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文檔簡介
PCR引物設計流程詳解本文目的:復制出IL-4基因片段一、 查找基因序列1、 進入NCBI主頁,下拉選框選擇Nucleotide,在搜索欄輸入要查找的目的基因,即IL-4,點擊搜索2 、在搜索結果選擇靈長類(Homo sapiens)2、 在靈長類IL-4基因中選擇需要的mRNA序列3、 查看基因的相關信息外顯子區域CDs區域4、 點擊FASTA格式,并將序列保存到文檔二、 使用primer premier 5.0設計引物1、 建立新文件,將所得的序列復制進輸入框內2、 點擊搜索按鈕,搜索引物3、 設置引物設計參數(因為在之前查找基因序列的時候獲知,外顯子區域分別為:1-200、201-248、249-425、426-618,又知在引物設計時引物位置最好跨越一個內含子,PCR產物長度通常為100-150bp,故設定上游引物位置為201-248,下游引物位置為249-425,產物長度為100-150bp)4、確認條件后,顯示搜索結果4、 雙擊選中得分最高的引物查看引物情況(上圖為上游引物情況,下圖為下游引物情況)5、 將設計的上下游引物復制出來,保存到文檔中三、 使用oligo 6.0對設計的引物進行評價1、 建立新文件,將從cnki上獲得的cDNA復制進輸入框,并點擊accept接收2、 接收后顯示出該序列的相關信息3、 點擊edit按鈕錄入用primer設計的上游引物,每一次輸入新數據后都需要點擊accept按鈕接收4、 同理,錄入下游引物5、 分析上下游引物二聚體形成情況6、 分析上下游引物發卡形成情況7、 分析上下游引物GC%8、 檢測上下游引物與PCR模板其它位置錯配情況9、 分析PCR整體情況四、 引物特異性檢驗(primer blast)1、 進入NCBI主頁,并選擇blast2、 選擇primer blast3、 在輸入框內輸入模板序列和上下游引物,并設定對比數據庫,點擊get primer進行對比4、 查看blast結果Blast 結果顯示,盡管IL
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