1、精選優質文檔-傾情為你奉上基因組學考試資料 整理版第一章一、基因組1、基因組：生物所具有的攜帶遺傳信息的遺傳物質的總和,是指生物細胞中所有的DNA，包括所有的基因和基因間區域。2、基因組學：指以分子生物學技術、計算機技術和信息網絡技術為研究手段，以生物體內全部基因為研究對象，在全基因背景下和整體水平上探索生命活動的內在規律及其內外環境影響機制的科學。 基因組學包括3個不同的亞領域結構基因組學(structural genomics) ：以全基因組測序為目標功能基因組學(functional genomics)：以基因功能鑒定為目標 比較基因組學(xxparative genomics) 二、基

2、因組序列復雜性1、C值是指一個單倍體基因組中DNA的總量，以基因組的堿基對來表示。每個細胞中以皮克(pg，10-12g)水平表示。C 值悖理：指基因內部被一個或更多不翻譯的編碼順序即內含子所隔裂。 3、異常結構基因分類重疊基因：編碼序列彼此重疊的基因，含有不同蛋白質的編碼序列。 基因內基因:一個基因的內含子中包含其他基因。反義基因: 與已知基因編碼序列互補的的負鏈編碼基因，參與基因的表達調控，可以干擾靶基因mRNA轉錄與翻譯。4、假基因：功能基因但已失去活性或者改變原來活性功能的DNA序列. 四、基因組特征比較真核生物基因組的特征 ：復雜性較高的生物基因組結構松弛，在整個基因組范圍內分布大量重

3、復順序；含有大量數目不等的線性DNA分子，并且，每個長鏈DNA都與蛋白質組成染色體結構； 含有細胞器基因組原核生物基因組的特征 :原核生物基因數目比真核生物少，大小在5 Mb以下; 原核生物基因組結構更緊湊;第二章一、為何要繪制遺傳圖與物理圖？1)基因組太大,必需分散測序,然后將分散的順序按原來位置組裝,需要圖譜進行指導。 2)基因組存在大量重復順序,會干擾排序,因此要高密度基因組圖。 3)遺傳圖和物理圖各有優缺點,必須相互整合校正。 二、基因組測序方法、原理及特點：1. 克隆重疊群法：先構建遺傳圖，再利用幾套高度覆蓋的大片段基因組文庫獲得精細的物理圖，選擇合適的BAC或PAC克隆測序，利用計

4、算機拼裝。BAC內的空洞基本上都可以利用設計引物等手段填補，形成一條完整的BAC序列。然后相互關聯、部分重疊的BAC克隆連成一個大的重疊群。優點：通過這種方法得到的基因組數據是最為準確和精細的數據，也是基因組測序的最終目標。 缺點：該方法的技術難度較高，尤其大片段基因組文庫和精細物理圖構建是技術性極強的工作；此外，費用相對于鳥槍法要稍高一些，完成整個基因組測序周期也要長些。2. 全基因組鳥槍法：是隨機先將整個基因組打碎成小片段進行測序，最終利用計算機根據序列之間的重疊關系進行排序和組裝，并確定它們在基因組中的正確位置。 優點：速度快，簡單易行，成本較低，可以在較短的時間內通過集中機器和人力的方

5、法獲得大量的基因片斷。缺點：最終排序結果的拼接組裝比較困難，尤其在部分重復序列較高的地方難度較大。此外有許多序列片段難以定位在確切的染色體上，成為游離片斷；同時又會有許多地方于沒有足夠的覆蓋率而形成空缺。這些缺陷最終導致整個基因圖會留下大量的空洞，也影響其準確度。 三、遺傳圖與物理圖遺傳作圖：采用遺傳學分析方法將基因或其它DNA序列標定在染色體上構建連鎖圖。此方法包括雜交實驗，家系分析。遺傳圖距單位為厘摩(cM), 每單位厘摩定義為1%交換率。 物理作圖：采用分子生物學技術直接將DNA分子標記、基因或克隆標定在基因組實際位置。物理圖的距離依作圖方法而異，如輻射雜種作圖的計算單位為厘鐳(cR),

