1、DNAstar中文使用說明書目錄DNAStar的安裝與升級.6EditSeq的使用方法.7打開已有序列尋找開放讀框 DNA序列翻譯 遺傳密碼選擇使用 遺傳密碼修改 序列的反向互補及反向轉換 BLAST檢索 序列信息查看 序列校讀 序列的保存與輸出 GeneQuest的使用方法12打開已有分析文件 GeneQuest的DNA分析方法 用分析方法操作 方法參數改變 結果展示優化 Feature注釋 BLAST檢索 Entrez Database檢索 GeneQuest的其他特點 保存分析文件 MapDraw的使用方法18新酶切圖制作 過瀘器類型 應用頻率過瀘器 應用手動過瀘器 使用過瀘器一覽表 使

2、用Must Cut Here/Dont Cut Here調色板工具 酶信息顯示 環形展示 ORF圖 顯示擇選 保存，退出 MegAlign的使用方法.23創建隊列文件 序列設置 Pairwise Alignment 使用 Dot Plot Method 多序列比較 Phylogenetic Tree查看 查看隊列報告 Decorations/Consensi MegAlign文件保存 PrimerSelect的使用方法.28創建PrimerSelect文件 定義引物特點 查找引物對 瀏覽其他的引物信息 按特征對引物分類 引物長度改變 在引物中引入突變 設計新引物 使用寡核苷酸訂購表格 保存Pr

3、imerSelect文件 Protean的使用方法.34創建蛋白質分析文件 Proteans蛋白質分析方法 應用分析方法 方法參數改變 優化結果顯示 使用蛋白酶消化與SDS PAGE Feature注釋 BLAST檢索 二級結構模擬 展示滴定曲線 保存分析文件 SeqManII的使用方法.39輸入序列片段 Pre-Assembly Options操作 檢查修整的數據 序列裝配 查看范圍和構建結果 去除矛盾堿基和缺口 手動修改序列末端 文件保存與序列輸出 DNAStar的安裝與升級如果您以前已經安裝了Lasergene 而且目前有升級和服務聯系，您就可以通過英特網來升級您現有的版本，各種模塊（m

4、odule）都是以自解壓形式存儲的，你可以選擇性的下載安裝。必備條件您的用戶名和會員號是必需的，可以在安裝盤上找到。程序升級備份您已有的Lasergene，找到您要升級的執行程序，并把它轉移到備份的文件夾中。連接到DNAstar網站的主頁()，從菜單中的Customers中點擊Lasergene Updates點，安提示輸入密碼和用戶名（與會員名相同），這樣就會打開下載頁面。找到windows軟件（Windows 95/98/NT Software.），就可以下載您想要的模塊了。模塊下載完畢以后，雙擊文件將其解壓縮完畢。看到“Application name” has been updated

5、.說明升級完畢。軟件安裝本節介紹若何從CD在PC機（Windows）上安裝Lasergene。注意安裝是盡量關閉所有其它程序以保證安裝順利進行。必備條件一張個人的Lasergene安裝盤；一張Lasergene軟件光碟；足夠的硬盤空間和內存：至少30Mb的硬盤，32Mb的RAM。從光盤安裝Lasergene插入安裝盤和安裝光盤，雙擊安裝圖標，則出現下面的窗口，點擊繼續則出現安裝窗口。隨后一次出現下面窗口，請按照提示做出選擇然后點擊Next，直至完成安裝。EditSeq的使用方法EditSeq是能夠迅速、正確地輸入，并且修改DNA或蛋白質序列工具。每個EditSeq文件都可以分為三個可編輯的部分

6、，上邊的一部分為序列文件，中間的一部分里是評論，底部是序列的注釋。EditSeq能讀取大部分的序列格式包括FASTA，GenBank，ABI、GCG和ASCII格式。你可以使用菜單命令或拖拽方式輸入序列文件。另外， 序列也許通過使用鍵盤輸入，或者從其他地方復制、粘貼得到。經Entrez或BLAST檢索得到的序列可以直接從因特網或企業內部互聯網服務器下載。序列被打開后，EditSeq能使用標準或者指定的遺傳密碼進行翻譯，或者反翻譯，尋找開放讀框，還可以進行閱讀校對。另外， EditSeq能以GenBank，FASTA和GCG格式輸出序列。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯絡。電話

