1、NCBI 工具概述信息來源：生物谷 更新時間： 2003-10-12 2:35:00數(shù)據(jù)檢索 - 文本搜索Entrez -對 GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-lnternational, PRF, Swiss-Prot, and PDB數(shù)據(jù)庫中的核酸和蛋白，包括了來自>70000個物種的序列序列數(shù)據(jù)提供整合的訪問，同時提供對 3D 蛋白結(jié)構(gòu)， 基因組 圖譜信息和 PubMed MEDLINE 的訪問。 Entrez 包 含了對每個數(shù)據(jù)庫記錄的預(yù)先計算好的相似搜索，產(chǎn)生一個相關(guān)序列，結(jié)構(gòu)，和MEDLINE 記錄的表。 Entrez 可以用很廣泛的文本方式來搜索，比如作者名

2、字，雜志名字，基因或蛋白名字，物種，唯一的標(biāo)號（如：accession number ，序列 ID ， PubMedID ， MEDLINE UID ），和其他的術(shù)語，根據(jù)被搜索的數(shù)據(jù)庫來確定。使用新的Linkout 服務(wù)，外部資源可以被鏈接到 Entrez紀(jì)錄。批量 Entrez - 允許你用一批的方式來用 Entrez 檢索大量的核酸或蛋白序列， 并把他們保存在你計算機(jī)的磁盤上。 有三種方法 來提交一個查詢：1）輸入一個含有 GI 或 accession number 列表的文件，2）指定一個物種名字或更高的分類來檢索那個類的所有序列。3）輸入一個 Entrez 搜索查詢。搜索結(jié)果將被直接

3、保存到你的計算機(jī)上。查詢 E-Mail 服務(wù)器 - 用 Entrez PubMed 查詢引擎來檢索核酸序列，蛋白序列，三維結(jié)構(gòu)，和PubMed MEDLINE 紀(jì)錄。如果要獲得幫助文件，給 寫一封只有內(nèi)容為 HELP 的 E-Mail 。網(wǎng)絡(luò) Entrez - 一個 WWW Entrez 基于 TCP/IP 的客戶 -服務(wù)器版本。直接通過Internet 來連接 NCBI 的數(shù)據(jù)庫來檢索數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)以二進(jìn)制的方式來傳輸，減少網(wǎng)絡(luò)傳輸?shù)膸捯蟆Ｓ蠵C, Mac , Unix，版本的客戶軟件。dbEST, dbGSS, dbSTS 搜索頁面 -EST,

4、GSS,和STS序列可以從兩種方法獲得：GenBank （通過Entrez ）的EST/GSS/STS部分，和分開的但相關(guān)的數(shù)據(jù)庫 dbEST/dbGSS/dbSTS 。兩種來源的序列和 accession number 是一致的，但是紀(jì)錄的格式不一 樣，dbEST/dbGSS/dbSTS 紀(jì)錄包括了一些基于BLAST搜索結(jié)果增加的注解， 包括上至15最佳匹配的核酸和蛋白。dbEST, dbSTS,dbGSS 搜索頁面還允許用克隆號碼來搜索。引用匹配 - 允許你找到任何一篇在 PubMed 數(shù)據(jù)庫中的文章的 PubMed ID 或 MEDLINE UID ，給出書目信息（雜志，卷， 頁碼等）。

5、單篇文章的引用匹配。許多文章的批量引用匹配。E-mail 引用匹配也是可以的，也可以用于單篇或許多文章。如果要獲得幫助文件，給citation_ 寫一封只有內(nèi)容為 HELP 的 E-Mail 。序列相似搜索 BLAST 主頁 - 訪問 BLAST 程序，概要，幫助文件，和 FAQs。Gapped BLAST （2.0 ）- 一種BLAST版本，允許在它產(chǎn)生的對齊（alignments ）中存在缺口。統(tǒng)計有效性的評估是基于使用隨機(jī)序列的優(yōu)先模擬。在不久的將來，所有對Gapped BLAST 的訪問都要通過 QBLAST。QBLAST - 種新的系統(tǒng)，