6、 限制性片段作圖與克隆作圖的圖距為DNA的分子長度，即堿基對(bp, kb)。 基因是首先被使用的標記：基因十分有限，大量的基因間隔區 DNA標記必須有等位型才是有用的 四、遺傳圖標記及特點：1.限制性片段長度多態性同一物種的亞種、品系或個體間基因組DNA 受到同一種限制性內切酶作用而形成不同的酶切圖譜的現象，第一代分子標記。 特點：1) 處于染色體上的位置相對固定; 2) 同一親本及其子代相同位點上的多態性片段特征不變; 3) 同一凝膠電泳可顯示等位區段不同多態性片段, 表現為共顯性(可鑒定純合子和雜合子); 4) 需要用Southern雜交檢測顯示。2. 簡單序列長度多態性第二代分子標記S

7、SR技術的優點是：在基因組中隨機分布，檢測的多態性頻率高；PCR特異引物，重復性好共顯性，操作相對簡單。問題是：SSR需要測序和設計引物，因而需要大量的人力、物力和時間；另外其種屬特異性強，開發所需的費用高昂，因此一些實驗室進行了合作，共同開發微衛星引物。SSR標記的關鍵是引物的設計3. 單核苷酸多態性是指同一物種不同個體基因組DNA的等位序列上單個核苷酸存在差異的現象。其中最少一種在群體中的頻率不小于1； 根據SNP在基因中的位置，SNP可分為：基因編碼區SNP、基因周邊SNP、基因間SNP。SNP特點：供體細胞釋放的一段DNA，經受體細胞攝取后整合到基因組中，可借助抗性培養基篩選重組克隆。

8、轉導、序列標簽位點1、限制性作圖：將限制性酶切位點標定在DNA分子的相對位置。方法及原理：通過比較不同限制性內切酶切割所產生DNA片段大小：首先用一種酶處理樣品后，電泳確定DNA片段的大小；然后用第二種酶處理，獲得第二組片段。最后用兩種酶混合處理，獲得第三組片段。收集上述資料進行對比組裝：兩種酶切位點交替出現的區段用加減法確定其的相對位置。連續出現2個或多個相同酶切位點的區段，采用部分酶解法。切點過多時可以采用末端同位素標記結合部分酶解進行繪圖。限制性作圖更適合于小分子。當需要對大于50kb的基因組進行限制性作圖時，通過選擇靶DNA分子中的稀有酶切位點酶可以克服限制性酶切作圖的局限性。大分子D

9、NA分離采用特殊電泳：脈沖凝膠電泳、正交交變電場凝膠電泳2、基于克隆的基因組作圖：根據克隆的DNA片段之間的重疊序列構建重疊群(Contig), 繪制物理連鎖圖。 常用大分子DNA克隆載體：酵母人工染色體YAC、噬菌體P1載體、細菌人工染色體BAC、P1人工染色體PAC、F黏粒。方法及原理：1、基因克隆2、構建重疊群3、熒光原位雜交FISH：指在染色體上進行DNA雜交，以便識別熒光標記探針在染色體上位置的方法。 4、序列標簽位點作圖STS：通過PCR或分子雜交將小段DNA序列定位在基因組的DNA區段中。 三、脈沖電泳PFGE的基本原理:將一個方向不斷變換的電場，取代簡單的單一電場指紋：用不同限

10、制性酶消化后，經凝膠分離產生的條帶。 重復順序DNA指紋：將不同克隆的限制性片段電泳轉膜后，與基因組范圍分布的重復序列雜交形成的帶型。重復順序DNA PCR 或分散重復順序PCR指紋：用基因組范圍的重復序列的互補序列做引物，擴增兩個重復序列之間的單一順序，得到的產物帶型。2、克隆指紋法的原理：如果2個克隆彼此重疊，它們一定含有相同的序列。 3、基因組范圍內查找重疊克隆的最好方法首推克隆指紋排序。4、指紋：指確定DNA樣品所具有的特定DNA片段組成，一個克隆的指紋表示了該克隆所具有的指定序列的特征，可以同其他克隆產生的同類指紋比較。六、STS作圖法：根據STS序列設計引物，擴增文庫當中的克隆，能

