1、u 序列檢索序列檢索（NM_015013 NM_015013 ）u BioeditBioedit軟件介紹和部分功能使用軟件介紹和部分功能使用u 序列格式轉(zhuǎn)換序列格式轉(zhuǎn)換u 序列比對序列比對上機(jī)實習(xí)上機(jī)實習(xí) 核酸序列的基本分析方法核酸序列的基本分析方法u 序列檢索序列檢索u BioeditBioedit軟件介紹和部分功能使用軟件介紹和部分功能使用u 序列格式轉(zhuǎn)換序列格式轉(zhuǎn)換u 序列比對序列比對Bioedit軟件介紹和部分功能使用軟件介紹和部分功能使用 Bioedit軟件的菜單 File：文件菜單 Edit：編輯菜單 Sequence: 序列菜單 Alignment： 排列菜單 View：視圖菜單

2、 Accessory Application：應(yīng)用程序菜單 RNA：RNA序列分析菜單 World wide web：網(wǎng)絡(luò)菜單 Options：選項菜單 Window：窗口菜單 Help：幫助菜單 Lasergeneu 分子量（分子量（molecular weightmolecular weight） 1. 確定確定DNA序列的分子量和堿基組成序列的分子量和堿基組成v 單鏈單鏈DNA（single strand DNA，ssDNA）v 雙鏈雙鏈DNA（double strand DNA，dsDNA）u 堿基組成（堿基組成（compositioncomposition）v 各種堿基數(shù)量各種堿基數(shù)

3、量v 各種堿基比例各種堿基比例u 分析舉例分析舉例在本地計算機(jī)上利用在本地計算機(jī)上利用BioEdit工具進(jìn)行分析工具進(jìn)行分析打開要分析序列的文件并打開要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”欄目選擇欄目選擇“New from Clipboard”粘貼序列粘貼序列選擇選擇被粘貼序列被粘貼序列的名稱，在的名稱，在“Sequence”欄目點擊欄目點擊“Nucleic AcidNucleotide Composition”文字文字分析結(jié)果和分析結(jié)果和圖形圖形結(jié)果結(jié)果 2. 序列變換序列變換AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATG

4、AATGCTAGATCTCACGAGA AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGA 原始原始DNA序列序列TTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCTTTTTTACCGGTACCCAGGTGTGCGTCACTCTACTTACGATCTAGAGTGCTCT互補(bǔ)序列互補(bǔ)序列（complement)AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAAAGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGG

5、TACCGGTAAAAA反向序列反向序列（reverse)TCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTTTCTCGTGAGATCTAGCATTCATCTCACTGCGTGTGGACCCATGGCCATTTTT反向互補(bǔ)序列反向互補(bǔ)序列（reverse complement)AAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGAAAAAAUGGCCAUGGGUCCACACGCAGUGAGAUGAAUGCUAGAUCUCACGAGARNA序列序列u DNADNA序列之間變換序列之間變換u DN

6、ARNA序列之間變換序列之間變換v 分析方法（舉例）分析方法（舉例）在本地計算機(jī)上利用在本地計算機(jī)上利用BioEdit工具進(jìn)行分析工具進(jìn)行分析打開要分析序列的文件并打開要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”欄目選擇欄目選擇“New from Clipboard”粘貼序列粘貼序列選擇選擇被粘貼序列被粘貼序列的名稱，在的名稱，在“Sequence”欄目點擊欄目點擊“Nucleic AcidComplete”獲得互補(bǔ)序列、獲得互補(bǔ)序列、“Nucleic AcidReverse Complete”獲得反向互補(bǔ)序列、獲得反向互補(bǔ)序列、“Nucleic A

7、cidDNA-RNA”獲獲得得RNA序列序列在在“Edit”欄目選擇欄目選擇“Copy Sequence to clipboard (Fasta Format)”將獲得的序列粘貼到另一個文件將獲得的序列粘貼到另一個文件u DNA蛋白質(zhì)序列之間變換蛋白質(zhì)序列之間變換AAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAGAAAAATGGCCATGGGTCCACACGCAGTGAGATGAATGCTAGATCTCACGAG K N G H G S T R S E M N A R S H E K N G H G S T R S E M N A R S H

8、 E閱讀框閱讀框 1K M A M G P H A V R K M A M G P H A V R * * M L D L T R M L D L T R閱讀框閱讀框 2K W P W V H T Q K W P W V H T Q * * D E C D E C * * I S R I S R閱讀框閱讀框 3v 分析方法翻譯全長分析方法翻譯全長DNA序列（舉例序列（舉例1）在本地計算機(jī)上利用在本地計算機(jī)上利用BioEdit工具進(jìn)行分析工具進(jìn)行分析打開要分析序列的文件并打開要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”欄目選擇欄目選擇“New from