7、：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：support，或者經.打開已有序列我們從用蘋果計算機打開“TETHIS21MA”和用Windows打開“tethis21.seq”開始。假設序列的末尾有載體序列污染。我們在用EditSeq打開序列的同時，用Set Ends命令去除5和3污染序列。l 從文件菜單（FILE MENU），選擇Open。l 打開文件夾“Demo Sequences”單擊選定序列“TETHIS21”。l 單擊位于對話框右下角的Set Ends按鈕。Set Ends被打開（如右）。l 在5框和3框中鍵入50和850，點擊OK。單擊Open打開序列

8、。當EditSeq窗口打開時，序列長度顯示在右上角。通過“setting ends,”現在你只有最初序列中的801 bp的片段。Set Ends選擇在全部Lasergene應用程序中都可以使用。尋找開放讀框在這入門的一部分中，我們將確定序列中最大的ORF，并翻譯它。l 從SEARCH MENU找到ORF，點擊打開會出現右邊的對話框。l 單擊Find Next尋找第一個ORF的位置。l 繼續點擊Find Next直到你把ORF的位置選定在位置183-455。ORF的坐標會出現在EditSeq窗口的頂端附近。DNA序列翻譯這一節中我們介紹如何翻譯我們的ORF，不過任何序列中的讀框內部分都可以用下面

9、的方法進行翻譯。如果你的選擇是在三聯碼的讀框內，三聯碼指示棒顯示為實心黑線（如左圖）。如果你的選擇是不在三聯碼的讀框內，左邊的箭頭和右面的箭頭顯示向左或向右移動一個bp，以使所選序列成為三的倍數。l 選定ORF，從GOODIES MENU菜單中選擇翻譯（Translate）。l 翻譯的蛋白質序列出現在一個新的未命名窗口中（如右圖）。它是使用標準的遺傳密碼翻譯的。使用其它遺傳密碼根據你的序列的來源，你可以選擇使用非標準的遺傳密碼進行翻譯等操作。在這節中，我們將標準的遺傳密碼轉換成Ciliate Macronuclear密碼 。l 從GOODIES MENU菜單選擇Genetic Codes打開，

10、子菜單顯示如下。l 單擊“Ciliate Macronuclear”就實現了遺傳密碼的轉換，EditSeq現在使用的就是Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。l 同樣可以將遺傳密碼轉換為其它類型。遺傳密碼的編輯這一節中我們修改Ciliate Macronuclear的遺傳密碼。l 從GOODIES MENU菜單選擇Edit Selected Code。這將打開右面的窗口，窗口顯示遺傳密碼是怎樣翻譯DNA和RNA序列的。l 如以DNA形式展示密碼，點擊DNA按鈕。l 編輯時，單擊任何要編輯的密碼，從其目前的位置拖到新氨基酸對應的位置則可。l 如使用不同的啟始密碼子，單擊Set St

11、arts按鈕。第二的遺傳密碼窗就會被打開，可以進行起始密碼子選擇。l 單擊任何氨基酸（或者codon位置），該密碼子就會變成綠色，而且旁邊出現一個箭頭，它就被設定為起始密碼子了。如要去除，只需單擊它即可。如不保存，則單擊取消；如要保存，單擊保存為。序列的反向互補及反向轉換下面的步驟可以用于反向測定的序列的正確輸入。l 選定序列。l 從GOODIES MENU菜單，選反向互補序列（Reverse Complement），或者把序列顛倒過來（Reverse Sequence）命令，則被選定的序列就被翻轉互補或翻轉過來了。BLAST檢索下面我們將在NCBI的BLAST服務器上對TETHIS21序列進

12、行相似性比較。注意為了進行BLAST查找必須保證因特網的連接。如果你沒有連接因特網，跳過這部分，繼續下一部分。l 選定序，或者從EDIT菜單中選擇Select All。l 從網絡檢索菜單（NET SEARCH MENU），選擇BLAST查找。BLAST對話框就會出現。l 程序默認為blastn，數據庫默認是nr，參數轉換請參照幫助。l 單擊OK開始查找。l 尋找結果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結果。有關“score”和“expectation”的詳細的信息在NCBIs網點http:/www

13、./BLAST.可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。l BLAST結果窗最上邊的3鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關信息。下面我們從用“Create Document”鈕來打開評分最高的5序列開始：l 單擊Create Document。一個小的對話框出現。l 在左上角有一個下拉菜單顯示默認（default）。單擊下拉菜單，選頂端（Top）。并在右面的文本框中寫入5。l 單擊OK，EditSeq自動查對多余序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。EditSeq將從因特網

14、數據庫下在單一的序列，并分別打開一個單獨的EditSeq窗口。下面我們用“Batch Save”鈕將3-10序列保存為EditSeq文件：l 選定從頂端起第3個序列。單擊Batch Save。小的灰色的對話框出現。l 單擊下拉菜單，選Next。并在右面的文本框中寫入8。l 點擊Set Location，顯示文件夾對話框。l 選定你要保存序列的位置。單擊OK回到灰色的對話框。l 單擊OK保存序列，文件擴展為“.seq”。在下載過程期間，EditSeq自動查對重復的序列。如果EditSeq提示至少2序列是同一個，請點擊OK。l 除非你收到錯誤信息，否則可以認為你的序列已經成功下載。最后我們可以使用

15、“Launch Browser”鈕查看序列的詳細信息l 選定序列。l 選擇Launch Browser。l 你的網絡瀏覽器將打開右面的窗口。序列信息查看現在我們要使用EditSeq菜單指令查看有關打開的TETHIS21序列的信息。l 選定序列的一部分。如果你倒是希望全選序列，從EDIT MENU菜單，選擇Select All。l 從GOODIES MENU菜單，選DNA Statistics。就會出現右面的窗口，顯示序列信息。序列校讀在我們學習保存和輸出序列之前，下熟悉一下EditSeq的校讀功能這功能能幫助你校正測序膠中的錯讀。l 選定序列。l 單擊校對發音圖標（序列窗口底部張開的嘴），或者

16、從SPEECH MENU，選Proof-Read Sequence。l 電子的音聲就會開始朗讀所選的序列。（注：如果你聽不見任何聲音，檢查你的計算機的喇叭是否已經打開。）l 要改變音聲read-back的速度，從SPEECH MENU菜單，選擇Faster or Slower。l 要停止校讀，點擊圖標（手），或者從SPEECH MENU菜單，選擇Proof-Read Sequence。序列的保存與輸出首先創建一個用于保存的序列。從文件菜單，選New中的New DNA，或者New Protein。l 將序列寫入出現的窗口。l 如果你輸入非法字符，計算機會發出警告。然后，我們將序列保存為EditS

17、eq文件：l 從文件菜單，選Save。l 選定保存位置。l 給序列命名。l 單擊保存則可。以GenBank或GCG格式保存序列：l 從文件菜單，選Export。l 選定保存位置。l 為sequence(s)選格式。l 給sequence(s)命名。l 單擊保存則可。以FASTA格式保存序列：l 從文件菜單，選Export（1個序列），或者Export All As One（多個序列）。當使用Export All As One的時候，如果DNA和蛋白質文件同時存在，激活窗口的序列類型與你保存的類型是一致的。EditSeq僅僅將寫入的序列保存為FASTA格式。l 選定保存位置。l 選FASTA格式

18、。l 給sequence(s)命名。l 單擊保存則可。GeneQuest的使用方法GeneQuest可以幫助你發現和注釋DNA序列中的基因，并幫助您操作生物學所關心的DNA的其他feature：包括ORFS、拼接點連接，轉錄因子結合為點、重復序列、限制性內且酶酶切位點等。通過應用“methods”到序列，序列的feature可以以圖形的形式展示出來。你可以在序列上注釋任何你發現的feature。和其它的Lasergene應用程序一樣，GeneQuest也提供整合的BLAST和Entrez尋找功能。GeneQuest能直接打開DNASTAR，ABI和GenBank文件。其他格式的序列文件也可以使