11、擴出條帶的克隆都含有序列重疊的插入子。序列標記位點 :指一段短的DNA序列,通常長度在100-500bp,易于識別, 在待研究的染色體或基因組中僅存有1個拷貝。因此當2個片段含有同一STS順序時，可以確認這兩個片段彼此重疊。合格的STS需要具備的兩個條件：1. 在染色體上的位置獨一無二；2. 序列已知，方便PCR檢測。尋找STS的方法：1）表達序列標簽SSLP 具有多態性且通過連鎖分析進行定位的SSLP很有價值，可以建立遺傳圖與物理圖之間的聯系； 3）隨機基因組順序。可通過對克隆的基因組DNA隨機測序獲得，或者從數據庫中尋找。七、熒光原位雜交：指在染色體上進行DNA雜交，以便識別熒光標記探針在

12、染色體上位置的方法。八、作圖試劑放射雜交 2）克隆文庫輻射雜種1、雙脫氧鏈終止法，是通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈來讀取待測DNA分子的順序。基本原理: 通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈，于合成的互補鏈可在不同位置隨機終止反應，產生只差一個核苷酸的DNA分子，從而來讀取待測DNA分子的順序。 目前普遍采用的測序酶為Sequenase, 來自T7噬菌體2、化學降解法，是將雙鏈DNA分子用化學試劑處理，產生切口，用同位素標記進行測序基本原理：在選定的核苷酸堿基中引入化學基團，再用哌啶處理使DNA分子在被修飾的核苷酸位置降解，形成只差一個核苷酸的降解DNA群體。每個單鏈的同一方向都結合了放

13、射性同位素標記，顯示DNA位置。 DMS在中性pH環境，主要作用于G，被六氫吡啶作用而造成該位點上DNA鏈的斷裂。 甲酸具有脫嘌呤作用。DNA鏈在脫嘌呤位點(G和A)發生斷裂。肼，在堿性條件下，作用于T胸腺嘧啶和C胞嘧啶，在具有六氫吡啶的條件下，導致在這個核苷酸位置上發生DNA鏈的斷裂。如果在反應體系中加入高濃度的鹽，同胸腺嘧啶的反應速率便會下降，主要作用于C胞嘧啶。 二、雙脫氧鏈終止法技術路線與要求：制備單鏈模板A.克隆于質粒中DNA用酸或堿變性克隆單鏈DNA 將單鏈模板與一小段引物退火C.噬粒克隆DNA產生單鏈DNA加入DNA多聚酶4種脫氧核苷酸分別加入少量4種雙脫氧核苷酸將4種反應產物分

14、別在4條泳道電泳根據4個堿基在4條泳道的終止位置讀出基因序列三、雙脫氧鏈終止法要求單鏈作為模板，如何制備單鏈模板？1. 將DNA克隆到質粒載體中：堿變性或熱變性變為單鏈，DNA變性后兩條單鏈可同時雙向測序但未純化的DNA污染干擾測序反應；2. 以M13載體克隆單鏈DNA：M13噬菌體基因組為單鏈DNA，可用于克隆單鏈DNA，可以作為模板進行DNA測序； 無需變性，直接測序；但3kb時擴增時容易發生丟失與重排，只能操作小片段DNA測序。 3. 以噬菌粒克隆DNA：改造的質粒載體，有2個復制起始點，在大腸桿菌細胞中產生單鏈噬菌粒，該系統避免了M13系統的不穩定性，可克隆片段 10kb DNA測序4

