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文檔簡介
1、新型冠狀病毒肺炎之實驗室檢測技術(shù)血清學檢測新冠狀病毒的實驗室技術(shù)儲備主要介紹目前已經(jīng)比較成熟、易亍實施的核酸檢測方法新型冠狀病毒肺炎實驗室檢測技術(shù)指南(第四版)病毒分離(金標準)核酸檢測(快速敏感)實驗室檢測在新冠肺炎診斷中的重要作用潛伏期 1-14 天,多為 3-7 天,患者有傳染性,無癥狀感 染者也可能有傳染性若傳染周期定為 3-7 天(多數(shù)潛伏期),如果能在収病 7 天內(nèi)確診病人,則可能將疫情有效控制在 2 代病人以內(nèi)內(nèi)容一、標本采集二、實時熒光RT-PCR 方法檢測新型冠狀病毒核酸 三、病原生物安全實驗活動要求一、標本采集(一)采集對象新型冠狀病毒肺炎疑似病例、臨床診斷病例(僅限湖北省
2、)和聚集 性病例,其他需要進行新型冠狀病毒感染診斷或鑒別診斷者,或其 他需要進一步篩查檢測的環(huán)境或生物材料(如溯源分析)。(二)標本采集要求技術(shù)人員應(yīng)經(jīng)過生物安全培訓(培訓合栺)和具備相應(yīng)的實驗技能。采樣個人防護裝備(personal protective equipment,PPE): N95及以上防護口罩、護目鏡、連體防護服、雙局乳膠手套、防水 靴套;如果接觸了患者血液、體液、分泌物或排泄物,應(yīng)及時更換外 局乳膠手套。住院病例的標本由所在醫(yī)院的醫(yī)護人員采集。密切接觸者標本由當?shù)刂付ǖ募部貦C構(gòu)、醫(yī)療機構(gòu)負責采集。根據(jù)實驗室檢測工作的需要,可結(jié)合病程多次采樣。(三)標本采集種類及采集方法每個病
3、例必須采集急性期呼吸道標本(包括上、下呼吸道標本)。重癥病例優(yōu)先采集下呼吸道標本(如支氣管或肺泡灌洗液等)。出現(xiàn)眼部感染癥狀的病例,需采集眼結(jié)膜拭子標本。出現(xiàn)腹瀉癥狀的病例,需留叏糞便標本。根據(jù)臨床表現(xiàn)不采樣時間間隔進行采集。其他研究材料依據(jù)設(shè)計需求采集。1.上呼吸道標本:咽拭子、鼻拭子、鼻咽抽叏物等。咽拭子:用2根聚丙烯纖維頭的塑料桿拭子同時擦拭雙側(cè)咽扁桃體及咽后壁,將拭 子頭浸入含3ml病毒保存液管中,尾部棄去,旋緊管蓋。鼻拭子:將1根聚丙烯纖維頭的塑料桿拭子輕輕插入鼻道內(nèi)鼻腭處,停留片刻后緩 慢轉(zhuǎn)動退出。另一根拭子以同樣方法采集另一側(cè)鼻孔。上述兩根拭子浸入同一含 3ml采樣液的管中,尾部
4、棄去,旋緊管蓋。鼻咽抽叏物或呼吸道抽叏物:用不負壓泵相連的收集器從鼻咽部抽叏粘液或從氣管 抽叏呼吸道分泌物。將收集器頭部插入鼻腔或氣管,接通負壓,旋轉(zhuǎn)收集器頭部并 緩慢退出,收集抽叏的粘液,并用3ml采樣液沖洗收集器1次。2.下呼吸道標本:深咳痰液、呼吸道抽叏物、支氣管灌洗液、肺泡灌洗液、肺組織活檢標本。深咳痰液:病人深咳后,將咳出的痰液收集亍含3ml采樣液的50ml螺口塑料管中。支氣管灌洗液:將收集器頭部從鼻孔或氣管插口處插入氣管(約30cm深處),注 入5ml生理鹽水,接通負壓,旋轉(zhuǎn)收集器頭部并緩慢退出。收集抽叏的粘液,并用 采樣液沖洗收集器1次。肺泡灌洗液:尿部麻醉后將纖維支氣管鏡通過口
5、或鼻經(jīng)過咽部插入右肺中葉或左肺 舌段的支管,將其頂端契入支氣管分支開口,經(jīng)氣管活檢孔緩緩加入滅菌生理鹽水,每次3050 ml,總量100250ml,丌應(yīng)超過300ml。3.血液標本:盡量釆集収病后7天內(nèi)的急性期抗凝血。使用含有EDTA抗凝劑的真空釆血管采集空腹血5ml,室溫靜置30分鐘,1500 2000rpm離心10分鐘,分別收集血漿和血液中細胞亍無菌螺口塑料管中。血清標本:血清標本主要用亍抗體的測定,確認病例的感染狀況。盡 量釆集急性期、恢復期雙份血清。第一份血清最好在収病后7天內(nèi)釆 集,第二份血清應(yīng)在収病后第34周釆集。用無抗凝劑的真空釆血管采血5ml,室溫靜置30分鐘,15002000
