1、廈 門 大 學(xué)基礎(chǔ)創(chuàng)新科研基金（本科生項目）申 請 書項 目 名 稱 多物種多聚腺苷化位點的 在線識別平臺研發(fā) 項 目 編 號 申 請 人 _ 陳功 _所 在 學(xué) 院 信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院 專 業(yè) 年 級 計算機類一年級 聯(lián) 系 電 話電 子 郵 件 2762825873 導(dǎo) 師 姓 名 吉國力 _導(dǎo) 師 職 稱 教授、博導(dǎo) 起 止 年 限 2014/7 2016/7 填 寫 日 期 _廈門大學(xué)教務(wù)處制2012年1月6日 學(xué) 院信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院項目名稱多物種多聚腺苷化位點的在線識別平臺研發(fā)項目負(fù)責(zé)人姓名陳功學(xué)號22920132203736院系計算機類專業(yè)計算機類年級大

2、一郵箱2762825873手話項目組成員學(xué)生姓名性別出生年月學(xué)院/系別所在專業(yè)/年級學(xué)號簽字陳功男1996/12信科/計算機類計算機類/1班22920132203736馮雙全男信科/計算機類計算機類/1班22920132203763陳盛泉男1995/11信科/計算機類計算機類/1班22920132203748陳若晗男信科/計算機類計算機類/1班22920132203747洪賡男信科/計算機類計算機類/1班22920132203773指導(dǎo)教師姓名吉國力出生年月職稱/學(xué)位教授、博導(dǎo)研究方向聯(lián)系電箱glji導(dǎo)師組姓名職稱/學(xué)位研究方向聯(lián)系電話郵箱

3、一、前期基礎(chǔ)（500字以內(nèi)）吉老師的科研團隊目前已發(fā)表有關(guān)植物多聚腺苷化位點識別的SCI論文14篇（相關(guān)研究論文見附件）。目前對于植物多聚腺苷化位點識別已經(jīng)在GHMM位點識別模型的基礎(chǔ)上開發(fā)出poly(A)位點識別軟件(Poly(A) Site Sleuth，PASS）。使用PASS可以很有效地識別植物基因的潛在poly(A)位點，輔助生物人員進行實驗分析，很大程度地提高了后期實驗的效率以及方便了生物技術(shù)人員的操作。PASS可以方便地實現(xiàn)數(shù)據(jù)的導(dǎo)入導(dǎo)出、位點識別計算、輸出識別結(jié)果、繪制分值圖、敏感度指定度的計算、曲線圖的描繪以及中英雙語界面切換等等。然而目前的多聚腺苷化位點識別平臺為軟件版，由

4、于C/S的可拓展性較差，對以后生物信息分析平臺的拓展和功能的多樣化產(chǎn)生了較大的限制。并且當(dāng)前的多聚腺苷化位點識別軟件僅限于對擬南芥的位點識別，對于其他的植物物種還不能進行有效的位點識別，在使用范圍上有很大限制。二、項目實施思路（2000字以內(nèi)）1研究意義本項目構(gòu)建一個多物種多聚腺苷化位點的預(yù)測分析在線平臺，能夠有效識別基因潛在的多聚腺苷化位點，輔助生物實驗數(shù)據(jù)分析，目的是促進位點分析與識別研究的發(fā)展。2研究目標(biāo)、主要內(nèi)容、成效研究目標(biāo)：（1） 本項目將研發(fā)一個Web在線多物種多聚腺苷化位點識別平臺，使其能適應(yīng)水稻等多種植物物種的多聚腺苷化位點識別。努力使該多聚腺苷化位點識別平臺的使用范圍更廣，

5、具有更高的科研應(yīng)用價值，為生物科學(xué)的研究提供幫助。（2） 改進基于廣義馬爾科夫位點識別模型識別算法，提高位點識別效率和準(zhǔn)確性。（3） 借助B/S的比較強的可拓展性，為以后研究的進一步擴展，生物信息分析平臺功能的多樣化提供良好的基礎(chǔ)。主要內(nèi)容：（1） 學(xué)習(xí)生物信息學(xué)中有關(guān)mRNA轉(zhuǎn)錄中多聚腺苷化的過程（2） 研究預(yù)測識別多聚腺苷化位點所需的生物數(shù)學(xué)建模和分析算法（3） 利用C+，perl，及LAMP開發(fā)環(huán)境進行平臺的開發(fā)、構(gòu)建和維護成效：（1）本項目將研發(fā)一個Web在線多物種多聚腺苷化位點識別平臺，使其能適應(yīng)水稻等多種植物物種的多聚腺苷化位點識別，并通過改進基于廣義馬爾科夫位點識別模型算法，提高

