1、精選優質文檔-傾情為你奉上附件三 生物信息學分析一、 基礎生物信息學分析1. 有效測序序列結果統計 有效測序序列：所有含樣品barcode（標簽序列）的測序序列。 統計該部分序列的長度分布情況。 注：合同中約定測序序列條數以有效測序序列為準。 圖形示例為：2. 優質序列統計 優質序列：有效測序序列中含有特異性擴增引物、不含模糊堿基、長度大于可供分析標準的序列。統計該部分序列的長度分布情況。 圖形示例為：3. 各樣本序列數目統計： 統計各個樣本所含有效測序序列和優質序列數目。 結果示例為：樣品有效序列優質序列AB4. OTU生成： 根據序列的相似性，將序列歸為多 個OTU（操作分類單元），以便后

2、續分析。OTU nameABCDEFGHOTU11494102725245124136101OTU200000000OTU3231423151729OTU40470110517OTU5192882957453039OTU600000000OTU7018294241451260OTU800000000.5. 稀釋曲線（rarefaction 分析） 根據第4條中獲得的OTU數據，做出每個樣品的Rarefaction曲線。本合同默認生成OTU相似水平為0.03的rarefaction曲線。 rarefaction曲線結果示例： 6. 指數分析計算各個樣品的相關分析指數，包括： 豐度指數：acech

3、ao 多樣性指數：shannonsimpson 本合同默認生成OTU相似水平為0.03的上述指數值。多樣性指數分析結果示例：注：默認分析以上所列指數，如有特殊需要請說明。7. Shannon-Wiener曲線 利用各樣品的測序量在不同測序深度時的微生物多樣性指數構建曲線，反映各樣本在不同測序數量時的微生物多樣性。當曲線趨向平坦時，說明測序數據量足夠大，可以反映樣品中絕大多數的微生物信息。繪制默認水平為：0.03。例圖：8. Rank_Abuance 曲線 根據各樣品的OTU豐度大小排序作豐度分布曲線圖。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖：9. Specaccum物種累積曲線（大

4、于10個樣品） 物種累積曲線( species accumulation curves) 用于描述隨著抽樣量的加大物種增加的狀況，是理解調查樣地物種組成和預測物種豐富度的有效工具，在生物多樣性和群落調查中，被廣泛用于抽樣量充分性的判斷以及物種豐富度( species richness) 的估計。因此，通過物種累積曲線不僅可以判斷抽樣量是否充分，在抽樣量充分的前提下，運用物種累積曲線還可以對物種豐富度進行預測。10. 樣品OTU分布及分類學信息 OTU產生后，統計各個樣品含有OTU情況及每個OTU中含有序列的數目。同時，將所有序列與Silva庫比對，得到序列的分類學信息。通過尋找最近祖先方法，得

5、到每個OTU的分類學信息。本合同默認分析相似性水平為0.03的OTU。 結果為一份xls文件，文件內容示例為：第一列為OTU編號，第一行為各個樣品名稱，中間數字表示該列樣品在此行OTU中所占的序列數目，最后一列為該行OTU的種屬信息。二、 高級生物信息學分析11. OTU 分布VENN圖 注：選擇一組不多于五個樣品，分析樣品間OTU重合情況，將結果以VENN圖形式展示。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖：12. 多樣品相似度樹狀圖I （樣品無分組） 注：選定需要分析的多個樣品作為一組對比分析，使用jest算法，比較該組分析中各樣品在OTU (0.03)水平上的群落結構相似度并作

6、出樹狀圖。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖： 13. 多樣品相似度樹狀圖II （樣品有分組） 注：選定需要分析的多個樣品作為一組對比分析，使用jest算法，比較該組分析中各樣品在OTU (0.03)水平上的群落結構相似度并作出樹狀圖。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖： 14. 群落結構組組分圖（共_N_組分析） 注：選定一個或多個需要分析的樣品，選定一個分類學水平，按照相應多樣性信息作圖，反應各樣品的群落結構。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 可選分類學水平：門、綱、目、科、屬；同一組樣品選擇多個分類學水平為多組分析。 例圖：15. 多樣品相似度樹與柱狀圖組合分析（默認提供門的水平） 左邊是樣品間基于群落組成的層次聚類分析，右邊是樣品的群落結構柱狀圖。16. PCA主成分分析（樣品無分組） 選取多個樣品，進行PCA分析。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖：17. PCA主成分分析（樣品有分組信息） 選取多個樣品，進行PCA分析。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）。 例圖：18. 群落Heatmap圖（確定分類學水平及圖片顏色） 選擇多個樣品，作出其在選定的分類學水平上群落結構 Heatmap圖。結果文件默認為PDF格式（其它格式請注明）