實例：對GFAP人膠質纖維酸性蛋白（glialfibrillaryacidicprotein)進行結構與功能預測

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GFAP命名與起源蛋白質屬性注釋

OMIMISOFORM比對信息序列注釋（特征）多態性，SNP位點全序列比對三維結構分析蛋白與蛋白相互作用數據庫P14136無代謝通路注釋牛視紫紅質蛋白（Swiss-Prot/TrEMBLAC:P02699)代謝通路圖功能預測及家族注釋

二、蛋白質一級結構分析

2.1序列比對，得到同源蛋白蛋白質基本參數，包括分子量、等電點、氨基酸殘基組成、疏水性等2.2蛋白質理化性質分析蛋白質的疏水性預測可以根據gravy值來預測。GRAVY值的范圍在2與-2之間，正值表明此蛋白為疏水性蛋白，負值表明為親水蛋白。疏水性信息可被用于跨膜螺旋的預測，

2.3蛋白質親疏水性分析

蛋白質親疏水性氨基酸的組成是蛋白質折疊的主要驅動力。蛋白質折疊時會形成疏水內核和親水表面，同時在潛在跨膜區出現高疏水值區域，據此可以測定跨膜螺旋等二級結構和蛋白質表面氨基酸的分布。

GFAP親疏水性分布圖，橫坐標為序列位置，縱坐標為氨基酸的標度值。Hphob.kyte&Doolittle標度（default)定義疏水性氨基酸較高的打分值（>0值表示疏水性,<0值表示親水性）。

除了圖形輸出，同時也提供文本形式輸出2.4跨膜區結構預測

蛋白質疏水區域可作為評判潛在跨膜區的依據，但預測得到的疏水區并不一定就是跨膜區域。對于多次的跨膜區，則以親水殘基區和較長的疏水殘基區交替出現；膜內外交界處多出現色氨酸，酪氨酸和苯丙氨酸。采用蛋白質疏水性分布圖，可找尋至少20個以上的連續的大多數是疏水性氨基酸殘基的區域。

TMpred為EMBnet開發的在線分析蛋白質跨膜區軟件,可從EXPASY直接鏈接/software/TMPRED_form.html,它基于對TMbase數據庫的統計分析來預測蛋白質跨膜區和跨膜方向。也可用TMHMM分預測P14136是否存在跨膜區P14136：GFAPP14136預測結果牛視紫紅質蛋白（Swiss-Prot/TrEMBLAC:P02699)存在7個跨膜區,其跨膜區預測位置和TMpred預測結果基本吻合。TMpred分析預測結果

SignalP:預測蛋白質序列中信號肽的剪切位點http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/

預測結果

三、蛋白質二級結構分析PSIPRED預測平均準確率達到80%，網站http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/web_servers/KEGG數據庫中對P14136motif分析

四、蛋白質結構域與功能分析4.1Pfam是大規模收集蛋白質家族的數據庫，網址為http://pfam.sanger.ac.uk

4.2Prosite（www.expasy.ch/prosite/)

通過分析蛋白質家族序列中保守和可變區域來搜索區別于其他家族的特征標志序列模式，即通過蛋白質家族多序列比對得到特征基序（motif).通常與生物學功能有關，例如酶的活性位點、配體或金屬結合位點等。Prosite數據庫使用正則表達式來表示序列模式，例如：[GSK]-F-x(2)-[LIVMF]-x(4)-[RKEQA]-x(2)-[RST]-x-[GA]-x-[KN]-P-x-T.這里，方括號中為可選殘基，如第一個方括號[GSK]中3個殘基中甘氨酸G、絲氨酸S和賴氨酸L中的任意一個均可出現。x(2)表示可以有兩個任意殘基。{}中列出不許出現的氨基酸。因此，序列片段GFxxLxxxxRxxRxGxKPxT是其中一種可能的模式。Prosite提供幾種序列分析工具，允許用戶對未知蛋白質序列進行保守motif和家族分析，如Scanprosite,PRATT.5、蛋白質三維結構分析建模部分結果預測蛋白模型評估：以原子經驗平均力勢計算每個氨基酸和周圍環境的相互作用能量，能量越高越不穩定（為正值，紅色表示），反之亦然（為負值，綠色表示）。模板搜索結果：同源建模核心是參考模板蛋白的結構信息來構建未知蛋白的結構，合適的模板增加預測結構的可靠性

