人類SMN1和SMN2基因檢測試劑盒(PCR-毛細管電泳法)(CSZ2400022)_第1頁
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文檔簡介

申請人名稱:廈門百歐迅生物科技有限公司 3 3 3 3 4 4 6 12 14 17一、申請人名稱廈門百歐迅生物科技有限公司二、申請人住所廈門市海滄區翁角西路2032號廈門生物醫藥產業園A17三、生產地址廈門市海滄區翁角西路2032號廈門生物醫藥產業園A17號樓一、產品概述(一)產品主要組成成分本試劑盒含有SMA反應液、SMA引物混合液、酶C、SMA正常對照、SMA質控品1、SMA質控品2、和SMA空白對照,詳見表1產品主要組成成分11111SMA質控品211(二)產品預期用途本試劑盒用于體外檢測EDTA抗凝全血樣本中人運動神經元存活基因1(SMN1)和運動神經元存活基因2(SMN2)第7號的輔助診斷,SMN2基因拷貝數用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結果供臨床參考,臨床醫生應結合患者臨床表現進行綜合脊髓性肌萎縮癥(SMA)為一種常染色體隱性遺傳疾病,臨床特征為脊髓前角運動神經元退化凋亡導致對稱性肌無力和肌萎縮。其病因是由于位于5號染色體上的運動神經元存活基因1(SurvivalofMotorNeuron1,SMN1)突變所致。正常人至少有2拷貝正常的SMN1基因,攜帶者僅1條5號染色體上有正常SMN1基因,而SMA患者沒有正常SMN1基因,即0拷貝正常SMN1突變包括第7號和/或第8號外顯子缺失以及點突變等1/10,000-1/6,000,人群攜帶率為1/50-1/40。與SMN1高度同源的運動神經元存活基因2(SurvivalofMotorNeuron2,SMN2兩基因序列上僅有5個堿基的差異,其中2個堿基位于splicingenhancer導致只有少量的全長SMNmRNA生成,使得功能性SMN蛋白的表現量減少。SMN2為臨床表型的調節基因,影響病情的嚴重程度,其拷貝數增加可減輕SMA患者表型癥狀。因此,檢測SMN2基因的拷貝數有助于為疾病分型提供參(三)產品包裝規格48測試/盒,96測試/盒。(四)產品檢驗原理和SMN2。以HBB與ACTB基因為內標基因,監控PCR反應效率,拷貝數進行相對定量的檢測,區分0、1、2、3、≥4拷貝的SMN1與SMN2基因。二、臨床前研究概述(一)主要原材料本產品的主要原材料包括引物、dATP、dCTP、dGTP、dTTP、熱啟動核酸聚合酶,均為外購。通過功能性試驗,申請人篩選出最佳原材料和供應商,同時制定了各主要原材料質量標準并ACTB基因、HBB基因,SMA空白對照主要原料為10mMTris8.5溶液,并按照相應的質量標準進行檢測合格后使用。本產品的企業參考品包括陽性參考品、陰性參考品、精密度參考品及檢測限參考品。企業參考品采用臨床血液樣本或細胞系進行提取的基因組DNA制備,并以SMA檢測金標準荷蘭MRC-Holland公司研制的SALSA?MLPA?ProbemixP021-B1SMA確認其基因拷貝數。(二)生產工藝及反應體系研究本試劑盒的反應體系的研究包括PCR反應液中各組份配方與用量的調整、DNA酶用量的確定;對PCR反應條件的研究包括退火溫度、擴增循環數、擴增循環數中各階段時間、最后延伸時間的測試;毛細管電泳的上機程序進行測試調整;確認PCR過程的質量控制,包含內控基因設計、拷貝數計算公式的確認;完成樣本提取DNA純度、濃度以及重復性和反應投入量研究,并對產品適配的PCR儀和毛細管電泳儀AppliedBiosystems?3500Dx/3500xLDxGeneticAnalyzers的檢測結果進行研究。根據試劑盒中試劑及組件的主要生產工藝的研究結果,確定了最佳的生產工藝。(三)分析性能評估本產品分析性能評估內容包括準確度、精密度、最低檢測限、分析特異性和提取試劑性能的研究。準確度研究使用共檢測43例覆蓋SMN1和SMN2基因各不同拷貝數(0、1、2、3、≥4)的臨床EDTA抗凝全血樣本,使用三批次的試劑盒進行檢測,均能準確檢測SMN1和SMN2不同拷貝數(0、1、2、3、≥4)組合的樣本,包含純合缺失型、雜合缺失型和無缺失型相應的拷貝數,檢測符合率100%。