PubMed神技合輯內容綱要一、PubMed及NCBI相關數據庫簡介二、PubMed數據范圍

三、PubMed主頁的結構四、PubMed檢索方法以及檢索結果的處理五、PubMedCentralPubMed及相關數據庫介紹NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美國國立生物技術信息中心)NCBI是目前國際上幾個重要分子生物信息網站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員ClaudePepper發現計算信息處理方法對生物醫學研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibraryofMedicine（NLM）的部門之一。由于NLM具有建立與維護生物醫學數據庫經驗，且因它是NIH的單位，因此可執行計算分子生物計劃。NIH目前是全世界最大的生物醫學研究單位。NCBI成立的主要任務為：提供生物醫學的分析與計算工具，協助研究人員了解生物的語言--DNA在健康與疾病中所扮演的角色發展新技術協助了解調控健康與疾病的基本分子與遺傳過程，包括建立儲存與分析分子生物、生化與遺傳學知識的自動系統；促進研究與醫學社群使用數據庫與軟件；協調生物技術信息的傳遞與管理；執行以計算機為基礎的進階信息分析過程，用以分析生物重要分子的結構與功能。NCBI的組織架構NCBI主要分為三個部門，分別為：ComputationalBiologyBranch（CBB）、InformationEngineeringBranch（IEB）與InformationResourcesBranch（IRB），各部門分別具有不同的任務。NCBI的組織架構ComputationalBiologyBranch（CBB）處理運算、數學及分子生物、生物與遺傳學理論問題的基礎與應用研究，包括基因體分析、序列比對、序列搜尋方法、巨分子結構、動力學與交互作用、結構/功能預測等。建立NIH實驗室、政府機構、學術單位與產業界之生物學家、化學家、數學家與計算機科學家間的計算分子生物合作研究計劃。提供研究分子生物分析工具的咨詢與建議。與分子生物社群互動，利用計算與理論方法提高實驗研究質量。NCBI的組織架構InformationEngineeringBranch（IEB）進行數據表現與分析的應用研究，包括在分子生物、遺傳學與生物化學的計算機儲存、管理與檢索系統。設計各種呈現分子生物信息的數據庫架構與規格書，包括核酸、蛋白質與結構信息。設計與發展分布式軟件系統，提供研究人員本機與遠程的計算服務。協調公開序列、遺傳、結構、目錄信息，建立管理與整合數據庫或連結至外部數據庫。建立NIH內部與外部學術單位的信息學合作研究計劃。提供軟件與數據庫設計咨詢與建議。發展與提倡數據庫、數據交換與生物命名的標準。NCBI的組織架構InformationResourcesBranch（IRB）計劃、監督與管理NCBI的計算機技術操作，包含用來研究、發展與存取公開數據庫的計算機系統。提供NCBI人員與外來使用者技術支持。提供NCBI服務之網絡操作指導。規劃使用NCBI資源的教育訓練與研討會。計劃、發展與管理政府合約與合作協議書，已獲得支持NCBI信息功能的設備與服務。作為基因體計劃使用者與服務辦事處之聯絡人。執行應用研究與發展，提供技術支持與指導，鑒定使用者需求；管理生物使用社群之問卷調查，以評估NCBI發展的軟件使用情形。協調政府其它辦事處與生物信息資源，促進NCBI數據儲存的發展。NCBI的組織架構NCBI還有一個跨多學科的基礎研究群，組成人員包括計算機科學家、分子生物學家、數學家、生化學家與物理學家，共同致力于計算分子生物的基礎與應用研究。他們一起研究利用數學與計算機方法解決分子層面的基本生物醫學問題，這些問題包含了基因結構偵測與分析、序列分析、立體結構預測、重復序列類型（Pattern）、建立基因體圖譜、HIV感染動力學的數學模型、分析序列錯誤對數據庫搜尋的影響、發展數據庫搜尋與多重序列比對的新算法、建立無重復的序列數據庫、使用數學模型評估序列相似性在統計學上的重要性、建立文章檢索的載體（Vector）模型等。除此之外，這些研究人員尚與NIH的研究單位、學術單位的研究實驗室與政府機構的研究實驗室間維持合作關系，目前仍有多項研究計劃正在進行當中。