生物專家12Ntsys2.1軟件使用具體說明為解決大家在學習中遇到的問題，我總結了一下具體的使用方法，具體結果如下：假設需要具體的文件可以在我的文庫下載:一.數據處理方法：excel5/95格式數據0/1數據，輸入excel中，格式如下圖：1表示數據格式為rectangulardatamatrix，1212行〔本例中表示12個個體30表示數據共30列〔本例中表示30個位點0表示無缺失數據〔1表示，缺失值可用-999或其它數字代替。格式及數據輸入正確后，點擊另存為excel5/95格式，命名為aflp01.xls。NTedit數據編輯器翻開所保存的文件file>openfileinagrid，在文件類型中選擇excel格式，找到要分析的文件并翻開，查看是否有錯誤，或需要修改的地方，沒有問題后，保存為.nts格式。：txt格式數據另一種數據處理方法，首先在excel中得到數據，如以下圖〔留意：第一行與第一種方法不同，1表示數據格式為rectangulardatamatrix；12B12行〔12個B表示Beginningofeachro30L表示共30列〔本例中表示30label表示列標簽，0表示無缺失。或者如以下圖格式〔112L30L0，解釋略；其次行為每行的行標簽；第三行為每列的列標簽；第四行起為數據主體：生物專家12格式及數據都處理好之后，點文件另存為，保存為文本文件.txt格式。txtntsys進展分析〔只要格式正確，ntsystxt文件進展分析，而不用再轉換或保存成.nts格式。：直接承受NTedit進展數據的輸入和保存對于數據量不大的數據，可以直接承受NTedit進展數據的輸入，如下圖：數據輸入好后，點擊file>savefile將數據保存.nts格式。二.計算遺傳距離矩陣或相像性矩陣〔distancematrixorsimilaritymatrix〕0/1數據和定性數據：翻開ntsys軟件，在similarity模塊中選擇simqual，inputfile中輸入要分析的文件名稱aflp01.ntcoefficient選擇dicoutput命名輸出文件名稱如aflp01-dice。之后點compute，得到相像性矩陣。注：1本例中由于個體是按行排列的，所以要在Byrows進展勾選〔x表選中個體是按列進展排列的，則不勾選。系數可依據要求選擇不同的系數，如DICE，J，SM，PHI等。DICE，J只能得到相像性矩陣，可以承受1-dice1-J系數得到距離矩陣。4.simqual0/DNA數據則承受simgend進展遺傳距離計算，對于定量數據或間隔數據則承受simint計算距離矩陣。三.聚類分析〔clustering〕SAHN進展upgma聚類分析clustering模塊中的SAHN，inputfile選擇相像性矩陣文件，如Aaflp01-dice.nts，outputfile命名輸出文件的名稱，如Baflp01-dice-upgma.ntupgmincaseofties選擇find或者warcompute得到結果，在程序左下角可以看到圖標，點擊即可得到聚類結果。生物專家12Upgma聚類結果如下圖，在該圖中可點擊options菜單對聚類圖的文字格式和線條樣式等進展修改，以得到滿足的圖片。Cophenetic相關性檢驗Upgma聚類分析之后，為了檢驗聚類結果的好壞，一般要進展copheneticcorrelation分析，操作如下：在clustering模塊中選擇Coph，如以下圖，inputtree中輸入聚類分析得到的結果文件如B aflp01-dice-upgma.nt在輸出文件中命名C aflp01-coph.nt點擊得到cophenetic值文件。計算完成后在graphics模塊中選擇MxComp，在inputfile1〔x〕中選擇相像性矩陣文件，如A aflp01-dice.nts，在inputfile2〔y〕中選擇coph計算得到的文件，如C aflp01-coph.nts，numberofpermutation可選擇1000次，或不選。點擊compute。matrixcomparisoncorrelationtest結果，如下面的兩個圖所示〔相關性系數為r=0.842，說明聚類結果較好。upgma聚類分析batch上述的分析步驟可以承受batch進展批處理分析，命令如下〔將下面的命令保存到文本*.ntb格式：“Computeadistancematrix*simqualo=aflp01.ntsr=dice.ntsc=diced=row“Doaclusteranalysisofthedistancematrix*sahno=dice.ntsr=tree.ntscm=upgma生物專家12“Displayphenogram*treeo=tree.nts“Computecopheneticvalues*copho=tree.ntsr=coph.nts“Computethecopheneticcorrelation*mxcompx=coph.ntsy=dice.ntsNJ聚類分析-Njoin得到距離矩陣：SimqualDICEJ相像性矩陣，但進展NJ聚類分析是，需要距離矩陣數據，可以承受1-相像性矩陣的方法得到距離矩陣〔承受exceltransf1-矩陣的操作，只有矩陣-1的操作，似乎也沒有負值變成正值的操作〕simgendsimintDIST、歐式或其它距離矩陣之后進展NJ分析；或者承受其它的分析軟件如Genalex軟件得到距離矩陣用于ntsys分析。ntsysclustering模塊，選擇Njoin命令，inputfile中輸入距離矩陣文件，命名保存的treegraph文件，incaseofties中選擇find，maximumno.tiedtrees中的數字不能小于OTUs的個數。點擊compute，即得到nj聚類樹。四. PCoA分析或PCA分析4.1PCoA分析在得到相像性或距離矩陣之后，在output&transf模塊中選擇Dcenter命令，input和output中分別輸入要分析的數據和結果文件的名稱。點擊compute進展分析，將數據進展Dcenter轉換。之后在ordination模塊中選擇eigen，選擇要分析的文件，如dcent.nts，numerofdimensions中選擇3或者2〔分別得到三維或二維圖形，命名eigenvactor和eigenvalue文件名稱，點擊compute，得到分析結果。分析完成后界面上會消滅圖標，點擊進去可查看二維和三維圖形，并可進展修改保存等操作。eigenvactorgraphicsmod3dpcoa分析生物專家12圖，inputfile中選擇保存的eigenvactor文件，plotbyrows不選，進展分析，如以下圖所示。mod3d分析時可以在plotsymbolinputfile〔1120L01；共1行，20列數據；0表無缺失，數據主體為1111111222222等，表示哪個個體定義的分組為12等等。plotplotoption中對各個分組顯示承受的圖標以及字體大小等參數進展修改，如下圖。固然plotsymbolinputfile也可以不輸入，即全部個體為同一分組。注：上述分析承受的是0/1或者定性數據，在承受數量或連續數據進展分析時，要先承受output&transf模塊中的standsimint命令分析得到相像或不相像矩陣，然后采樣Dcenter命令對數據進展中心化處理，之后在承受eigen命令進展分析。PCoA分析batch命令生物專家12五.相關性分析〔manteltest〕Manteltest可對兩個矩陣的相關關系進展檢驗，這是由于對于某一特點的爭論對象，會想了解不同描述間有沒有相關關系〔如遺傳距離與地理距離之間相關性，這時即可進展矩陣的相關性分析。具體操作如下：首先依據其它的軟件如AFLPdatGenalex等軟件依據地理位置計算地理距離矩陣〔例如X，翻開ntsys軟件，依據simint命令計算遺傳距離矩陣〔如Y，之后在graphics模塊下選擇MxComp，inputfile中選擇要比較的距離矩陣文件，進展分析。分析結果如以下圖所示：manteltest