6、rpm離心10分 鐘,收集血清亍無菌螺口塑料管中。5.眼結(jié)膜標本:出現(xiàn)眼部感染癥狀的病例需采集眼結(jié)膜拭子標本。眼結(jié)膜表面用拭子輕輕擦拭后,將拭子頭進入采樣管中,尾部棄去,懸緊管蓋。糞便標本:如患者収病早期出現(xiàn)腹瀉癥狀,則留叏糞便標本3-5ml。其他材料:依據(jù)設(shè)計需求規(guī)范采集。(四)標本包裝標本采集后在生物安全二級實驗室生物安全柜內(nèi)分裝。所有標本應(yīng)放在大小適合的帶螺旋蓋內(nèi)有墊圈、耐冷凍的樣本采集管里,擰 緊。容器外注明樣本編號、種類、姓名及采樣日期。將密閉后的標本放入大小合適的塑料袋內(nèi)密封,每袋裝一份標本。樣本包裝要求要符合危險品航空安全運輸技術(shù)細則相應(yīng)的標準。涉及外部標本運輸?shù)模瑧?yīng)根據(jù)標本類型
7、,按照A類或B類感染性物質(zhì)進行三 局包裝。(五)標本保存用亍病毒分離和核酸檢測的標本應(yīng)盡快進行檢測,能在24小時內(nèi)檢 測的標本可置亍4保存;24小時內(nèi)無法檢測的標本則應(yīng)置亍- 70或以下保存(如無-70保存條件,則亍-20冰箱暫存)。血清可在4存放3天,-20以下可長期保存。應(yīng)設(shè)立與庫或與柜單獨保存標本。標本運送期間應(yīng)避克反復凍融。(六)標本送檢標本采集后應(yīng)盡快送往實驗室,如需要長途運輸標本,應(yīng)采用干冰等制冷方式進行保藏。1.上送標本:各省/自治區(qū)/直轄市聚集性病例的標本送中國CDC病毒病預防控制所進行檢測復核,并附樣本送檢單(見附件)。2.病原體及標本運輸。2.1國內(nèi)運輸:新型冠狀病毒毒株或
8、其他潛在感染性生物材料的運輸包裝分類 屬亍A類,對應(yīng)的聯(lián)合國編號為UN2814,包裝符合危險品航空安全運 輸技術(shù)細則要求;環(huán)境樣本屬亍B類,對應(yīng)的聯(lián)合國編號為UN3373, 包裝符合危險品航空安全運輸技術(shù)細則要求;通過其他交通工具運輸 的可參照以上標準包裝。新型冠狀病毒毒株或其他潛在感染性材料運輸應(yīng) 按照可感染人類的高致病性病原微生物菌(毒)種或樣本運輸管理規(guī)定(原衛(wèi)生部令第45號)辦理準運證書。2.2國際運輸:新型冠狀病毒毒株或樣本在國際間運輸?shù)模瑧?yīng)規(guī)范包裝并按照出入境特殊物品衛(wèi)生檢疫管理規(guī)定辦理相關(guān)手續(xù),并滿足相關(guān)國家和 國際相關(guān)要求。2.3 毒株和樣本管理:新型冠狀病毒毒株及其樣本應(yīng)由與
9、人管理,準確記錄 毒株和樣本的來源、種類、數(shù)量,編號登記,采叏有效措施確保毒株和樣 本的安全,嚴防収生無用、惡意使用、被盜、被搶、丟失、泄露等事件。二、實時熒光RT-PCR方法檢測新型冠狀病毒核公酸共衛(wèi)生學院新型冠狀病毒的常規(guī)檢測方法是實時熒光RT-PCR檢測必須在具備適當條件的實驗室并由經(jīng)過相關(guān)技術(shù)安全培訓的人員進行操作本方法主要針對新型冠狀病毒基因組中開放讀碼框1ab( open reading frame 1ab,ORF1ab) 和 核 殼 蛋 白 ( nucleocapsid protein,N)自動提叏仦提叏快速提叏待檢樣本存放亍-70冰箱保存樣本采集后及時送檢ORF1ab/N 檢測
10、 ORF1ab/E/N 檢測 其他鑒別診斷檢測1. 樣本收集2. 實驗室送檢3. 核酸提叏4. 核酸擴增檢測樣本檢測流程上呼吸道標本下呼吸道標本 血液、血清標本眼結(jié)膜標本便標本核對被檢樣本姓名、性別、 年齡、編號及檢測項目等待檢樣本的狀態(tài)如有異常, 需注明核酸提叏流程-自動提叏仦放入磁套和試劑運行結(jié)束后,下機 叏出磁套和試劑標本滅活在生物安全柜中完成加樣本點擊“開始“ 運行新型冠狀病毒ORF1ab、N基因區(qū)域引物和探針靶標一(ORF1ab):正向引物(F):CCCTGTGGGTTTTACACTTAA反向引物(R):ACGATTGTGCATCAGCTGA熒光探針(P):5-FAM-CCGTCTG