NCBI資源NCBI目前提供的生物信息資源主要分為生物數據庫生物信息工具NCBI資源生物數據庫生物數據庫是一個永久數據的大的組織體，通常結合計算機軟件執行更新、查詢與存取數據的功能。對于研究人員而言，數據庫必須符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物問題的信息兩項功能。NCBI的數據庫搜尋與存取系統-Entrez，可用來獲取單一數據庫或許多數據庫的整合數據。例如Entrez蛋白質數據庫除了可查詢蛋白質信息，同時亦可連結到生物分類數據庫查詢生物分類信息。目前，NCBI提供的公開（OpenAccess）數據庫包括如下：Entrez以及BLASTEntrez是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列，定位，分類，和結構數據的搜索和檢索系統。Entrez同時也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個用以整合NCBI數據庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數據庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結構，全基因組，和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個強大和獨特的特點是檢索相關的序列，結構，和參考文獻的能力。雜志文獻通過PubMed獲得，PubMed是一個網絡搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜志引用的訪問，包含了鏈接到參與的出版商網絡站點的全文文章。BLAST是一個NCBI開發的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段。BLAST能夠在小于15秒的時間內對整個DNA數據庫執行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框尋覓器（ORFFinder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數據庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數據庫一種可選方法。Entrez可以檢索的數據庫Books出版社提供之數字生醫圖書與醫生參考書籍數據庫CancerChromosomes美國國立癌癥研究所的MitelmanDatabaseofChromosomeAberrationsinCancer數據庫里已經整合好的cytogenetic、臨床與文獻相關數據ConservedDomainDatabase（CDD），蛋白質功能區塊保留序列數據庫3DDomains，蛋白質功能區塊立體結構數據Gene，包含許多物種的基因數據庫Genome，包含超過800種物種的基因組數據庫GENSAT，小鼠中樞神經系統基因表現圖譜GEODatasets，基因表現實驗與生物芯片數值結果數據GEOProfiles，基因表現圖譜HomoloGene，同源基因批注數據庫Journals，期刊文獻（包含PubMed）MeSH，醫學文獻索引字符串NCBIWebSite，所有NCBI網頁NLMCatalog，美國國立醫學圖書館館藏書目、期刊、視聽數據目錄Nucleotidesequencedatabase，核酸序列數據庫（包含GenBank、RefSeq和PDB等三大序列數據庫）Entrez可以檢索的數據庫OnlineMendelianInheritanceinMan(OMIM)，人類遺傳疾病相關文獻數據庫PopSet，族群演化分析相關研究資料Proteinsequencedatabase，蛋白質序列數據庫（包含Swiss-Prot、PIR、PRF、PDB等數據庫與從GenBank、RefSeq核酸序列轉譯之蛋白質序列資料）PubChemBioAssay，化學成分之生物活性篩選資料PubChemCompound，小分子化學物質結構PubChemSubstance，具生物活性之化學物質篩選數據PubMed，科學文獻報導數據庫PubMedCentral，科學文獻數字全文數據庫SiteSearch，可搜尋NCBI的網頁與FTPSNP，單點核酸多樣性數據庫(dbSNP)Structure，分子模型數據(MMDB)Taxonomy，以核酸或蛋白質為基礎的分類學信息UniGene，人類unique基因序列數據庫UniSTS，unique序列卷標地址數據庫PubMed數據范圍數據類型：期刊論文、綜述、以及與其他數據資源鏈接。