1、二代測寤技術(shù)在腫瘤精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)診斷中的應(yīng)用專家共識(shí)要點(diǎn)二代測序(NGS )又稱大規(guī)模平行測序，能同時(shí)對上百萬甚至數(shù)十億個(gè)DNA 分子進(jìn)行測序，實(shí)現(xiàn)大規(guī)模' 高通量測序的目標(biāo)，時(shí)繼Sanger測序之后的 革命性進(jìn)步。目前在臨床腫瘤實(shí)踐中，NGS主要用于驅(qū)動(dòng)基因測序，是腫瘤精 準(zhǔn)診療的重要環(huán)節(jié)。NGS有明顯的通量優(yōu)勢及發(fā)現(xiàn)未知基因變異的優(yōu)勢,但是在使用中也存在 包 括檢測技術(shù)' 數(shù)據(jù)管理、分析與報(bào)告、解讀與臨床咨詢等方面的各種挑戰(zhàn)。在我國現(xiàn)階段，腫瘤患者數(shù)目龐大，驅(qū)動(dòng)基因診斷和檢測應(yīng)用需求巨大。但在實(shí)際應(yīng)用中會(huì)出現(xiàn)因?yàn)闄z測技術(shù)的準(zhǔn)入門檻低' 缺乏臨床公認(rèn)的NGS指 導(dǎo)規(guī)范，腫瘤

2、診療中可能存在檢測質(zhì)量低下' 結(jié)果準(zhǔn)確性差，檢測結(jié)果解讀 不專業(yè)，甚至盲目追求基因檢測結(jié)果的現(xiàn)象。本共識(shí)文中的“聲明”是專家組討論的各個(gè)要點(diǎn)，也即專家組形成的共識(shí)或推 薦。一、NGS在臨床腫瘤診斷中的質(zhì)量需求聲明1 :臨床腫瘤診斷應(yīng)用的NGS項(xiàng)目應(yīng)符合相應(yīng)的診斷技術(shù)標(biāo)準(zhǔn).聲明2 : NGS檢測項(xiàng)目的目的和臨床益處應(yīng)明確二NGS在臨床腫瘤應(yīng)用的檢測內(nèi)容聲明3 :如果NGS用于臨床分子診斷，應(yīng)明確至少哪些基因需納入檢測名單中聲明4:可靶向作用基因的變異可能會(huì)影響臨床決策,醫(yī)師需要根據(jù)基因分型的檢測結(jié)果來指導(dǎo)臨床診療方案聲明5 :應(yīng)根據(jù)實(shí)際情況需對檢測內(nèi)容進(jìn)行更新聲明6 :應(yīng)對每個(gè)基因變異點(diǎn)

3、進(jìn)行明確定義注釋聲明7 : NGS項(xiàng)目的檢測流程和生物信息學(xué)分析需針對特定平臺(tái)和分析項(xiàng)目進(jìn)行充分優(yōu)化和標(biāo)準(zhǔn)化三、NGS應(yīng)用中的樣本處理聲明8:為提高NGS檢測腫瘤驅(qū)動(dòng)基因的準(zhǔn)確性，應(yīng)提供高質(zhì)量的臨 床生物材料樣本聲明9 :樣本登記過程中每個(gè)標(biāo)本應(yīng)在NGS分析中有唯一性標(biāo)識(shí)聲明10 :應(yīng)有充分的樣本評估和起始核酸用量聲明11 ：應(yīng)對抽提后人文庫構(gòu)建后的核酸樣本進(jìn)行質(zhì)控聲明12:應(yīng)預(yù)留生物材料用于后續(xù)驗(yàn)證四、NGS測序技術(shù)及流程聲明13 :NGS檢測需符合嚴(yán)格的檢測壞境要求聲明14 :應(yīng)對NGS試劑進(jìn)行嚴(yán)格的管理和質(zhì)控聲明15 :床腫瘤檢測每個(gè)特定NGS測試項(xiàng)目均需經(jīng)過嚴(yán)格技術(shù)驗(yàn)證后才可用于臨聲明

4、16 :應(yīng)制定有明確的檢測流程聲明17 : NGS技術(shù)檢測項(xiàng)目應(yīng)達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)化聲明18 :人員配備和熟練程度應(yīng)滿足實(shí)踐需求聲明19 :需使用核心基因清單與相應(yīng)的檢測標(biāo)準(zhǔn)品用于各個(gè)實(shí)驗(yàn)室間的質(zhì)控比較五' NGS數(shù)據(jù)的產(chǎn)生、管理' 信息學(xué)分析聲明20 :應(yīng)對所采用的數(shù)據(jù)分析工具（軟件）進(jìn)行能力驗(yàn)證聲明21 :檢測實(shí)驗(yàn)室應(yīng)規(guī)范數(shù)據(jù)產(chǎn)生和管理儲(chǔ)存流程聲明22 :數(shù)據(jù)儲(chǔ)存應(yīng)米用通用的FASTQ、BAMx VCF格式，便于數(shù)據(jù) 交換及實(shí)驗(yàn)室間評價(jià)聲明23 : NGS原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量檢杳”應(yīng)有嚴(yán)格的操作規(guī)程指導(dǎo)聲明24 :不同腫瘤的NGS數(shù)據(jù)分析應(yīng)遵循相同的基本流程聲明25 :體細(xì)胞與胚系來源的變

5、異應(yīng)加以區(qū)分聲明26 :應(yīng)對應(yīng)對各個(gè)瘤種中具有明確或重要臨床意義的基因變異進(jìn)行 關(guān)注分析和說明聲明27 :中國腫瘤驅(qū)動(dòng)基因分析聯(lián)盟(CAGC)建議，臨床腫瘤組織樣本的NGS檢測數(shù)據(jù)中測序有效深度應(yīng)達(dá)到500倍以上，測序深度是指測序得到的堿基總量與基因組大小的比值，是評價(jià)測序量的指標(biāo)之一；血漿游離DNA標(biāo)本的NGS有效測序深度應(yīng)達(dá)到10。倍以上聲明28 : CAGC項(xiàng)目數(shù)據(jù)的管理應(yīng)在標(biāo)準(zhǔn)流程和各類數(shù)據(jù)管理方面實(shí)現(xiàn)同一化六、NGS結(jié)果報(bào)告與咨詢聲明29 :報(bào)告格式和內(nèi)容需標(biāo)準(zhǔn)化，應(yīng)能適應(yīng)短期未來的發(fā)展趨勢(靶點(diǎn)知識(shí)和檢測內(nèi)容的變更)聲明30 :報(bào)告范圍應(yīng)根據(jù)測試目的及測序能夠達(dá)到質(zhì)量要求的覆蓋范圍來決定聲明31 : NGS報(bào)告應(yīng)簡明扼要、明確易懂聲明32 :結(jié)果解釋需客觀中肯，平實(shí)地描述腫瘤突變結(jié)果聲明33 :遺傳咨詢需多學(xué)科支持七、知情同意聲明34 : NGS檢測項(xiàng)目開展刖應(yīng)向患者提供知情同意或相關(guān)遺傳咨詢八、NGS用于研究與診斷的區(qū)別聲明35 :研究項(xiàng)目獲得有臨床意義的