9、 Clipboard”粘貼序列粘貼序列選擇選擇被粘貼序列被粘貼序列的名稱，在的名稱，在“Sequence”欄目點擊欄目點擊“Nucleic AcidTranslate Frame 1”獲得氨基酸序列獲得氨基酸序列分析分析結(jié)果結(jié)果v 分析方法翻譯選擇的分析方法翻譯選擇的DNA序列區(qū)段（舉例序列區(qū)段（舉例2）在在SRS檢索主頁（檢索主頁（http:/srs.ebi.ac.uk）點擊）點擊“Tools”在在Tool網(wǎng)頁網(wǎng)頁選擇選擇“Nucleic ToolsNucleic Translation Transeq”，點擊，點擊“Launch”在在Transeq網(wǎng)頁網(wǎng)頁選擇閱讀框和遺傳密碼類型，選擇閱讀

10、框和遺傳密碼類型，輸入編輸入編碼區(qū)碼區(qū)，粘貼序列，粘貼序列分析分析結(jié)果結(jié)果v 分析方法翻譯選擇的分析方法翻譯選擇的DNA序列區(qū)段，顯示序列區(qū)段，顯示DNA和和氨基酸序列（舉例氨基酸序列（舉例3）在在SRS檢索主頁（檢索主頁（http:/srs.ebi.ac.uk）點擊）點擊“Tools”在在Tool網(wǎng)頁網(wǎng)頁選擇選擇“Nucleic ToolsNucleic Translation ShowseqN”，點擊，點擊“Launch”在在ShowseqN網(wǎng)頁網(wǎng)頁在在“display format”欄目選擇欄目選擇“one frame translation”、選擇閱讀框和遺傳密碼類型，、選擇閱讀框和遺

11、傳密碼類型，輸入編碼區(qū)輸入編碼區(qū)，粘，粘貼序列貼序列分析分析結(jié)果結(jié)果3.分析限制性內(nèi)切酶（分析限制性內(nèi)切酶（restriction endonuclease）消化）消化位點位點u 展示展示DNA序列的酶切位點圖序列的酶切位點圖u 可選擇限制性內(nèi)切酶可選擇限制性內(nèi)切酶u 分析方法（舉例）分析方法（舉例）在本地計算機(jī)上利用在本地計算機(jī)上利用BioEdit工具進(jìn)行分析工具進(jìn)行分析打開要分析序列的文件并打開要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”欄目選擇欄目選擇“New from Clipboard”粘貼序列粘貼序列選擇選擇被粘貼序列被粘貼序列的名稱，在

12、的名稱，在“Sequence”欄目點擊欄目點擊“Nucleic AcidRestriction Map”分析分析結(jié)果結(jié)果在在“Create Restriction Map”頁面中選擇限制性內(nèi)切酶種頁面中選擇限制性內(nèi)切酶種類、選擇閱讀框等后點擊類、選擇閱讀框等后點擊“Generate Map”4. DNA序列格式修飾序列格式修飾u 根據(jù)需要展示根據(jù)需要展示DNA序列序列v 10個堿基一列個堿基一列，每行每行n列列v 用用數(shù)字刻度數(shù)字刻度顯示每個堿基位置顯示每個堿基位置v 用用顏色顏色顯示不同堿基顯示不同堿基v 在序列左側(cè)在序列左側(cè)標(biāo)注序列名稱標(biāo)注序列名稱v 分析方法（舉例）分析方法（舉例）在本地

13、計算機(jī)上利用在本地計算機(jī)上利用BioEdit工具進(jìn)行分析工具進(jìn)行分析打開要分析序列的文件并打開要分析序列的文件并copy序列，在序列，在BioEdit分析工分析工具的具的“File”欄目選擇欄目選擇“New from Clipboard”粘貼序列粘貼序列選擇選擇被粘貼序列被粘貼序列的名稱，在的名稱，在“File”欄目點擊欄目點擊“Graphic View”在在“BioEdit Sequence Alignment Editor”頁面中頁面中選擇各種參數(shù)修飾序列選擇各種參數(shù)修飾序列u 序列檢索序列檢索u BioeditBioedit軟件介紹和部分功能使用軟件介紹和部分功能使用u 序列格式轉(zhuǎn)換序列格式轉(zhuǎn)換u 序列比對序列比對核酸序列的分析方法核酸序列的分析方法DNA序列格式轉(zhuǎn)換序列格式轉(zhuǎn)換u 根據(jù)需要轉(zhuǎn)換根據(jù)需要轉(zhuǎn)換DNA序列序列v SeqVerter 1.3v ForCon 1.0v Readseq 2.1.22 /molbio/readseq/ 6. 上機(jī)操作上機(jī)操作v 分別在分別在Genbank數(shù)據(jù)庫中檢索數(shù)據(jù)庫中檢索NM_015013 ，并查，并查看該序列的文本（看該序列的文本（flat file）文件內(nèi)容）文件內(nèi)容;v 試比較試比較Genbank和和EMBL格式中主要字段的異