1、申報(bào)的知識(shí)產(chǎn)權(quán)類型、獲取時(shí)間不符合要求。2、申報(bào)的專利暫未獲得授權(quán)，僅處于受理中。3、專利僅有授權(quán)通知書(shū)，無(wú)繳費(fèi)單據(jù)，無(wú)法證明專利權(quán)處于法律保護(hù)狀態(tài)。4、非自有專利未辦理轉(zhuǎn)讓手續(xù)。5、轉(zhuǎn)讓的專利無(wú)原專利證書(shū)復(fù)印件或國(guó)家知識(shí)產(chǎn)權(quán)局出具的所有權(quán)轉(zhuǎn)讓證明，無(wú)法判斷原專利獲取時(shí)間和所有權(quán)人。1、研發(fā)費(fèi)用核算不清、輔助賬不完整、不規(guī)范或暫未建立。需按《工作指引》相關(guān)要求編制研發(fā)費(fèi)用輔助賬，歸集研發(fā)費(fèi)用。2、研發(fā)費(fèi)用真實(shí)性存疑，研發(fā)費(fèi)大于管理費(fèi)或占比過(guò)高。3、研發(fā)費(fèi)歸集不合理，如研發(fā)人員人員年均費(fèi)用遠(yuǎn)低于一般人員水平，直接投入占研發(fā)費(fèi)總額的比例過(guò)高，不同研發(fā)項(xiàng)目支出金額、結(jié)構(gòu)完全一樣。4、委托外部研發(fā)的支出全額計(jì)入研發(fā)費(fèi)，未按80%計(jì)入研發(fā)費(fèi)。5、研發(fā)費(fèi)用中其他費(fèi)用占比超過(guò)20%。6、研發(fā)費(fèi)用明細(xì)表和研發(fā)項(xiàng)目（RD）表不一致。7、委托外部研發(fā)支出與附件材料產(chǎn)學(xué)研合作協(xié)議所列不一致，如某研發(fā)項(xiàng)目為產(chǎn)學(xué)研合作項(xiàng)目，但該項(xiàng)目研發(fā)結(jié)構(gòu)明細(xì)表中無(wú)委托外部研發(fā)支出。8、研發(fā)項(xiàng)目無(wú)證明材料，項(xiàng)目立項(xiàng)報(bào)告千篇一律，臨時(shí)拼湊。1、高新技術(shù)產(chǎn)品收入核算不清，歸集不規(guī)范。如總收入核算不準(zhǔn)確，投資收益或營(yíng)業(yè)外收入未計(jì)入總收入。2、高新技術(shù)產(chǎn)品不屬于領(lǐng)域目錄范圍。3、主要高新技術(shù)產(chǎn)品無(wú)知識(shí)產(chǎn)權(quán)關(guān)聯(lián)，或相關(guān)知識(shí)產(chǎn)權(quán)未授權(quán)、不在有效期。1、無(wú)科技成果轉(zhuǎn)化匯總表，無(wú)法判斷成果項(xiàng)數(shù)。2、科技成果轉(zhuǎn)化附件材料混亂、裝訂無(wú)序，與成果轉(zhuǎn)化匯總表中所列不一致。3、科技成果轉(zhuǎn)化證明材料單一，僅有轉(zhuǎn)化效果證明材料，如銷售合同、發(fā)票，樣品圖片等，無(wú)科技成果技術(shù)證明材料。1、科技人員材料簡(jiǎn)單，格式不規(guī)范，不符合要求。如無(wú)花名冊(cè)、名冊(cè)中無(wú)法判斷是否為科技人員。2、人員數(shù)據(jù)申請(qǐng)書(shū)和附件材料不一致。3、花名冊(cè)中科技人員占比不達(dá)標(biāo)。1、組織管理水平材料混亂，未針對(duì)評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)逐項(xiàng)提供。2、證明材料單一，多數(shù)為制度或文件，無(wú)執(zhí)行情況。如研發(fā)獎(jiǎng)勵(lì)僅有制度，無(wú)落實(shí)情況。1、財(cái)務(wù)會(huì)計(jì)報(bào)告不完整，僅提供正文和會(huì)計(jì)報(bào)表，無(wú)附注。2、會(huì)計(jì)報(bào)表中各年度數(shù)據(jù)不一致，且無(wú)差異情況說(shuō)明。如2015年報(bào)表中上年數(shù)據(jù)與2014年報(bào)表中期末數(shù)據(jù)不一致。3、會(huì)計(jì)報(bào)表附注披露的管理費(fèi)用科目明細(xì)中無(wú)研發(fā)費(fèi)用數(shù)據(jù)，或披露的研發(fā)費(fèi)用數(shù)據(jù)與專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告中研發(fā)費(fèi)用數(shù)據(jù)不一致，差異較大。4、含子公司的企業(yè)會(huì)計(jì)報(bào)表為公司合并報(bào)表，含子公司數(shù)據(jù)。1、專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告不完整，無(wú)編制說(shuō)明。