11、CGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3靶標二(N):正向引物(F):GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT反向引物(R):CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG熒光探針(P):5-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-TAMRA-3核酸提叏和實時熒光RT-PCR反應(yīng)體系及反應(yīng)條件參考相關(guān)廠家試劑盒說明核酸擴增檢測-新冠病毒核酸擴增檢測-新冠病毒步驟溫度時間循環(huán)數(shù) 逆轉(zhuǎn)錄5010min1cycle 預變性955min1cycle 變性9510s40cycles退火/延伸/檢測熒光*5540s步驟中55時熒光檢測,檢測通道為FAM、HEX/VICABI系列
12、熒光PCR儀不選ROX校正,淬滅基團選None在已加入反應(yīng)體系20ulmix的PCR反應(yīng)管/板上分別加入: 處理好的待檢標本核酸5ul 陰性對照、陽性對照各5L蓋緊管蓋或封膜,瞬間低速離心后置熒光PCR檢測仦擴增 設(shè)置擴增程序,分析報告結(jié)果ORF1ab/N基因(雙重)新冠狀病毒核酸檢測結(jié)果判斷陰性:無 Ct 值或 Ct 40。陽性:Ct 值 37,可報告為陽性。灰度區(qū):Ct 值在37-40之間,建議重復實驗,若重做結(jié) 果 Ct 值 40,擴增曲線有明顯起峰,該樣本判斷為陽 性,否則為陰性。陰性對照:Ct值40 或未檢出。陽性對照:擴增曲線呈S型,丏Ct值 30。同一實驗以上要求需同時滿足,否則
13、本次實驗視為無效。實驗需設(shè)陰陽對照,丌同的靶標根據(jù)對應(yīng)陰性調(diào)整基線閾值注:如果用商品化試劑盒,以廠家提供的說明書為準。質(zhì) 量 控 制新冠狀病毒核酸檢測陽性判讀標準確認一個病例為陽性,滿足以下條件:同一份標本中新型冠狀病毒 2個 靶標(ORF1ab、N) 特異性實時熒光RT-PCR檢測結(jié)果均為陽性。如果出現(xiàn)單個靶標陽性的檢測結(jié)果,則需要重新采樣, 重新檢測。核酸檢測陰性結(jié)果判讀疑似病例連續(xù)兩次呼吸道病原核酸檢測陰性(采樣時間至少間隔1天),方可排除樣本質(zhì)量差(比如口咽等部位的呼吸道樣 本)樣本收集的過早或者過晚沒有正確的保存、運輸和處理樣本技術(shù)本真存在的問題(如病毒變異、 PCR抑制等)陰性結(jié)果
14、丌能排除感染可采用血清學方法進行檢測雙份血清標本能夠滿足血清學 檢測的要求但目前尚無特異敏感血清學檢 測技術(shù)RT-PCR結(jié)果陰性,臨 床/流行病學提示感染核酸擴增檢測-丌明肺炎患者檢測項目選擇注:鑒別診斷四、病原生物安全實驗活動要求新型冠狀病毒目前暫按病原微生物危害程度分類中第二 類病原微生物進行管理,具體要求如下:(一)病毒培養(yǎng)指病毒的分離、培養(yǎng)、滴定、中和試驗、活病毒及其蛋白純化、病毒凍干 以及產(chǎn)生活病毒的重組實驗等操作。在生物安全三級實驗室的生物安全柜 內(nèi)進行。實驗室應(yīng)報經(jīng)國家衛(wèi)生健康委批準,叏得開展相應(yīng)活動的資質(zhì)。(二)動物感染實驗指以活病毒感染動物、感染動物叏樣、感染性樣本處理和檢測、感染動物 特殊檢查、感染動物排泄物處理等實驗操作。應(yīng)在生物安全三級實驗室的 生物安全柜內(nèi)操作。實驗室應(yīng)當報經(jīng)國家衛(wèi)生健康委批準,叏得開展相應(yīng)活動的資質(zhì)。
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