如何查找質粒圖譜之我見plasmid map, Vector Sequence方法匯總 經常在壇子里看到一些人求助質粒圖譜，很多時候我發現其實有些質粒圖譜還是很容易找到了，剛開始幫忙查找了下，還公布了一些查找質粒圖譜比較好的網站，后來看得多了，很多時候，這樣的帖子直接跳過了。今天又看到幾個求質粒圖譜的帖子，因此決定就查找質粒圖譜的方法，寫個總結帖子，希望對蟲子們有些幫助。這些方法，大部分是自己學習的過程中積累的，也許總結得還不夠全面，望其他蟲友指正。方法一：安裝軟件Vector NT 做分子實驗，經常和不同的質粒打交道，了解各種質粒的圖譜信息是必需的，invitrogen公司的這款軟件絕對是分子生物學蟲子們的福音，功能強大、界面美觀，使用起來很人性化。后面的很多方法都是基于在這款軟件的使用之上，因此個人覺得要想對質粒圖譜了解更直觀，安裝這款軟件是非常必要的。而且，一旦安裝了這款軟件，你就發現這款軟件的軟件包里面會包括invitrogen公司的所有質粒圖譜信息和其他比較常見和經典的質粒圖譜。這里就不一一細說，各位蟲子可以自己體驗下。（這款軟件的下載和使用說明書站內很多）方法二：查找質粒圖譜的網站：這個之前有人求助質粒圖譜時，我在回應求助帖里面公布過幾個我經常用的網址，估計不是專題，很多人沒看到，現在在此重新總結下1.Vector Database地址：/g?a=vdb這個網站很頁面很人性化，直入主題，也是我經常用到一個網站，比如同樣這個帖子求pRS類質粒圖譜（注意，是一類質粒圖譜，沒關系，照樣能找到），直接在搜索框輸入pRS，可以看到，之類質粒一共有三十多個。找到自己需要的質粒名稱，點擊進入，就可以看到質粒圖譜了拿第一個質粒pRS413舉例，如上圖，質粒圖譜是不是很難看，對，我也覺得很難看，沒關系，看見view sequence了嗎？點擊進入，我們就得到該質粒圖譜的序列了。如何得到比較好看的質粒圖譜呢，看到GeneBank了嗎？對，熟悉vector的蟲子們肯定知道該如何做了，對，點擊進入，如下圖，復制所有的代碼部分，新建txt文件，粘貼上代碼后，將文件擴展名由txt更改為gb格式，導入vector，你就可以在vector里面看到質粒圖譜了。因為這個網站我經常用，并且和NCBI網站的運用方式一樣，以及和Vector軟件的配合使用，因此講解比較啰嗦。2.Vector DB網址：/vectordb/vector.html這個網站我也用得比較多，總結和分類都比較完整。基本包括了所有表達系統的質粒信息。不過唯一有一點不爽的就是，這個網站竟然沒有搜索欄啊，太不人性化了。那如何在那么多質粒信息中查找到我們所需要的質粒的信息呢？沒關系，我們有網頁字符查找功能，見紅色標記部分。方法是：網頁工具欄 編輯-在此頁上查找，然后輸入你的質粒名稱，就可以了。比如：我們輸入pRS，是不是就和搜索欄一樣出現有用信息了？點擊我們需要的質粒進入下以頁面，以質粒pRS303為例，如下圖。有用信息除了對該質粒進行的一些描述性語言外，最重要的要算是紅色標記部分了，sequence link進入是該質粒的序列。NCBI link，點擊直接進入了NCBI，如何在NCBI中得到質粒圖譜，下面將進行詳細解釋。3NCBI網址：/真不好意思，這么重要的網站，留到這時候才介紹，NCBI功能很廣泛，其他功能我就不介紹了，重點介紹如何用NCBI查找質粒圖譜信息。如下圖，search下拉框中選中Nucleotide，搜索欄輸入質粒名稱，拿pRS303舉例：search后，得到搜索結果，如下圖，點擊右邊的send to，選中file，genebank等選項，點擊Create File選項，得到一個gb格式的文件，導入vector軟件中，就得到了我們需要的質粒圖譜了。4其他查找質粒圖譜的網站：寒梅礪劍閣（不是很全）/5757561.htmlbioask/html/857.htmlAddGene（西瓜版主提供，真的是個非常不錯的網址）這兩個網站其實也很不錯的，使用方法都是大同小異，就不特別介紹了，希望就放收藏夾就可以了。方法三：一些重要試劑公司網頁 其實也是一些網站，因為這些網站除了得到質粒圖譜等信息，還可以得到關于質粒使用方面的信息，因此單獨拿出來做一個分類。做分子的蟲子都知道，現在很多質粒，特別是應用比較廣泛的質粒都一些公司商業化的質粒，基本是由一個質粒你就會聯想到一個公司的名字。 比如簡單的，克隆載體pMD18-T，TaKaRa，有木有；pGM-T，天根，有木有；一些表達載體，使用最廣泛的，pET系列，Novagen公司（默克）的；有雙MCS的Duet系列載體，Novagen的；畢赤酵母表達質粒pPIC3.5k，pPIC9k，pPICZA，pPICZaA等等，都是invitrogen的；另外一些pYES釀酒酵母表達系統，也是invitrogen的，因此知道常見的質粒是哪個公司的，去他們公司網站上肯定可以找到該質粒的相關信息。比如：這個蟲子求pGM-T載體序列，見帖子/bbs/viewthread.php?tid=3081308，如下圖，他們公司主頁有吧。另外：invitrogen公司：/site/cn/zh/home.htmlNovagen公司：/g.asp?f=NVG/pETtable.html在他們公司主頁搜索欄直接搜索質粒名稱，得到質粒序列，圖譜什么的都不成問題，而且可以下到表達系統操作手冊，原核表達看完pET表達系統操作手冊，真核系統看完畢赤酵母表達系統，一些表達方面的的知識你就是半個專家了，扯遠了。方法四：如何查找經過改造過的質粒的質粒圖譜 有些質粒是經過改造的，所以通過上述方法不能查詢到相應信息。這時，可以在google scholar中輸入質粒名稱，可以直觀地看哪些學者在何文章中使用了該質粒，從而可了解到質粒的來源；或者籍此向作者咨詢或索取。另外介紹下如何通過文獻查找經過改造的質粒的圖譜信息，Kuhlman, T. E. and E. C. Cox (2010). Site-specific chromosomal integration of large synthetic constructs. Nucleic Acids Res 38(6): e92.這篇文獻，介紹了一種大腸桿菌染色體整合的方法，文中介紹了三個質粒，是由作者自己改造了，如何查找到這三個質粒圖譜了呢？首先在PubMed中搜索到該文獻，如下圖。很多人，找到文獻，僅僅將文獻下載下來就OK了，其實還有很多有用的信息，比如文章的supplementary，還有如上圖右邊的標記部分，Nucleotide，protein都是一些很重要的