1、1生物信息學實驗課件邢晉祎 生命科學學院Copyright2實驗一實驗一 常用網站及文獻常用網站及文獻數據庫檢索方法數據庫檢索方法實驗類型：基礎 學時：33實驗課程須知 1.實驗報告嚴禁抄襲或者copy，如果想copy，請盡量檢查清楚，不可以出現同姓名或同學號，或者5次報告同樣時間的愚蠢錯誤。 2.盡量自己動手，將每次實驗認真完成，當然如果不做實驗，總是打游戲，聊qq，我也沒辦法，我只有一雙眼睛，你們有69人。 3.請盡量利用實驗時間，盡量多學習，多鉆研，只要能夠點擊的地方都可以點擊，搞不明白的英語單詞，請使用有道詞典查詢。4實驗目的1.通過對生物信息學常用網站的瀏覽，熟悉生物信息學操作的基本

2、內容。2.了解生物信息學數據庫資源，掌握一級數據庫，二級數據庫，高級數據庫。3.熟悉EntrezPubMed文獻檢索方法。5實驗材料 計算機，網絡。6實驗過程 一.常用網站 1. NCBI ：理解自然無聲但精妙的關于生命細胞的語言是現代分子生物學的要求。78實驗過程 2. EBI：EMBL歐洲生物信息學研究所EBI分支，生物學數據庫和軟件資源。91011實驗過程 3. SCOP： 蛋白質結構分類(SCOP)數據庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。1213here1415實驗過程 4. PDB： 蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實

3、驗室建立。1617實驗過程 5. expasy：瑞士專家蛋白質分析系統。由瑞士生物信息學研究所維護。提供序列、結構和表達的鏈接，以及數據庫和軟件。1819實驗過程 二.數據庫 1.一級數據庫（一級數據庫（Primary databases）：）： GenbankGenbank數據庫、數據庫、EMBLEMBL核酸庫和核酸庫和DDBJDDBJ數據庫；數據庫；SWISS-PROTSWISS-PROT數據庫、數據庫、trEMBLtrEMBL數據庫、數據庫、PDBPDB數據庫等等。數據庫等等。以文中粗體縮寫為關鍵詞在google搜索。20實驗過程 2.2.二級數據庫（二級數據庫（Secondary da

4、tabasesSecondary databases）：）： 人類基因組圖譜庫人類基因組圖譜庫GDBGDB、真核生物基因、真核生物基因表達調控因子數據庫表達調控因子數據庫TRANSFACTRANSFAC、蛋、蛋白質結構家族分類庫白質結構家族分類庫SCOP SCOP 等等。等等。以文中粗體縮寫為關鍵詞在google搜索。21實驗過程 3.高級數據庫：PIR（Protein Information Resource ）以KEGG等。22實驗過程三三. .數據庫數據庫1.1.國際核酸序列數據庫 GenBank(NCBI, 美國國立生物技術信息中心)： EMBL(歐洲分子生物學實驗室的數據庫)： DD

5、BJ(日本核苷酸數據庫)：23實驗過程 2. DNA2. DNA序列和結構數據庫序列和結構數據庫BioSino(核酸序列公共數據庫核酸序列公共數據庫)：TRANSFAC(真核生物基因表達調控因子數據庫真核生物基因表達調控因子數據庫)：RepBase(真核生物真核生物DNA中重復序列數據庫中重復序列數據庫)：dbSTS(序列標記位點數據庫序列標記位點數據庫)：dbEST(表達序列標簽數據庫表達序列標簽數據庫)：dbGSS（基因組調查序列數據庫）（基因組調查序列數據庫）24實驗過程 3. 3. 基因組數據庫基因組數據庫GDB(人類基因組數據庫人類基因組數據庫)：euGenes(真核生物基因綜合知識

6、庫真核生物基因綜合知識庫)：25實驗過程 4. 4. 蛋白質序列數據庫蛋白質序列數據庫SWISS-PROT(無冗余蛋白序列數據庫無冗余蛋白序列數據庫)：PIR(蛋白質信息資源庫蛋白質信息資源庫)：OWL(復合蛋白序列數據庫復合蛋白序列數據庫)：26實驗過程5. 5. 蛋白質結構與分類數據庫蛋白質結構與分類數據庫PDB(蛋白質結構數據庫蛋白質結構數據庫)：PROSITE(Motif數據庫數據庫)：SCOP(蛋白質結構分類數據庫蛋白質結構分類數據庫)：CATH(蛋白質結構與功能關系分類數據庫蛋白質結構與功能關系分類數據庫)：27實驗過程 6. 6. 疾病相關基因數據庫疾病相關基因數據庫OMIM(人

7、類孟德爾遺傳疾病數據庫人類孟德爾遺傳疾病數據庫)：GeneCards(人疾病相關基因的數據庫人疾病相關基因的數據庫)：MTB(家鼠腫瘤生物學數據庫家鼠腫瘤生物學數據庫)：28實驗過程1. Entrez-pubmed檢索方法。 NCBI PubMed Limit Preview/index history293031323334 2.中文、外文以及數字資源檢索途徑。 數字圖書館 外文生物期刊檢索 中文生物期刊檢索實驗過程35 數字圖書館： 超星數字圖書館：1993年北京世紀超星信息技術發展有限公司成立，致力于紙張圖文資料數字化技術及相關應用與推廣。2000年1月超星數字圖書館在互聯網上正式開通；

8、網址：http:/ PQDD (ProQuest Digital Dissertations) 是美國UMI公司出版的博碩士論文數據庫，收錄歐美1000余所大學的160多萬篇學位論文，是目前世界上最大和最廣泛使用的學位論文數據庫。PQDD具有以下特點： 1.收錄年代長，PQDD從1861年開始收錄，迄今已有130多年的數據積累。 2.更新周期短，PQDD每周更新。 3. PQDD不但能夠看到題錄和文摘，而且可以看到近 二年以來的絕大多數學位論文的前24頁的全文。 4.如果讀者需要完整的全文，可以通過文獻傳遞服務去訂購全文。 36外文生物期刊檢索 BA(美國生物學文摘) EBSCO host Kluwer Online Journals MEDLINE ScienceDirect Online Elsevier Springer-link37中文生物期刊檢索 cnki(中國學術期刊網)-中國學術期刊全文數據庫（CJD） VIP(重慶維普)-中文科技期刊全文數據庫(維普數據) wanfang(萬方數據)38思考題1.將你所瀏覽的網址匯總寫入實驗報告并將實驗報告打印，保存好。2.寫出pubmed所查詢的分子名