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文檔簡介

1、生物信息學在下司犬基因組DNASINEs多態性課題中的應用生信息學是包含生物信息的獲取、處理、貯存、分發、分析和解釋的所有方面的一門學科，它綜合運用數學、計算機科學和生物學的各種工具進行研究，目的在于了解大量的生物學意義。 目前生物信息學的研究內容主要包括：(1) 生物分子數據的收集與管理(2)數據庫搜索及序列比較 (3)基因組序列分析 (4)基因表達數據的分析與處理 (5)蛋白質結構預測我的課題任務主要是研究下司犬基因組DNASINEs多態性，主要是運用生物信息學、比較基因組學研究SINEC-CF 在下司犬基因組中的遺傳多樣性；通過PCR的方法展示SINEC-CF在下司犬及有關 中華田園犬基

2、因組內的插入情況；通過構建基因組DNA文庫鑒定下司犬基因組中SINEC-CF插入新位點，闡明SINE對其結構和功能的影響。基于課題研究的內容，生物信息學對此提供了新的研究思路和強有力的工具。本文將從犬基因組全序列的搜索，SINEC-CF序列的搜索，BLAST，引物設計，RNA Folding幾個方面進行闡述。1 在ncbi上對犬基因組全序列進行搜索2搜索SINEs序列根據文獻已報道的SINEs序列的插入位點，通過進行序列的搜索。共有90000多條SINEC-Cf重復序列，得到序列，并進行比對。2.1 輸入位點2.2 得到結果>canFam1_rmsk_SINEC_Cf range=chr

3、5:13120452-13120642 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=noneGGGATCCCTGGGTGGCGCAGCGGTTTGGCGCCTGCCTTTGGCCCAGGGCACGATCCTGGAGACCCGGGATCGAATCCCACATCGGGCTCCCAGTGCATGGAGCCTGCTTCTCCCTCTGCCTGAGTCTCTGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGACTATCATAAATAAATAAAAATTTAAAAAAAAAAA2.3通過MEGA軟件對已知SINEC-Cf進行比對3 BLAST3.1-BLAST N3.2相應程序選擇3.2直接BLAST，得到

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