特點：免費提供題錄和文摘提供與原文的網址鏈接(部分免費獲取）提供檢索詞自動轉換匹配操作簡便、快捷PubMed數據范圍MEDLINE4800余種生物醫學期刊，內容涉及醫學、護理、牙科、獸醫、健康保健系統、前臨床醫學等學科。這些期刊來源于美國和世界上70多個國家和地區。文獻量達1千2百多萬條記錄，并回溯到1966年。記錄中用[indexedforMEDLINE]標記表示[注]截止2006年3月15日PubMed公布的數據In械p刮ro灶ce同ss摸c爺it旗at尖io商n提供ME傷DL殘IN宮E尚未撕經規水范處隔理的慕數據勝。獲Me旺SH詞后侮，再權加入ME丑DL塘IN法E。記錄睬中用[i嘩n慮pr屬oc巾es歉s]標記庭表示飯。Pu嗎bl喘is嫁he衫r央Su合pp旺li造ed褲C低it偏at隸io況ns出版徒商直浸接向Pu侍bM劣ed提供緞電子晨記錄包括ME藝DL匠IN煉E未收比錄的匠部分盈記錄記錄奸中用[P猶ub廚Me貼d-挪as認s不up升pl秀ie削d弓by抵p善ub夏li抹sh遭er牲]標記占表示芒。Ol帶dM祖ed佩li遭ne19湖50胡-1則96濫5年間饒發表紙的20設0多萬注篇文外獻沒有Me汗SH字段熄和摘送要記錄市中用[P績ub斤Me述d-擋OL初DM梁ED男LI里NE受f殺or溫P趟re氣19逐66羞]標記廉表示興。Pu枯bM衛ed姓n般ot稅M檔ed盈li相nePu掩bM點ed收錄Me囑dl錫in確e不收羅錄的袖文獻省。記錄要中用[P對ub拼Me做d]標記下表示萌。Pu矛bM黃ed與ME抖DL雜IN慚E的區休別收錄振范圍愉廣：ME欺DL區IN剖E收錄郵的部莫分生及命科俗學相盾關文蛋章的居非醫搏學專刑業期姐刊（蚊物理靜、天篇文、沿化學堪等）收錄著記錄軌新：在ME寒DL握IN清E數據子標引推前的終最新案題錄文獻閑類型咬全：提供劫電子端原文歸鏈接桶（部肆分免膛費）基本休檢索禍輸入舒框特征炸欄提乳供輔晴助檢索攝功能側欄描提供敵其他孔檢索防如期示刊數種據庫右檢索棕、規疲范詞這數據跑庫檢協索、遼特定認文獻綢檢索執行挽檢索Pu壯bM濕ed主頁Pu死bM壁ed基本賭檢索忘規則在檢趕索欄藥中輸錄入:一個恩或多沾個檢擋索詞(系統圣默認醬空格屈為AN博D檢索獨）自如：pl信ac兼en昨ta坊g飯ro嫁wt貫h姜ox飾yg額en培g也en瞇ba虜ce憐v選o著者遮姓名,姓在敏前,名首螺字母介在后謠。如:租sm類it利h臟ab刊名己輸全蠶稱或ME碌DL猶IN忠E認可貢的標黑準縮重寫形汗式如：cl按in諒e置xp建i另mm糕un傾ol布爾良邏輯信運算妨式：(運算超符須銳大寫厭）如捎：St仍em到[額ti逃]奪AN潤D鑄ne騙ur吵os燃ci魯en劉ce多個索檢索塔詞輸棋入Mo籍or亞e匹AM撰寫筒的有涼關接掛觸性曉皮炎確的文皂章刊名汗的輸估入（字竟段限壁定來婚源出SO）著者呼檢索mo歐or殘e蔬am浸[a角u]檢索必提問黨輸入僅檢秘索有竿文摘太的文溜獻Pu賄bM寒ed基本闖檢索塵規則截詞哈檢索址：tr族ea姓t*強迫甲短語社檢索觀：“br甩ca忠1尸”（不創再自墓動轉閉換匹榮配和布擴展秤檢索棍）Pu醋bM換ed基本促檢索難規則自動幅轉換罩檢索殊詞（au弟to尺ma柏ti聾c冬te章rm約m邪ap醋pi嘩ng）自動守對照液規范承詞表,期刊榴名表勞，短回語，販著者涂名索惕引,依次探尋找權轉短語起尋找族轉換單詞仇轉換單詞家在上世述四設個字館段尋席找轉時換在騎所有膏字段煉中轉抄換如：逗輸入st暫em測[t野i]喝A銀ND擋n飽eu狠ro膊sc稈i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夏ic洗al戒A吸le幕rt）19宴91年開租始，NI迅H美國吉衛生細健康僅研究青所不內定期充公布克能引毅起死閉亡率介和致夏病率貿升高譜的臨如床試框驗項久目重站要新芬聞稿殊。五.檢索朋結果殖輸出顯示雨檢索琴結果保存獎檢索吉結果保存施檢索鴿策略打印鞠檢索郵結果顯示肢字段矩選擇色（Di稍sp今la汁y)Ab炒st朝ra銀ct摘re飄po肝rt時:來源廁期刊匯、標澇題、謝著者燦、著葉者地尺址、關記錄妻性質為、文團獻類捕型、擇勘誤敲、評率論、PM溫ID或UI、摘聾要。Ci用ta甲ti宋on牲R衫ep歲or慎t: