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文檔簡介
1、VASP計算AgGaS2能帶及態(tài)密度及光學(xué)性質(zhì)第一步:構(gòu)型優(yōu)化1準(zhǔn)備四個輸入文件POSCAR INCAR POTCAR KPOINTS POSCAR: 從ms中導(dǎo)入AgGaS2結(jié)構(gòu),選擇CASTEP,file,save,并保存成原包。這樣,得到一隱藏文件.cell, 將它用編輯器打開,從中的到vasp所需的POSCAR信息,修改得到POSCAR。AgGaS2 bulk 1.000000000000000 -2.7934999465942410 2.7934999465942370 5.2045001983642580 2.7934999465942370 -2.7934999465942390
2、 5.2045001983642590 2.7934999465942380 2.7934999465942380 -5.2045001983642580 4 2 2Direct 0.3750000000000000 0.4072000086307526 0.5322000086307526 0.8750000000000000 0.8427999913692474 0.4677999913692474 . . . . . . . . . . . .2.POTCAR:用PBE-GGA的贗勢,提取,Ag Ga O的贗勢合并成一個贗勢。(一般VASP有自帶)3.下面是INCAR SYSTEM =
3、optimization of AgGaS2 LPLANE=.TRUE. NPAR= 8 Elecronic minimisation ISTART = 0 LREAL = .FALSE. PREC = Low EDIFF = 1e-4 EDIFFG = -0.03 IALGO = 48 NELMIN = 4 ISYM = 0 GGA = PBE ISPIN = 1 NBANDS = 120 OUTPUT CONTROL LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. IONIC RELAXATION NBLOCK = 1 NSW = 1 IBRI
4、ON = -1 DOS RELATED (disabled) ISMEAR = 0 (tetrahedron/gaussian/m-p) SIGMA = 0.054.再下面KPOINTSA0M4 4 40 0 0 至此,四文件已準(zhǔn)備好,進行計算,mpiexec -np 8 /bin/vas-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &(運行命令)(問題:計算前對某些參數(shù)的測試,比如截斷能,晶格參數(shù)等,標(biāo)準(zhǔn)時什么?vasp運行后,不知道結(jié)果是否滿足要求呢?)第二部:將構(gòu)型優(yōu)化后產(chǎn)生的CONTCAR文件拷貝為POSCAR文件mpiexec -np 8 /
5、bin/vas-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &(運行命令)第三部:能帶的計算.建立新的計算目錄 mkdir band 創(chuàng)建目錄 cd band 進入目錄 cp ./INCAR . 復(fù)制 cp ./PO* . cp ./CHG* .對INCAR文件作如下修改:ICHARG =11 NBANDS=120 與上面構(gòu)型優(yōu)化時一致建立新的KPOINTS 手動定義K點AgGaS251Rec(關(guān)鍵字要對齊第一行)0.5000 0.5000 0.5000 1.00000.4500 0.4500 0.4500 1.0000. . . . . . K點坐標(biāo)
6、獲得途徑布里淵區(qū)各特殊點的坐標(biāo)可利用CASTEP獲得然后編輯 vi inp lin1 特殊點 lin2 特殊點之間的取點數(shù)lin3 第一個K點的坐標(biāo)lin4 第二個K點的坐標(biāo). . . . (同上.). . . . 保存運行 vasp_kpoints<inp就可以得到坐標(biāo)手動復(fù)制到KPOINTS 運行VASPmpiexec -np 8 /bin/vas-mk-mp-pgi < /dev/null > vasp.out &(運行命令)在運行Vaspband Draw the band structure of VASP Two files, EIGENVAL and O
7、UTCAR are needed - Spin-polarized calculation(T/F)? (是否自旋極化計算)f Number of lines along the BZ: (布里淵區(qū)特殊線數(shù)目)5 K point sequence used to separate lines: (各線段始終點序號)1 11 21 31 41 51 Set the Fermi level to zero(T/F)? (是否費米設(shè)置為零點)t可以得到相應(yīng)的 band.dat 用origin繪圖然后標(biāo)注各個特殊點Fermi energy=1.2182v exp=2.76ev (可能是參數(shù)設(shè)計太粗糙)
8、 不過放大還算清楚. (用MS作圖 K網(wǎng)格相同)第四部:DOS的計算及其繪圖其POSCAR POTCAR KPOINTS可以相同于第一步優(yōu)化設(shè)置INCAR SYSTEM = optimization of AgGaS2 NPAR= 8 LPLANE = .TRUE. Elecronic minimisation ISTART = 3 (從WAVECAR讀入波函數(shù)) LREAL= .FALSE. PREC = Medium EDIFF = 1e-4 EDIFFG = -0.02 IALGO = 48 NELMIN = 3 ISYM = 1 ISIF = 3 ISPIN = 1 ISMEAR =
9、0 SIGMA = 0.1 NBANDS=120 LORBIT=11 (投影到 s.p.d) NEDOS=501 (DOS的點數(shù)) ICHARG=11 (從CHG讀入電荷密度) EMIN=-20 EMAX=20 OUTPUT CONTROL LCHARG = .TRUE. LWAVE = .TRUE. LVTOT = .FALSE. IONIC RELAXATION NBLOCK = 1 NSW = 1 IBRION = -1 POTIM = 0.05 運行vasp 命令同上然后編寫DOS F (是否自旋極化計算 ) 9 (軌道數(shù))6 (要計算的DOS)-1 (為負數(shù)時,表示所考察的為原子的D
10、OS)1 (原子編號)-1 (為正正數(shù)時,表示為原子軌道的DOS)2 (下面都同上)-13111518 保存 運行vaspdos (如果沒有設(shè)定路徑的話 。要自己指定路徑)可以得到fort.25 文件 運行cdos98 不過需要加一條DOS數(shù)就可以得到 DOS1 DOS2 DOS3 . . . . . . 用origin分別繪圖.(可能是DOS編號出現(xiàn)錯誤了的原因 導(dǎo)致Ga(p)和S(p) 沒有畫出.)第五部:光學(xué)性質(zhì)的計算(一)線性的計算1.也是進行構(gòu)型優(yōu)化(同能帶計算時結(jié)構(gòu)優(yōu)化).只是計算中INCAR文件需包含關(guān)鍵詞:ISIF = 3所有計算均需采用PAW型贗勢2.構(gòu)型優(yōu)化后將CONTCA
11、R拷貝成POSCAR在INCAR里面NPAR=1 (計算光學(xué)性質(zhì)時,必須按能帶依次處理) LOPTICS = .TRUE. (計算光學(xué)性質(zhì))NSW=1IBRION= -1(無需進行構(gòu)型優(yōu)化)計算結(jié)束后 (正常), 會得到OPTIC(用于計算線性光學(xué)性質(zhì))和momentum_matrix (用于計算NLO即非線性光學(xué)性質(zhì))3.編輯OPTCRT文件 常用關(guān)鍵詞及其含義 ISYMM = 2 OMMIN = 0 OMMAX = 20 NEDOS = 4000 NBCON = 200 LJDOS = .TRUE. LDOS = .TRUE. LKRAMERS = .TURE. GAMMA = 0.002
12、 LSEARCH =.TRUE. EMINSEARCH = 0 EMAXSEARCH = 20 SCISSOR=0.5 4.創(chuàng)建一個新目錄,將OPTIC OPTCTR,KPOINTS,POSCAR 復(fù)制到其下命令 cp ./ OPTIC . OPTCTR,KPOINTS,POSCAR .修改KPOINTS 創(chuàng)建個臨時目錄復(fù)制vasp計算所需要的四個輸入文件.運行單機版vasp。(由于56機子沒有裝單機版,所以這一步COPY到其他的機子上做的)單機運行命令/bin/vas-mk-sp-pgi</dev/null>vasp.out&將其中的IBZKPT復(fù)制為KPOINTS運行v
13、asp命令:mpiexec np 8 /bin/vas-mk-mp-pgi</dev/null>vasp.out& 正常運行將產(chǎn)生2個文件EPS-存放介電函數(shù)數(shù)據(jù)JDOS-存放JDOS數(shù)據(jù)在運行vasp_lo用origin軟件根據(jù)EPS數(shù)據(jù)繪圖在此基礎(chǔ)上才可以得到其他線性光學(xué)性質(zhì):(1)折射率(refractive index) (2)吸收系數(shù)(adsorption constant)(3)能量損失系數(shù)(energy-loss coefficient) : (4)消光系數(shù)(extinction coefficient)(5)雙折射率曲線(6)光導(dǎo)電變化曲線(二)非線性光學(xué)性
14、質(zhì)1. 非線的運行需要以下三個文件KPOINTS、EIGENVAL和momentum_matrix三個文件,其中KPOINTS文件內(nèi)容與計算線性光學(xué)性質(zhì)相同.EIGENVAL文件為vasp計算輸出文件運行vasp_nlo, 需輸入以下數(shù)據(jù): momentum_matrix 存放躍遷矩陣元的文件名 177.32 單胞體積 2.76 實驗帶隙(若為0則無需對帶隙進行校正) 1 起始能帶(一般均為1) 38 終止能帶 F 為False時表示只計算靜態(tài)倍頻系數(shù)2.運行后會得到靜態(tài)倍頻系數(shù)的計算結(jié)果.(此數(shù)據(jù)好像沒有自己保存)d( 1, 1) SHG (real part)= 1.60120 and (
15、imag part) 0.00000(pm/V) d( 1, 2) SHG (real part)= -2.37106 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 1, 3) SHG (real part)= -2.72264 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 1, 4) SHG (real part)= 10.98424 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 1, 5) SHG (real part)= -0.00510 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 1, 6) SHG (r
16、eal part)= -2.46438 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 2, 1) SHG (real part)= -2.46438 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 2, 2) SHG (real part)= 0.34388 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 2, 3) SHG (real part)= -1.40097 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 2, 4) SHG (real part)= -0.42303 and (imag part) 0.000
17、00(pm/V) d( 2, 5) SHG (real part)= 10.98424 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 2, 6) SHG (real part)= -2.37106 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 3, 1) SHG (real part)= -0.00510 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 3, 2) SHG (real part)= -0.42303 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 3, 3) SHG (real part)= 1.21340 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 3, 4) SHG (real part)= -1.40097 and (imag part) 0.00000(pm/V) d( 3, 5) S
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