1、【一】多序列比對的可視化顯示可能因為畢業(yè)論文內(nèi)容論文需要，最近很多人都找我?guī)兔lustal的序列比對文件結(jié)果可視化，現(xiàn)將TEXshade軟件包能做出來的可視化效果分享給各位同學(xué)，因為使用TEXshade涉及到了一些LATEX知識，所以需要更深入的了解如何運作請給我留言或者私聊，此文僅 將軟件能做出的效果展示，雖然其實軟件很簡單，但不做具體使用說明，我的風(fēng)格通常是授 人以魚，不授人以漁，嘻嘻。最簡單的莫過于純粹的多序列比對排版，跟某些同學(xué)論文里面用 Word排版的效果類似（word里面需要用等寬字體），效果類似如下：AQP1.PRO MASEIKKKLFWRAWAAQP2 .PRO MWEL

2、RSIAFSRAVLAAQP3 .PRO MNRCGEMLHIRYRLLRQALAAQP4 ” PRO MSDGAAARRWGKCGPPCSRESIMVAFKGVWTQAFWKAVTiAQP5 ,PRO MKKEVCSLAFFKAVFAAQP1 PRO TLFVFISIGSALGFNYPLERNQTLVQDNVKVSLAFGLSIAQP2.PRO LLFVFFGLGSALQWA.SS.PPSVLQIAVAFGLGICAQP3. PRO LILVMFGCGSVAQVVLSRGTHGGF LTINLAFGFAVIAQP4.PRO LIFVLLSVGSTINWG.GSENPLPVDMVLISLCFG

3、LSIAAQP5.PR0 LIFVFFGLGSALKWP._SA,.LPTILQISIAFGLAIG如果稍微加點效果可能就變成了如下的樣子，我們將相同的氨基酸標(biāo)記出來:AQP1,PROAQP2.PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5.PR0LGLfflLSCQC0VGCHMCFLAREPWIKIMVCTRKVFVLL0IGNQ«RAVg|YRA0FYgAjY®vfyIIVATLITAQAQAQAQAQCVLVVASAILGA0ILGAGlflGAGILGAI0GAGIL當(dāng)然，TEXshade能做的不僅僅是這些，下面這張圖我們標(biāo)記了其中的幾個關(guān)鍵位置，去掉 了右側(cè)的&

4、quot;ruler ”AQP1.PR0AQP2.PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5.PRO8090LGL|jLSCQ 匣 VncflVGCHVg F0MCFLAREP vHmvctrkiL0L0IGNQT TTT100LT c|LVIS ISIA AG G GL L110VASAA A A A G G G GI AGLENSNVAD A G T AA TT好像這個樣子就有點亂了Soo i cm e g g 寸 g in tn ldlo z 卜卜 zz 0888888 I I ni nE寸Lft66 6I i-H4 I006112 CMAQPi.PROAQP2.PR0AQP3.PR

5、OAQP4.PROAQP5.PR0NPAVT INPAVTNPAVT INPAVTMCFLINPAIGLLAF面這幅就更詳細(xì)一點了，我用不同的顏色代表了不同的con servationAQP1.PROAQP2.PROAQP3 PROAQP4 PROAQP5.PR0consensusF1TLGLlLSCq|CgVGCHMCFLAREPWIKLPIHTL MVCTRK l0ignq|EUA A AAISHLRAVfjY|LRAHFY YIAKSVFYISHLRAVFYnon conserved> 50% conserved> 80% conservedIIVAITVAaQASAMASs

6、gLCILCIFTHVBVLCEQQQQQ A A A A AA A A A A p p p p pVASALGAIGAILVLLLLILGA0IL GAG珊 GAGILGA IX很多情況下，我們只想呈現(xiàn)多序列中的某些突變位點，其實也可以很好的表達(dá)Bos taurusCanis familiarisDugong dugong Equ us caballusEleplms nuinius80SFLRA90100FYVAAQLLGAVAGAALLHEITPi如果將T-Cofee的score_ascii文件一并輸入 TEXshade，效果我覺得很帥氣feat-consAQP1.PR0AQP2.PRO

