1、生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類生物數(shù)據(jù)庫(kù)的種類序列數(shù)據(jù)庫(kù)序列數(shù)據(jù)庫(kù) 核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù) ( (EMBLEMBL、GenBankGenBank、DDBJDDBJ) ) 常用蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)常用蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)( (SwissprotSwissprot, ,PIRPIR) )結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)( PDB )( PDB ) 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫(kù)( (SCOPSCOP、CATHCATH ) )其它數(shù)據(jù)庫(kù)其它數(shù)據(jù)庫(kù) Protein Data Bank 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù) /pdb/home/ho

2、me.do 一、基本概況一、基本概況 美國(guó)美國(guó)BrookhavenBrookhaven實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)室19711971年建立的年建立的大分子結(jié)構(gòu)大分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)庫(kù), ,PDBPDB蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫(kù)蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)資料數(shù)據(jù)庫(kù) (Protein (Protein Date Bank)Date Bank)。PDBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)的維護(hù)由數(shù)據(jù)庫(kù)的維護(hù)由結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織結(jié)構(gòu)生物信息學(xué)研究合作組織 (Research Collaboration for Structural (Research Collaboration for Structural Bioinformatics,RCSB)

3、Bioinformatics,RCSB) 負(fù)責(zé)。負(fù)責(zé)。1、數(shù)據(jù)u 來(lái)源來(lái)源 主要通過(guò)實(shí)驗(yàn)（主要通過(guò)實(shí)驗(yàn)（X X射線晶體衍射，核磁共振，電射線晶體衍射，核磁共振，電子顯微鏡方法等子顯微鏡方法等）測(cè)定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。）測(cè)定的生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。 主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，還包括核酸、糖類、蛋白質(zhì)主要是蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)，還包括核酸、糖類、蛋白質(zhì)與核酸復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。與核酸復(fù)合物的三維結(jié)構(gòu)。u信息信息 原子的原子的空間坐標(biāo)空間坐標(biāo)、引用文、引用文獻(xiàn)獻(xiàn)、形成、形成-helix和和-sheet的的氨氨基酸序列、基酸序列、雙硫鍵連結(jié)模式雙硫鍵連結(jié)模式、與蛋白質(zhì)結(jié)合與蛋白質(zhì)結(jié)合的的ligand、參與

4、參與生化功能的生化功能的residue等。等。 2、數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)記錄結(jié)構(gòu)記錄名稱、參考文獻(xiàn)、序列、一級(jí)結(jié)構(gòu)、二級(jí)結(jié)構(gòu)和原子坐標(biāo)等信息。顯式序列顯式序列 信息信息隱式序列隱式序列 信息信息以關(guān)鍵字SEQRES作為顯式序列標(biāo)記，以該關(guān)鍵字打頭的每一行都是關(guān)于序列的信息。即為立體化學(xué)數(shù)據(jù)，包括每個(gè)原子的名稱和原子的三維坐標(biāo)。3、數(shù)據(jù)查詢 PDB PDB中的記錄有唯一的中的記錄有唯一的PDB-IDPDB-ID，包括，包括4 4個(gè)字符個(gè)字符串，可由大寫字母串，可由大寫字母AZAZ和數(shù)字和數(shù)字0909組合而成，如組合而成，如1LDM1LDM。 PDB PDB和它的鏡像站點(diǎn)提供每個(gè)和它的鏡像站點(diǎn)提供每個(gè)PD

5、BPDB記錄的查詢，記錄的查詢，可按一些專門的查詢項(xiàng)目（如可按一些專門的查詢項(xiàng)目（如提交數(shù)據(jù)、作者姓提交數(shù)據(jù)、作者姓名、結(jié)構(gòu)表達(dá)名、結(jié)構(gòu)表達(dá)）進(jìn)行檢索。）進(jìn)行檢索。 是pdb文件在數(shù)據(jù)庫(kù)中的編號(hào),從PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載結(jié)構(gòu)常會(huì)得到一個(gè)以這個(gè)編號(hào)命名的pdb文件，如1LDM.pdb二、簡(jiǎn)單使用搜索欄搜索欄高級(jí)搜索高級(jí)搜索搜索到搜索到408條結(jié)果條結(jié)果精化搜索結(jié)果精化搜索結(jié)果檢索檢索CDK2相關(guān)介紹相關(guān)介紹下載氨基酸序列及下載氨基酸序列及二級(jí)結(jié)構(gòu)的信息二級(jí)結(jié)構(gòu)的信息分辨率不同分辨率不同配體不同配體不同PDB數(shù)據(jù)庫(kù)文件包括分子類別、發(fā)布日期，PDB-ID關(guān)鍵字列表測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的試驗(yàn)方法以關(guān)鍵字以關(guān)鍵字S

