距離法構建進化樹演示文稿現在是1頁\一共有30頁\編輯于星期五變形距離法如果假定速率恒定在各譜系間不成立則UPGMA法可能會給出錯誤的拓撲圖現在是2頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是3頁\一共有30頁\編輯于星期五不過該拓撲圖錯誤也許能用被稱為變形距離法(transformeddistancemethod)的校正方法來訂正。簡單地說此法是用一個組外單位outgroup作參照物來對被研究譜系間進化速率不等的情況作一些校正，然后對新得到的距離矩陣應用UPGMA法從而推測出該樹的拓撲圖。現在是4頁\一共有30頁\編輯于星期五組外單位是一個我們對其有外在認識的(OTU)。這些外在認識，如分類學的或古生物學的知識能清楚地表明該(OTU)已先于所有其他被研究的(OTU)而從其共同祖先分岐出來。在現在的例子中，我們假定分類單位對所有別的分類單位來說是一個組外單位，那么即可當作參照物，并用下式來變換距離。現在是5頁\一共有30頁\編輯于星期五這里dij是變形距離i=A,B或C，d=(dAD+dBD+dCD)/3d項的引入是為了保證所有dij的值都是正的在我們的例子里d=37/3而新距離矩陣中關于分類單位A、B和C的值為所以A和B最先被聚類在一起,然后,C再加入到該樹中。現在是6頁\一共有30頁\編輯于星期五Least-squaresmethod最小二乘法（LS）

包括一般LS法和加權LS法容許各個分支核苷酸替代速率有所不同算法：實踐中，可能的拓撲結構非常多，逐個計算不可能。一般采用計算一個拓撲結構，然后利用分支交換法搜索。現在是7頁\一共有30頁\編輯于星期五在標準的LS法中，所有可能的拓樸結構的相比后，最小的拓樸結構即為最終的樹現在是8頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是9頁\一共有30頁\編輯于星期五分支長度的估計現在是10頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是11頁\一共有30頁\編輯于星期五有時某一被估出的枝長可能會是負的由于實際枝長絕不可能是負的所以最好用來代替這樣的估值現在是12頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是13頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是14頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是15頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是16頁\一共有30頁\編輯于星期五最小進化（EM）法原理在本方法中，所有分支長度估計的和為：所有可能的拓撲結構都要計算S值，具有最小S值的拓撲結構被挑選作為最優樹我們已提及分支長度的LS估計是由距離估計dij的函數給出的，即現在是17頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是18頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是19頁\一共有30頁\編輯于星期五Neighborjoiningmethod在一個無根兩分叉樹中,如果兩個OTU通過一個內部節點聯結,則它們就被說成是近鄰(neighbors)比如4個OTU，i、j、m、n。、假定第一個和的值最小，那么我們把i和j對以及m和n對都記1分,其余對記0分。在對所有可能的四單位組都評過分以后,得總分最高的對子即被選為第一個近鄰對現在是20頁\一共有30頁\編輯于星期五算法用NJ方法構建一棵星狀樹，這就是假設不存在聚合群如果估計一棵星狀樹的分支長度并計算出所有分支的總和（S0），那么這個數目應該比真實樹或最終的樹的Sf要大現在是21頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是22頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是23頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是24頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是25頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是26頁\一共有30頁\編輯于星期五現在是27頁\一共有30頁\編輯于星期五Neighborjoiningmethod鄰接法的一般步驟如下1．采用了Jukes-Cautor單參數模型，計算出第i條和第j條序列距離dij計算公式：其中q為兩個序列中相應位置上相同堿基的概率現在是28頁\一共有30頁\編輯于星期五Neighborjoiningmethod2．計算第i個葉子結點（即第i個序列）的凈分歧度ri其中N是葉子結點的個數，dik為葉子結點i和葉子結點k之間的距離現在是29頁\一共有30頁\編輯于星期五Neighborjoiningmethod3．計算任意兩兩結點i和j之間的速率校正距離（rate-correcteddistance）M