2.精密度精密度研究使用不同拷貝數組合的臨床樣本,提取后在低與中高濃度水平進行檢測。分別考察室內精密度、試劑盒批內與批間精密度、操作人員間精密度、實驗室間精密度,結果表明各項不精密度變異系數均不大于10%。3.最低檢測限在最低檢測限建立的研究中,首先使用SMN1和SMN2基因提取基因組DNA,梯度稀釋DNA樣本各進行3次重復平行檢測,對檢測限進行初步考察;根據預估檢測限的最高與最低濃度附在最低檢測限驗證的研究中,另取SMN1和SMN2基因各不同拷貝數(0、1、2、3、≥4)的臨床EDTA抗凝全血樣本,提各進行20重復平行檢測,檢出率為100%。4.分析特異性在干擾試驗中,申請人對內源性干擾物質與常見治療藥物如三酸甘油酯(500mg/dL)、膽紅素(15mg/dL)、血紅蛋白丁胺醇(3μmole/L)、阿莫西林(400μmole/L)、頭孢氨芐(600μmole/L)、乙酰胺基酚(3000μmole/L)、甲氧氯普胺(3μmole/L)與奧美拉唑(40μmole/L對本試劑盒檢測結果均不造成影響。交叉反應評價中,申請人針對全血樣本中常見的病原體進行研究,包括乙肝病毒、丙肝病毒、巨細胞病毒、腸道病毒71型,對本試劑盒檢測結果不造成影響。使用高拷貝的SMN2對SMN1不同拷貝數樣本進行交叉反應;高拷貝的SMN1對不同拷貝數SMN2的進行交叉反應研究,結果顯示SMN1和SMN2基因不會對各自的檢測結果造成影響。針對與SMA癥狀類似的疾病,如Duchenne型肌營養不良(DMD)、Becker型肌營養不良(BMD)進行交叉反應評價,對本試劑盒檢測結果均不造成影響。針對SMN基因微小突變或者基因多型性位點進行研究,包括SMN1基因的微小突變c.22dupA、c.81+2_3delTG、c.683T>A,SMN1基因第7號外顯子基因多型性rs555928635、SMN2基因第8號外顯子基因多型性rs576032516,對本試劑盒檢測結果均不造成影5.提取試劑性能研究采用臨床樣本進行了核酸提取試劑盒性能的研究,根據與該產品的組合性能研究結果,確定推薦的核酸提取試劑符合檢(四)陽性判斷值研究陽性判斷值研究首先采用714例已知基因型的臨床樣本進行檢測,同時使用SMA檢測標準方法MLPA確認其基因拷貝數,采用ROC曲線法對本試劑盒的陽性判斷值進行研究。最終確定陽性判斷值按下表進行判讀:0123≥4拷貝數正常區間采用另外一批168例經SMA檢測標準方法MLPA檢測的臨床樣本進行驗證,檢測結果與MLPA確認結果一致。(五)穩定性研究申請人對本產品在實際儲存條件下保存至成品有效期后的實時穩定性、使用穩定性等進行了研究,確定了在各種條件下試劑的有效保存時間。實時穩定性:三批試劑放置于-20±5℃保存,按時間考察每批試劑盒在第0、3、6、9、12、14、18、19個月的性能,檢測其外觀、陽性參考品符合率、陰性參考品符合率、檢測限與精密度,結果均符合要求;確定本試劑有效期為18個月。使用穩定性:考察試劑開瓶后在2~8℃5天內、-20±5℃在試劑盒效期內及反復凍融7次的性能,結果顯示:產品外觀符合要求,陽性參考品、陰性參考品、檢測限參考品與精密度參考品均符合要求。為確保產品性能穩定,要求本試劑盒在首次使用后,應盡快用完,如需長期保存,再次放置于-20±5℃可此外,申請人對產品的樣本穩定性進行了研究。結果顯示,產品性能均能滿足產品說明書聲稱要求。三、臨床評價概述本產品在浙江大學醫學院附屬兒童醫院、深圳市兒童醫院、湖南省兒童醫院、南京市婦幼保健院、廣州醫科大學附屬第三醫院共五家臨床試驗機構進行臨床試驗,臨床試驗入組病例為疑似或確診脊髓性肌萎縮癥(SMA)的病例等,共入組病例975(一)采用試驗體外診斷試劑與臨床參考方法MLPA方法進行比較研究,確認本產品的臨床檢測性能。1.針對SMN1檢測性能:臨床參考方法檢測結果為SMN1基因外顯子7缺失陽性(拷貝數為0或1)471例,臨床參考方法例,4拷貝1例。試驗結果顯示:本產品陽性符合率為100%100%)。臨床參考方法檢測結果為SMN1基因外顯子8缺例,4拷貝3例。試驗結果顯示:本產品陽性符合率為100%2.針對SMN2檢測性能:臨床參考方法檢測結果為SMN2外病例數分別為38例、191例、440例、280例、26例。