6、EQRES打頭打頭306個(gè)氨基酸的顯式序列信息個(gè)氨基酸的顯式序列信息X軸坐標(biāo)軸坐標(biāo)Y軸坐標(biāo)軸坐標(biāo)Z軸坐標(biāo)軸坐標(biāo)原子原子氨基酸氨基酸PDBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明HEADER分子類，公布日期，分子類，公布日期，ID號(hào)號(hào)OBSLTE注明該注明該ID號(hào)已改為新號(hào)號(hào)已改為新號(hào)TITLE說(shuō)明試驗(yàn)方法類型說(shuō)明試驗(yàn)方法類型CAVEAT可能的錯(cuò)誤提示可能的錯(cuò)誤提示COMPND化合物分子組成化合物分子組成SOURCE化合物來(lái)源化合物來(lái)源KEYWDS關(guān)鍵詞關(guān)鍵詞EXPDTA測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的實(shí)驗(yàn)方法測(cè)定結(jié)構(gòu)所用的實(shí)驗(yàn)方法PDBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明AUTHOR結(jié)構(gòu)測(cè)定者結(jié)

7、構(gòu)測(cè)定者REVDAT修訂日期及相關(guān)內(nèi)容修訂日期及相關(guān)內(nèi)容SPRSDE已撤銷或更改的相關(guān)記錄已撤銷或更改的相關(guān)記錄JRNL發(fā)表坐標(biāo)集的文獻(xiàn)發(fā)表坐標(biāo)集的文獻(xiàn)REMARK 1有關(guān)文獻(xiàn)有關(guān)文獻(xiàn)REMARK 2最大分辨率最大分辨率REMARK 3用到的程序和統(tǒng)計(jì)方法用到的程序和統(tǒng)計(jì)方法REMARK 4其他注解其他注解DBREF其他序列庫(kù)的有關(guān)記錄其他序列庫(kù)的有關(guān)記錄SEQADVPDB與其它記錄的出入與其它記錄的出入PDBPDB數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明數(shù)據(jù)庫(kù)的詳細(xì)字段說(shuō)明MODEL多亞基時(shí)顯示亞基號(hào)多亞基時(shí)顯示亞基號(hào)ATOM標(biāo)準(zhǔn)基團(tuán)的原子坐標(biāo)標(biāo)準(zhǔn)基團(tuán)的原子坐標(biāo)SIGATM標(biāo)準(zhǔn)差標(biāo)準(zhǔn)差A(yù)NISOU溫度因子溫度因子SIGUIJ各種溫度因素導(dǎo)致的標(biāo)準(zhǔn)差各種溫度因素導(dǎo)致的標(biāo)準(zhǔn)差TER鏈末端鏈末端HETATM非標(biāo)準(zhǔn)基團(tuán)原子坐標(biāo)非標(biāo)準(zhǔn)基團(tuán)原子坐標(biāo)ENDMDL亞基結(jié)束亞基結(jié)束CONECT原子間的連通性有關(guān)記錄原子間的連通性有關(guān)記錄MASTER版權(quán)擁有者版權(quán)擁有者END文件結(jié)束文件結(jié)束詳細(xì)信息詳細(xì)信息三維結(jié)構(gòu)三維結(jié)構(gòu)-螺旋螺旋-折疊折疊配體小分子配體小分子三、結(jié)構(gòu)模型顯示三、結(jié)構(gòu)模型顯示u生物大分子三維立體結(jié)構(gòu)顯示