1、DNAMAN使用說明書     DNAMAN 是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強大，使用方便，已成為一種普遍使用的DNA 序列分析工具。本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 為例，簡單介紹其使用方法。打開DNAMAN，可以看到如下界面：第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：在瀏覽器欄下方的工作區左側，可見Channel 工具條，DNAMAN 提供20 個Channel，(如左所示：)點擊Channel 工具條上相應的數字，即可擊活相應的Channel。每個Channel 可以裝入

2、一個序列。將要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以節約存取序列時間，加快分析速度。此版本DNAMAN 提供自動載入功能，用戶只需激活某個Channel，然后打開一個序列文件，則打開的序列自動載入被激活的Channel 中。本文以具體使用DNAMAN 的過程為例來說明如何使用DNAMAN 分析序列。1將待分析序列裝入Channel（）通過File Open 命令打開待分析序列文件，則打開的序列自動裝入默認Channel。（初始為channel1）可以通過激活不同的channel (例如：channel5)來改變序列裝入的Channel。（）通過Sequence/Loa

3、d Sequence 菜單的子菜單打開文件或將選定的部分序列裝入Channel 。通過Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打開一個對話框，通過此對話框可以設定序列的性質（DNA 或蛋白質），名稱，要分析的片段等參數。2 以不同形式顯示序列通過Sequence/Display Sequence 命令打開對話框，如下圖所示：根據不同的需要，可以選擇顯示不同的序列轉換形式。對話框選項說明如下：Sequence &Composition 顯示序列和成分Reverse Complement Sequence 顯示待分析序列的反向互補序列

4、Reverse Sequence 顯示待分析序列的反向序列Complement Sequence 顯示待分析序列的互補序列Double Stranded Sequence 顯示待分析序列的雙鏈序列RNA Sequence 顯示待分析序列的對應RNA 序列3DNA 序列的限制性酶切位點分析將待分析的序列裝入Channel，點擊要分析的Channel，然后通過Restriction/Analysis 命令打開對話框，如下所示：參數說明如下：Results 分析結果顯示其中包括：Show summary（顯示概要） Show sites on sequence（在結果中顯示酶切位點）Draw res

5、triction map（顯示限制性酶切圖）Draw restriction pattern（顯示限制性酶切模式圖）Ignore enzymes with more than（忽略大于某設定值的酶切位點）Ignore enzymes with less than（忽略小于某設定值的酶切位點）Target DNA （目標DNA 特性）circular（環型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（選擇此項，在Sequence Channel 中的所有序列將被分析，如果選擇了Draw restriction p

6、attern，那么當所有的channel 中共有兩條DNA 時，則只能選擇兩個酶分析，如果共有三個以上DNA 時，則只能用一個酶分析。選擇所需的項目，然后按提示操作點擊按扭，出現下列對話框：參數說明如下：Enzyme代表（enzyme data file），點擊旁邊的下拉按鈕，出現兩個默認選項，restrict.enz 和dnamane.enz，如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 數據文件包含180 種限制酶，dnamane.enz 數據文件包含2524 種限制酶。選擇其中一個數據文件，相應的酶在左邊的顯示框中列出（按酶名稱字母表順序），鼠標雙擊酶

7、名稱，則對應的酶被選中，在右邊空白框中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標選擇多種酶（例如puc18 multiple cloning sites），然后點擊按鈕出現下列對話框：輸入要保存酶列表的文件名，點擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點。Cutter 酶切識別序列長度；End 酶切產生的末端，其中包括，Blunt（平頭末端），5Overhang（5突出粘性末端）,3Overhang(3突出粘性末端)，系統根據cutter 和end 的設定情況,在左邊酶列表中顯示符合條件的酶。最后，點擊按鈕執行操作。4DNA 序列比對分析（Dot Matrix Comparis

8、ion）要比較兩個序列，可以使用DNAMAN 提供的序列比對工具Dot Matrix Comparision（點矩陣比較）通過Sequense/Dot matrix comparision 命令打開比對界面，如下圖：點擊對比界面左上角的按鈕，出現下列對話框：參數說明如下：Sequence type 序列類型Sequence 1 參加比對的第一序列選擇框，框內選項說明如下：如果要比對的序列在Channel 中，點擊下拉箭頭，選擇相應的Channel，則被選中的Channel 中的序列作為參加比對的第一序列；也可以從文件夾中選擇參加比對的序列，在File 選擇框上點擊即可。通過Length 選擇參

9、加比對的序列片段。Sequence 2 參加比對的第二序列選擇框；選項說明同上Show Sequence 選擇此項，當同源性大于設定值時，將顯示同源性；（此功能未見）Annotations 是否顯示注釋Comparision 比對參數，其中Window 代表Window size（單位比對長度），Mismatch 代表Mismatch size（單位比對長度中許可的錯配值）要快速比對，需將此項設為0。Both stran 代表Both strand（雙鏈比對）選擇此項，是指用Sequence 2 中的序列的正鏈和負鏈分別和Sequence 1 比較。Sequence 2 正鏈與Sequence