15、. PCR產生單鏈DNA：根據測序DNA兩端序列合成2個引物，采用PCR法擴增樣品DNA，然后將其中一個引物連接到很小的磁珠，利用吸磁的方法提純擴增的單鏈DNA； 四、基因組測序方法原理優缺點：1. 按照大分子DNA克隆繪制的物理圖分別在單個大分子DNA內部進行測序和序列組裝，然后將彼此相連的的大分子克隆按排列次序搭建支架，最后以分子標記為向導將搭建的支架分別錨定到基因組整合圖上；優點： 缺點：2. 將整個基因組DNA打斷成小片段后克隆到質粒載體上，然后隨機挑選克隆對插入片段進行測序。并以測序的序列構建重疊群，在此基礎上搭建支架，以分子標記為向導將搭建的支架分別錨定到基因組整合圖上。優點：測序

16、速度快，并且無須提供相關的遺傳圖譜和物理圖譜。缺點：對于結構復雜的大基因組而言，鳥槍法的序列組裝的起始階段工作量非常大；基因組中普遍存在的重復序列是十分棘手的問題，在序列組裝時可能出現錯誤連接，使某些片段從原位置跳到另一無關位置。五、間隙類型：測序后將DNA順序進行組裝,會發現存在不連續的區段，它們產生于:1) 因覆蓋率的原因而留下的未能測序的順序,仍存在于克隆文庫中, 這類間隙稱為順序間隙。 解決辦法:通過相鄰已知順序作為探針篩選已有的基因組文庫2) 因克隆載體自身的限制或DNA順序特殊的組成等原因造成某些順序丟失或未能克隆, 這類間隙稱為物理間隙。解決辦法:利用其它宿主菌與載體重新構建文庫

17、六、覆蓋面：每個核苷酸在完成順序中平均出現的次數，或者說完成順序的長度與組裝順序長度之比。在測序前，首先要考慮測序規模，P0=e- m m為覆蓋面，即單倍體基因組數；e為自然對數底數 七、重要區域測序1、人們對感興趣的基因或與疾病相關的基因優先測序。如：人類主要組織相容性復合區位于第6號染色體，與人類免疫系統有關，因而優先測序。(Expressed sequence tag) 測序EST是一種重要的基因組圖分子標記,以EST為探針很容易從 cDNA文庫中篩選全基因,又可從BAC克隆中找到其基因組的基因序列。3、瀏覽測序：粗略分析初步測序結果，從中尋找基因編碼順序的方法。 八、名詞解釋1) BA

18、C 末端序列(BAC-end sequenced) 一個BAC克隆插入片段兩端的已測序的序列,不包括內部順序. 可用于確定BAC的排列方向以及重疊群(contig)在支架(scaffold)中的排列方向.2) 重疊群(contig) 一群相互重疊的克隆或DNA順序,可以是草圖順序或精確順序(finished), 包括連續的(內部無間隙)或不連續的(內部含間隙)DNA順序,未錨定到染色體上.3) 草圖順序(draft sequence) 人類基因組測序計劃定義為經Phred Q20軟件認可覆蓋測序克隆片段3-4倍的DNA順序. 含間隙或無間隙, 排列方向和位置未定.4) 精確順序(finishe

19、d sequence) 順序差錯率(錯誤堿基數)低于%的DNA序列, 排列方向確定,內部不含間隙, 一般測序覆蓋率在8-10個單倍體基因組5) 支架(scaffold) 一組已錨定在染色體上的重疊群, 內部含間隙或不含間隙. 九、幾種生物的測序方法： 大腸桿菌基因組測序圖位法; 流感嗜血桿菌基因組測序鳥槍法; 果蠅基因組測序鳥槍法; 人類基因組測序圖位法和鳥槍法; 水稻基因組測序 圖位法和鳥槍法。第五章一、內含子出現的問題：內含子的出現給計算機判讀基因帶來不少問題，對ORF掃描的基本程序的編寫要考慮以下幾個問題：1）密碼子偏好；編碼同一氨基酸的不同密碼子稱為同義密碼，其差別僅在密碼子的第3位堿

