［分享］核酸數據庫DNA和蛋白質相互作用數據庫這是DNA和蛋白質相互作用數據庫的網站。根據意想中的多個目的，有關的數據正在收集中。比如對大腸桿菌DNA結合蛋白已證實位點與非位點進行編目，為其他大腸桿菌數據庫及序列條目提供注解，解釋在整個基因組中體內甲基…/dpinteract/詳細資料四氫生物蝶吟這是四氫生物蝶吟的網站，在該網站上，有關于BH4的國際數據庫，BH4缺陷及其引起變異的國際數據庫，BH4缺陷的一般知識，監測方法和雙親組織等，蝶吟的結構和生物合成以及蘇黎世的研究組織、參考實驗室、會議等和發表?../詳細資料NCBI分類學主頁此網頁是美國生物技術國立研究中心的分類學數據庫。此庫收錄的物種超過55,000種。任何物種在GenBank中對應的核酸和蛋白質序列至少一條。此界面是一個分類學瀏覽器目錄，用戶可通過目錄直接進入瀏覽資源。/Taxonomy/詳細資料原核生物核糖體RNA操縱子拷貝變異數據庫原核生物核糖體RNA操縱子拷貝變異數據庫（rrndb）提供與原核生物基因組中rRNA操縱子的拷貝數的相關信息。現在數據庫已包括467個條目，可以通過物種屬名，種名及亞種名，以及系統發生群等術語和作者，文章標題，時間?../rrndb/servlet/controller人類特定轉錄物數據庫人類特定轉錄物數據庫HUNT是由經過序列分析和結構分析后注釋的人類全長cDNA序列。所有的cDNA克隆是Helix研究所利用寡核苷酸圖譜法和部分序列分析評估得出的。網站同時提供啟動子鑒定，模體分析和重疊群組裝等分析工?..http://www.hri.co.jp/HUNT生物信息學：數據庫生物信息學：數據庫刊錄了2001和2002核酸研究新的和更新的數據庫一覽表。此頁面提供數十個數據庫的鏈接，包括十分聞名的GenBank,DBCAT,EMBL,DDBJ,COG,MIPS,PIR,SWISS-PROT等。/?section=bio-dbCARBBANK和CCSDCCSD是一個包含復和糖類結構和相關文本的數據庫。這些信息主要來自科學的出版物和提交物。CARBBANK是一個允許使用CCSD數據庫文件信息的計算機軟件。它有一個編輯器，可產生數據庫記錄和尋找作者、結構、組成、分支數…http://bssv01.lancs.ac.uk/gig/pages/gag/carbbank.htm蛋白質和DNA識別數據庫蛋白質和DNA識別數據庫和工具是一個幫助研究者了解核酸和蛋白質識別機制的系統。這個數據庫由蛋白質核酸復合物數據庫（蛋白質核酸復合物的結構數據匯集）、堿基氨基酸相互作用數據庫（堿基氨基酸相互作用結構信息）?..http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/3dinsight/recognition.html蛋白質核酸復合物數據庫蛋白質核酸復合物數據庫是一個包含蛋白質核酸復合物結構數據的數據庫。這些數據按照復合物中蛋白質的識別模體和DNA形式分類。搜索界面使用戶通過關鍵詞、識別模體、DNA形式等搜索數據庫，并且搜索結果直接和3DinSigh...http://www.rtc.riken.go.jp/jouhou/3dinsight/complexdb.html詳細資料AA索引AA索引是氨基酸索引數據庫。它包含20種氨基酸的各種物理、化學和生物學參數的數值，以及序列聯配用的各種置換矩陣，例如PAM和BLOSSUM矩陣等。網頁上還有參考、應用、檢索和下載信息等。http://www.genome.ad.jp/dbget/aaindex.html詳細資料部分2：OWLOWL數據庫是一個復合的、非冗余的數據庫，由大量的初級來源包括核酸序列的翻譯組裝而成。其最高的優先權是根據SWISSPROT數據庫，加上NBRF/PIR和BrookhavenPDB三維結構數據庫NRL3D。