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文檔簡介
1、單晶結構解析XP作圖:1、 畫結構圖打開Shelxtl軟件導入res文件打開XP程序輸入fmolkill $qkill $henvi (中心對稱原子)回車后尋找不同于1555對稱操作的代碼如2555sgen 2555proj(查看結構)利用操作按鈕轉動結構找出最佳擺放位置(高度不能大于寬度)labl 2 500(2 500是默認的大小) telp 0 -30 0.05 0(后面四個數據分別確定結構的模型和一些參數) 回車回車直到出現Plotfile:(在這里輸入名字,這里畫結構圖,可以統一命名為jiegou) 后回車將會出現命名所有原子的圖(根據鼠標位置提醒依次在原子周圍左鍵點擊)draw j
2、iegou回車后會出現SLPT deviceL:(輸入a或者h)再回車輸入jiegou,然后回車直到光標不閃位置出現了xp圖標說明結構圖已經畫好quit注:紅色字體為結構需要對稱操作才能顯示一個完整的分子結構所進行的操作。在這里必須輸入命名,否者打不開。圖片操作解析在這里找到res文件的位置2導入res文件后,打開XP操作系統輸入fmol后回車3輸入kill $h $q利用這些按鈕旋轉得到最佳擺放模式如下圖4 proj后出現下圖所示5 按步驟畫圖命名所有原子當出現這個時表明圖已經畫好二、作堆積圖Fmolmatr 1(代表a方向堆積) pbox 15 15pack 然后點擊按鈕sgen/fmol
3、保存(倒數第二個)proj celltelp cell命名duiji 后出現一個命名原子的圖框,標出O a b cdraw duijia或hduijiquit1、這個鍵保存此步驟可有可無標出Oabc即可后按B鍵保存退出后面是一樣的,quit退出程序三、畫弱相互作用:氫鍵、p···、···、M···M等首先要找到氫鍵的位置,然后再根據對稱操作找到氫鍵畫法基本步驟為 fmolkill $quniq 原子1 原子2(為氫鍵鏈接的兩個原子如uniq C5 N4) envi N4 3(通過N4對稱操作找到C5的操作
4、代碼不能為1555如為2555) sgen 2555join 3 H5 N4(3代表虛線、注意氫鍵鏈接的因為H5和N4非C5和N4,如鏈接錯誤,可用undo C5 N4來斷開這之間的鏈接) pick(殺掉無關的原子:回車鍵為殺原子,空白鍵為跳過,/鍵為保存,注意殺完后不是按/鍵退出的將沒有保存)telp后面畫圖步驟與上面一致(只需要標出C5和N4原子)···畫法對稱出兩個需要連接的苯環后sgen后cent/x C5 C6 C7 C8 C9 C10(定義苯環C5C6C7C8C9C10的中心為X1A) cent/x C15 C16 C17 C18 C19 C20(定義
5、苯環C15C16C17C18C19C20的中心為X1B) join 3 X1A X1Bproj擺放最佳picktelp(畫···鍵不需要命名原子telp后命名后出現的命名原子框可以之間按B鍵退出)以下面畫C15-H15A···N3為例經過對稱操作后應該為H15C和N3相連此時若不需要再畫其他氫鍵了,可以將兩邊沒有連鍵的原子殺掉如下圖殺完原子后按/鍵保存退出將顯示所殺掉的原子數依次telp只需要命名兩個鏈接相關的原子即可enter為跳過原子,然后按B鍵保存退出,或者一直enter到最后也可以保存退出。然后draw與上面一致。在同一個圖中畫多個氫鍵相對復雜一些,按步驟進行,畫完一個連接一個,保留需要畫氫鍵所需要對稱的那個原子所在的結構,然后殺掉其余不需要用到的
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