GB/TXXXXX—XXXX

高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求涉及的術(shù)語(yǔ)與定義、高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)的評(píng)價(jià)指

標(biāo)和判定依據(jù)。

本標(biāo)準(zhǔn)適用非單分子測(cè)序的基于DNA序列研究的連接酶法測(cè)序和聚合酶法測(cè)序的結(jié)果評(píng)價(jià)。

2規(guī)范性引用文件

下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。

凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。

GB/T30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程

SN/T2497.21進(jìn)出口危險(xiǎn)化學(xué)品安全試驗(yàn)方法第21部分：瓊脂糖凝膠電泳試驗(yàn)

3術(shù)語(yǔ)和定義、縮略語(yǔ)

GB/T30989中界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。

3.1術(shù)語(yǔ)和定義

3.1.1

測(cè)序平均長(zhǎng)度averagereadlengthofsequencing

測(cè)序儀器單次測(cè)序能達(dá)到的平均讀長(zhǎng)，通常以堿基數(shù)表示。

3.1.2

測(cè)序通量Throughputofgenesequencing

測(cè)序儀器單次測(cè)序可獲得的序列數(shù)量，通常以序列數(shù)（Reads）表示。

3.1.3

堿基測(cè)序準(zhǔn)確率Accuracyofbasesequencing

對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序，經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上，統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序

獲得的總堿基數(shù)比例。

3.1.4

聚合酶法測(cè)序Sequencingbypolymerization

基于堿基互補(bǔ)原理，在聚合酶參與下的基因測(cè)序方法。

3.1.5

連接酶法測(cè)序Sequencingbyligation

1

GB/TXXXXX—XXXX

基于堿基互補(bǔ)原理，在連接酶參與下的基因測(cè)序方法。

3.2縮略語(yǔ)

下列縮略語(yǔ)適用于本文件。

DNA——脫氧核糖核酸（deoxyribonucleicacid）

PCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（polymerasechainreaction）

4高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)指標(biāo)

4.1評(píng)價(jià)指標(biāo)與分類(lèi)

經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序過(guò)程中參數(shù)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)分析，按照測(cè)序方法的不同，對(duì)高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)分為

連接酶法測(cè)序評(píng)價(jià)和聚合酶法測(cè)序評(píng)價(jià)，選擇測(cè)序通量、堿基測(cè)序準(zhǔn)確率、測(cè)序平均長(zhǎng)度這三個(gè)能夠反

映單次測(cè)序結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)。

4.2連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表1所示。

表1連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

評(píng)價(jià)指標(biāo)要求

測(cè)序通量≥500MReads

堿基測(cè)序準(zhǔn)確率≥99.0%

測(cè)序平均長(zhǎng)度≥25bp

4.3聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表2所示。

表2聚合酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

評(píng)價(jià)指標(biāo)要求

測(cè)序通量≥3MReads

堿基測(cè)序準(zhǔn)確率≥99.0%

測(cè)序平均長(zhǎng)度≥35bp

5評(píng)價(jià)指標(biāo)檢測(cè)方法

5.1測(cè)序通量

按照各測(cè)序儀器廠商提供的測(cè)序樣品制備流程和測(cè)序操作進(jìn)行待測(cè)序樣品處理、質(zhì)控和測(cè)序，待測(cè)

序反應(yīng)完成后，測(cè)序儀使用測(cè)序信號(hào)收集器（根據(jù)標(biāo)記信號(hào)的不同選用相應(yīng)不同的收集器，如圖像信號(hào)

收集器中的高精度CMOS，電信號(hào)收集器中的半導(dǎo)體傳感器，光譜信號(hào)搜集器中的光譜成像儀等）。對(duì)測(cè)

序信號(hào)完成搜集。再通過(guò)信號(hào)分析軟件，對(duì)采集得到的信號(hào)進(jìn)行分析，將信號(hào)圖轉(zhuǎn)變?yōu)楹塑账嵝蛄行畔ⅰ?/p>

通常以序列數(shù)表示。

2

GB/TXXXXX—XXXX

5.2堿基測(cè)序準(zhǔn)確率

對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序，經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上，統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序