通過序列的比較和剔除嚴格重復序?..http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Bioinformatics/Databases/owl-helpGenPept數據庫GenPept數據庫中的條目來自于GenBank核酸序列數據庫。它們包含最少的注釋、主要從GenBank相應條目摘錄而來。對于全面的注釋，可據GenPept條目的訪問號碼閱讀GenBank中的條目。http://bioinfo.md.huji.ac.il/databases/genpept.shtml歐洲核糖體RNA數據庫這是歐洲核糖體RNA數據庫的網站。該數據庫由比利時的Antwerp大學于1983年建立，自2003年起由Ghent大學負責管理。它是一個關于核糖體RNA的結構、功能、數據庫、引物、軟件等的綜合信息的數據庫，主要包含rRNA數據庫SS...httP：//oberon.fvms.ugent.be:8080/rRNA/index.htmllsu核糖體RNA數據庫這是lsu核糖體RNA數據庫的網站。該數據庫是歐洲核糖體RNA數據庫組成部分之一。這是一個為科研機構提供lsu核糖體亞單位RNA結構的數據庫。這個數據庫包含特殊分布式格式的數據。此數據庫包括每個序列的二級結構元件的?..http://oberon.fvms.ugent.be:8080/rRNA/lsu/index.htmlCBS數據發布CBS數據發布由丹麥技術大學生物序列分析中心提供的數據庫。其涉及mRNA和其相應蛋白的二級結構歸屬、氧-糖基化蛋白質、蛋白質和多肽的磷酸化位點、出核信號、信號肽、基因組大小等。http://genome.cbs.dtu.dk/databases/5s核糖體RNA主頁此是5s核糖體RNA的數據庫。當前發布的版本包含來自不同物種的1,985個5s核糖體RNA、及其基因、5s核糖體RNA的一級結構。檢索形式按真核和原核生物，并且按字母順序列表。此外，網頁上還提供序列瀏覽器和網頁瀏覽器。http://rose.man.poznan.pl/5SData/假紐結數據庫假紐結數據庫是一個可供科研機構使用的RNA假紐結的匯集。此網頁為用戶提供的資源包括紐結的環和莖的大小，多重假紐結，莖的位置詳述，序列核苷酸和假紐結有關的出版物等。http://wwwbio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.htmlPLMItRNA數據庫數據庫中的每個條目包含一個信息的和一多序列聯配的部分。第一部分報告了tRNA分子或基因的特征。在多序列聯配部分，所有檢測的同源的序列都被聯配。綠色植物、隱藻門、紅藻、Stramenopiles（包括褐藻、黃藻、硅藻、...r.it/PLMItRNA/UTR主頁UTR主頁是真核生物mRNA的5?端和3,端非翻譯區序列的非冗余數據庫，其包含UTR數據庫和UTRsite。UTRsite搜集這些非翻譯區序列中的功能片斷。此網頁還提供兩種序列分析工具，UTRScan和UTRBlast，前者是在提交的序列?..r.it/BIG/UTRHome/亞病毒RNA數據庫這是類病毒和類病毒樣RNA數據庫。此數據庫包含了1269個序列，包括758個類病毒、293個肝炎delta病毒、202個衛星RNA、16個相關RNA。庫中信息包含物種名稱、簡寫、序列種類的數量、基因組大小、二級結構等的描述。35/subviral/home.cgi引導RNA一數據庫這是引導RNA的數據庫，包含已發表的40多個物種的十種引導RNA,以及解釋說明信息，包括物種、引導RNA的序列、來源和參考文獻等。http://biosun.bio.tu-darmstadt.de/goringer/gRNA/gRNA.htmltmRNA數據庫tmRNA數據庫是研究tmRNA（早期叫“10sRNA”的結構和功能的工具。由名字所意味，tmRNA在一個分子中有tRNA和mRNA的雙重屬性。tmRNA數據庫提供聯配的、注釋的和種族遺傳性排列的tmRNA序列。序列的聯配代表保守二級結…/dbs/tmRDB/tmRDB.html小RNA數據庫小RNA廣義地定義為不直接參與蛋白質合成的RNA。