6、允許用戶以他們方便的方式檢索Gapped BLAST結(jié)果，并且可以用各種格式選項多次格式化他們的結(jié)果。 這個系統(tǒng)也使 NCBI 更有效的使用計算資源， 更好的為大家服務(wù)。 到 1999 年秋季， QBLAST 系統(tǒng)用于所有的 BLAST 搜 索。PSI-BLAST -位點特異迭代BLAST -用蛋白查詢來搜索蛋白數(shù)據(jù)庫的一個程序。所有被BLAST發(fā)現(xiàn)的統(tǒng)計有效的對齊被總和起來形成一個多次對齊，從這個對齊，一個位置特異的分值矩陣建立起來。這個矩陣被用來搜索數(shù)據(jù)庫，以找到額外的顯著對 齊，這個過程可能被反復(fù)迭代一直到?jīng)]有新的對齊可以被發(fā)現(xiàn)。PHI-BLAST -模式發(fā)現(xiàn)迭代 BLAST -用蛋白查

7、詢來搜索蛋白數(shù)據(jù)庫的一個程序。僅僅找出那些查詢序列中含有的特殊模式的 對齊。RPS-BLAST - Reverse Position-Specific BLAST Taxonomy BLAST - an implementation of Gapped BLAST (2.x) that groups hits by source organism, according to information in NCBI's Taxonomy database.DNA-DNA 或蛋白 -蛋白序列比較。blastp 或 blastn 來搜索 nr 數(shù)據(jù)BLAST 兩個序列 - 一個基于 BLAS

8、T 的工具，對齊兩個核酸或蛋白的序列，產(chǎn)生一個成對的IgBLAST -IgBLAST 被開發(fā)出來以便于分析在 GenBank 中的免疫球蛋白的序列。它允許用庫或一個由免疫球蛋白生殖系變化區(qū)基因的特殊的數(shù)據(jù)庫。搜索可以限制在人類或小鼠的基因IgBLAST 執(zhí)行三個主要的功能：1） 報告與查詢序列最相似的可變，D,或J區(qū)，2）根據(jù) Kabat et al. 來注解免疫球蛋白 domains （從 FWR1 到 FWR3 ），3） 對于搜索核酸或蛋白nr 數(shù)據(jù)庫，通過匹配 IgBLAST 的發(fā)現(xiàn)和最接近的生殖系變化區(qū)基因來簡化識別相關(guān)序列的過程。PowerBLAST-PowerBLAST 是一個程序

9、，允許對非常長的序列進(jìn)行快速的gapped BLAST 搜索，它把序列分割開，對每個部分搜索，然后把結(jié)果組裝起來。包含在 Sequin 中的 PowerBlast 版本使用了新的強大的 gapped BLAST 算法，過濾和物種特 異的輸出特點還仍舊保留-BLAST E-mail服務(wù)器-基于e-mail的序列相似搜索服務(wù)，接受FASTA格式的核酸或蛋白序列。如果要獲得幫助文件，給 寫一封只有內(nèi)容為 HELP 的 E-Mail 。網(wǎng)絡(luò)BLAST - 一個 WWW Entrez基于TCP/IP的客戶-服務(wù)器版本。直接通過Internet來連接NCBI的數(shù)據(jù)

10、庫來檢索數(shù)據(jù)。有PC，Mac, Unix，版本的客戶軟件。單獨的BLAST -下載可用于本地執(zhí)行使用的BLAST。二進(jìn)制版本有 IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 （ver. 4.0d）, LINUX,和Win32 系統(tǒng)。 BLAST 數(shù)據(jù)庫同樣可以下載。專門的 BLAST 頁面BLAST 人類染色體 - 人類染色體測序頁面的一部分。BLAST against mouse chromosomes .BLAST against Drosophila melanogaster genome sequence - see additional information on

11、 the Drosophila genome above.BLAST against dbSNP - additional information about dbSNP is above.Microbial Genomes BLAST Databases - BLAST against finished and unfinished microbial genomes.BLAST against P. falciparum only, all Plasmodium, or all Toxoplasma in GenBank. BLAST against P. falciparum 3D7 G

12、enome Project finished and unfinished sequences.序列分析BLAST - 見上VecScreen - 一個工具，在序列分析和提交之前用來確定一個核酸序列是否有載體，接頭或連結(jié)序列。 VecScreen 被開發(fā)來對付公開數(shù)據(jù)庫中的載體污染問題。在開始進(jìn)行任何一種序列分析前把序列用VecScreen 檢查一下都是有用的，因為在序列中存在載體序列可能會導(dǎo)致錯誤的 BLAST 結(jié)果。 ORF Finder - 一個圖形分析工具，用于在用戶提供的序列或數(shù)據(jù)庫中的序列中尋找被選擇的最小長度的開放閱讀框。用標(biāo)準(zhǔn)的或替代的遺傳密碼來確定所有開放閱讀框。推斷出的氨基

