1、如何構建系統進化樹如何構建系統進化樹YZU.TRY系統發生樹（英文：Phylogenetic tree）又稱為演化樹（evolutionary tree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關系 的 樹 。 是 一 種 親 緣 分 支 分 類 方 法（cladogram）。在樹中，每個節點代表其各分支的最近共同祖先，而節點間的線段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。 MEGA是一個關于序列分析以及比較統計的軟件。現主要介紹使用Mega 6.0構建系統進化樹的方法。供大家參考。用MEGA構建進化樹有以下步驟：1、測序： 將克隆擴增測序得到的基因進行測序。2、NCBI上做Blast http

2、://blast/Blast.cgi 比對找到相似度最高的幾個基因，將這幾個基因的序列（Fasta格式文件）下載下來，或點擊GenBank登錄號，復制FSATA格式，整合在一個* *.txt.txt文檔中。3、比對序列，比對結果轉化為*.meg格式 用Mega 6.0的ClustalW做多序列聯配，比對結果用*.meg格式保存。或者用Clustal X軟件進行比對，比對結果保存為*.aln,再用Mega 6.0轉化為*.meg格式。4、構建系統進化樹 打開保存的*.meg格式文件，選擇鄰接法構建系統發育進化樹。以外米綴蛾的cds為例，點擊cds，出現下圖

3、。點擊FASTA，出現下圖。該圖為外米綴蛾的FASTA格式，如何保存見下圖一般情況下點擊該頁的右上角有send 圖標，選擇后點擊create file 即可下載。Txt可以打開。該圖顯示的是序列全長的FASTA格式下載。因為我采取基于氨基酸序列比對，所以選擇coding sequences和fasta protein，下載編碼區氨基酸序列。文件名未下載時不要更改，下下來之后再更改MEGA6MEGA6可以識別可以識別fastafasta格式文件。如圖，將全格式文件。如圖，將全部部- -基因基因.txt.txt重命名為全部重命名為全部- -基因基因.fasta.fasta選擇打開方式為選擇打開方式

4、為MEGA6，打開，打開全部全部-基因基因.fasta，自動跳出序列窗口，自動跳出序列窗口用用ClustalW做多序列聯配做多序列聯配以以.meg格式保格式保存結果存結果回到回到MEGA主窗口主窗口打開所保存的文件（打開所保存的文件（.meg）點擊按鈕打開文件窗口點擊按鈕打開文件窗口顯示保守位點顯示保守位點 顯示變異位點顯示變異位點回到回到MEGA主窗口構建進化樹主窗口構建進化樹當前打開的文件當前打開的文件選擇鄰接法建樹選擇鄰接法建樹選擇選擇Bootstrap檢驗檢驗設定完成，點設定完成，點computecompute，開始計算得到進化樹構建的，開始計算得到進化樹構建的結果。結果。雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體，無法只讓拉丁文斜體雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部雙擊文字，可以修改樹枝后的名稱，名稱要么全部斜體，要么全部不斜體斜體，要么全部不斜體，無法只讓拉丁文斜體，無法只讓拉丁文斜體系統發育進化樹優化后，復制黏貼到WORD里