這些RNA分為三類：1）加帽的小RNA；2）不加帽的小RNA；3）病毒小RNA。在此報道的序列是基于真實序列的測定，不取決于寡核苷酸的目錄。參考文獻限于那些測定的最近出版物的…/smallRNA/Database/Old/同源異形盒基因數據庫這是同源異形盒基因數據庫。同源異形盒是DNA中高度保守的一段，長約180bp，編碼60個氨基酸的同源異形結構域。此網站分為結構基因組學和功能基因組學兩大部分，內容涉及啟動子和增強子、HOX基因及其基因組學和在海膽?..http://www.iephb.nw.ru/labs/lab38/spirov/hoxpro/hox-pro.htm...Entrez檢索工具Entrez檢索工具是美國國家生物技術中心（NCBI）所提供的集成檢索工具。最方便的用法是在網絡瀏覽器中訪問。其檢索的內容是上報給NCBI的所有數據，大致分為五類：PubMed文獻庫MEDLINE，核酸序列庫，蛋白質序列庫，結構…/entrez/query.fcgi北京大學生物信息中心數據庫服務北京大學生物信息中心數據庫服務由北京大學生物信息中心創建。其提供多個數據庫供檢索核酸序列、蛋白質序列和蛋白質結構。數據庫的分類分別為蛋白質組注釋庫、蛋白質環分類、蛋白質結構域預測和水稻矮小和抗病毒庫。/database/AmbionRNA公司AmbionRNA公司是一家專門提供RNA實驗分析工具的公司。其報道RNA技術的最新進展，如RNA干擾的資源、RNA熱門話題、RNA遺傳MM信息、虛擬實驗、電子期刊俱樂部等。該公司還不定期地發行電子通訊RNAFlashNotes，可免?..CentralHost有限公司CentralHost有限公司是使用雜交技術的一家DNA芯片公司。它擁有特制的DNA芯片：長約20個堿基的寡核苷酸片斷是垂直立在芯片上的。它擁有1,200萬份的DNA樣品的分析結果庫和90萬個部分或完整的基因序列和35,000個基因。/CAP--重疊群組裝程序重疊群組裝程序（CAP）是由黃曉秋用C語言編制的借助于發現最短的相同的序列串而用于DNA鳥槍法測序的軟件。其也可在匿名FTP服務器上使用ftpfrom。http://www.cs.sunysb.edU/~algorith/implement/cap/implement.s...核糖體交鏈數據庫這是核糖體交鏈數據庫。為了理解翻譯過程，必須闡明核糖體的高級結構。該數據庫集中了大腸桿菌rRNA之間、rRNA與核糖體蛋白質、核糖體蛋白質之間、核糖體大小亞基之間等各種層次的交鏈數據。http://www.molgen.mpg.de/~agribo/agbrimacombe/drc/Uni載體數據庫”Uni載體”是一個能用于快速鑒定核酸（可能被載體污染的）序列中的片段的數據庫。使用“Uni載體”的掃描十分快捷，因為大量的冗余亞序列被排除以此建立數據庫，其包含從大量載體中對每個獨特的序列都有唯一拷貝。除了載…/VfecScreen/UniVec.html人類單核苷酸多態性數據庫此數據庫是Whitehead研究所和Affymetrix公司合作進行的項目。用戶可通過FTP服務器下載數據、HTTP服務器檢索SNP的名稱、STS資源等。此外，網頁還提供人類基因組第三代遺傳圖譜和SNP染色體分布、多態的STS染色體分布等…/snp/human/RNA修飾數據庫RNA修飾數據庫提供了一個全面的轉錄后修飾的核苷的一覽表。結構多樣性和RNA轉錄后修飾的程度都很明顯，包括目前已知的所有類型RNA中的96種不同的核苷。此數據庫由所有RNA衍生的已知結構的核糖核苷，包括確立的序列?../RNAmods/核糖體數據庫計劃II這是核糖體數據庫計劃II的主頁。此計劃包含小亞基（SSU）和大亞基（LSU）兩部分的rRNA，由已聯配和未聯配的RNA序列以及系統發生樹組成。此外，還有文件、下載資源、在線分析、新聞等欄目。/html/詳細資料生物信息學核酸結構數據庫這是印度Pune大學生物學信息中心提供的一個核酸結構免費查詢界面，也提供接收和遞交數據服務。