19、用EditSeq改為DNASTAR格式。如果你知道Genbank序列的登錄號或名稱，你可以直接打開序列。另外，你還可以在Entrez數據庫進行序列查找和輸入。如果在使用這軟件中需要幫助，可以和DNASTAR聯絡。電話：（608）258-7420，傳真：（608）258-7439，電子信件：support，或者經.打開已有分析文件在這一節中，我們將對已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”進行操作。l 從文件菜單，選擇Open打開一個和右邊相似的窗口。l 在蘋果計算機上，從Show菜單中選擇GeneQuestDocument文件。在Wind

20、ows上，從文件類型菜單(Files of Type)的中選擇GeneQuest Documents。l 用文件管理系統打開名為“Demo Sequences.”的文件夾。雙擊Nematode R01H10，就可以打開下面的窗口。GeneQuest的DNA分析方法打開GeneQuest文件后，下一步是選擇應用方法。應用方法后，結果的圖形顯示可以幫助你了解序列上感興趣的features。打開序列后，你會發現只有幾種方法應用后的結果展示在窗口內。在下一部分中，我們將學習如何把其它方法用于我們序列的分析。l Title給文件取名。l Ruler在文件中加入標尺。l Sequence顯示文件中的序列。

21、l Patterns-Matrix方法的運算參數。l Patterns-Signal轉錄因子結合位點數據庫。l Patterns-Type-In Patterns使用鍵盤輸入運算所需的Pattern參數。l Repeats-Inverted Repeats尋找反向重復序列。l Repeats-Dyad Repeats尋找Dyad重復和palindromes。l Repeats-Direct Repeats尋找正向重復序列。l Gene Finding - DNA Finder在打開的DNA序列中尋找指定DNA序列。分別顯示正義連和反義連的尋找結果。l Gene Finding - Protei

22、n Finder在打開的蛋白質序列中尋找指定DNA序列的翻譯序列。顯示結果為全部6個讀框。l Enzymes-Restriction Map用DNASTAR酶目錄中的酶分析打開的序列，并以圖形方式展示。l Coding Prediction - Borodovsky用Borodovskys Markov方法來識別潛在的基因編碼區，并以圖形方式展示。l Coding Prediction - Starts Stops ORFs根據指定的ORFs的最小長度，尋找可能的開放讀框，可以選擇是否需要起始密碼子。讀框的啟始和中止點分別展示。l Coding PredictionLocal Composit

23、ional Complexity根據Shannon信息學原理尋找有基因編碼提示信息的區域。l Base Contents-Base Distribution序列上4種堿基、A+T和G+C的頻率、分布，以及AT和gc分布區域。l Bent DNA - Bending IndexDNA折疊預測。用分析方法操作調用新的GeneQuest方法的步驟是：從More Methods中選擇方法，加入方法簾（method curtain），待方法運行完畢后，選擇性的拖取結果放入分析界面（assay surface）即可（見右圖）。在本節中，我們使用Bent DNA - Bending Index方法進行分析。

24、l 從ANALYSIS MENU選擇Show Available Methods可以打開方法簾，也可以通過拖動分析界面左上角的小環的打開方法簾。方法簾中包括已經用于分析的全部方法。l 你將注意到方法簾沒有Bent DNA - Bending Index method。在方法簾的頂端，點擊More Methods打開一個下拉菜單，其中尤可以用于分析的所有方法，點擊Bent DNA - Bending Index method，該方法就進入了方法簾。l 若查看方法簾中的方法是否已經被應用，點擊其右邊的三角形。如果圖標前有數字表明該方法已經使用，數字表示應用的次數。因為我們還沒有應用Bent DNA

25、 - Bending Index，所以點擊三角形，會發現圖標前沒有數字。l 點擊白顏色的位置去除對圖標的選擇。l 單擊選定“Bend Region,”，將其拖到分析界面，釋放鼠標。序列中可能會折疊的區域就會以小盒子的形式顯示出來。方法參數改變下面我們改變方法的參數，然后將分析結果與參數改變前的結果進行比較。l 重復前面的操作，在方法簾中加入一個新的Bent DNA - Bending Index，并把它拖如分析界面。現在你應該有2個完全一樣的折疊區分析結果。l 雙擊方法簾中任何一個結果，將打開一個參數對話框。l 改變弧長度參數為30，單擊OK。分析界面上就會出現根據此參數計算得到的結果。（注：