20、基不同。特定種屬有特征性的密碼子偏愛，這些序列在編碼區常常出現，非編碼區只保持平均的堿基分布水平。 2）外顯子內含子邊界；上游外顯子-內含子邊界序列是判斷是否為編碼序列之一；但常有例外，導致判讀程序編寫有一定困難。3）上游調控序列。幾乎所有基因上游都有調控序列，它們可與DNA結合蛋白作用，控制基因表達，調控序列有明顯的特點。 二、同源基因查詢：通過已存入數據庫中的基因序列與待查的基因組序列進行比較，從中查找可與之匹配的堿基序列及其比例，用于界定基因的方法稱為同源查詢。1）同源性(homology)基因系指起源于同一祖先但序列已經發生變異的基因成員。分布在不同物種間的同源基因又稱直向同源基因。同

21、一物種的同源基因則稱共生同源基因, 水平基因重復后趨異產生。 基因同源性只有“是”和“非”的區別, 無所謂百分比.2) 一致性(identity)：指同源DNA順序的同一堿基位置的相同的堿基成員, 或者蛋白質的同一氨基酸位置的相同的氨基酸成員, 可用百分比表示.3) 相似性(similarity)：指同源蛋白質的氨基酸序列中一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。可取代氨基酸系指具有相同性質如極性氨基酸或非極性氨基酸的成員, 它們之間的代換不影響蛋白質(或酶)的生物學功能。 三、實驗確認基因1、Northern雜交確認DNA片段是否含有表達序列 2、EST或cDNA指認基因 3、獲取基因全長cD

22、NA序列 4、確定DNA順序中基因的位置 四、計算機預測基因功能原理：主要依據同源性比較，同源性反應出進化關系。 方法：既存數據庫的比較分析。分析的基礎是:如果一個新測序的基因與另一個原來已測序的基因相似，那么就揭示他們可能有進化上的關系，并且新基因的功能很可能與已知基因的功能相同，或至少是相似。同一物種或不同物種中具有相同結構域的蛋白質可將其劃歸在同一蛋白質家族。 五、基因功能檢測方法： 1、過表達2、高通量：轉座子路線、隨機插入法六、目前已發現兩種RNAi抑制靶基因表達的現象:1) siRNA: 小分子干擾RNA, 主要產生于雙鏈RNA分子, 在細胞內它們被切成短鏈RNA,然后與靶mRNA

23、序列結合,導致mRNA的進一步降解。2) miRNA: 微小干擾RNA(一類內源性的具有調控功能的非編碼RNA), 主要來自mRNA鏈內配對產生的雙鏈RNA，在細胞內它們被切成短鏈RNA，然后與靶mRNA序列結合,使mRNA的翻譯受阻或使mRNA降解。第一章一、基因組1、基因組：生物所具有的攜帶遺傳信息的遺傳物質的總和,是指生物細胞中所有的DNA，包括所有的基因和基因間區域。2、基因組學：指以分子生物學技術、計算機技術和信息網絡技術為研究手段，以生物體內全部基因為研究對象，在全基因背景下和整體水平上探索生命活動的內在規律及其內外環境影響機制的科學。 基因組學包括3個不同的亞領域結構基因組學(s

24、tructural genomics) ：以全基因組測序為目標功能基因組學(functional genomics)：以基因功能鑒定為目標 比較基因組學(xxparative genomics) 二、基因組序列復雜性1、C值是指一個單倍體基因組中DNA的總量，以基因組的堿基對來表示。每個細胞中以皮克(pg，10-12g)水平表示。C 值悖理：指基因內部被一個或更多不翻譯的編碼順序即內含子所隔裂。 3、異常結構基因分類重疊基因：編碼序列彼此重疊的基因，含有不同蛋白質的編碼序列。 基因內基因:一個基因的內含子中包含其他基因。反義基因: 與已知基因編碼序列互補的的負鏈編碼基因，參與基因的表達調控，可

