1、實驗一 計算機網上操作基本技能訓練學時數：3目的要求：1、掌握windows常用操作2、熟練掌握上網操作基本方法及技能。3、掌握利用網絡進行資料搜集的多種方法實驗內容：一、windows xp/2000的操作1、熟悉界面以及內含的各種窗口2、進行文件夾以及文件操作3、應用程序的應用4、進行圖文編排5、網絡配置6、自我安裝windows 2000作業：1、在D盤建立一個以自己名字命名的文件夾2、在Word中創建一個如何進行網絡配置以及安裝windows xp/2000的文檔，并以恰當文件名保存到自己的文件夾中二、熟練掌握上網操作基本方法及技能1、熟悉Internet Exporer 的基本使用方

2、法及相關技巧，熟悉Internet Exporer網絡配置。2、利用outlook express或其它郵件軟件收發E-mail，掌握免費電子郵箱的申請方法,并且，能收發電子郵件。3、掌握網上軟件下載及安裝方法。4、掌握WINDOWS 系統的升級方法和安裝安全補丁5、用IE或netscape等瀏覽工具瀏覽、搜索各類信息6、運用FlashGet 或網絡螞蟻等下載工具進行網絡資料的下載以及運用各種上傳工具上傳資料到網絡7、利用Winzip或Winrar等壓縮工具進行文件的壓縮與解壓8、學習使用Telnet、ftp9、在網上自主學習了解與生物信息學相關的計算機語言，如C語言、Perl語言作業：1、

3、請一個自已的免費電子郵箱，并發一封電子郵件到master2、從網絡上下載任意一個軟件，并安裝到計算機上。3、用WINDOWS UPDATE 升級和打補丁。4、用FTP獲取一個蛋白質結構分析軟件比如rasmol，下載后保存到你的文件夾中，運用其進行蛋白質結構分析。5、載一個有關C語言的教程，并保存到你的文件夾中，進行參考學習。生物信息學實驗二目的要求1掌握序列檢索的操作方法；2熟悉GenBank數據庫序列格式及其主要字段的含義；3了解EBML數據庫序列格式及其主要字段的含義；4熟悉GenBank數據庫序列格式的FASTA序列格式顯示與保存；5熟悉分子生物學軟件的搜索與下載。實驗準備 實驗前復習第

4、1章1.2 生物信息學數據庫及其分析；1.3基本序列數據庫注釋及序列格式。實驗內容1使用Entrez信息查詢系統檢索核酸序列BC060830和NM_000230，連接提取該序列內容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義；2 GenBank數據庫序列格式的FASTA序列格式顯示與保存；3使用SRS信息查詢系統檢索核酸序列BC060830，連接提取該序列內容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義；使用搜索引擎搜索并下載DNAClub和BioEdit軟件。生物信息學實驗三目的要求1.掌握已知序列接受號的核酸序列檢索的基本步驟；2.掌握未知序列接受號的核酸序列檢索的基本步驟；3.熟悉使用BioEdit軟件進行核酸

5、序列的基本分析。實驗準備 實驗前復習第2章2.1 核酸序列的檢索；2.2核酸序列的基本分析。實驗內容1.使用Entrez信息查詢系統檢索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因組DNA、外顯子和5調控區 (promoter) 等核酸序列，連接提取該序列內容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義；2. 使用SRS信息查詢系統檢索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因組DNA、外顯子和5調控區 (promoter) 等核酸序列，連接提取該序列內容，閱讀序列格式的解釋，理解其含義；3.使用BioEdit軟件對上述核酸序列進行分子質量、堿基組成、堿基分布、序列變換以及限制性酶切分析等基本分析；4.使用

6、DNAClub軟件對上述核酸序列進行序列變換和限制性酶切分析；5.從BioEdit軟件的“help”欄了解該軟件的其它功能。實驗操作1.調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網址(/Entrez)；2.在Search后的選擇欄中選擇nucleotide；3.在輸入欄輸入homo sapiens leptin;4.點擊go后顯示序列接受號及序列名稱等;5.查找人leptin (obesity homolog, mouse) mRNA序列（提示：NM_000230），點擊序列接受號后顯示序列詳細信息； 6.將序列轉為FASTA格式

7、保存7.根據從NM_000230了解的基因定位信息查找人瘦素的基因組DNA (Contig) 的序列接受號及序列識別號，點擊序列接受號顯示序列詳細信息；8.在輸入欄輸入homo sapiens leptin exon查找人瘦素外顯子序列；9.在輸入欄輸入homo sapiens leptin promoter查找人瘦素5調控區序列;10.按上述步驟用SRS信息查詢系統檢索人瘦素 (leptin) 的mRNA、基因組DNA、外顯子和5調控區 (promoter) 等核酸序列；11.將上述核酸序列輸入BioEdit和DNAClub軟件進行序列基本分析；12.打開BioEdit軟件，點擊“help”

8、欄，閱讀“contents”。 生物信息學實驗四目的要求1. 掌握cDNA序列可讀框架分析；2. 熟悉基于核酸序列對齊分析的真核基因結構分析（內含子/外顯子分析）；3. 熟悉使用NCBI查詢系統進行基因組序列分析的基本步驟；4. 了解基因的電子表達譜分析。實驗準備實驗前復習第2章2.4 基因的電子表達譜分析；2.6 cDNA對應的基因組序列分析；2.7基于核酸序列對齊分析的功能預測；2.8可讀框架分析。實驗內容1.使用BioEdit軟件對人瘦素 (leptin) 的mRNA序列進行可讀框架分析；2.使用NCBI查詢系統進行人瘦素 (leptin) 的基因組序列分析和基因的電子表達譜分析；3.使

