2023感染科NGS檢測的意義及解讀近年來，隨著高通量測序技術，也稱新一代（或下一代）測序技術（NGS）的迅猛發展，在操作流程不斷簡化、檢測通量不斷增長的同時，檢測成本也大大降低，使其在感染病原體檢測中呈現出一定的技術優勢，并得到越來越廣泛的應用。當前，基于NGS鑒別微生物的主要方式有兩種：宏基因組測序（mNGS）與病原體靶向測序（tNGS）。病原宏基因組檢測，無需預設，無需培養，無偏好性，直接提取臨床樣本中的DNA、RNA，進行高通量測序，經過專用病原數據庫比對與分析，一次性完成細菌、真菌、病毒和寄生蟲等病原體的檢測。基于病原體核酸序列盲測的mNGS技術橫空出世，成為感染病診斷的利器。

01指南共識推薦mNGS經歷快速發展的五年，被引入多部共識/指南。

最新共識均推薦mNGS病原學診斷重要方法，包括《中國宏基因組學第二代測序技術檢測感染病原體臨床應用專家共識》、《高通量宏基因組測序技術檢測病原微生物的臨床應用規范化專家共識》、《宏基因組高通量測序技術應用于感染性疾病病原檢測中國專家共識》等。其中《中國宏基因組學第二代測序技術檢測感染病原體臨床應用專家共識》推薦mNGS作為新發、罕見、疑難感染性疾病一線檢測手段。推薦內容如下：推薦意見24（強烈推薦，Ⅲ）：對于呼吸道感染，二代測序在病毒及少見病原體的檢測中體現出較好的檢測效能；但在細菌、真菌等病原體的檢測中，二代測序尚不能準確判斷菌群定植或感染狀態，仍需依賴臨床醫師結合患者病情進行進一步分析。推薦意見26（強烈推薦，Ⅲ）：對于新發、罕見、疑難感染性疾病，以及免疫缺陷患者，二代測序能顯著提高病原體的檢出率，可作為上述疾病的一線檢測手段。存在的問題01數據量的問題可能存在病原體數據量不夠被背景序列淹沒的情況，人源核酸含量越高，mNGS敏感性越低，病原體檢出序列數越少，甚至導致假陰性。02結果解讀的痛點閾值設定、結果解讀困難，因此亟待解決核心技術難題，要解決陽性閾值的設定，排除背景序列的影響，結合臨床癥狀、流行病學進行解讀。03靈敏度低的難題為解決這一問題，可采取核酸富集技術，包括反向富集和正向富集，反向富集檢出靈敏度低，背景噪音高。正向富集相對效果較好，進行探針捕獲和多重PCR擴增子的比較，發現探針雜交優勢有Panel覆蓋度高，無偏倚捕獲，具有容錯機制。04影響技術應用效能的關鍵瓶頸為突破這一瓶頸，可實施全譜捕獲方案，全譜捕獲超敏mNGS+融合臨床-病原信息的人工智能診斷系統。大數據現狀01新冠相關混合感染常見/特殊細菌共存相關數據顯示2019年新冠疫情初期有47%的新冠患者存在混合感染。2022年12月11日-2023年2月9日微遠大數據顯示，90%以上新冠陽性樣本有其它病原體共同檢出，涉及細菌包括鮑曼不動桿菌、肺炎克雷伯菌、金黃色葡萄球菌、結核分枝桿菌等。其中檢出顯著升高的細菌有：鮑曼不動桿菌、屎腸球菌、紋帶棒狀桿菌。02新冠病毒感染者合并鮑曼不動桿菌耐藥1008例鮑曼不動桿菌耐藥株，458例blaOXA-23（45.44%）、344例blaTEM（34.13%）；4405例新冠陽性樣本中，鮑曼blaOXA-23和鮑曼blaTEM檢出率最高，在1.9-1.15日及1.23-1.29日達峰值。診治病例體會及思考患者一般情況患者女性，29歲，居住重慶市主城區，銀行職員。既往史：2022年6月外院診斷HPV感染，規律我院門診隨訪治療，復查已轉陰。婚育史：未婚未育。病情發展經過（就醫前病情變化及外院診治、療效）2023.06.18經廣州轉機抵達巴厘島，在巴厘島旅行期間住宿條件較差，被蚊蟲叮咬。2023.06.26上午：發熱伴頭痛，自服布洛芬，癥狀好轉；下午：吃火鍋期間出現發熱，伴畏寒、寒戰；夜間：出現腹瀉、嘔吐，嘔吐物為胃內容物，大便為水樣便，量及次數較多，仍感發熱、頭痛，未測體溫。2023.06.27極度乏力，懶言，意識尚清，可正確對答，不能自行前往就醫。后前往重慶市公共衛生醫療救治中心診治，患者出現對答不切題。★診斷：膿毒癥、急性胃腸炎（重型）。★治療：亞胺培南-西司他丁鈉抗感染、退熱等對癥治療。★治療應答：Tmax由40℃降至37.7℃，但易反復；出現抽搐，呼之不應，數分鐘后緩解，緩解后昏睡，可回答簡單問題，此后抽搐反復發作，血壓下降，需血管活性藥物維持血壓。病情發展經過（2023.06.27轉入陸軍軍醫大學西南醫院急救部）胸部CT：1.雙肺背側胸膜下少許墜積性改變；2.雙肺結節，考慮炎性或增殖灶可能。腹部CT：1.肝臟增大、密度減低，請結合臨床分析；2.雙腎實質強化減低；3.盆腔內部分小腸腸管積液、稍擴張。頭顱CT：顱腦CT平掃未見明顯異常。