10、 1 比較結果用黑色點表示，Sequence 2 負鏈比對結果用紅色點表示。Plot box 點陣圖表顯示參數，Position（起點坐標）Width（寬度值）Height（高度值）Frame size（邊框線粗度值）Dot size（點粗度值）Gridline（虛線框數）。參數設定好后，點擊按鈕執行操作。5序列同源性分析（1）兩序列同源性分析通過Sequence/Two Sequence Alignment 命令打開對話框，如下所示：參數說明如下：Alignment method 比對方法，通常可選Quick(快速比對)或Smith&Waterman(最佳比對)，當選擇快速比對時，設

11、置較小的k-tuple 值，可以提高精確度，當序列較長時，一般要設置較大的k-tuple 值。（dna序列：k-tuple 值可選范圍26；蛋白質序列：k-tuple 值可選范圍13。其它參數說明從略。（2）多序列同源性分析通過打開Sequence/Multiple Sequence Alignment 命令打開對話框，如下所示：參數說明如下：File 從文件中選擇參加比對的序列Folder 從文件夾中選擇參加比對的序列Channel 從channel 中選擇參加比對的序列Dbase 從數據庫中選擇參加比對的序列Remove 清除選擇的序列（鼠標點擊左邊顯示框中的序列名選擇）Clear 清除全

12、部序列點擊按鈕，出現方法選擇對話框：選擇其中一種方法，點擊按鈕，出現下列對話框：如果在前一對話框選擇的是Fast alignment,則在此對話框中選擇Quick alignment,否則選擇Dynamic alignment 即可。其它參數不必改變，點擊對話框中間的使其它參數取原始默認值。點擊按鈕，出現下列對話框：點擊對話框中間的，然后點擊執行操作。結果如下所示：點擊左上角按鈕，可以從彈出的對話框中選擇不同的結果顯示特性選項。點擊按鈕下的按鈕，出現下列選擇項：可以通過這些選項，繪制同源關系圖（例如Tree/homology tree 命令）。顯示蛋白質二級結構（ProteinSecondar

13、y Structure 命令），繪制限制性酶切圖（Restriction Analysis 命令）等。同源關系圖舉例如下：（Tree/Homology Tree 命令）6.PCR 引物設計首先，將目標DNA 片段裝入Channel,并激活Channel。點擊主菜單欄中的Primer 主菜單，出現下拉菜單，如下所示：點擊Design PCR Primers for DNA 命令，出現下列對話框：參數說明如下：Primer locations on target 引物定位其中包括下列選項：Product size（擴增目的片段大小）Sense primer (正向引物選擇區)Antisense p

14、rimer(反向引物選擇區)Primer 引物特性包括Length(引物長度)，Tm 值, GC 含量等參數；Reject primer 引物過濾（將符合引物過濾條件的引物過濾掉）包括下列選項：3dimer(可形成3端自我互補的堿基數)Hairpin stem(可形成發卡頸環結構的堿基數)PolyN(多聚堿基)3Uique(3端嚴格配對堿基數)Primer-Primer(含義未知)All matches(引物互補配對百分數)Consentrations 濃度設定Product for hybridyzat（ion） PCR 產物用于Southern Blot 探針雜交點擊按鈕，出現下列對話框：

15、.選擇需要的選項，點擊按鈕，出現：點擊按鈕，完成操作。7畫質粒模式圖我們常常要用到各種質粒圖，無論是制作幻燈片，還是發表文章，常常需要質粒圖。DNAMAN提供強大的繪質粒圖功能，能滿足我們的需要。通過Restriction/Draw map 命令打開質粒繪圖界面：將鼠標移動到圓圈上，等鼠標變形成“I”時，單擊鼠標左鍵，出現如下菜單：菜單說明如下：Position 當前位置Add Site 添加酶切位點Add Element 添加要素Add Text 添加文字Insert Fragment 插入片斷Copy Fragment 復制片斷Cut Fragment 剪切片斷Remove Fragment 清除片斷Frame Thickness 邊框線粗細調節點擊Add Site 選項，出現如下對話框：參數說明如下：Name 要添加的酶切位點的名稱(例如HindIII)Position 位置（以堿基數表示）點擊Add Element 選項，出現如下對話框：參數說明如下：Type 要素類型（共有三種類型，鼠標點擊即可切換）（c）olor/Pattern 填充色（共有16 種顏色供選擇）Name 要素名稱Start /End/Size 要素起點/終點/粗細度點擊Add Text 選項，出現如下對話框：輸入要添加的文字，點擊Font 按鈕設置字體和