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文檔簡(jiǎn)介
GB/TXXXXX—XXXX
高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求涉及的術(shù)語(yǔ)與定義、高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)的評(píng)價(jià)指
標(biāo)和判定依據(jù)。
本標(biāo)準(zhǔn)適用非單分子測(cè)序的基于DNA序列研究的連接酶法測(cè)序和聚合酶法測(cè)序的結(jié)果評(píng)價(jià)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅注日期的版本適用于本文件。
凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本文件。
GB/T30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程
SN/T2497.21進(jìn)出口危險(xiǎn)化學(xué)品安全試驗(yàn)方法第21部分:瓊脂糖凝膠電泳試驗(yàn)
3術(shù)語(yǔ)和定義、縮略語(yǔ)
GB/T30989中界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。
3.1術(shù)語(yǔ)和定義
3.1.1
測(cè)序平均長(zhǎng)度averagereadlengthofsequencing
測(cè)序儀器單次測(cè)序能達(dá)到的平均讀長(zhǎng),通常以堿基數(shù)表示。
3.1.2
測(cè)序通量Throughputofgenesequencing
測(cè)序儀器單次測(cè)序可獲得的序列數(shù)量,通常以序列數(shù)(Reads)表示。
3.1.3
堿基測(cè)序準(zhǔn)確率Accuracyofbasesequencing
對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序,經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上,統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序
獲得的總堿基數(shù)比例。
3.1.4
聚合酶法測(cè)序Sequencingbypolymerization
基于堿基互補(bǔ)原理,在聚合酶參與下的基因測(cè)序方法。
3.1.5
連接酶法測(cè)序Sequencingbyligation
1
GB/TXXXXX—XXXX
基于堿基互補(bǔ)原理,在連接酶參與下的基因測(cè)序方法。
3.2縮略語(yǔ)
下列縮略語(yǔ)適用于本文件。
DNA——脫氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid)
PCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerasechainreaction)
4高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)指標(biāo)
4.1評(píng)價(jià)指標(biāo)與分類(lèi)
經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序過(guò)程中參數(shù)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)分析,按照測(cè)序方法的不同,對(duì)高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)分為
連接酶法測(cè)序評(píng)價(jià)和聚合酶法測(cè)序評(píng)價(jià),選擇測(cè)序通量、堿基測(cè)序準(zhǔn)確率、測(cè)序平均長(zhǎng)度這三個(gè)能夠反
映單次測(cè)序結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)。
4.2連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表1所示。
表1連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
評(píng)價(jià)指標(biāo)要求
測(cè)序通量≥500MReads
堿基測(cè)序準(zhǔn)確率≥99.0%
測(cè)序平均長(zhǎng)度≥25bp
4.3聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表2所示。
表2聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
評(píng)價(jià)指標(biāo)要求
測(cè)序通量≥3MReads
堿基測(cè)序準(zhǔn)確率≥99.0%
測(cè)序平均長(zhǎng)度≥35bp
5評(píng)價(jià)指標(biāo)檢測(cè)方法
5.1測(cè)序通量
按照各測(cè)序儀器廠商提供的測(cè)序樣品制備流程和測(cè)序操作進(jìn)行待測(cè)序樣品處理、質(zhì)控和測(cè)序,待測(cè)
序反應(yīng)完成后,測(cè)序儀使用測(cè)序信號(hào)收集器(根據(jù)標(biāo)記信號(hào)的不同選用相應(yīng)不同的收集器,如圖像信號(hào)
收集器中的高精度CMOS,電信號(hào)收集器中的半導(dǎo)體傳感器,光譜信號(hào)搜集器中的光譜成像儀等)。對(duì)測(cè)
