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文檔簡介

正文抗生素抗性基因(ARG)是廣泛存在的污染物,對環境和公眾健康構成嚴重威脅,尤其是廢水中的ARG是環境中ARG的重要來源。因此,監測和評估廢水中的ARG豐度對于環境管理具有重要意義。這里,將LAMP與CRISPR/Cas12a結合,建立了用于檢測大環內酯類抗性基因ermB的便攜式視覺平臺,首先設計了LAMP的6個引物和CRISPR/Cas12a的crRNA,用LAMP進行預擴增,并通過堿基配對引導Cas12a識別ermB。由于CRISPR/Cas12a在擴增子識別后具有反式切割活性,使用報告分子修飾的ssDNA探針通過側流試紙條和熒光進行可視化檢測。經過磁珠簡單的核酸提取后,所構建的生物傳感器具有優異的靈敏度和選擇性,使用熒光和廢水中的流條可以低至2.75×103

copies/μL,實現了快速、靈敏的可視化現場檢測。如Fig.1a所示,該生物傳感器的檢測過程包括以下步驟:過濾和裂解預處理、磁珠提取、LAMP預擴增、CRISPR/Cas12a系統識別和轉導、熒光和橫向檢測。作者首先設計了針對

ermB

基因的LAMP引物,接下來,設計了Cas12crRNA來特異性識別和檢測LAMP預擴增的ermB基因。以一段crRNA為指導RNA,Cas12a可以識別與crRNA識別片段互補的ermB片段。目標序列被識別后,其對ssDNA探針進行非特異性切割的反式切割活性被激活。之后,設計了用熒光和相應的猝滅劑修飾的單鏈DNA探針(5′?6-FAM-TTATT-BHQ1–3′)和用熒光和生物素分子修飾的單鏈DNA探針(5′?6-FAM-TTATTATT-Biotin-3′)分別用于熒光和側流裝置中的可視化檢測。在熒光檢測中,在Cas12a反式切割存在的情況下,ssDNA熒光探針解離,釋放猝滅劑以恢復熒光信號。結果可以通過熒光讀數裝置或特定光源激發來直觀地讀取(Fig.1b)。相反,在沒有靶標的情況下,由于缺少激活的Cas12a,ssDNA探針不會被切割,因此,沒有產生熒光信號。在可視化的側流檢測中,側流探針的每一側都用FAM和生物素進行了預修飾。比色側流試紙條通常由帶有gt抗FAM抗體修飾的金納米顆粒(AuNP)的樣品墊、一條用鏈霉親和素標記以捕獲生物素的對照線和一條帶有標記的抗gt抗體以捕獲gt抗體的測試線組成。如果沒有特異性的LAMP產物,ssDNA探針保持完整,并且由于生物素和鏈霉親和素的結合,AuNP可以固定到對照線上,導致紅色沉積。相反,AuNPs復合物通過AuNPs和生物素的分離以及gt抗體與抗gt抗體的結合而固定在測試線上,形成紅色條帶。為了評估LAMP在檢測ermB基因時的靈敏度,將PCR擴增產生的目標DNA片段以10倍梯度稀釋。結果Fig.2所示,熒光LAMP成功檢測到ARG

ermB,LOD為2.75×10

3

copies/μL。DNA濃度與循環閾值時間(CT)之間存在良好的線性關系,線性范圍跨越8個數量級,最高可達2.75×10

10

copies/μL。為了進一步提高分析方法的特異性,研究人員將CRISPR/Cas12a系統引入檢測中,以解決潛在的假陽性問題并提高靈敏度(Fig

3.a,b)。接著,為了滿足復雜現場條件下可視化的各種可能要求,使用熒光和側流試紙進行可視化檢測分析(Fig

3.c,d)。之后,為了驗證構建的基于CRISPR/Cas12a的視覺平臺的準確性和可靠性,對原廢水進行了現場檢測(Fig.4)。結果表明,構建的CRISPR/Cas12a可視化平臺能夠實現廢水中ARGs的快速現場檢測。總結:開發了一種基于CRISPR/Cas12a的便攜式可視化生物傳感器,用于快速現場檢測和評估廢水中的ARG。從取樣到出結果的檢測過程在2小時內完成,不需要復雜的儀

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