海參的皮層內含有許多石灰質的骨片或骨針，是海參的內骨骼，也是海參綱動物的重要特征。骨片一般都很小，被認為是古老或胚胎期骨骼的殘留。海參骨片的形狀或大小依種類而異，并且十分穩定，是海參分類上的最重要依據。海參（刺參）骨片的形狀隨著年齡而變化。幼小刺參的桌形骨片的塔部細高，底盤較大，周圍平滑，老齡刺參的桌形骨片塔部變低或消失，只剩下小型的穿孔盤。骨片是海參類分類的重要根據，通常在顯微鏡下檢查鑒別經處理過的骨片。骨片的檢查處理通常采用兩種方法：剪取一小塊體壁放人試管中，然后加水浸沒，再滴入數滴氫氧化鉀或氫氧化鈉溶液，然后將試管置于酒精燈上加熬使體璧溶解，待骨片沉于管底，倒出多余的水后加水洗凈，再用小吸管吸取一二滴放于載玻片上進行鏡檢。用刀片割取體壁數小塊，切取的越薄越好，然后將其依次放人80%、90%、95%和純酒精中進行脫水，再用二甲苯透明，如需保存；可用加拿大樹膠封片保存，如不需要制片保存，則在片上滴上一滴甘油便可觀察，但不夠清晰。要了解海參的內部器官構造，必須將海參解剖。由肛門的背緣開始至觸手列的外側，用剪刀沿背側將體壁切開，然后：把縱切斷部的兩側左右分開，邊緣用大頭針固定于蠟盤上，然后加水將其淹沒，以觀察其內臟。刺參盡管其外形令人生畏，但其內臟還是綺麗可觀。 （1）體壁 體切開后即可見到厚的體壁，這是供人們食用的部分，在體壁的內面有5條縱走的肌肉束，3條位于腹壁。各束中央有工狹長的縱溝。（2）消化系統 由口、咽、食管、胃、腸及排泄腔組成。口位于圍口膜中央，周圍有括約肌，沒有咀嚼器。觸手將其抓捕黏著的食物送人口中，借括約肌的收縮送入咽部。咽部為口向下的一段，其周圍有1個石灰環，石灰環是由5個白色石灰質的輻片和5個間輻片構成的，咽部下段為食管。食管下端是富有彈性的胃囊。胃囊下連接著粗細大致均勻的腸管，腸是消化食物和吸收營養的部分。腸管為體長的3倍多，腸靠腹壁的懸腸膜連接懸掛在體腔內。腸道首先在體的右側直向體的后端，此段稱之為第一小腸，然后在左側，復又折向上方，為第二小腸，最后再在體中央折向下方，稱之為大腸，終于肛門，肛門在體的末端。腸壁很薄，腸前部2/3段多為黃色，后段為淡黑色。腸末端的膨大部分為排泄腔，其周圍有許多放射狀肌肉連接在體壁。由于輻射肌的伸縮，使排泄腔能排出糞便，并可使海水進、出水肺（呼吸樹），以行呼吸和排便作用。（3）呼吸系統 從排泄腔的側壁向體腔內伸人1條短而粗的薄壁管，再由此分出2枝樹枝狀的管子，各枝向前端分出多數小分枝盲囊，稱之為呼吸樹或水肺。呼吸樹左側常較右側長，左側呼吸樹的細枝與腸管上面的背血管叢（血管網）相密接；右側的前端盲囊則不與血管相接，直接進人體腔中。呼吸樹除有呼吸作用外還兼有排泄作用。（4）右灰環 石灰環位于食管前端，是一個膨大的不透明的球狀環，它包繞著咽部j即各由5個主輻和間輻組成的10個大型的骨板結合成包圍咽部的咽球（pharyngeal bulb），它支撐并保護著消化管的始端。（5）水管系統 又稱步管系統。它可分為環狀水管和輻水管。環狀水管 環狀水管在石灰環的后方，圍繞著食管，是一個無色透明的小環。在環水管的腹鍘，伸出1個膨大且尖端變細的盲囊，稱之為波里氏囊，一般認為它具調節水管內水壓的作用。環水管的背側有1個細而白的，多少有些彎曲且尖端膨大的細管，稱之為石管。石管嵌在背懸腸膜內，末端成為篩板。刺參的篩板是生在體腔內的，這與海星及海膽類篩板的位置不同。篩板通常為進入海水的通道，由于刺參的篩板在體腔內，因而水管內的液體來自于體腔液。輻水管 從環狀水管發出5條輻水管，每個輻部有1條，其中2條在背面，3條在腹面。5條輻水管向后各沿5條縱肌中央縱溝延伸到體末端，同時它向兩側分出許多側枝，其腹面的側枝連接管是，背面的側枝連接疣足。在管足的基部形成壇囊，壇囊的肌肉伸縮能力很強，囊內有瓣狀的構造，能配合囊的伸縮使水流出人管足，壇囊的收縮作用亦可幫助身體的運動，環水管向前分出觸手水管伸人觸手內腔，在其基部同樣有觸手壇囊。（6）循環系統 刺參無心臟，其血循環系統是由血管及血竇（也稱異網）組成。血液透明呈淡褐色。背腸血管 它位于腸的背面。在腸前段2/3處呈U字形。這條血管向腸壁分出很多細小的支管，右側的支管較為粗大，分支也少；左側的支管較細，分支也多，構成背血竇，它與左側的呼吸樹相密接。腹腸血管 位于腸的腹面，并且在第一和第二小腸的前1/3處靠1條橫的較粗血管將兩段腸上的腹血管相連。環狀血管 黃白色，位于環狀水管的后緣，它連接著兩條背、腹血管。此外，腹腸血管的支管又分出無數毛細血管與背腸血管所分出的無數毛細血管相密接。江靜波等認為海星、海膽、海參和蛇尾都有圍血系統（偽血系統）和循環系統，而海膽、海參的循環系統較明顯。圍血系統（Perihaemal system）是由體腔的一部分演變而來，其血竇是原體腔的殘留，由許多不規則的葡萄狀空隙構成，又稱腔隙組織。其所含液體內含游離的細胞（海參是紅細胞），因此相當于其他動物的血管。Hyman（1983）認為這種血液系統的管道缺少襯膜層，最好稱為血竇或血腔隙。筆者考慮到以前多數著者的習慣用法，因此仍稱為循環系統，實際上應改為圍血系統。（7）生殖系統 生殖腺位于食管懸垂膜的兩惻，為1束樹枝狀的細管。其主分枝為1113條分枝組成，其分枝很長，在生殖季節有的分枝可達30厘來甚至更長，各主、分枝又分出若干次級小分枝。這些主分枝向前在食管懸垂膜處匯合成為一總管，它通過體壁開口于頭背側的生殖孔。在生殖季節，雌性生殖腺呈橘紅色。雄性生殖腺呈淡乳黃色或乳白色。非生殖季節生殖腺細小，難以從生殖腺的顏色上分辨雌、雄。刺參雖為雌雄異體，但在外觀上尚難以區分出性別。 （8）神經系統 刺參的神經系統與其他棘皮動物相似。神經組織是由網狀神經纖維構成神經叢，再由神經叢構成神經系統。口神經系統 又稱為外神經系統，有圍食管的神經環，由神經環伸出5條輻神經達體后端。其排列與水管系統相同，其分枝末梢分布在管足、疣足和觸手的各壇囊以及體表皮層內