1、伯杰氏鑒定手冊 一本有代表性的、參考價值極高、比較全面系統(tǒng)的細菌 分類手冊。 由美國布瑞德 (Breed) 等人主編。 1923 年第 1 版， 后于 1925、 1930、1934、1939、1948、1957、 1974 年相繼 出版了第 2 至第 8 版，每個版本都反映了當時細菌學發(fā)展的 新成就。其中第 8 版有美、英、德、法等 14 個國家的細菌 學家參加了編寫工作，對系統(tǒng)內(nèi)的每一屬和種都做了較詳細 的屬性描述。近年來，由于細胞學、遺傳學和分子生物學的 滲透，大大促進了細菌分類學的發(fā)展，使分類系統(tǒng)與真正反 映親緣關(guān)系的自然體系日趨接近。第9 版(1984 ，1986) 中實質(zhì)性的變化，

2、 象征著細菌分類學的發(fā)展進入新的階段。 第一， 手冊更名，原書名為伯杰氏鑒定細菌學手冊 (Bergey 's Manual of Determinative Bacteriology) ，第 9 版由于內(nèi) 容增加，范圍擴大，提高了手冊的實用性，同時指出各類細 菌間的關(guān)系，所以改名為伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊 ; 第二， 由 1 卷分成 4 卷，這是考慮到能及時反映新進展和使用者的 方便; 第三，細菌在生物界的地位， 8、9 版間無變動，但它 們的高級分類單位有很大變化 (見下表 ) ，尤其嗜鹽細菌和產(chǎn) 甲烷細菌，根據(jù)胞壁分析和 DNA序列分折，另列疵壁菌門， 古細菌綱 ; 第四，趨近自然體系

3、，在各級分類單位中全面應 用核酸研究 ; 在表型特征的基礎上，以 DNA 資料給予決定性 的判斷。使人為的分類體系過渡到自然體系的理想進一步付諸實現(xiàn)細菌高級分類單位原核生物界(Procaryotae)薄壁菌門(Gracilicutes)暗細菌綱(Scotobacteria)無氧光細菌綱(Anoxyphotobacteria)產(chǎn)氧光細菌綱(Oxyphotobacteria)厚壁菌門(Firmicutes)厚壁菌綱(Firmicuteria)放線菌綱(Thallobacteria)軟壁菌門(Tendericutes)柔膜菌綱(Mollicuteria)疵壁菌門(Mendosicutes)古細菌綱(

4、Archacobacter伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊(2004版)Bergey' s manual of systematic bacteriology (second edition,2004)伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊”第二版的分類伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊(2004版)Bergey' s manual of systematic bacteriology(second edition,2004)伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊第二版的系統(tǒng)細菌學手冊(Bergey ' s Manual of Systematic Bacteriology) ，包括五冊，共 30section

5、s ，主 要根據(jù)細菌的rRNA、DNA及蛋白質(zhì)序列進行分類。第一冊為古細菌、藍綠藻菌、光合作用菌和具分支菌屬。第二冊為 Proteobacteria 。第三冊為G+C值低的革蘭氏陽性菌。第四冊為G+C值高的革蘭氏陽性菌。第 五冊為 Planctomycetes 、 Spirochaetes 、 Fibrobacters 、Bacteroides 、Fusobacteria 。從1984年第一版開始發(fā)行以來，細菌分類已取得了巨 大進展，新命名的種成倍增加、新描述的屬也在170個以上，尤其是80年代末以來，rRNA DNA蛋白質(zhì)序列分析方法日 趨實用，因而為細菌的系統(tǒng)發(fā)育積累了不少新的資料。因此

6、已經(jīng)有可能對其第一版進行新的修訂。第二版預計分5卷出版，從已報導的資料看，它更多地依靠系統(tǒng)發(fā)育資料對細菌 分類群的總體安排進行了較大的調(diào)整。第二版將原核生物分 為30組，5卷大致的內(nèi)容安排如下：燈第一卷：114組。包括古生菌、藍細菌、光合細菌和 最早分支的屬|(zhì)第二卷：1519組。包括變形桿菌(屬革蘭氏陰性真細第三卷：2022組。包括低G+C含量的革蘭氏陽性細菌第四卷：23組。包括高G+C含量的革蘭氏陽性細菌(放 線菌類).第五卷：2430組。包括浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌(屬革蘭氏陰性細菌類廠.有關(guān)系統(tǒng)手冊第二版的分類大綱見下表表 伯杰氏系統(tǒng)細菌學手冊第二版分類綱要分類群代表屬一

7、、古生菌、藍細菌、光合細菌和最早分支的屬古生菌嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)1 組 熱變形菌、硫化葉菌和嗜壓菌 熱變形菌屬 (Thermoproteus)、硫化葉菌 屬(Sulfolobus)廣古生菌界 (Euryarchaeota)2 組產(chǎn)甲烷菌 甲烷桿菌屬(Methanobacterium)3 組鹽桿菌鹽桿菌屬(Halobacterium)、鹽球菌屬 (Halococcus)4 組熱原體 熱原體屬(Thermoplasma)等5 組熱球菌古生球菌屬(Archaeoglobus)、熱球菌屬 (Thermococcus)最早分支的屬細菌(真細菌)6 組 產(chǎn)液菌和有關(guān)的細菌產(chǎn)液菌屬(