獲得的總堿基數(shù)比例，通常以百分?jǐn)?shù)表示。

5.3測(cè)序平均長(zhǎng)度

根據(jù)測(cè)序通量所得到的序列數(shù)，統(tǒng)計(jì)所有序列數(shù)的堿基長(zhǎng)度，計(jì)算序列數(shù)總長(zhǎng)度。

測(cè)序平均長(zhǎng)度等于序列數(shù)總長(zhǎng)度與序列數(shù)總數(shù)的比值。

6結(jié)果評(píng)價(jià)程序

測(cè)序儀輸出序列信息后，統(tǒng)計(jì)測(cè)序通量和測(cè)序平均長(zhǎng)度，并對(duì)測(cè)序過(guò)程中加入的測(cè)序參考品進(jìn)行分

析，將測(cè)序參考品得到的原始序列比對(duì)到參考品的標(biāo)準(zhǔn)基因組序列，統(tǒng)計(jì)基于堿基（base）測(cè)序準(zhǔn)確率。

測(cè)序數(shù)據(jù)處理標(biāo)準(zhǔn)流程如圖1所示，處理完成后輸出堿基測(cè)序準(zhǔn)確率指標(biāo)。測(cè)序參考品的測(cè)序過(guò)程，參

見(jiàn)附錄A。

測(cè)序信號(hào)識(shí)別、記錄與收集

原始測(cè)序信號(hào)轉(zhuǎn)換堿基序列信息并輸出數(shù)據(jù)文件

對(duì)數(shù)據(jù)文件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析，獲取測(cè)序通量和測(cè)序平均長(zhǎng)度的統(tǒng)計(jì)結(jié)果

原始?jí)A基序列數(shù)據(jù)與標(biāo)準(zhǔn)基因組序列比對(duì)

輸出堿基測(cè)序準(zhǔn)確率

圖1高通量基因測(cè)序儀測(cè)序數(shù)據(jù)處理流程圖

3

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A

附錄A

（資料性附錄）

測(cè)序參考品測(cè)序過(guò)程

A.1測(cè)序參考品的選擇

宜采用來(lái)源穩(wěn)定、溯源信息完備和參考序列信息已知的核酸樣本,樣例如表A.1所示。

表A.1國(guó)家藥品標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)參考品樣例

品種編號(hào)品種名稱(chēng)成分序號(hào)成分名稱(chēng)來(lái)源

360007測(cè)序儀性1人全基因組DNA正常男性外周血白細(xì)胞構(gòu)建永

能評(píng)價(jià)用生細(xì)胞系

脫氧核糖2大腸桿菌基因組DNADH5α感受態(tài)培養(yǎng)細(xì)胞

核酸國(guó)家3高GC含量細(xì)菌基因組DNA人腸道中分離篩選鑒定后培養(yǎng)

參考品厭氧菌

411型HPV基因組DNA11型HPV病毒重組質(zhì)粒

A.2參考品測(cè)序流程

按照各測(cè)序儀器廠商提供的測(cè)序樣品制備流程和測(cè)序操作進(jìn)行測(cè)序參考品樣品處理、質(zhì)控和測(cè)序。

基本的流程如下：

測(cè)序樣品處理待測(cè)序基因文庫(kù)質(zhì)控測(cè)序

圖A.1高通量基因測(cè)序基本流程圖

A.2.1測(cè)序樣品處理

A.2.1.1核酸提取

對(duì)待測(cè)序的生物樣本進(jìn)行核酸提取，并對(duì)提取的核酸進(jìn)行質(zhì)控檢測(cè)。

A.2.1.2DNA樣品打斷

對(duì)預(yù)處理好的DNA樣品，采用物理或者酶切的方法將待測(cè)序的核酸DNA打斷到1kb以內(nèi)的DNA片段大小。

A.2.1.3接頭連接

將打斷成1kb以內(nèi)的DNA片段制備成兩端連有接頭（含有與擴(kuò)增及測(cè)序引物互補(bǔ)的序列），中間有短

序列標(biāo)簽結(jié)構(gòu)的文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)。

A.2.1.4文庫(kù)擴(kuò)增

4

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將接頭連接后的文庫(kù)進(jìn)行擴(kuò)增放大得到待測(cè)序文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)。

