植物次生代謝物質種類及結構次生代謝產物的化學結構差異很大，通常歸為萜類化合物（萜類、甾體類）、酚類化合物（苯丙烷類、醌類、黃酮類、鞣質）、含氮化合物（生物堿、氰苷、芥子油苷、非蛋白氨基酸）和其他次生代謝產物四大類。（1）酚類廣義的酚類分為黃酮類、簡單酚類和黃酮類。黃酮類是以一大類苯色同環為基礎，具有C3、C6、CH6結構的酚類化合物，其生物合成的前體是苯丙氨酸和烏龍基輔酶A。根據在B環上的連接位置的不同可分為2-苯基衍生物（黃酮、黃酮醇類）3-苯基衍生物（異黃酮）和4-苯基衍生物（新黃酮），很多黃酮類成分用于心血管疾病的治療，如槐樹槐米中的蘆丁是用于治療毛細血管脆性引起的出血癥及輔助治療高血壓，許多異黃酮是植保素。簡單酚類是含有一個被烴基取代苯環的化合物，某些成分有調節植物生長的作用，有些是植保素的重要成分。醌類化合物是有苯式多環烴氫化合物（如萘、蒽等）的芳香二氧化物。醌類的存在是植物成色的主要原因之一，有些醌類是抗菌、抗癌的主要成分，如胡桃醌和紫草寧。舉例（1）苦蕎麥中含有黃酮類物質，主要成分是蘆丁。蘆丁含量占總黃酮的70~90%,蘆丁又名蕓香甙、維生素P,具有降低毛細血管脆性和異常通透性，改善微循環的作用，在臨床上主要用于糖尿病、高血壓、高血糖等的輔助治療。而蘆丁在其它谷物中幾乎沒有。（2）胡桃醌作為氫化胡桃醌（三羥基萘）的苷存在于胡桃科植物胡桃及其同屬植物黑核桃的未成熟的外果皮（青皮）中。可從天然物質中分離，也可化學合成。桃醌具有止血和抗菌活性，也曾用于治療濕疹、牛皮和發癬。2）萜類化合物萜類化合物是由異戊二烯單元（5碳）組成的化合物，通過異戊二烯途徑（又稱甲羥戊酸途徑），由2個、3個或4個異戊二烯單元分別組成產生的單萜、倍半萜和二萜稱為低等萜類。單萜和倍半萜是植物揮發油的主要成分，也是香料的主要成分，許多倍半萜和二萜化合物是植保素。一些萜類成分具有重要的藥用價值，如倍半萜成分青蒿素是治療瘧疾的最佳藥物，抗癌藥物紫杉醇是二萜類生物堿，存在于裸子植物紅豆杉中。甾類化合物和三萜的合成前體都是含30個碳原子的鯊烯，高等萜類。甾類化合物由1個環戊烷并多氫菲母核和3個側鏈基本骨架組成植物體內三萜皂苷元和甾體皂苷元分別與糖類結合形成三萜皂苷如人參皂苷和薯蕷皂苷等。舉例（1）青蒿素來源主要是從青蒿中直接提取得到；或提取青蒿中含量較高的青蒿酸，然后半合成得到。除青蒿外，尚未發現含有青蒿素的其它天然植物資源。主要用于間日瘧、惡性瘧的癥狀控制，以及耐氯喹蟲株的治療，也可用以治療兇險型惡性瘧，如腦型、黃疸型等。亦可用以治療系統性紅斑狼瘡與盤狀紅斑狼瘡。（2）紫杉醇是紅豆杉屬植物中的一種復雜的次生代謝產物,也是目前所了解的惟一一種可以促進微管聚合和穩定已聚合微管的藥物。通過II-III臨床研究，紫杉醇主要適用于卵巢癌和乳腺癌，對肺癌、大腸癌、黑色素瘤、頭頸部癌、淋巴瘤、腦瘤也都有一定療效。（3）含氮有機物含氮有機化合物中最大的一類次生代謝物質是生物堿,是一類含氮的堿性天然產物,已知的達5500種以上。按其生源途徑可分為真生物堿、偽生物堿和原生物堿。真生物堿和原生物堿都是氨基酸衍生物,但后者不含雜氮環。偽生物堿不是來自氨基酸,而是來自萜類、嘌呤和甾類化合物。許多生物堿是藥用植物的有效成分,如小檗堿、莨菪堿等,還有些是植保素。含氮有機化合物還有胺類、是NH3中的氫的不同取代產物;非蛋白氨基酸,即蛋白質氨基酸類似物;生氰苷,即植物生氰過程中產生HCN的前體物質如苦杏仁苷和亞麻苦苷。舉例（1）檗堿又稱黃連素。一種常見的異喹啉生物堿，分子式C20H18NO4。它存在于小檗科等四個科十個屬的許多植物中。對溶血性鏈球菌，金黃色葡萄球菌，淋球菌和弗氏、志賀氏痢疾桿菌等均有抗菌作用，扁桃體并有增強白血球吞噬作用，對結核桿菌、鼠疫菌也有不同程度的抑制作用，對大鼠的阿米巴菌也有抑制效用。小檗堿在動物身上有抗箭毒作用，并具有末梢性的降壓及解熱作用。小檗堿的鹽酸鹽（俗稱鹽酸黃連素）已廣泛用于治療胃腸炎、細菌性痢疾等，對肺結核、猩紅熱、急性扁桃腺炎和呼吸道感染也有一定療效。中醫常用黃連、黃柏、三顆針及十大功勞等作清熱解毒藥物，其中主要有效成分即小檗堿主要用于治療胃腸炎、細菌性痢疾等腸道感染、眼結膜炎、化膿性中耳炎等有效。近來還發現本品有阻斷a-受體，抗心律失常作用。（2）苦杏仁甙主要存在于苦杏、苦扁桃、桃、油桃（nectarines）、枇杷、李子、蘋果、黑櫻桃等果仁和葉子中，苦杏仁皮中不含苦杏仁甙。苦杏仁苷可特異性地抑制阿脲所致血糖升高,作用強度與血液中苦杏仁苷濃度有關。苦杏仁苷還具有抗凝血作用。（4）其他除了上述的主要三大類外,植物還產生多炔類、有機酸等次生代謝物質多炔類是植物體內發現的天然炔類有機酸廣泛地分布于植物各個部位。舉例綠原酸是金銀花的主要抗菌、抗病毒有效藥理成分之一。綠原酸具有較廣泛的抗菌作用，但在體內