2、專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告所附表格不規(guī)范，未按規(guī)定的樣式列示。如未分年度、分項(xiàng)目列示，所附表格單位為元，按要求應(yīng)為萬(wàn)元，保留兩位小數(shù)。3、專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告中計(jì)算研發(fā)費(fèi)占比、高新技術(shù)產(chǎn)品收入占比時(shí)，銷售收入、總收入口徑錯(cuò)誤，銷售收入應(yīng)為主營(yíng)業(yè)務(wù)收入和其他業(yè)務(wù)收入之和，總收入是收入總額減去不征稅收入。4、專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告中研發(fā)項(xiàng)目支出與申報(bào)材料中所附研發(fā)費(fèi)輔助明細(xì)賬不一致。5、財(cái)務(wù)報(bào)表數(shù)據(jù)、稅務(wù)系統(tǒng)中報(bào)稅數(shù)據(jù)、專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告數(shù)據(jù)，三者不一致，差異較大。1、企業(yè)的研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用是以單個(gè)研發(fā)活動(dòng)為基本單位分別進(jìn)行測(cè)度并加總計(jì)算的。2、企業(yè)應(yīng)對(duì)包括直接研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)和可以計(jì)入的間接研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)所發(fā)生的費(fèi)用進(jìn)行歸集，并填寫(xiě)《高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請(qǐng)書(shū)》中的“企業(yè)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表”。3、企業(yè)應(yīng)按照“企業(yè)年度研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表”設(shè)置高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專用研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用輔助核算賬目，提供相關(guān)憑證及明細(xì)表，并按《工作指引》要求進(jìn)行核算。1、人員人工費(fèi)用包括企業(yè)科技人員的工資薪金、基本養(yǎng)老保險(xiǎn)費(fèi)、基本醫(yī)療保險(xiǎn)費(fèi)、失業(yè)保險(xiǎn)費(fèi)、工傷保險(xiǎn)費(fèi)、生育保險(xiǎn)費(fèi)和住房公積金，以及外聘科技人員的勞務(wù)費(fèi)用。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）工資發(fā)放的名單與企業(yè)提供的研發(fā)部門(mén)人員的名單不符，出現(xiàn)了行政管理、財(cái)務(wù)和后勤人員工資；（2）計(jì)入了按工資總額計(jì)提的福利費(fèi)、工會(huì)經(jīng)費(fèi)等。2、直接投入費(fèi)用直接投入費(fèi)用是指企業(yè)為實(shí)施研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)而實(shí)際發(fā)生的相關(guān)支出。包括：——直接消耗的材料、燃料和動(dòng)力費(fèi)用；——用于中間試驗(yàn)和產(chǎn)品試制的模具、工藝裝備開(kāi)發(fā)及制造費(fèi)，不構(gòu)成固定資產(chǎn)的樣品、樣機(jī)及一般測(cè)試手段購(gòu)置費(fèi)，試制產(chǎn)品的檢驗(yàn)費(fèi)；——用于研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)的儀器、設(shè)備的運(yùn)行維護(hù)、調(diào)整、檢驗(yàn)、檢測(cè)、維修等費(fèi)用，以及通過(guò)經(jīng)營(yíng)租賃方式租入的用于研發(fā)活動(dòng)的固定資產(chǎn)租賃費(fèi)。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）領(lǐng)用的材料在多個(gè)項(xiàng)目間平均分配。