9、用Blast2進行人瘦素 (leptin) mRNA序列與其外顯子或基因組序列的對齊分析。實驗操作1.將人瘦素 (leptin) 的mRNA序列輸入BioEdit軟件進行可讀框架分析：打開BioEdit軟件將人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列輸入分析框點擊左側序列說明框中的序列說明點擊sequence欄選擇nucleic acid點擊find next ORF查看起始密碼位置和編碼區范圍（57557）；2.參照教材使用NCBI查詢系統進行人瘦素 (leptin) 的基因組序列分析和基因的電子表達譜分析；3.人瘦素 (leptin) mRNA序列與其外顯子或基因組序列的對齊分

10、析：調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Blast2網址(/gorf/bl2/html) 將人瘦素 (leptin) mRNA和外顯子的FASTA格式序列分別輸入sequence2和sequence1分析框或將人瘦素 (leptin) mRNA和基因組序列的GI版本號輸入sequence2和sequence1的GI版本號框點擊Align后顯示兩序列對齊的詳細信息查找mRNA序列上各外顯子的位置。樣式為自帶默認樣式，最佳調用寬度500px，高度350px！ 生物信息學實驗五目的要求1.熟悉使用BioEdit（或DNAClub）軟件進行核酸

11、序列的點突變定位；2.掌握引物設計的基本要求，并熟悉使用Primer3軟件進行引物設計。實驗準備 實驗前復習第2章2.11 引物設計。實驗內容1.使用BioEdit（或DNAClub）軟件進行核酸序列的點突變定位定位；2.使用Primer3軟件進行人瘦素 (leptin) 基因點突變引物和mRNA定量引物的設計。實驗操作1.人瘦素 (leptin) 基因編碼區點突變408 AC的定位：打開BioEdit軟件將人瘦素 (leptin) mRNA的FASTA格式序列輸入分析框點擊左側序列說明框中的序列說明點擊Sequence欄選擇Nucleic Acid點擊Find next ORF從起始密碼AT

12、G的第一個堿基開始查找該基因編碼區408（464，NM_000230）位堿基（A）；2.人瘦素 (leptin) 基因編碼區點突變408 AC的限制酶切點分析：再點擊Sequence欄選擇Nucleic Acid點擊Restriction Map點擊Generate Map按鈕找到該基因編碼區408（464，NM_000230）位堿基后可見該位置有限制酶Hind III的切點（AAGCTT）；（提示：如發生408 AC突變，則該酶切點消失）；3.人瘦素 (leptin) 基因編碼區點突變408 AC分析的引物設計：調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入primer3網址（www-genom

13、/cgi-bin/primer/primer3.cgi）用復制/粘貼方式將人瘦素 (leptin) mRNA（NM_000230）的FASTA格式序列輸入分析框在targets框填入464，1選擇Product Size (300 bp)和Primer Tm (58.0) 點擊Pick Primesr按鈕從顯示的五隊引物中選擇合適的引物；4.人瘦素 (leptin) mRNA定量的引物設計：方法同“3. 人瘦素 (leptin) 基因編碼區點突變408 AC分析的引物設計”，但在targets框將突變點位置改為外顯子交會點位置，另外Product Size 一般選擇15

14、0 bp。生物信息學實驗六目的要求1掌握蛋白質序列檢索的操作方法；2熟悉蛋白質基本性質分析；3熟悉基于序列同源性分析的蛋白質功能預測，了解基于motif、 結構位點、結構功能域數據庫的蛋白質功能預測；4了解蛋白質結構預測。實驗準備 實驗前復習第3章 3.1蛋白質序列檢索；3.2蛋白質基本性質分析；3.3蛋白質功能預測；3.4蛋白質結構預測。實驗內容1.使用Entrez和SRS信息查詢系統檢索人脂聯素 (adiponectin)蛋白質序列；2.使用BioEdit軟件對上述蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成、和疏水性等基本性質分析；3.對人脂聯素蛋白質序列進行基于NCBI/Blast軟件的蛋白質同

15、源性分析；4.對人脂聯素蛋白質序列進行motif結構分析；5.對人脂聯素蛋白質序列進行二級結構和三維結構預測。實驗操作1.人脂聯素蛋白質序列的檢索：n調用Internet瀏覽器并在其地址欄輸入Entrez網址(/Entrez)n在Search后的選擇欄中選擇proteinn在輸入欄輸入homo sapiens adiponectinn點擊go后顯示序列接受號及序列名稱n點擊序列接受號NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 Homo sa

16、piens)后顯示序列詳細信息n將序列轉為FASTA格式保存(參考上述步驟使用SRS信息查詢系統檢索人脂聯素蛋白質序列)2. 使用BioEdit軟件對人脂聯素蛋白質序列進行分子質量、氨基酸組成和疏水性等基本性質分析：n打開BioEdit軟件將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列輸入分析框點擊左側序列說明框中的序列說明點擊sequence欄選擇protein點擊Amino Acid Composition查看該蛋白質分子質量和氨基酸組成；n或者選擇protein后，點擊Kyte & Doolittle Mean Hydrophobicity Profile查看該蛋白質分子疏水性水平；3.人脂聯

17、素蛋白質序列的蛋白質同源性分析：（1）進入NCBI/Blast網頁（2）選擇Protein-protein BLAST (blastp) （3）將FASTA格式序列貼入輸入欄（4）點擊BLAST（5）查看與之同源的蛋白質4.人脂聯素蛋白質序列的motif結構分析：（1）進入http:/hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN網頁（2）將人脂聯素蛋白質序列的FASTA格式序列貼入輸入欄 （3）點擊Scan（4）查看分析結果（注意Prosite Profile中的motif information）5.人脂聯素蛋白質序列的二級結構預測：（1）進入http/www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html (The PredictProtein Server)網頁（2）在You can欄點擊defau