試驗結果顯示:試驗體外診斷試劑與參考方法符合率100%。上述結果顯示試驗體外診斷試劑與臨床參考方法檢測結果具有較好的一致性。采用試驗體外診斷試劑與SMA的臨床診斷結果進行了比較研究,確認本產品的臨床性能。臨床診斷結果為SMA病例26990.56%,96.31%特異度為100%(95%CI:99.46%,100%針對不一致的樣本進行了充分分析和確認,其中假陰性的14例患1例患者在臨床試驗前有異基因非親緣臍帶血回輸,1例為SMN1雙等位基因均為微小致病性變異[1d+1d]型SMA患者;假陽性樣本2例,該2例患者經隨訪確診為SMA患者。上述結果顯示兩者之間具有良好的一致性,本產品針對SMA輔助診斷的臨床性(三)針對SMN2基因拷貝數用于SMA患3拷貝、≥4拷貝)的檢測結果與SMA患者分型的關系進行了分析,兩者有較好的相關性。結果顯示,本產品針對SMA分型輔助判斷的臨床性能滿足要求。綜上所述,臨床試驗結果顯示本產品的臨床性能滿足技術審評要求。四、產品受益風險判定依據“YY/T0316-2016《醫療器械風險管理對醫療器械的本產品適用本產品適用于EDTA抗凝全血樣本中人運動神經元存活基因1(SMN1)和運動神經元存活基因2(SMN2)第7SMN1基因拷貝數用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscularatrophy,SMA)的輔助診斷,SMN2基因拷貝數用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結果僅供臨床參考,具體臨床應用時,臨床醫生必須結合病例實際情況判讀。本產品臨床應用的主要受益在于:可作為脊髓性肌萎縮癥的輔助診斷以及SMA患者分型的輔助判斷的方法。(二)風險評估申請人對已知危險(源)進行風險評價,按照風險可接受準則判斷每個危險(源)的風險是否達到可接受水平,對合理可行降低的風險、不經過風險/收益分析既判定為不可接受的風險采取控制措施,并對具體措施進行實施驗證,同時重新對采取措施后的風險進行估計,確認其風險水平是否可接受。但為保證用械安全,基于對主要剩余風險的規避,需要在說明書中1.預期用途:用于體外檢測EDTA抗凝全血樣本中人運動神號外顯子和第8號外顯子拷貝數(0、1、2、3、≥4)的檢測,SMN1基因拷貝數用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscularatrophy,SMA)的輔助診斷,SMN2基因拷貝數用于SMA患者分型的輔助判斷,檢測結果供臨床參考,臨床醫生應結合患者臨床表現進行綜合判斷。2.警示及注意事項:產品說明中明確了該產品檢驗方法的局限性及使用中的注意事項。注冊與備案管理辦法》(國家市場監督管理總局令第48號)等相關醫療器械法規與配套規章,經對申請人提交的注冊申報資料進行系統評價,申報產品符合安全性、有效性的要求,符合現有認知水平,建議準予注冊。附件:產品說明書1SMN1基因拷貝數用于脊髓性肌萎縮癥(spinalmuscular檢測結果供臨床參考,臨床醫生應結合患者臨床表現進為脊髓前角運動神經元退化凋亡導致對稱性肌無力和肌萎縮。其病因是由于位于5號染色體上的運動神經元存活基因1(SurvivalofMotor的拷貝數有助于為疾病分型提供參考依據。因。下表為本試劑盒6個檢測位點的位置、理論片檢測位點理論片段長度熒光修飾基因HBB227bpFAMACTB368bpSMA基因SMN1第7號外顯子(SMN1-EX7)257bpSMN2第7號外顯子(SMN2-EX7)262bpSMN1第8號外顯子(SMN1-EX8)306bpSMN2第8號外顯子(SMN2-EX8)315bp組分名稱主要成分規格(48測試/盒)規格(96測試/盒)數量(管)SMA反應液含dNTPs的PCR緩沖液750μL1500μL1SMA引物混合液含試劑盒檢測位點及內標基因的特異性引物溶液150μL300μL1酶C熱啟動核酸聚合酶8μL16μL1SMA正常對照含SMA檢測位點及內標基因的質粒18μL18μL1SMA質控品1含SMA檢測位點及內標基因的質粒18μL18μL1SMA質控品2含SMA檢測位點及內標基因的質粒18μL18μL1SMA空白對照Tris8.5溶液1500μL1500μL1開瓶后未使用完的組分于-20±5℃保存不影響產品有效期。