26、如果你再次拖入新的方法時，參數的改變會自動應用到新的方法上）。結果展示優化l 組合或移動展示的結果：單擊位于GeneQuest窗口左側的調色板工具中的的選擇器（手圖標），在分析界面中可以隨意拖動任何展示的結果到任何位置。l 改變方法格式：單擊目的選擇器（手圖標），可以選擇分析界面上的任何方法。從OPTIONS MENU菜單選擇Line Color，打開彩色選擇子菜單。選定顏色后，方法題目和結果顯示都將變成那個顏色。另外，你可以用類似的指令進行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。l 去除方法：單擊選擇方法簾中顯示的方法，用退位或刪除鍵去除應用的

27、方法即可。注意任何你除掉的方法都是能從Methods menu菜單再一次被使用。注釋Features 當你用Genbank輸入序列時，序列中標注的Features會自動轉換為圖形命令顯示在方法簾中。這些Features 可以象任何別的方法那樣拖到分析界面上顯示。GeneQuest也允許你為你的DNA序列制作新Features：l 單擊位于GeneQuest窗口的左側的調色板工具（箭圖標）。l 然后點擊選定2641-4257的Informative Region。l 點擊調色板工具（鉛筆圖標），或者從SITES & FEATURES MENU選擇New Featur，打開一個Featur

28、e Editor對話框（如右圖）l 你打開Feature Editor時，首先進入Location設定。點擊“Info region”進入Title box，點擊“Segment A”進入Segment Name box，接著，在對話框的底部選擇標題和區段名字的位置。l 點擊Description按鈕進入新的Feature Editor窗口。如果你愿意，可以在note中對Feature做標注，在key種選擇Feature的種類。l 點擊Style按鈕進入最后的Feature Editor窗口，選擇字型，大小和顏色，以及你喜歡圖型用于新建的feature。l 點擊OK關閉Feature Edit

29、or窗口。一個圖形化展示的“Info region”就會出現在分析窗口的底部。下面我們把新建的feature與另外一個feature整合起來。l 單擊調色板工具（箭圖標）。選定你剛做好的feature，單擊工具調色板工具上的（鏈圖標）。l 然后點擊名為“R01H10.4CDS.”的feature，再點擊連接（鏈圖標）。l 這樣你的“Info region”featur將繼續作為沒有聯系的方法而存在，但是，它的拷貝將作為R01H10.4featur的一部分出現。BLAST檢索GeneQuest為你的序列在因特網或企業內部互聯網數據庫上進行相似性檢索提供2不同的方法。BLAST Selection

30、指令允許你使用序列的任何一部分進行檢索。BLAST ORF需要你首先選擇序列的ORF，然后他就可以自動翻譯，在蛋白質數據庫中進行檢索。在這一節中，我們用BLAST在NCBI上檢索與Nematode R01H10相似的序列。注意必須保證您的計算機與因特網相連。否則，跳過這一部分。l 單擊范圍選擇器調色板工具（箭圖標）。l 如同在右邊被顯示的那樣，單擊任何“R01H10.5”的feature。注意此時選定的僅僅是外顯子部分（exons），內含子部分被自動去除。l 從網絡檢索菜單，選BLAST Selection。會出現左面的BLAST對話框。l 不做參數改變，這樣，程序是blastn，數據庫是nr

31、。l 單擊同意開始查找。尋找結果顯示為兩部分（如下）。上邊的部分是按可能性的順序顯示檢索到的序列的名字，下面的部分顯示上面部分選定序列與提交序列（上邊序列）比較的具體結果。有關"score"和"expectation"的詳細的信息在NCBI's網點-/BLAST.-可以找到。一般來說，更主要的score和更低的expectation提示較好的相似性。BLAST結果窗最上邊的4鈕被用來打開，或者保存檢索到的序列，或者讓你了解更多的有關信息。“Put In Document”按鈕相當于Gene Fi