你可以通過序列或者結構ID來查找結構。印度Pune大學生物學信息中心提供了一些生物技術領域特別是病毒學、蛋白質和核酸的…0/www/deva/net/deva.html16S和23S核糖體突變數據庫16S核糖體RNA突變數據庫由大腸桿菌的16S核糖體分布于157個位置的484個突變的注釋列表組成。每個突變提供合適的參考文獻。23S核糖體突變數據庫由大腸桿菌的23S核糖體分布于143個位置的418個突變的注釋列表組成。/Departments/Biology/Databases/RNA.html釀酒酵母的小核仁RNA這是釀酒酵母小核仁RNA的數據庫，其目的是為了提供已知的釀酒酵母的小核仁RNA的一覽表，為了使小核仁RNA的主要特征易于比較，允許使用每個小核仁RNA和其相應基因的信息，可以易于對小核仁RNA序列的進行操作，提供關?../biochem/rna-sequence/YeastsnoRNAD...tRNA序列和rRNA基因序列的編纂除1998年的上一個版本的3279個序列，tRNA的序列和tRNA基因序列的新的編纂包含完全新基因組tRNA編纂，包括2002年前發布的完全基因組tRNA基因。現在的數據庫由以下三部分組成:tRNA基因的編纂，tRNA序列的編纂，基因組…http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/sprinzl/trn...信號識別顆粒數據庫信號識別粒子數據庫輔助信號識別顆粒的結構與功能的研究。它提供的帶注釋的系統發生排序和聯配的SRP的RNA和SRP蛋白質序列。包含代表性的RNA二級結構圖表，其中每個堿基對由比較序列分析所證實，和關于其它在SRP調控?../dbs/SRPDB/SRPDB.htmlPDB生物大分子結構數據庫PDB是RCSB于1971年建立的全世界最完整的包括蛋白質，核酸，蛋白質-核酸復合物及病毒等生物大分子的三維結構數據庫。數據庫中的數據類型包括生物大分子的原子坐標，注釋，一級結構，二級結構，晶體結構因子，NMR實驗?../歐洲生物信息學研究所多序列聯配數據庫這是歐洲生物信息學研究所多序列聯配數據庫的網站。用戶可以通過該網站的Webin-Align投遞和回收核酸序列聯配數據（來自系統學和種群分析等的數據）。作為向科學機構提供額外的服務，氨基酸聯配數據也被接受。所有這?..http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.htmluRNA數據庫uRMA數據庫是學習各種URNA結構和功能的工具。它提供聯配的、注釋的、親緣進化排序的序列。序列的聯配代表保守的二級結構元件，其每個堿基對由對比序列分析證實。此外，它還建立了通過進入號進入GenBank的直接鏈接。/dbs/uRNADB/uRNADB.html非編碼RNA數據庫這是波蘭超級計算和網絡中心提供的非編碼RNA數據庫。網頁上有一般性信息，包括調控RNA和管家非編碼RNA的比較，參考文獻和ncRNA的相關鏈接。最重要的是核酸序列，包括三大類物種，第三類真核生物中又涵蓋9種RNA類型。http://biobases.ibch.poznan.pl/ncRNA/歐洲生物信息學研究所核酸數據庫這是歐洲生物信息學研究所核酸數據庫的網站。該數據庫是三大國際核酸序列數據庫(DDBJ/EMBL/GeneBank)協作的歐洲部分。該網站提供了多種核酸的數據庫鏈接，包括：AlternativeSplicingDatabase、EMBLNucleotideS...http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html中國核酸序列數據庫Biosino數據庫是上海中科院生命科學信息中心做的一套數據庫。第一個可用的數據庫就是中國核酸序列數據庫。該數據庫是一個公眾的核酸數據庫。以下幾種服務是用戶可用的：從數據庫中尋找序列，輸出序列到基因銀行EMBL...