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PubMed神技合輯內(nèi)容綱要一、PubMed及NCBI相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介二、PubMed數(shù)據(jù)范圍

三、PubMed主頁的結(jié)構(gòu)四、PubMed檢索方法以及檢索結(jié)果的處理五、PubMedCentralPubMed及相關(guān)數(shù)據(jù)庫介紹NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation,美國國立生物技術(shù)信息中心)NCBI是目前國際上幾個重要分子生物信息網(wǎng)站之一,其成立的原因是為已故的參議院議員ClaudePepper發(fā)現(xiàn)計算信息處理方法對生物醫(yī)學(xué)研究的重要性,因此,在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth(NIH)底下的NationalLibraryofMedicine(NLM)的部門之一。由于NLM具有建立與維護生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫經(jīng)驗,且因它是NIH的單位,因此可執(zhí)行計算分子生物計劃。NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學(xué)研究單位。NCBI成立的主要任務(wù)為:提供生物醫(yī)學(xué)的分析與計算工具,協(xié)助研究人員了解生物的語言--DNA在健康與疾病中所扮演的角色發(fā)展新技術(shù)協(xié)助了解調(diào)控健康與疾病的基本分子與遺傳過程,包括建立儲存與分析分子生物、生化與遺傳學(xué)知識的自動系統(tǒng);促進研究與醫(yī)學(xué)社群使用數(shù)據(jù)庫與軟件;協(xié)調(diào)生物技術(shù)信息的傳遞與管理;執(zhí)行以計算機為基礎(chǔ)的進階信息分析過程,用以分析生物重要分子的結(jié)構(gòu)與功能。NCBI的組織架構(gòu)NCBI主要分為三個部門,分別為:ComputationalBiologyBranch(CBB)、InformationEngineeringBranch(IEB)與InformationResourcesBranch(IRB),各部門分別具有不同的任務(wù)。NCBI的組織架構(gòu)ComputationalBiologyBranch(CBB)處理運算、數(shù)學(xué)及分子生物、生物與遺傳學(xué)理論問題的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究,包括基因體分析、序列比對、序列搜尋方法、巨分子結(jié)構(gòu)、動力學(xué)與交互作用、結(jié)構(gòu)/功能預(yù)測等。建立NIH實驗室、政府機構(gòu)、學(xué)術(shù)單位與產(chǎn)業(yè)界之生物學(xué)家、化學(xué)家、數(shù)學(xué)家與計算機科學(xué)家間的計算分子生物合作研究計劃。提供研究分子生物分析工具的咨詢與建議。與分子生物社群互動,利用計算與理論方法提高實驗研究質(zhì)量。NCBI的組織架構(gòu)InformationEngineeringBranch(IEB)進行數(shù)據(jù)表現(xiàn)與分析的應(yīng)用研究,包括在分子生物、遺傳學(xué)與生物化學(xué)的計算機儲存、管理與檢索系統(tǒng)。設(shè)計各種呈現(xiàn)分子生物信息的數(shù)據(jù)庫架構(gòu)與規(guī)格書,包括核酸、蛋白質(zhì)與結(jié)構(gòu)信息。設(shè)計與發(fā)展分布式軟件系統(tǒng),提供研究人員本機與遠程的計算服務(wù)。