序信號(hào)完成搜集。再通過(guò)信號(hào)分析軟件,對(duì)采集得到的信號(hào)進(jìn)行分析,將信號(hào)圖轉(zhuǎn)變?yōu)楹塑账嵝蛄行畔ⅰ?/p>
通常以序列數(shù)表示。
2
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5.2堿基測(cè)序準(zhǔn)確率
對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序,經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上,統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序
獲得的總堿基數(shù)比例,通常以百分?jǐn)?shù)表示。
5.3測(cè)序平均長(zhǎng)度
根據(jù)測(cè)序通量所得到的序列數(shù),統(tǒng)計(jì)所有序列數(shù)的堿基長(zhǎng)度,計(jì)算序列數(shù)總長(zhǎng)度。
測(cè)序平均長(zhǎng)度等于序列數(shù)總長(zhǎng)度與序列數(shù)總數(shù)的比值。
6結(jié)果評(píng)價(jià)程序
測(cè)序儀輸出序列信息后,統(tǒng)計(jì)測(cè)序通量和測(cè)序平均長(zhǎng)度,并對(duì)測(cè)序過(guò)程中加入的測(cè)序參考品進(jìn)行分
析,將測(cè)序參考品得到的原始序列比對(duì)到參考品的標(biāo)準(zhǔn)基因組序列,統(tǒng)計(jì)基于堿基(base)測(cè)序準(zhǔn)確率。
測(cè)序數(shù)據(jù)處理標(biāo)準(zhǔn)流程如圖1所示,處理完成后輸出堿基測(cè)序準(zhǔn)確率指標(biāo)。測(cè)序參考品的測(cè)序過(guò)程,參
見(jiàn)附錄A。
測(cè)序信號(hào)識(shí)別、記錄與收集
原始測(cè)序信號(hào)轉(zhuǎn)換堿基序列信息并輸出數(shù)據(jù)文件
對(duì)數(shù)據(jù)文件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,獲取測(cè)序通量和測(cè)序平均長(zhǎng)度的統(tǒng)計(jì)結(jié)果
原始?jí)A基序列數(shù)據(jù)與標(biāo)準(zhǔn)基因組序列比對(duì)
輸出堿基測(cè)序準(zhǔn)確率
圖1高通量基因測(cè)序儀測(cè)序數(shù)據(jù)處理流程圖
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A
附錄A
(資料性附錄)
測(cè)序參考品測(cè)序過(guò)程
A.1測(cè)序參考品的選擇
宜采用來(lái)源穩(wěn)定、溯源信息完備和參考序列信息已知的核酸樣本,樣例如表A.1所示。
表A.1國(guó)家藥品標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)參考品樣例
品種編號(hào)品種名稱(chēng)成分序號(hào)成分名稱(chēng)來(lái)源
360007測(cè)序儀性1人全基因組DNA正常男性外周血白細(xì)胞構(gòu)建永
能評(píng)價(jià)用生細(xì)胞系
脫氧核糖2大腸桿菌基因組DNADH5α感受態(tài)培養(yǎng)細(xì)胞
核酸國(guó)家3高GC含量細(xì)菌基因組DNA人腸道中分離篩選鑒定后培養(yǎng)
參考品厭氧菌
411型HPV基因組DNA11型HPV病毒重組質(zhì)粒
A.2參考品測(cè)序流程
按照各測(cè)序儀器廠商提供的測(cè)序樣品制備流程和測(cè)序操作進(jìn)行測(cè)序參考品樣品處理、質(zhì)控和測(cè)序。
基本的流程如下:
測(cè)序樣品處理待測(cè)序基因文庫(kù)質(zhì)控測(cè)序
圖A.1高通量基因測(cè)序基本流程圖
A.2.1測(cè)序樣品處理
A.2.1.1核酸提取
對(duì)待測(cè)序的生物樣本進(jìn)行核酸提取,并對(duì)提取的核酸進(jìn)行質(zhì)控檢測(cè)。
A.2.1.2DNA樣品打斷
對(duì)預(yù)處理好的DNA樣品,采用物理或者酶切的方法將待測(cè)序的核酸DNA打斷到1kb以內(nèi)的DNA片段大小。
A.2.1.3接頭連接
將打斷成1kb以內(nèi)的DNA片段制備成兩端連有接頭(含有與擴(kuò)增及測(cè)序引物互補(bǔ)的序列),中間有短
序列標(biāo)簽結(jié)構(gòu)的文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)。
A.2.1.4文庫(kù)擴(kuò)增
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將接頭連接后的文庫(kù)進(jìn)行擴(kuò)增放大得到待測(cè)序文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)。
A.2.2待測(cè)序基因文庫(kù)質(zhì)量控制
將待測(cè)序文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量控制檢測(cè)。宜按照SN/T2497.21方法或者Q-PCR方法進(jìn)行文庫(kù)
質(zhì)控,建庫(kù)過(guò)程中宜設(shè)置陰性對(duì)照與陽(yáng)性對(duì)照。
A.2.3測(cè)序
按照測(cè)序儀廠商提供的標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序流程進(jìn)行測(cè)序操作。
