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文檔簡介

經典word整理文檔，僅參考，轉Word此處可刪除頁眉頁腳。本資料屬于網絡整理，如有侵權，請聯系刪除，謝謝！PrimerPremier5.0是由加拿大的Premier公司開發的專業用于PCR或測序引物軟件，和PlasmidPremier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設計窗口（PrimerDesign），酶切分析窗口（RestrictionSites）和紋基分析窗口（Motif）。這里我們主要介紹其引物設計功能，其他功能的介紹請參看PlasmidPremier2.02。打開程序首先進入的是序列編輯參看，與PlasmidPremier相比，用戶進行校正，保證輸入的正確和快速。點擊該界面的按鈕即可進入到程序的引物設計窗口。5括給引物的打分，引物以及產物的起始位置、長度、Tm值、GC％消光系數、簡間二聚體結構的預測，左邊是顯示是否存在以上各種對PCR擴增有影響的結構，出可靠的評價。PCR引物的范圍，以及最終PCR產物的長度和引物的長度等。并通過來點擊按鈕來設置一些搜尋參數：這些參數包括引物的Tm值，GC比，有簡并性堿基，3’端穩定性，引物的穩定性，重復序列，二聚體/發卡結構和與模板及可能的雜質DNA（需要從另外本身根據一定的標準分成從極高嚴謹性到極低嚴謹性5一步搜尋。搜尋到引物結果最終顯示在下面的窗口中：rating示引物的各種信息。包括其各種參數和各種可能存在的不利結構。其中用File菜單中的Parameter命令可以對系統參數，PCR反應條件和程序打件按照引物濃度，單價離子濃度，Mg離子濃度，Na鹽濃度等。而打分系統是參照的以下公式：利用該打分系統可以為對引物進行有效評估和和在引物之間進行對比選擇提供有效的有效的依據。最后還可以在利用引物編輯窗口對程序自動找到的或手工找到的再次搜尋找出其最合適的引發位置。種數據報告，主要通過Report菜單和Graph菜單中命令來實現：另外，PrimerPremier在引物設計上一個比較獨到的功能，就是能輔助進行巢式PCR引物設計，在首先進行了引物自動搜索后，即可通過Function菜單中Multiplex/NestedPrimer命令進入巢式PCR引物設計，通過點中代表各個引物來判斷引物是否適合于作為巢式PCR的引物。另外該菜單中的Database命令可以讓用戶建立自己的引物數據庫，方便于查找和對照。整體而言，PrimerPremier這個軟件在引物設計方面還是比較優秀的，能PCR的影響還需要根據錯配是否發生在引物的3’來判斷，3’發生的錯配要比其他位置的錯配對引物的引發效方面程序未能進行量化，只有通過用戶根據經驗判斷；另外，程序對于產物的Tm值和引物Tm值之間的差異也為能給出評價，如果二者差異較大（如>22℃

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