8、Aquifex)、氫桿菌屬(Hydrogenobacter)7 組熱袍菌和地袍菌熱袍菌屬(Thermotoga)、地袍菌屬(Geotoga)、熱脫硫桿菌屬(Thermodesulfobacterium)8 組異常球菌 異常球菌屬(Deinococcus)9 組棲熱菌棲熱菌屬(Thermus)、磁桿菌屬(Magnetobacterium)10 組產(chǎn)金色菌 產(chǎn)金色菌屬(Chrisiogenes)11 組綠屈撓菌和滑柱菌綠屈撓菌屬(Chloroflexus)、滑柱菌屬(Herpetosiphon)12 組 熱微菌 熱微菌屬(Thermomicrobium)13 組原綠藍細菌和藍細菌原綠藍細菌屬(Pr

9、ochloron) 、聚球藍細菌屬(Synechococcus)、顫藍細菌 屬(Oscillatoria)、魚腥藍細菌屬 (Anabaena)、念珠藍細菌屬(Nostoc)、真枝藍細菌屬(Stigonema)等14 組 綠菌 綠菌屬(Chlorobium)、暗網(wǎng)菌屬 (Pelodictyon)二、變形桿菌細菌變形桿菌界(Proteobacteria)15 組 a你變形桿菌 紅螺菌屬(Rhodospirillum) 、立克 次氏體屬(Rickettsia) 、柄桿菌屬(Caulobacter)、根瘤菌 屬(Rhizobium)、布魯 氏菌屬(Brucella)、硝化桿菌屬 (Nitrobacte

10、r) 、甲基桿菌屬(Methylobacteriun) 等16 組變形桿菌 奈瑟氏菌屬(Neisseria)、產(chǎn)堿桿 菌屬(Alcaligenes)、亞硝化單胞菌屬(Nitrosomonas)、嗜 甲基菌屬(Methylophilus) 、硫桿菌 屬(Thiobacillus) 、伯 克霍爾德氏菌屬(Burkholderia) 等17 組丫變形桿菌 著色菌屬(Chromatium)、亮發(fā)菌屬(Leucothrix)、軍團菌屬(Legionella) 、假單胞菌屬 (Pseudomonas)、固氮菌屬(Azotobacter )、弧菌屬(Vibrio) 、 埃希氏菌屬(Escherichia)、

11、克雷伯氏菌屬 (Klebsiella) 、 變形桿菌屬(Proteus)、沙門氏菌屬(Salmonella)、志賀氏 菌屬(Shigella)、伊爾森氏菌屬 (Yersinia)、嗜血桿菌屬(Haemophilus)18 組變形桿菌 脫硫弧菌屬(Desulfovibrio) 、蛭弧菌屬(Bodellovibiro)、粘球菌屬(Myxococcus)、多囊菌屬(Polyangium)19 組&變形桿菌 彎曲桿菌屬(Campylobacter)、螺 桿菌屬(Helicobacter)三、低G+C含量的革蘭氏陽性細菌20 組 梭菌和有關(guān)的細菌 梭菌屬(Clostridium)、消化 鏈 球菌

12、屬(Peptostreptococcus) 、 真桿菌屬 (Eubacterium)、脫硫腸狀菌屬 (Desulfotomaculum ) 、韋榮氏菌屬 (Veillonella) 等21 組 柔 膜 菌 枝 原 體 屬 (Mycoplasma) 、 尿 原 體 屬 (Ureaplasma) 、螺原體屬 (Spiroplasma) 、無膽甾原體屬 (Acholeplasma)22 組 芽孢桿菌和乳桿菌 芽孢桿菌屬 (Bacillus) 、顯核 菌屬 (Caryophanon) 、類芽孢桿菌屬 (Paenibacillus) 、高溫 放 線 菌 屬 (Thermoactinomyces) 、 乳

13、 桿 菌 屬 ( Lactobacillus) 、鏈球菌屬 (Streptococcus) 、腸球菌屬 (Enterococcus) 、葡萄球菌屬 (Staphylococcus) 、利斯特氏 菌屬 (Listeria)四、高G+C含量的革蘭氏陽性細菌23 組 放 線 桿 菌 綱 (Actinobacteria) 放 線 菌 屬 (Actinomyces) 、 微 球 菌 屬 (Micrococcus) 、 節(jié) 桿 菌 屬 (Arthrobacter) 、棒桿菌屬 (C orynebacterium) 、分枝桿菌 屬(Mycobacterium)、諾卡氏菌屬(Nocardia)、游動放線菌 屬

14、(A ctinoplanes)、丙酸桿菌屬(Propionibacterium) 鏈霉菌屬 (Streptomyces) 、高溫單孢菌屬 ( Thermomonospora) 、 弗蘭克氏菌屬 (Frankia) 、馬杜拉放線菌屬 (Actinomadure) 、 雙歧桿菌 屬 (Bifidobacterium)浮霉狀菌屬五、浮霉狀菌、螺旋體、絲桿菌、擬桿菌和梭桿菌24 組 浮霉狀菌、衣原體和有關(guān)的細菌(Planctomyces) 、衣原體屬 (Chlamydia)25 組 螺旋體 螺旋體屬 (Spirochaeta) 、疏螺旋體屬 (Borrelia) 、 密 螺 旋 體 屬 (Treponema) 、 小 蛇 菌 屬 (Serpulina) 、鉤端螺旋體屬 (Leptospira)26 組 絲狀桿菌 絲狀桿菌屬 (Fibrobacter)27 組 擬桿菌 擬桿菌屬 (Bacteriodes) 、卟啉單胞菌屬 (Porphyromonas) 、普雷沃氏菌屬 (Prevotella)28 組 黃桿菌 黃桿菌屬 (Flavobacterium)29 組 鞘氨醇桿菌、 屈撓桿