★診斷：膿毒癥、膿毒性休克、多器官功能障礙（肝臟、腎臟、心臟、凝血功能）、腹瀉待查。★治療：無創呼吸機輔助呼吸、鎮靜、退熱、護肝、補液、維持電解質。★病情變化：反復抽搐，意識無好轉，病情危重。病情發展經過（2023.06.28因病情危重收入ICU）2023.06.28再次腰穿，腦脊液壓力200mmH2O，腦脊液常規提示單核細胞比例增高，腦脊液生化提示蛋白明顯增高，考慮病毒性腦炎、腦水腫可能。經驗性加用阿昔洛韋抗病毒，因腎功能不全，予甘油果糖脫水。患者反復抽搐，意識障礙加深，予持續鎮靜，建立人工氣道，呼吸機輔助呼吸。2023.06.29腦脊液mNGS結果提示登革病毒1型（序列數889）；外周血mNGS陰性。停用阿昔洛韋，予胸腺法新、靜注人免疫球蛋白提高免疫力，抗生素調整為哌拉西林-他唑巴坦。2023.07.03再次腰穿，腦脊液壓力降至150mmH2O，腦脊液mNGS仍檢測到登革病毒，外周血mNGS陰性。2023.07.04降低鎮痛鎮靜劑量，評估患者意識為淺昏迷，未再出現明顯抽搐，繼續鎮靜，調整呼吸機模式為CPAP。2023.07.06頭顱CT提示雙側大腦半球及丘腦密度減低影，雙側腦室及腦溝回變窄，考慮顱內感染性病變仍重，GCS評分5分，考慮患者短期內意識難以恢復，需長期呼吸機輔助呼吸，行氣道切開術，術后盡早脫離有創呼吸機。2023.07.07床旁腦電圖提示中度異常，未見明顯癲癇波，CT結果提示雙肺背側胸膜下少許墜積性炎癥。2023.07.08痰培養見陰溝腸桿菌、鮑曼不動桿菌及銅綠假單胞菌，考慮細菌定植，呼吸機順利脫機。病情發展經過（2023.07.10轉入感染病科）2023.07.10患者中度昏迷，間斷四肢抽搐，無尿，夜間出現高熱不退，Tmax40℃，復查血常規提示白細胞明顯增高，PCT明顯升高，拔除深靜脈置管，予美羅培南、萬古霉素抗感染，持續鎮靜，冰毯冰帽降溫，CRRT血液凈化，病情仍無好轉，家屬拒絕轉ICU、拒絕CRRT。2023.07.13上午血壓下降，需血管活性藥物維持血壓，復查床旁胸片（-），WBC39.58×109/L，PCT20.90ng/mL；中午患者心跳呼吸停止，大動脈搏動消失；下午頸內靜脈導管+血培養：耐碳青霉烯陰溝腸桿菌。死亡診斷：重癥登革熱、登革腦炎、膿毒性休克、血流感染（陰溝腸桿菌）、代謝性酸中毒、肺部感染、多器官功能障礙綜合征、缺血缺氧性腦病、低鈣低鈉高鉀血癥。總結

感染性疾病起病急、進展快，重癥疑難患者病原體復雜，診斷及治療困難，可危及生命。早期、準確地明確致病病原微生物對感染的判定至關重要，有助于改善預后。不斷涌