32、nding - DNA Finder，在打開序列中尋找檢索到的序列。（如果我們使用blastp或blastx，則相當于Gene Finding-Protein Finder）l 在BLAST結果窗口中選擇一個檢索結果。l 單擊Put In Document。保存對話窗將打開。l 選定保存位置，并命名。單擊保存。l 你選的序列將象應用方法那樣以短的垂直的豎線自動出現在分析界面的底部。垂直的豎線顯示BLAST結果的位置。l 可以選擇Zoom in/OUT來放大或縮小視野。直到你能清楚地查看序列。l 其他按鈕與EditSeq中介紹的功能相同。Entrez Database檢索GeneQuest允許你

33、在因特網或企業內部互聯網的Entez數據庫上進行檢索。檢索到的結果可以輸入GeneQuest（或者EditSeq），或者保存為序列文件。在這一節中，我們將檢索與狨視覺色素（visual pigment in marmosets）序列有關的序列，然后學習GeneQuest或EditSeq是如何打開其中的一個序列的。l 從網絡檢索菜單（NET SEARCH MENU)，選擇新正文查找（New Text Search）來打開Entrez Query窗口（如右）。l 在文本框中敲入“visual pigment.”。l 從默認為“All Fields”的下拉菜單中選擇“Text Word.”。l 用鼠

34、標從右面再拖入一個檢索框（New Term）。l 在文本框中敲入“Callithrix”，從“New Fields”菜單中選“Organism”。l 單擊查找。查找結果出現于Entrez Results窗口（如下）。l 雙擊任何Entrez Results窗口里的序列，就可以查看其詳細信息。如果你想在GeneQuest或EditSeq里打開其中的一個序列：l 從Entrez Results窗，單擊你想打開的序列。l 從網絡檢索菜單，選擇用GeneQuest或者EditSeq打開（Open with GeneQuest/Open with EditSeq）。l 選定文件保存的位置，并給文件取名。

35、單擊同意（視窗），或者保存（蘋果計算機）。如果你選擇以GeneQuest打開文件，GeneQuest將打開文件并且將其默認的方法自動應用到序列上。如果你做選擇以EditSeq打開文件，Entrez序列將在主窗口中顯示。GeneQuest的其他特點以RNA折疊形式查看序列的一部分：l 選定目的序列，在ANALYSIS MENURNA菜單中選擇Fold as RNA命令。序列酶切，模仿agarose凝膠電泳判定大小：l 打開方法簾（method curtain）。l 從More Methods中選擇Enzymes - Restriction Map 加入方法簾。l 單擊圖標左邊的藍色三角形，打開內

36、切酶一覽表。注意方法簾僅僅顯示那些最少切割一次DNA序列的酶。剛打開酶一覽表時，所有的酶都被選中了，在空白處單擊一下去除選定。l 選定特定的酶，拖入分析界面，即可以看見該酶的酶切位點在序列上的位置。l 從SITES & FEATURES MENU菜單選澤Agarose Gel Simulation。l 新窗口即顯示酶切片段在electrophoretic的分離情況（如圖）。保存分析文件l 從文件菜單，選保存。l 選定文件的保存位置。給文件命名。l 單擊保存。l 你所應用和展示的所有信息都會被保存。MapDraw的使用方法根據實驗設計，分析和實驗結果的展示需要的不同，MapDraw可以制

37、作6種類的酶切圖。從簡單的線性圖到有注釋的環形圖，在展示限制性酶切位點的同時，還可以同時展示序列的feature，六個讀框及其翻譯結果。MapDraw也以自動展示從GenBank輸入序列的features。你可以按照位置、酶切頻率等來排列你的酶切位點。另外， 你可以用手工選任何酶切位點的結合。酶切位點過瀘器（filters）也可以使用Boolean operators聯合使用。MapDraw工具能使你規劃酶切位點和克隆實驗，產生詳細，充分地結果概括。和全部Lasergene應用程序一樣，MapDraw也提供整合的BLAST查找功能。新酶切圖制作我們以組氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（蘋