_________________________________
5
ICS07.080
A40
中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)
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高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
Requirementsofthehigh-throughputgenesequencingresultevaluation
點(diǎn)擊此處添加與國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)一致性程度的標(biāo)識(shí)
(報(bào)批稿)
(本稿完成日期:2017年3月)
-XX-XX發(fā)布XXXX-XX-XX實(shí)施
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高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
1范圍
本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求涉及的術(shù)語(yǔ)與定義、高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)的評(píng)價(jià)指
標(biāo)和判定依據(jù)。
本標(biāo)準(zhǔn)適用非單分子測(cè)序的基于DNA序列研究的連接酶法測(cè)序和聚合酶法測(cè)序的結(jié)果評(píng)價(jià)。
2規(guī)范性引用文件
下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,僅注日期的版本適用于本文件。
凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改單)適用于本文件。
GB/T30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程
SN/T2497.21進(jìn)出口危險(xiǎn)化學(xué)品安全試驗(yàn)方法第21部分:瓊脂糖凝膠電泳試驗(yàn)
3術(shù)語(yǔ)和定義、縮略語(yǔ)
GB/T30989中界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。
3.1術(shù)語(yǔ)和定義
3.1.1
測(cè)序平均長(zhǎng)度averagereadlengthofsequencing
測(cè)序儀器單次測(cè)序能達(dá)到的平均讀長(zhǎng),通常以堿基數(shù)表示。
3.1.2
測(cè)序通量Throughputofgenesequencing
測(cè)序儀器單次測(cè)序可獲得的序列數(shù)量,通常以序列數(shù)(Reads)表示。
3.1.3
堿基測(cè)序準(zhǔn)確率Accuracyofbasesequencing
對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序,經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上,統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序
獲得的總堿基數(shù)比例。
3.1.4
聚合酶法測(cè)序Sequencingbypolymerization
基于堿基互補(bǔ)原理,在聚合酶參與下的基因測(cè)序方法。
3.1.5
連接酶法測(cè)序Sequencingbyligation
1
GB/TXXXXX—XXXX
基于堿基互補(bǔ)原理,在連接酶參與下的基因測(cè)序方法。
3.2縮略語(yǔ)
下列縮略語(yǔ)適用于本文件。
DNA——脫氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid)
PCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerasechainreaction)
4高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)指標(biāo)
4.1評(píng)價(jià)指標(biāo)與分類(lèi)
經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序過(guò)程中參數(shù)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)分析,按照測(cè)序方法的不同,對(duì)高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)分為
連接酶法測(cè)序評(píng)價(jià)和聚合酶法測(cè)序評(píng)價(jià),選擇測(cè)序通量、堿基測(cè)序準(zhǔn)確率、測(cè)序平均長(zhǎng)度這三個(gè)能夠反
映單次測(cè)序結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)。
4.2連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表1所示。
表1連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求
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