找