協(xié)調(diào)公開序列、遺傳、結(jié)構(gòu)、目錄信息,建立管理與整合數(shù)據(jù)庫或連結(jié)至外部數(shù)據(jù)庫。建立NIH內(nèi)部與外部學(xué)術(shù)單位的信息學(xué)合作研究計劃。提供軟件與數(shù)據(jù)庫設(shè)計咨詢與建議。發(fā)展與提倡數(shù)據(jù)庫、數(shù)據(jù)交換與生物命名的標(biāo)準(zhǔn)。NCBI的組織架構(gòu)InformationResourcesBranch(IRB)計劃、監(jiān)督與管理NCBI的計算機技術(shù)操作,包含用來研究、發(fā)展與存取公開數(shù)據(jù)庫的計算機系統(tǒng)。提供NCBI人員與外來使用者技術(shù)支持。提供NCBI服務(wù)之網(wǎng)絡(luò)操作指導(dǎo)。規(guī)劃使用NCBI資源的教育訓(xùn)練與研討會。計劃、發(fā)展與管理政府合約與合作協(xié)議書,已獲得支持NCBI信息功能的設(shè)備與服務(wù)。作為基因體計劃使用者與服務(wù)辦事處之聯(lián)絡(luò)人。執(zhí)行應(yīng)用研究與發(fā)展,提供技術(shù)支持與指導(dǎo),鑒定使用者需求;管理生物使用社群之問卷調(diào)查,以評估NCBI發(fā)展的軟件使用情形。協(xié)調(diào)政府其它辦事處與生物信息資源,促進NCBI數(shù)據(jù)儲存的發(fā)展。NCBI的組織架構(gòu)NCBI還有一個跨多學(xué)科的基礎(chǔ)研究群,組成人員包括計算機科學(xué)家、分子生物學(xué)家、數(shù)學(xué)家、生化學(xué)家與物理學(xué)家,共同致力于計算分子生物的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究。他們一起研究利用數(shù)學(xué)與計算機方法解決分子層面的基本生物醫(yī)學(xué)問題,這些問題包含了基因結(jié)構(gòu)偵測與分析、序列分析、立體結(jié)構(gòu)預(yù)測、重復(fù)序列類型(Pattern)、建立基因體圖譜、HIV感染動力學(xué)的數(shù)學(xué)模型、分析序列錯誤對數(shù)據(jù)庫搜尋的影響、發(fā)展數(shù)據(jù)庫搜尋與多重序列比對的新算法、建立無重復(fù)的序列數(shù)據(jù)庫、使用數(shù)學(xué)模型評估序列相似性在統(tǒng)計學(xué)上的重要性、建立文章檢索的載體(Vector)模型等。除此之外,這些研究人員尚與NIH的研究單位、學(xué)術(shù)單位的研究實驗室與政府機構(gòu)的研究實驗室間維持合作關(guān)系,目前仍有多項研究計劃正在進行當(dāng)中。NCBI資源NCBI目前提供的生物信息資源主要分為生物數(shù)據(jù)庫生物信息工具NCBI資源生物數(shù)據(jù)庫生物數(shù)據(jù)庫是一個永久數(shù)據(jù)的大的組織體,通常結(jié)合計算機軟件執(zhí)行更新、查詢與存取數(shù)據(jù)的功能。對于研究人員而言,數(shù)據(jù)庫必須符合:容易取得信息以及只取得回答特殊生物問題的信息兩項功能。NCBI的數(shù)據(jù)庫搜尋與存取系統(tǒng)-Entrez,可用來獲取單一數(shù)據(jù)庫或許多數(shù)據(jù)庫的整合數(shù)據(jù)。例如Entrez蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫除了可查詢蛋白質(zhì)信息,同時亦可連結(jié)到生物分類數(shù)據(jù)庫查詢生物分類信息。目前,NCBI提供的公開(OpenAccess)數(shù)據(jù)庫包括如下:En足tr細(xì)ez炊以及就BL燙AS痕TEn膽tr宅ez砍是N窩CB伸I的能為用萬戶提嚇供整懂合的悼訪問壩序列張,定皂位,工分類哪,和跟結(jié)構(gòu)罪數(shù)據(jù)除的搜籌索和逝檢索犁系統(tǒng)臟。E坡nt布re拒z同騙時也集提供慕序列烏和染虧色體勞圖譜申的圖侄形視案圖。