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文檔簡介
1、肺腺癌患者血清生物標志物的篩選研究 【摘要】 目的 采用SELDI-TOF-MS技術探討肺腺癌患者血清蛋白標志物,并建立一個穩定、簡便、快速的實驗方法。方法 肺腺癌患者321例和正常對照人群321例,按照年齡、性別、吸煙史的有無進行1:1配對,采用WCX2芯片技術進行血清蛋白質組學研究,用蛋白芯片閱讀器PBSII對芯片進行掃描、分析。結果 肺腺癌患者血清蛋白圖譜與正常對照組相比,存在15個差異表達蛋白(P<10-5),其中包括11個高表達蛋白,分子量分別是1860Da、4055Da、4195Da、4211Da、4959Da、5329Da、59
2、80Da、6313Da、6880Da、7762Da、9281Da,4個低表達蛋白,分子量分別是2564Da、2932Da、3082Da、3442Da。顯著高表達的潛在標志物5個,相對分子量分別為4055Da、4211Da、4959Da、5329Da和7762Da,以峰值比1.5為界值時, 其診斷肺腺癌的靈敏度分別為90.41%、78.08%、50.68%、57.53% 、72.60,特異度分別為97.06%、93.44%、71.15%、76.36%、94.92,選用4055Da、4211Da、4959Da、5329Da和7762Da建立決策樹模型對樣品進行篩選驗證,其準確率為85.00%,靈敏
3、度為86.67%,特異度為83.33%。結論 用該技術能篩選出靈敏度和特異性較好的差異表達蛋白,為肺腺癌的早期發現提供了一種新的、無創傷的實驗方法,可能具有較好的臨床應用前景。 【關鍵詞】 肺腺癌;生物標志物;SELDITOFMS;蛋白質組學 The screening study on lung adenocarcinoma serum biomarkers by SELDI-TOF-MS 【Abstract】 Objective To select relative s
4、pecific biomarkers in serum from lung adenocarcinoma patients using surface-enhanced laser desorption and ionization time of flight mass spectrometry (SELDI-TOF-MS) protein chip technology.Methods Serum samples from 321 lung adenocarcinoma patients, 321 healthy volunteers with matched gender, age an
5、d history of smoking were analyzed using WCX2 potein chip to screening potentially biomarkers. Proteomic spectra were generated by mass spectrometry.Results Five highly expressed potential biomarkers were identified with the relative molecular weights of 4055Da, 4211Da, 4959Da, 5329Da and 7762Da. Th
6、e sensitivity for diagnosing lung adenocarcinoma was 90.41%, 78.08%, 50.68%, 57.53%, 72.60%; and specificity was 97.06%, 93.44%, 71.15%, 76.36%, 94.92%, when the critical point was made 1.5. The sensitivity for diagnosing lung adenocarcinoma was 86.67%, and specificity was 83.33% by applied to this
7、protein fingerprints pattern validation.Conclusion SELDI-TOF-MS protein chip technology is a quick, easy, convenient, and high-throughput analyzing method capable of selecting several relatively specific, potential biomarkers from the serum of lung adenocarcinoma patients and may have attractive cli
8、nic value. 【Key words】 lung adenocarcinoma; biomarkers; SELDI-TOF-MS; proteomics 肺癌是目前全球發病率最高的惡性腫瘤之一,對人類健康的危害日益嚴重。目前,肺癌早期診斷困難。80%肺癌患者就診時已屬晚期, 失去了手術根治的機會,放療化療效果不佳, 5年生存率不到15%;而早期肺癌手術后5年存活率達70%1,但肺癌早期確診率只有約15%,故肺癌總的預后不良,與肺癌缺乏有效的早期診斷手段有關。因此,尋找靈敏度、特異性高的早期診斷方法是目前臨床亟待解決
9、的問題之一。 蛋白質組學作為后基因組學時代的重要研究工具,在腫瘤研究中已廣泛應用。表面增強激光解析離子化飛行時間質譜技術(surface-enhanced laser desorption Ionization time of flight mass spectrometry, SELDI-TOF-MS)是一種新興的蛋白質組學研究技術。使用這種技術,組分復雜的生物樣品(如細胞液或體液)中的各種蛋白質通過特定的表面基團吸附于蛋白質芯片上,用激光脈沖輻射使結合在芯片上的蛋白質解析形成荷電離子,這些不同質荷比的離子在真空電場中飛行的時間長短不同,據此繪制出質譜圖,
10、可以簡便、快速地獲得各種蛋白質的分子量、豐度等信息。本研究使用SELDI技術,檢測已明確診斷肺腺癌的患者血清樣本,繪制蛋白質質譜圖,分別與正常人進行比照,篩選出肺腺癌顯著高表達的潛在標志物5個,并建立決策樹模型對樣品進行篩選。尋找肺癌發生發展的生物標志物,從而為肺癌的早期診斷提供新的依據。 1 對象與方法 1.1 研究對象 1.2 方法 2 結果 2.1 肺腺癌患者與正常人群血清中蛋白質波譜峰的比較 肺腺癌患者與正常
11、人血清差異表達蛋白篩選情況,見圖2。 2.2 差異表達蛋白質診斷肺腺癌的價值評價 篩選出的五個肺腺癌差異表達蛋白質波峰的相對分子量分別為4055Da、4211Da、4959Da、5329Da、7762Da, 分別以峰值比1.5為界值時, 其診斷肺腺癌的靈敏度分別為90.41%、78.08%、50.68%、57.53%、72.60,特異度分別為97.06%、93.44%、71.15%、76.36%、94.92(見表1)。表1 肺腺癌高表達蛋白質波峰(略) 2.3 選擇差異表達蛋白建立決策樹模型 肺腺癌的判斷模型由Cipher
12、gen公司Biomarker Pattern Software(BPS)完成,通過選擇差異蛋白峰建立決策樹模型。BPS自動選用4055Da、4211Da、4959Da、5329Da、7762Da(M/Z)建立模型可以顯著區分2組患者(見圖3略)。圖3表示,此決策樹具有3層5個葉節點,100例樣本在根節點處被7762Da(節點1)標志蛋白劃分為兩組,峰值48.530的51例樣本進入節點2,后用4211Da標志蛋白劃分,39例判斷為對照,12例判斷為患者進入節點4,后用4959Da標志蛋白劃分,8例判斷為對照,4例判斷為患者;峰值>48.530的49例樣本進入節點3,后用5329Da標志蛋白劃分,1例判斷為對照,48例判斷為患者進入節點5,后用4055Da標志蛋白劃分,2例判斷為對照,46例判斷為患者。 2.4 建模后雙盲篩選 隨機抽取60例(30例患者、30例對照)血
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