應本試劑盒采用普通PCR儀擴增后再經毛細管電泳儀進行AppliedBiosystems?3500Dx/3500xLDxGe),注:建議當次檢測樣本與對照的樣本處理方式、DNA提取2.2按下表配制擴增試劑:組分每反應體積SMA反應液15μLSMA引物混合液3μL酶C0.16μL總體積*18.16μL*為了減少分液誤差,建議在配制擴增試劑時根據樣本數量(n)分別取(n+1)人份的反應液和混合酶。n=待測樣本數+SMA空白對照1份+SMA正常對照1份+SMA質控品1+SMA質控品2。2擴增。反應體積設定:20μL,建議立即進行則應將PCR擴增產物保存于-20±5℃,不超過1周。步驟循環數溫度時間1195oC5min22595oC30sec57oC30sec72oC30sec3172oC30min414oC∞3500Dx/3500xLDxPOP-750cm8133019.5進行片段大小分析,分析參數設置和結果分析具體信息請參考制造擴增產物范例圖檢測峰選擇HBB檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestHBB檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN1-EX7檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN1-EX7=SMN1-EX7檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN2-EX7檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN2-EX7=SMN2-EX7檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN1-EX8檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN1-EX8=SMN1-EX8檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSSMN2-EX8檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRSMN2-EX8=SMN2-EX8檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RSACTB檢測峰面積Test/IC檢測峰面積之和TestRACTB=×2ACTB檢測峰面積RS/IC檢測峰面積之和RS【陽性判斷值】檢測峰比值結果判讀基因拷貝數<0.370拷貝數正常區間00.37≤R<0.651拷貝數檢測灰區10.65≤R<1.301拷貝數正常區間1.30≤R<1.411拷貝數檢測灰區1.41≤R<1.552拷貝數檢測灰區21.55≤R<2.402拷貝數正常區間2.40≤R<2.452拷貝數檢測灰區2.45≤R<2.503拷貝數檢測灰區32.50≤R<3.463拷貝數正常區間3.46≤R<3.503拷貝數檢測灰區≥3.50≥4拷貝數正常區間≥43檢測位點片段大小范圍(bp)HBBSMN1-EX7SMN2-EX7SMN1-EX8SMN2-EX8ACTB2.1檢測峰比值(R)落于正常區間,根據顯子拷貝數一致;當發生基因轉換時,基因型表示為于檢測灰區,需重新進行PCR,檢測結果按【讀,若檢測峰比值(R)還是落于檢測灰區,按相應拷貝數貝數之和不一致,如當檢測結果為2:2/2:3時,第7外顯子這種即為總拷貝數不一致,應該重新進行檢測。重測后以總拷貝數一致的結果進行判讀,若重測后拷貝數之和仍不一致,建議結合其2.5若引物擴增區域內出現缺失或插入的罕見基因突變或基因多型性一致性,進行拷貝數判讀,進一步的突變或基因多態性信息應結合2.本試劑盒以染色體上特定的DNA序列為檢測目標,5.不合理的樣本采集、轉運及處理、以及不當的試驗操作

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