旋En助tr漫ez霜是一刻個用孔以整暢合N涌CB館I數(shù)的據(jù)庫謙中信眨息的敞搜尋漆和檢脅索工魂具。文這些嚷數(shù)據(jù)抬庫包敏括核幸酸序跳列,獻蛋白忽序列腦,大泊分子塘結(jié)構(gòu)代,全用基因潛組,聞和通奪過P僚ub曉Me身d檢吳索的漆ME痰DL舌IN蠻E。投En丑tr慈ez蕉的一蒼個強率大和巴獨特置的特總點是如檢索增相關(guān)材的序慘列,流結(jié)構(gòu)喪,和蒸參考舍文獻退的能昆力。翼雜志戲文獻妥通過艷Pu維bM搏ed崖獲得客,P迅ub通Me因d是境一個伍網(wǎng)絡(luò)謝搜索俘界面俗,可含以提雕供對嘉在M血ED腹LI肯NE邀上的給九百廉萬雜王志引牢用的受訪問島,包住含了卷鏈接蒙到參兔與的舉出版伙商網(wǎng)爹絡(luò)站橫點的科全文灰文章冊。BL換AS泊T是是一個嚼NC幟BI剝開發(fā)蛾的序賊列相該似搜悟索程慨序,紅還可誘作為遙鑒別供基因糟和遺環(huán)傳特騎點的斬手段狀。B怒LA學(xué)ST衫能夠?qū)m在小臣于1奇5秒廉的時訂間內(nèi)翼對整爐個D漁NA夜數(shù)據(jù)假庫執(zhí)血行序廣列搜篇索。鏈NC露BI旱提供竭的附耗加的峰軟件爪工具跑有:鉆開放擋閱讀局框?qū)し室捚髌希∣位RF榜F貝in眾de純r)脆,電華子P燥CR膜,和碌序列馬提交期工具脾,S秘eq已ui嘉n和拼Ba罵nk貪It遣。所沿有的關(guān)NC武BI聞數(shù)據(jù)澤庫和銅軟件蕉工具供可以值從W膏WW控或F反TP勝來獲系得。猜NC骨BI嶄還有芬E-寶ma濟il騙服務(wù)融器,跨提供厭用文護本搜傷索或望序列臂相似歷搜索鼠訪問仿數(shù)據(jù)稿庫一模種可勉選方例法。En吊tr渡ez賴可以暈檢索蚊的數(shù)廟據(jù)庫Bo族ok里s糕出版壤社提易供之席數(shù)字充生醫(yī)糕圖書寸與醫(yī)賴生參活考書肚籍?dāng)?shù)道據(jù)庫Ca殊nc矮er峰C呀hr隱om擠os智om惜es篩美國懲國立磁癌癥羊研究遵所的掠Mi惡te畫lm叛an脈D輸at訂ab碗as命e砍of構(gòu)C掠hr蘇om恭os隨om慨e旁Ab踩er集ra板ti泥on趨s脅in泡C尼an追ce屈r數(shù)晴據(jù)庫扣里已倉經(jīng)整桶合好望的c拜yt垮og慕en剖et禽ic桶、臨去床與荷文獻挺相關(guān)舉數(shù)據(jù)Co顛ns槐er醋ve掘d幟Do芬ma雄in榆D貝at腥ab亮as恢e(柳CD疑D)黎,蛋嬌白質(zhì)靜功能諸區(qū)塊祥保留掃序列諸數(shù)據(jù)善庫3D博D繪om當(dāng)ai隨ns縣,蛋缺白質(zhì)培功能蔽區(qū)塊拆立體能結(jié)構(gòu)喂數(shù)據(jù)Ge炎ne筐,包恒含許誘多物他種的償基因己數(shù)據(jù)揮庫Ge武no或me腿,包收含超棋過8終00抬種物絡(luò)種的識基因育組數(shù)欲據(jù)庫GE陳NS銀AT遇,小惹鼠中金樞神圾經(jīng)系吧統(tǒng)基蛙因表跡現(xiàn)圖辨譜GE輝O享Da抱ta搞se議ts屈,基樹因表跳現(xiàn)實熄驗與慰生物鳳芯片爺數(shù)值枝結(jié)果絕數(shù)據(jù)GE翅O敏Pr娃of垃il嘩es篇,基莖因表靈現(xiàn)圖味譜Ho非mo悟lo不Ge施ne溉,同捉源基圾因批臨注數(shù)手據(jù)庫Jo面ur烘na蠅ls下,期腥刊文腹獻(攀包含繳Pu離bM其ed鞏)Me低SH企,醫(yī)慚學(xué)文悔獻索街引字召符串NC襪BI狐W昂eb健S含it蜓e,柱所有蹤蝶NC市BI曠網(wǎng)頁NL幟M筐Ca只ta蒙lo伍g,較美國惹國立變醫(yī)學(xué)手圖書娃館館紋藏書多目、匠期刊僻、視津聽數(shù)刊據(jù)目動錄Nu嫌cl語eo立ti原de蠶s稿eq仙ue搜nc絨e簡da威ta認(rèn)ba競se杰,核憂酸序許列數(shù)暢據(jù)庫樹(包簽含G興en努Ba駐nk兄、R沈ef匪Se芹q和禮PD腿B等吊三大市序列肅數(shù)據(jù)不庫)E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