38、果計算機）和“tethis21.seq”（視窗）為例。首先我們尋找能夠切割組氨酸DNA序列的酶切位點。l 從文件菜單選擇New打開右邊的對話框。l 打開“Demo Sequences.”文件夾。l 雙擊打開TETHIS21（見下）。過濾器類型過瀘器（filter）是你定義的可以使用的酶切位點的集合。在你自定義過瀘器之前，所有酶切位點都會用于序列分析。你可以用和或來組合過瀘器。MapDraw內置的過瀘器如下：l Overhang過瀘器是根據一套你定義的Overhang準則歸類的酶切位點。這些準則包括3和5端突出，與別的酶切位點互補以及兼并的末端突出。克隆試驗中，可以使用這個過濾器尋找互補末端。l

39、 頻率（Frequency）過瀘器是指根據出現于指定的范圍序列上的頻率歸類的酶切位點。我們將在本節的下一部分中使用這個過瀘器型。l 種類和復雜性過瀘器（Class & Complexity）是根據酶切位點種類歸類的酶切位點。這些種類包括：I型（隨機）把II型（明確），或者I型+II型。這過瀘器也可以根據位點復雜性、價錢和來源進行歸類。l 手動選擇過瀘器（Manual Pick）允許你按需要選定酶切位點。在隨后的一部分中，我們學習使用手動選擇過瀘器的方法。l Must Cut Here/Dont Cut Here調色板工具也是一種過濾器，隨后進行闡述。頻率過瀘器應用首先讓我們用頻率過瀘器

40、來刪除任何可以兩次切割我們序列的酶。l 從ENZYME MENU，選New Filter，然后Frequency打開參數對話框。l 在Min和Max對應的框中輸入數字1和2，其他的參數不變。這個設定將我們序列中切割多于兩次的位點自動刪除。l 在過瀘器名字框中，輸入“Two-cuts-max.”。l 單擊Apply將過瀘器用于序列分析然后OK退出參數對話框。你將注意到在圖上酶切位點的數目現在大大地減少了。應用手動過瀘器雖然減少了大約3分之2的位點，但是還有100以上的酶存在。我們還可以設定一些更嚴緊的命令進行限制。看一看我們的酶是否能整齊地用來切割TETHIS21序列的編碼區。l 從MAP ME

41、NU選Linear Minimapp。打開的窗口顯示每個限制酶切割位點的位置。l 滾動窗口，直到你看到大的向右的箭頭，上寫“histone”。“Histone”是在最初的Genbank入口被注釋的序列特點。當我們打開它的時候，這個特點和序列一起輸入。l 單擊選定它。l 在屏幕的左上單擊種類調色板工具（Sort），接著選擇Sort by Cuts Close to Selection。酶切位點即刻分類，這樣，距特點最近而且超出選定范圍的酶切位點將會排在最上面。l 滾動到窗口的最頂端。你將注意到，在histone基因的左和右有2酶切位點：Acs I和Apo I。兩個酶切位點對我們來說都是理想的。現

42、在我們將制作僅僅包括Apo I酶切位點的Manual Pick filter。l 從ENZYME MENU，選New Filter然后Manual Pick。打開酶切位點過瀘器編輯器。l 把Apo I從右邊的窗口拖進左邊的窗口。給過瀘器取名。在這我們把過瀘器叫做“Apo I.”。l 點擊Apply然后OK，就保存并應用“Apo I.”過瀘器了。l 注意到現在線性的minimap僅僅由Apo I酶切位點和histone特點構成。使用過瀘器一覽表現在我們已經應用了2個過瀘器：一個叫做“Two-cuts-max”的頻率過瀘器和叫做“Apo I.”的手動過濾器，MapDraw會自動把兩個過瀘器的結果用

43、“AND,”聯合起來應用，這樣，展示的結果需要滿足兩個標準：切割一或兩次，用Apo I切割。我們手動過濾器包括頻率過瀘器的單一切點的內容，所以他自動的覆蓋了頻率過瀘器的結果。下述過瀘器一覽表允許我們隨意編輯、組合各個過瀘器。l 從Map Document，單擊過瀘器調色板工具（在窗左上的漏斗圖標）打開過瀘器一覽表（如下）。當前應用的所有過瀘器都出現于窗口的左邊。l 為了除掉Apo I過濾器，點擊選中它，從左窗口拖到右邊的窗口，單擊應用即可。現在由于只有Two-cuts-max過瀘器被應用，所以序列上的酶切位點數目立即增加了。l 把Apo I過濾器拖回，放在And旁，單擊Apply再次應用Apo