6、位點識別效率和準(zhǔn)確性。本項目將努力使該多聚腺苷化位點識別平臺的使用范圍更廣，具有更高的科研應(yīng)用價值，為生物科學(xué)的研究提供幫助。同時借助B/S的比較強的可拓展性，為以后研究的進一步擴展，生物信息分析平臺功能的多樣化提供良好的基礎(chǔ)。（2）發(fā)表一篇SCI論文。3研究方案（1） 查找相關(guān)資料，學(xué)習(xí)生物信息學(xué)知識，主要是m-RNA轉(zhuǎn)錄過程中關(guān)于多聚腺苷化的方面。（2） 學(xué)習(xí)C+和perl語言，研究相關(guān)的算法，并在已有算法的基礎(chǔ)上進行改進。（3） 學(xué)習(xí)lamp集成開發(fā)環(huán)境，編寫代碼，并用lamp進行網(wǎng)絡(luò)平臺的研發(fā)。（4） 進行功能實現(xiàn)并對已開發(fā)的平臺進行后期維護。4可行性分析(1)課題現(xiàn)狀： 對于植物多聚

7、腺苷化位點預(yù)測、識別的研究正在向多物種，多功能化發(fā)展。同時，在線平臺的構(gòu)建也是多聚腺苷化位點識別平臺的發(fā)展方向。這正是本項目的研究方向。(2)項目指導(dǎo)老師：承擔(dān)了多項國家自然科學(xué)基金面上項目、高等學(xué)校博士學(xué)科點專項科研基金-優(yōu)先發(fā)展、高等學(xué)校博士學(xué)科點博導(dǎo)專項科研金、國際合作項目，發(fā)表多篇SCI論文，具有很強的科研實力。(3)本項目負(fù)責(zé)人：大一通過新生研討課與指導(dǎo)老師建立起聯(lián)系，并參與了實驗室一些在研項目的了解和學(xué)習(xí)，主要有：全基因組水平植物信使RNA選擇性多聚腺苷化調(diào)控研究；全基因組水平研究植物選擇性多聚腺苷化與SNPs的關(guān)聯(lián)性。對現(xiàn)在申請的項目有了基本的了解。5特色與創(chuàng)新項目特色：（1）

8、使用范圍更廣，能夠?qū)Χ辔锓N的多聚腺苷化位點進行預(yù)測識別（2） 位點預(yù)測準(zhǔn)確度高，引入敏感度和指定度兩個指標(biāo)對預(yù)測結(jié)果進行評估（3） 可拓展性強，預(yù)留數(shù)據(jù)通信接口，為后續(xù)更多的位點識別模塊提供入口創(chuàng)新點：（1） 將植物的多聚腺苷化位點識別從單物種擴展到多物種，擴大了應(yīng)用范圍（2） 改進基于廣義隱馬爾科夫位點識別模型算法，提高位點識別效率和準(zhǔn)確性（3） 將識別平臺從C/S發(fā)展成B/S，為以后的功能拓展提供了基礎(chǔ)6研究支持條件（1）指導(dǎo)教師對本項目的支持情況：1.會為本項目提供實驗開發(fā)環(huán)境，并提供數(shù)據(jù)及相關(guān)資料；2.為本項目研發(fā)提出指導(dǎo)性意見；3.會讓其團隊中的碩士生協(xié)助本項目的開展。（2）三、項目

9、管理（400字以內(nèi)）1項目人員組成及分工陳功 第一學(xué)期在計算機類中排名第一，高等數(shù)學(xué)成績突出，校優(yōu)秀共青團員。 馮雙全 成績前10%，編程能力強，參與了-項目 陳盛泉 在加入三個學(xué)生機構(gòu)、三個社團并擔(dān)任班委的同時取得了年級前5%的成績。 洪庚 -陳若晗 -2項目研究時間安排第一階段（2014年7月 2015年3月）查找相關(guān)資料，研讀相關(guān)文獻(xiàn)，學(xué)習(xí)相關(guān)的算法并在已有的算法的基礎(chǔ)上進行改進。第二階段（2015年3月 2015年12月）提高編程能力，搭建開發(fā)框架，編寫平臺代碼，實現(xiàn)具體功能。第三階段（2015年12月 2016年7月）整理材料，撰寫論文。3.經(jīng)費預(yù)算及經(jīng)費使用經(jīng)費類型經(jīng)費預(yù)算能源動力

10、費7000會議、差旅費50000文獻(xiàn)檢索費3000論文出版費10000儀器設(shè)備購置費30000總計100000四、申請者承諾 我保證上述填報內(nèi)容真實，如果獲得項目資助，我將嚴(yán)格遵守學(xué)校有關(guān)規(guī)定，切實保證研究工作時間，按計劃認(rèn)真開展研究工作，按時報送有關(guān)材料，按時完成研究項目。若填報失實或違反規(guī)定，本人將承擔(dān)全部責(zé)任。 申請人簽字： 年 月 日五、導(dǎo)師意見（600字以內(nèi)）1.項目研究的選題意義2.項目研究方案的科學(xué)性3.項目研究方案的可行性 導(dǎo)師承諾我遵守學(xué)術(shù)道德，切實負(fù)起項目指導(dǎo)教師責(zé)任。加強項目的指導(dǎo)和監(jiān)管，認(rèn)真組織和指導(dǎo)項目的實施工作，保證項目質(zhì)量，按預(yù)期目標(biāo)完成研究任務(wù)。嚴(yán)格執(zhí)行財務(wù)制度，本