（企業(yè)應(yīng)制定合適的政策及分配方法，或規(guī)范材料領(lǐng)用的核算）（2）提供的支撐材料顯示為批量生產(chǎn)領(lǐng)用，無(wú)法證明為研發(fā)領(lǐng)用。（3）運(yùn)維費(fèi)用未能區(qū)分生產(chǎn)或研發(fā)設(shè)備。3、折舊費(fèi)用與長(zhǎng)期待攤費(fèi)用折舊費(fèi)用是指用于研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)的儀器、設(shè)備和在用建筑物的折舊費(fèi)。長(zhǎng)期待攤費(fèi)用是指研發(fā)設(shè)施的改建、改裝、裝修和修理過(guò)程中發(fā)生的長(zhǎng)期待攤費(fèi)用。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）計(jì)提的折舊中混入了一些生產(chǎn)設(shè)備的折舊。（2）分?jǐn)偟慕ㄖ镎叟f無(wú)相關(guān)計(jì)算分?jǐn)傄罁?jù)，直接以固定比例簡(jiǎn)單分配。4、無(wú)形資產(chǎn)攤銷費(fèi)用無(wú)形資產(chǎn)攤銷費(fèi)用是指用于研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)的軟件、知識(shí)產(chǎn)權(quán)、非專利技術(shù)（專有技術(shù)、許可證、設(shè)計(jì)和計(jì)算方法等）的攤銷費(fèi)用。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）中外合資企業(yè)計(jì)入了按收入比例計(jì)提的技術(shù)提成費(fèi)。（2）一項(xiàng)具體的無(wú)形資產(chǎn)卻攤銷到幾個(gè)關(guān)聯(lián)度不高的研發(fā)項(xiàng)目。5、設(shè)計(jì)費(fèi)用設(shè)計(jì)費(fèi)用是指為新產(chǎn)品和新工藝進(jìn)行構(gòu)思、開(kāi)發(fā)和制造，進(jìn)行工序、技術(shù)規(guī)范、規(guī)程制定、操作特性方面的設(shè)計(jì)等發(fā)生的費(fèi)用。包括為獲得創(chuàng)新性、創(chuàng)意性、突破性產(chǎn)品進(jìn)行的創(chuàng)意設(shè)計(jì)活動(dòng)發(fā)生的相關(guān)費(fèi)用。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）概念不清，將委外研發(fā)全額計(jì)入了本科目。（2）支出內(nèi)容與其他費(fèi)用科目存在重合。6、裝備調(diào)試費(fèi)用與試驗(yàn)費(fèi)用裝備調(diào)試費(fèi)用是指工裝準(zhǔn)備過(guò)程中研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)所發(fā)生的費(fèi)用，包括研制特殊、專用的生產(chǎn)機(jī)器，改變生產(chǎn)和質(zhì)量控制程序，或制定新方法及標(biāo)準(zhǔn)等活動(dòng)所發(fā)生的費(fèi)用。為大規(guī)模批量化和商業(yè)化生產(chǎn)所進(jìn)行的常規(guī)性工裝準(zhǔn)備和工業(yè)工程發(fā)生的費(fèi)用不能計(jì)入歸集范圍。試驗(yàn)費(fèi)用包括新藥研制的臨床試驗(yàn)費(fèi)、勘探開(kāi)發(fā)技術(shù)的現(xiàn)場(chǎng)試驗(yàn)費(fèi)、田間試驗(yàn)費(fèi)等。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）未能準(zhǔn)確區(qū)分研發(fā)試驗(yàn)與規(guī)模批量化生產(chǎn)之間的界限，隨意計(jì)入一定比例的支出。（2）新藥研制的臨床試驗(yàn)費(fèi)包含在委托外部機(jī)構(gòu)申報(bào)新藥批件的打包合同中，無(wú)法區(qū)分。7、委托外部研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用委托外部研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用是指企業(yè)委托境內(nèi)外其他機(jī)構(gòu)或個(gè)人進(jìn)行研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)所發(fā)生的費(fèi)用（研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)成果為委托方企業(yè)擁有，且與該企業(yè)的主要經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)緊密相關(guān)）。