25、以干擾靶基因mRNA轉錄與翻譯。4、假基因：功能基因但已失去活性或者改變原來活性功能的DNA序列. 四、基因組特征比較真核生物基因組的特征 ：復雜性較高的生物基因組結構松弛，在整個基因組范圍內分布大量重復順序；含有大量數目不等的線性DNA分子，并且，每個長鏈DNA都與蛋白質組成染色體結構； 含有細胞器基因組原核生物基因組的特征 :原核生物基因數目比真核生物少，大小在5 Mb以下; 原核生物基因組結構更緊湊;第二章一、為何要繪制遺傳圖與物理圖？1)基因組太大,必需分散測序,然后將分散的順序按原來位置組裝,需要圖譜進行指導。 2)基因組存在大量重復順序,會干擾排序,因此要高密度基因組圖。 3)遺傳

26、圖和物理圖各有優缺點,必須相互整合校正。 二、基因組測序方法、原理及特點：1. 克隆重疊群法：先構建遺傳圖，再利用幾套高度覆蓋的大片段基因組文庫獲得精細的物理圖，選擇合適的BAC或PAC克隆測序，利用計算機拼裝。BAC內的空洞基本上都可以利用設計引物等手段填補，形成一條完整的BAC序列。然后相互關聯、部分重疊的BAC克隆連成一個大的重疊群。優點：通過這種方法得到的基因組數據是最為準確和精細的數據，也是基因組測序的最終目標。 缺點：該方法的技術難度較高，尤其大片段基因組文庫和精細物理圖構建是技術性極強的工作；此外，費用相對于鳥槍法要稍高一些，完成整個基因組測序周期也要長些。2. 全基因組鳥槍法：

27、是隨機先將整個基因組打碎成小片段進行測序，最終利用計算機根據序列之間的重疊關系進行排序和組裝，并確定它們在基因組中的正確位置。 優點：速度快，簡單易行，成本較低，可以在較短的時間內通過集中機器和人力的方法獲得大量的基因片斷。缺點：最終排序結果的拼接組裝比較困難，尤其在部分重復序列較高的地方難度較大。此外有許多序列片段難以定位在確切的染色體上，成為游離片斷；同時又會有許多地方于沒有足夠的覆蓋率而形成空缺。這些缺陷最終導致整個基因圖會留下大量的空洞，也影響其準確度。 三、遺傳圖與物理圖遺傳作圖：采用遺傳學分析方法將基因或其它DNA序列標定在染色體上構建連鎖圖。此方法包括雜交實驗，家系分析。遺傳圖距

28、單位為厘摩(cM), 每單位厘摩定義為1%交換率。 物理作圖：采用分子生物學技術直接將DNA分子標記、基因或克隆標定在基因組實際位置。物理圖的距離依作圖方法而異，如輻射雜種作圖的計算單位為厘鐳(cR), 限制性片段作圖與克隆作圖的圖距為DNA的分子長度，即堿基對(bp, kb)。 基因是首先被使用的標記：基因十分有限，大量的基因間隔區 DNA標記必須有等位型才是有用的 四、遺傳圖標記及特點：1.限制性片段長度多態性同一物種的亞種、品系或個體間基因組DNA 受到同一種限制性內切酶作用而形成不同的酶切圖譜的現象，第一代分子標記。 特點：1) 處于染色體上的位置相對固定; 2) 同一親本及其子代相同

29、位點上的多態性片段特征不變; 3) 同一凝膠電泳可顯示等位區段不同多態性片段, 表現為共顯性(可鑒定純合子和雜合子); 4) 需要用Southern雜交檢測顯示。2. 簡單序列長度多態性第二代分子標記SSR技術的優點是：在基因組中隨機分布，檢測的多態性頻率高；PCR特異引物，重復性好共顯性，操作相對簡單。問題是：SSR需要測序和設計引物，因而需要大量的人力、物力和時間；另外其種屬特異性強，開發所需的費用高昂，因此一些實驗室進行了合作，共同開發微衛星引物。SSR標記的關鍵是引物的設計3. 單核苷酸多態性是指同一物種不同個體基因組DNA的等位序列上單個核苷酸存在差異的現象。其中最少一種在群體中的頻