A.2.2待測(cè)序基因文庫(kù)質(zhì)量控制

將待測(cè)序文庫(kù)或者標(biāo)簽文庫(kù)進(jìn)行質(zhì)量控制檢測(cè)。宜按照SN/T2497.21方法或者Q-PCR方法進(jìn)行文庫(kù)

質(zhì)控，建庫(kù)過(guò)程中宜設(shè)置陰性對(duì)照與陽(yáng)性對(duì)照。

A.2.3測(cè)序

按照測(cè)序儀廠商提供的標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序流程進(jìn)行測(cè)序操作。

_________________________________

5

ICS07.080

A40

中華人民共和國(guó)國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)

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高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

Requirementsofthehigh-throughputgenesequencingresultevaluation

點(diǎn)擊此處添加與國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)一致性程度的標(biāo)識(shí)

（報(bào)批稿）

（本稿完成日期：2017年3月）

-XX-XX發(fā)布XXXX-XX-XX實(shí)施

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高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

1范圍

本標(biāo)準(zhǔn)規(guī)定了高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求涉及的術(shù)語(yǔ)與定義、高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)的評(píng)價(jià)指

標(biāo)和判定依據(jù)。

本標(biāo)準(zhǔn)適用非單分子測(cè)序的基于DNA序列研究的連接酶法測(cè)序和聚合酶法測(cè)序的結(jié)果評(píng)價(jià)。

2規(guī)范性引用文件

下列文件對(duì)于本文件的應(yīng)用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，僅注日期的版本適用于本文件。

凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改單）適用于本文件。

GB/T30989高通量基因測(cè)序技術(shù)規(guī)程

SN/T2497.21進(jìn)出口危險(xiǎn)化學(xué)品安全試驗(yàn)方法第21部分：瓊脂糖凝膠電泳試驗(yàn)

3術(shù)語(yǔ)和定義、縮略語(yǔ)

GB/T30989中界定的以及下列術(shù)語(yǔ)和定義適用于本文件。

3.1術(shù)語(yǔ)和定義

3.1.1

測(cè)序平均長(zhǎng)度averagereadlengthofsequencing

測(cè)序儀器單次測(cè)序能達(dá)到的平均讀長(zhǎng)，通常以堿基數(shù)表示。

3.1.2

測(cè)序通量Throughputofgenesequencing

測(cè)序儀器單次測(cè)序可獲得的序列數(shù)量，通常以序列數(shù)（Reads）表示。

3.1.3

堿基測(cè)序準(zhǔn)確率Accuracyofbasesequencing

對(duì)已知序列的參考品進(jìn)行測(cè)序，經(jīng)過(guò)堿基識(shí)別后比對(duì)到已知序列上，統(tǒng)計(jì)比對(duì)正確的堿基數(shù)占測(cè)序

獲得的總堿基數(shù)比例。

3.1.4

聚合酶法測(cè)序Sequencingbypolymerization

基于堿基互補(bǔ)原理，在聚合酶參與下的基因測(cè)序方法。

3.1.5

連接酶法測(cè)序Sequencingbyligation

1

GB/TXXXXX—XXXX

基于堿基互補(bǔ)原理，在連接酶參與下的基因測(cè)序方法。

3.2縮略語(yǔ)

下列縮略語(yǔ)適用于本文件。

DNA——脫氧核糖核酸（deoxyribonucleicacid）

PCR——聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（polymerasechainreaction）

4高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)指標(biāo)

4.1評(píng)價(jià)指標(biāo)與分類(lèi)

經(jīng)過(guò)高通量測(cè)序過(guò)程中參數(shù)指標(biāo)統(tǒng)計(jì)分析，按照測(cè)序方法的不同，對(duì)高通量基因測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)分為

連接酶法測(cè)序評(píng)價(jià)和聚合酶法測(cè)序評(píng)價(jià)，選擇測(cè)序通量、堿基測(cè)序準(zhǔn)確率、測(cè)序平均長(zhǎng)度這三個(gè)能夠反

映單次測(cè)序結(jié)果進(jìn)行評(píng)價(jià)。

4.2連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求

連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)如表1所示。

表1連接酶法測(cè)序結(jié)果評(píng)價(jià)要求