委托外部研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用的實(shí)際發(fā)生額應(yīng)按照獨(dú)立交易原則確定，按照實(shí)際發(fā)生額的80%計(jì)入委托方研發(fā)費(fèi)用總額。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）研發(fā)合同未明確約定研發(fā)成果歸委托方所有。（2）關(guān)聯(lián)單位之間的委外協(xié)議（為增加研發(fā)費(fèi)總額，人為操縱）。（3）填報(bào)數(shù)據(jù)時(shí)未按80%折算。8、其他費(fèi)用其他費(fèi)用是指上述費(fèi)用之外與研究開(kāi)發(fā)活動(dòng)直接相關(guān)的其他費(fèi)用，包括技術(shù)圖書(shū)資料費(fèi)、資料翻譯費(fèi)、專家咨詢費(fèi)、高新科技研發(fā)保險(xiǎn)費(fèi)，研發(fā)成果的檢索、論證、評(píng)審、鑒定、驗(yàn)收費(fèi)用，知識(shí)產(chǎn)權(quán)的申請(qǐng)費(fèi)、注冊(cè)費(fèi)、代理費(fèi)，會(huì)議費(fèi)、差旅費(fèi)、通訊費(fèi)等。此項(xiàng)費(fèi)用一般不得超過(guò)研究開(kāi)發(fā)總費(fèi)用的20%，另有規(guī)定的除外。常見(jiàn)錯(cuò)誤：（1）其他費(fèi)用在上述列舉的范圍外無(wú)限擴(kuò)大。（2）企業(yè)研發(fā)部門(mén)的招待費(fèi)支出未核減。及口徑1、收入總額。《企業(yè)所得稅》第六條規(guī)定：企業(yè)以貨幣形式和非貨幣形式從各種來(lái)源取得的收入，為收入總額。包括：銷售貨物收入；提供勞務(wù)收入；轉(zhuǎn)讓財(cái)產(chǎn)收入；股息、紅利等權(quán)益性投資收益；利息收入；租金收入；特許權(quán)使用費(fèi)收入；接受捐贈(zèng)收入；其他收入。2、不征稅收入。《企業(yè)所得稅》第七條規(guī)定：收入總額中的下列收入為不征稅收入：財(cái)政撥款；依法收取并納入財(cái)政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金；國(guó)務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入。3、總收入。總收入是指收入總額減去不征稅收入。4、銷售收入。銷售收入為主營(yíng)業(yè)務(wù)收入與其他業(yè)務(wù)收入之和。特別注意：所有與收入相關(guān)口徑，全部按照企業(yè)所得稅年度納稅申報(bào)表的口徑計(jì)算。收入總額與不征稅收入按照《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法》及《中華人民共和國(guó)企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》的規(guī)定計(jì)算。僅供參考：收入總額=營(yíng)業(yè)收入（主營(yíng)業(yè)務(wù)+其他業(yè)務(wù)收入）+投資收益+營(yíng)業(yè)外收入總收入=收入總額-不征稅收入（參照企業(yè)所得稅年度申報(bào)表A105040/A105000）申報(bào)材料涉及到研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用數(shù)據(jù)的至少有九處，分別在：——申請(qǐng)書(shū)《企業(yè)基本信息表》——申請(qǐng)書(shū)《企業(yè)研究開(kāi)發(fā)情況表》所有RD項(xiàng)目匯總——申請(qǐng)書(shū)《研究開(kāi)發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表》——研發(fā)費(fèi)用專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告——年度審計(jì)報(bào)告《利潤(rùn)表》“管理費(fèi)用”下其中數(shù)——年度審計(jì)報(bào)告財(cái)務(wù)報(bào)表附注“研發(fā)支出”或“管理費(fèi)用”披露的明細(xì)項(xiàng)目——企業(yè)所得稅年度匯算清繳申報(bào)表A104000期間費(fèi)用明細(xì)表第19行研究