7、AQP3.PROAQP4.PROAQP5PRO consensusGSALGFNYPLERNqTLVQDNVKVSLAFGLSIATL GSALQWA' SS. . . .PPSVLQIAVAFGLGIGIL GSVAqVVLSRGTq, , - . GGFLTIfJLAFGFAVTLA GSTINWG* GSENPLPVDMVLISLCFGLSIATM GSALKWP.,.SA.-LPTILQISIAFGLAIGTL我遇到過很多可視化表達(dá)各種結(jié)構(gòu)域的例子，下面的表示是不是很帥呢?transmenihmnetrans. domMMHGG G G AAQP1.PR0 AQPNPRO AQ

8、P3.PR0 AQP4.PRO AQP5.PROilLVLLLvnv lfFqS fi LLV LI =一丄 一 _T T T T TG BGc c c T cR1LGGSAPGDNLGSPA < VA N R E p s s ¥D D D D D T T V c T T s I s s A A A A sloop Dexternal amtdv 且 lentinternalF面是另外的一些功能實例lowercasedtintedAQP1,PROAQPN PROAQP3.PROAQP4.PROAQP5,PROI FGAGG0GliLLVELII MVVELI11 V f 1 v

9、viva 11111c etcT _T V c T T s I s sriGGsirgiNLGS 魄HRGLE03TGSCEH5VGSPALF面的被稱為 Sequenee fingerprints，其實加上fingerprint命令就可以直接出圖了。AQP1.PRQAQP2 PROAQP3.PROAQP4.PRQAQP5.PROTM TM TM TM TM TMmi imuiHiii iiiniii«iiii mu Ullini«! imini iiiiiiiiiiiiiii mi mu mini in in mu idii11 iiii mi min IIIIIIEIII

10、I Hill Hill III III IIIIIIIIIIIIIIH III III II inn i ii iniiiiBiiiii iiiiiin min mi n in in nnon conserved similar> 50% conserved all match很早的時候，看到序列的LOGO圖覺得很帥氣，下面的 Logo圖你見過么?logoconservationNPAloop E T.QQQOQOQQ_人<_£fCPAVyT nFs n ILasrlp SlaW5sBvftt qO O OOO O O nil mlliZcCJCMOlOJCMOJCMe

11、話 EErCH1-step numbering*AQP3othersco 寸 gg006OTCim 寸 lt)9zco60lice 寸 ggg006Oi<NE 寸OQOOOQOmiimiiCsKNCCMCMeJrJCsiecoOEEEE， <ieJCM(SrCN<NrMClC|<NrJ04<NCN(NOlCN<N<N(NOJ<N<N(NO(CNrMCNrjCN<jrJ'所屬相冊：數(shù)據(jù)可視化*所屬相冊：數(shù)據(jù)可視化*F面再給大家分享幾個例子，其實TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向認(rèn)為,只要人能想得出，數(shù)據(jù)可視化就能

12、做得到。嘰pro III III II I -llll-l » IIIH IIIF AQP2.PR0Till-IIHl-llll-lHIIIW- IHIAQP3.PR0-HUIIFIIIIIII |I IIIII -AQP4.PR0IIIIHI-IIIIII-ll-lHIII-HmillAQP5.PR0HHIII-II-IFlHII卜HIacidic (-) basic (+)所屬相冊：數(shù)據(jù)可視化AQP1.PROGLGIAQP2.PR0AQP3.PROAQP4 PROAQP5.PROE qEEmembr.IIGTLgLVL|VLATTDE. lfltmlvl|ifastdI5 F|I

13、 G TA A Lf v| VL AI VDg Y O LIITFgLVFTlFAS|DS. LILTF0LAL|IFSSTDS.K：RigTDJJtsVGSgAL|AL3af其實很多人都會覺得這么漂亮的圖肯定做出來很復(fù)雜，其實TEXShade需要的很簡單，輸出上面的結(jié)果其實也就是幾分鐘的事情， 前提是需要你準(zhǔn)備好需要展示的序列， 記錄好要標(biāo)注 的位置就0K !例如：對于下面這個看似復(fù)雜的可視化結(jié)果，其實我們需要的代碼很少，只需要5行代碼就足夠了！AQP1.PR0AQP2.PROAQP3.PROAQP4,PROAQP5.PR0SHU! WTPHig SFFDQF Bjli BmvQLVLgVIQLVLglFALIV0V0A QLV IlqlqifG|LlHAAFlFG：I VELII VELILCgjLE cftacFTAHCD D D D DX且cidic () aliphatic 且lipliattic (small) amidearomatic b且sic (+) hydroxyl imino sulfur上圖對應(yīng)的TEX代碼:begintexshadeAQPpr.MSF shadi