30、率不小于1； 根據SNP在基因中的位置，SNP可分為：基因編碼區SNP、基因周邊SNP、基因間SNP。SNP特點：供體細胞釋放的一段DNA，經受體細胞攝取后整合到基因組中，可借助抗性培養基篩選重組克隆。轉導、序列標簽位點1、限制性作圖：將限制性酶切位點標定在DNA分子的相對位置。方法及原理：通過比較不同限制性內切酶切割所產生DNA片段大小：首先用一種酶處理樣品后，電泳確定DNA片段的大小；然后用第二種酶處理，獲得第二組片段。最后用兩種酶混合處理，獲得第三組片段。收集上述資料進行對比組裝：兩種酶切位點交替出現的區段用加減法確定其的相對位置。連續出現2個或多個相同酶切位點的區段，采用部分酶解法。切

31、點過多時可以采用末端同位素標記結合部分酶解進行繪圖。限制性作圖更適合于小分子。當需要對大于50kb的基因組進行限制性作圖時，通過選擇靶DNA分子中的稀有酶切位點酶可以克服限制性酶切作圖的局限性。大分子DNA分離采用特殊電泳：脈沖凝膠電泳、正交交變電場凝膠電泳2、基于克隆的基因組作圖：根據克隆的DNA片段之間的重疊序列構建重疊群(Contig), 繪制物理連鎖圖。 常用大分子DNA克隆載體：酵母人工染色體YAC、噬菌體P1載體、細菌人工染色體BAC、P1人工染色體PAC、F黏粒。方法及原理：1、基因克隆2、構建重疊群3、熒光原位雜交FISH：指在染色體上進行DNA雜交，以便識別熒光標記探針在染色

32、體上位置的方法。 4、序列標簽位點作圖STS：通過PCR或分子雜交將小段DNA序列定位在基因組的DNA區段中。 三、脈沖電泳PFGE的基本原理:將一個方向不斷變換的電場，取代簡單的單一電場指紋：用不同限制性酶消化后，經凝膠分離產生的條帶。 重復順序DNA指紋：將不同克隆的限制性片段電泳轉膜后，與基因組范圍分布的重復序列雜交形成的帶型。重復順序DNA PCR 或分散重復順序PCR指紋：用基因組范圍的重復序列的互補序列做引物，擴增兩個重復序列之間的單一順序，得到的產物帶型。2、克隆指紋法的原理：如果2個克隆彼此重疊，它們一定含有相同的序列。 3、基因組范圍內查找重疊克隆的最好方法首推克隆指紋排序。

33、4、指紋：指確定DNA樣品所具有的特定DNA片段組成，一個克隆的指紋表示了該克隆所具有的指定序列的特征，可以同其他克隆產生的同類指紋比較。六、STS作圖法：根據STS序列設計引物，擴增文庫當中的克隆，能擴出條帶的克隆都含有序列重疊的插入子。序列標記位點 :指一段短的DNA序列,通常長度在100-500bp,易于識別, 在待研究的染色體或基因組中僅存有1個拷貝。因此當2個片段含有同一STS順序時，可以確認這兩個片段彼此重疊。合格的STS需要具備的兩個條件：1. 在染色體上的位置獨一無二；2. 序列已知，方便PCR檢測。尋找STS的方法：1）表達序列標簽SSLP 具有多態性且通過連鎖分析進行定位的SSLP很有價值，可以建立遺傳圖與物理圖之間的聯系； 3）隨機基因組順序。可通過對克隆的基因組DNA隨機測序獲得，或者從數據庫中尋找。七、熒光原位雜交：指在染色體上進行DNA雜交，以便識別熒光標記探針在染色體上位置的方法。八、作圖試劑放射雜交 2）克隆文庫輻射雜種1、雙脫氧鏈終止法，是通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈來讀取待測DNA分子的順序。基本原理: 通過合成與單鏈DNA互補的多核苷酸鏈，于合成的互補鏈可在