總結：GFAP為一中等分子量的酸性蛋白，分子中含有較多的Glu，每個分子大約帶9個負電荷。該蛋白無跨膜區域，并且親水，不是膜蛋白。GFAP是一種結構蛋白，屬于IF家族，主要參與中間纖維的構成，在神經元內環境的維持和血腦屏障中起著重要作用。到目前為止，該蛋白的空間結構尚未完全解析出來，有待于進一步研究。作業MELAALCRWGLLLALLPPGAASTQVCTGTDMKLRLPASPETHLDMLRHLYQGCQVVQGNLELTYLPTNASLSFLQDIQEVQGYVLIAHNQVRQVPLQRLRIVRGTQLFEDNYALAVLDNGDPLNNTTPVTGASPGGLRELQLRSLTEILKGGVLIQRNPQLCYQDTILWKDIFHKNNQLALTLIDTNRSRACHPCSPMCKGSRCWGESSEDCQSLTRTVCAGGCARCKGPLPTDCCHEQCAAGCTGPKHSDCLACLHFNHSGICELHCPALVTYNTDTFESMPNPEGRYTFGASCVTACPYNYLSTDVGSCTLVCPLHNQEVTAEDGTQRCEKCSKPCARVCYGLGMEHLREVRAVTSANIQEFAGCKKIFGSLAFLPESFDGDPASNTAPLQPEQLQVFETLEEITGYLYISAWPDSLPDLSVFQNLQVIRGRILHNGAYSLTLQGLGISWLGLRSLRELGSGLALIHHNTHLCFVHTVPWDQLFRNPHQALLHTANRPEDECVGEGLACHQLCARGHCWGPGPTQCVNCSQFLRGQECVEECRVLQGLPREYVNARHCLPCHPECQPQNGSVTCFGPEADQCVACAHYKDPPFCVARCPSGVKPDLSYMPIWKFPDEEGACQPCPINCTHSCVDLDDKGCPAEQRASPLTSIISAVVGILLVVVLGVVFGILIKRRQQKIRKYTMRRLLQETELVEPLTPSGAMPNQAQMRILKETELRKVKVLGSGAFGTVYKGIWIPDGENVKIPVAIKVLRENTSPKANKEILDEAYVMAGVGSPYVSRLLGICLTSTVQLVTQLMPYGCLLDHVRENRGRLGSQDLLNWCMQIAKGMSYLEDVRLVHRDLAARNVLVKSPNHVKITDFGLARLLDIDETEYHADGGKVPIKWMALESILRRRFTHQSDVWSYGVTVWELMTFGAKPYDGIPAREIPDLLEKGERLPQPPICTIDVYMIMVKCWMIDSECRPRFRELVSEFSRMARDPQRFVVIQNEDLGPASPLDSTFYRSLLEDDDMGDLVDAEEYLVPQQGFFCPDPAPGAGGMVHHRHRSSSTRSGGGDLTLGLEPSEEEAPRSPLAPSEGAGSDVFDGDLGMGAAKGLQSLPTHDPSPLQRYSEDPTVPLPSETDGYVAPLTCSPQPEYVNQPDVRPQPPSPREGPLPAARPAGATLERPKTLSPGKNGVVKDVFAFGGAVENPEYLTPQGGAAPQPHPPPAFSPAFDNLYYWDQDPPERGAPPSTFKGTPTAENPEYLGLDVPV