44、 I過濾器，序列上的酶切位點數目又立即減少了。（如果把Apo I過濾器拖回，放在Or旁，單擊Apply再次應用Apo I過濾器，序列上的酶切位點數目不會改變，因為Apo I過濾器是Two-cuts-max過瀘器的一部分）。l 按上面的方法把兩個過濾器都去除。使用Must Cut Here / Dont Cut Here調色板工具Must Cut Here / Dont Cut Here工具是另一種酶切位點過濾限制方法。我們將用這個方法再次重復上面的操作。l 從MAP MENU，選Site & Sequence。l 向下滾動，直到你看在大的向右指的箭頭，上寫“histone”。單擊選中。

45、點擊Dont Cut Here調色板工具（紅色園圈起的剪刀樣圖標），去除所有切割選定區的酶切位點。（點擊Must Cut Here工具剪刀樣圖標序列上將展示所有切割選定區的酶切位點。）這樣，僅僅剩下那些不切割選定區的位點。顯示酶信息內切酶編輯器（Enzyme Editor）使你能夠查看內切酶的各種相關信息，包括其名字，識別序列，isoschisomers，種類，價格，銷售公司和有效性等詳細的信息。你對這些信息可以進行添加或刪除操作。l 打開酶編輯窗（如左），雙擊任意一個酶的名字。l 箭頭顯示酶識別序列和切割位點。l 你可以按照“GeneQuest”上的方法在序列上添加新Feature，并作注釋

46、。環形展示你可以以環形圖展示環形或線性序列，但是，如果序列是線性的，MapDraw會提示你。如果你想在環形序列上進行酶切位點限制，那末，我們前面提到的Dont Cut Here filter完全可以做到這一點。l 通過點擊過濾器調色板工具檢查當前是否只有Dont Cut Here過瀘器應用。如果已經應用，則Dont Cut Here過瀘器應該在過瀘器一覽表的左邊的窗口里，而其他的過濾器在右邊。如果這不是這樣，請進行調整。l 從MAP MENU，選擇Circular Illustration，打開左邊的窗口。（如果此時有太多的酶切位點，你可以加入其他的過瀘器）。l 通過OPTIONS MENU的

47、Drawing Size調整圖畫的大小。2條紅線相會的角是你可以做的最小圖畫的范圍。在窗口內點擊任何位置，圖形大小將顯示為那末大。l 單擊同意。ORF圖l 從MAP MENU，選ORF Map打開右邊顯示的六讀框的開放讀框窗口。默認的終止和開始codons可以使用指定的遺傳密碼。方法見EditSeq。l 從OPTIONS MENU中選擇ORF Criteria可以設定參數。你能調整最小的ORF長度，定義上游啟動子和距上游啟動子的距離，選定后單擊同意即可。l 放大ORF以查看翻譯的序列。方法是點擊調色板工具中Zoom In（有的圖標），接著，單擊分析界面。重復這些2步直到你能看翻譯。顯示選擇Ma

48、pDraws OPTIONS MENU提供各種指令允許你做下面的事情：l 選擇1個或3個字母的編碼。l 顯示不同的讀框組合（Reading Frames 或 Line Layout）。l 編輯用于翻譯的遺傳密碼（Genetic Codes and Edit Selected Code）。酶顯示可以選擇垂直或者水平展示。l 線性化環形序列（Linearize Sequence）。l 顯示不確定位點。保存退出l 從編輯菜單（EDIT MENU），選保存地圖（Save Map）。l 選擇保存位置，命名。l 單擊保存（蘋果計算機）或同意（視窗）。l 從文件菜單（FILE MEN），選擇放棄（蘋果計算機）或者退出（視窗），電腦提示保存或放棄；選擇保存，則你操作的所有結果都會保存起來，否則結果會全部