13、酸序列可以用各種格式來保存，還可以用WWW BLAST 到序列數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行搜索。 ORF Finder 同 Sequin 序列提交軟件捆綁在一起。單獨的程序可以從 NCBI 的 ftp 站點下載。Sequin- 個提交工具，包括了ORF Finder，一個對齊瀏覽器/編輯器，和一個鏈接到PowerBLAST。更詳細(xì)的見上 Sequin。CD-Search - The Conserved Domain Search Service (CD-Search) can be used to identify the conserved domains present in a protein sequ

14、ence.e-PCR電子PCR -將一個查詢序列同已經(jīng)定位的STSs比較，來發(fā)現(xiàn)查詢序列的可能的圖譜定位。E-PCR通過查找在的 DNA序列中與定位標(biāo)記的 PCR引物非常吻合的子序列來找到STSs。這個子序列一定要有正確的順序，方向，和間隔，以至他們可以合理的啟動一個擴(kuò)增出正確分子量的PCR產(chǎn)物。最新版本的 e-PCR搜索除了 NCBI dbSTS數(shù)據(jù)庫以外的其他資源：1) 人類：GDB，Genethon 遺傳圖譜，GeneMap'99，Stanford G3 圖譜 v2，Whitehead GB4 圖譜，Whitehead YAC 圖譜，NHGRI chr 7 圖譜， WUSTL c

15、hr X 圖譜， NCBI RH 圖譜，和2) 小鼠： Whitehead 遺傳圖譜， Whitehead RH 圖譜，Whitehead YAC 圖譜。e-PCR可以通過 WWW 查詢，或可以從 NCBI ftp 站點的 /pub/schuler/e-PCR 目錄下載。COGnitor -將你的序列同 COGs數(shù)據(jù)庫比較，來確定它屬于的相鄰組的簇。單獨的COGs程序也是可以獲得的。COGnitor可以以批的模式來運行，同很多的COGs數(shù)據(jù)庫中的蛋白比較，并可以從ftp站點下載。瘧原蟲遺傳學(xué)和基因組-提供與瘧原蟲遺傳學(xué)和基因相關(guān)的數(shù)據(jù)和信息。資源包括物種特異的序列BLAST數(shù)據(jù)庫(惡性瘧原蟲，

16、所有瘧原蟲，以及弓形蟲)， 基因組 圖譜，連鎖標(biāo)記，以及遺傳學(xué)研究信息。鏈接到其他的瘧原蟲網(wǎng)站和相關(guān)的寄生蟲 遺傳學(xué)數(shù)據(jù)庫包括弓形蟲。反轉(zhuǎn)病毒資源-收集了一批資源用于特別支持反轉(zhuǎn)病毒的研究。資源包括，一個基因型工具用BLAST算法來確定一個查詢序列的基因型，一個對齊工具( alignment )用于多個序列的通用對齊，一個 HIV-1 自動序列注解工具，以及 16 種反轉(zhuǎn)病毒的 可以在GenBank，F(xiàn)ASTA和圖形方式來查看的注解圖譜及鏈接到其他相關(guān)序列紀(jì)錄。SAGEmap -基因表達(dá)的串行分析 (SAGE)是一種實驗技術(shù)用來定量分析基因的表達(dá)。提供CGAP SAGE( Serial Ana

17、lysis of GeneExpression )庫的差異顯示。也包含了對在人類 GenBank記錄中的SAGE標(biāo)簽的完整分析，在人類 GenBank記錄中一個 UniGene 的標(biāo)志被分配給了每個含有一個SAGE標(biāo)簽的人類序列網(wǎng)站建設(shè)過程的描述，分析工具，參考文獻(xiàn)，定義，和定位數(shù)據(jù)可以從站點上下載。CGAP DDD - 數(shù)字差異顯示 - 一個在線工具，用來比較從挑選出來的 cDNA 庫的計算基因表達(dá)譜。3-D Structure Display and Similarity SearchingCn3D - "See in 3-D", 一個用于NCBI數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)和序列相似顯示工具，它允許觀察3-D結(jié)構(gòu)和序列-結(jié)構(gòu)或結(jié)構(gòu)-結(jié)構(gòu)同源比較。 Cn3D 用起來就象你