Affymetrix基因芯片產(chǎn)品Affymetrix基因芯片產(chǎn)品1Upto~7,000,000features

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chip5-11μmRNAtargetThousandsofcopiesofaspecificoligonucleotideprobeineachfeatureRawdataimagewith1-6.9

milliondifferentcomplementaryprobes

Oligonucleotideprobe*****1.28cmHybridizedprobecell*5”5”Upto~7,000,000features/c2芯片產(chǎn)品分類(lèi)表達(dá)譜芯片-mRNA3’IVTWTMicroRNA芯片lncRNA芯片SNP/CNV芯片甲基化&轉(zhuǎn)錄因子芯片芯片產(chǎn)品分類(lèi)表達(dá)譜芯片-mRNA3表達(dá)譜芯片3’IVTHumanU133Plus2.0MouseU4302.0RatU2302.0PrimeView&AlmacXcelWTHuman/Rat/MouseGene1.0STHuman/Rat/MouseExon1.0STHTA2.0表達(dá)譜芯片3’IVT4表達(dá)譜芯片探針設(shè)計(jì)Exon1.0ST基因組DNA初始轉(zhuǎn)錄本RNA可變剪切轉(zhuǎn)錄本Gene1.0ST3’端表達(dá)譜表達(dá)譜芯片探針設(shè)計(jì)Exon1.0ST基因組DNA初始轉(zhuǎn)錄5表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢cDNA合成及片段化生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢6Gene系列芯片TranscriptcoverageofthearrayHumanGene1.0STArrayHumanGene2.0STArrayTotalRefSeqtranscripts

covered36,07940,716NM?RefSeqcodingtranscript,

well-establishedannotation32,02030,654NR?RefSeqnon-codingtranscript,

wellestablishedannotation2,9675,638XM?RefSeqcodingtranscript,

provisionalannotation579996XR?RefSeqnon-codingtranscript,provisionalannotation5133,428lincRNAtranscripts46611,086RefSeq(Entrez)genecount21,01424,838Gene系列芯片Transcriptcoverageof7EXON系列芯片DesignStatisticsSummaryProbeSets1.4millionExonClusters>1millionSupportedbyPutativeFull-LengthmRNA289,961probesetsSupportedbyEnsemblTranscripts306,583probesetsSupportedbyEST665,175probesetsSupportedbyMouseorRatmRNA220,262probesetsSupportedbyGenePrediction883,105probesetsProbeSelectionRegionAlongtheentirelengthofthetranscriptsProbes/ProbeSelectionRegion4BackgroundSubtractionStrategyMedianintensityofupto1,000backgroundprobeswiththesameGCcontentTotalFeaturesPerArray>5,500,000InterrogatedStrandSense2EXON系列芯片DesignStatisticsSumm8HTA2ArraycontentProteincodingcontentNon-proteincodingcontentGenes(transcriptclusters)44,69922,829Transcripts245,34940,914Exons560,472109,930Exonclusters296,05882,444Splicejunctions(probesets)339,1460HTA2ArraycontentProteincodin9表達(dá)譜芯片應(yīng)用U133——經(jīng)典，相對(duì)舊，無(wú)價(jià)格優(yōu)勢(shì)，不做推薦Gene系列——基本，僅滿(mǎn)足一般表達(dá)量檢測(cè)需求Exon系列——全面，精確表達(dá)量檢測(cè)HTA2——最佳，最全&最精確表達(dá)量EG1.0——最佳，唯一能夠獲得轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量表達(dá)譜芯片應(yīng)用U133——經(jīng)典，相對(duì)舊，無(wú)價(jià)格優(yōu)勢(shì)，不做推薦10MicroRNA芯片MicroRNA4.0microRNAPre-microRNAsnoRNA&scaRNAMicroRNA芯片MicroRNA4.011microRNA芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢Poly(A)加尾&FlashTagBiotinHSR連接生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化microRNA芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢12microRNA4.0特點(diǎn)100%覆蓋miRBaseV20包括所有數(shù)據(jù)庫(kù)記錄的物種人2578小鼠1908大鼠728重復(fù)性>0.95技術(shù)重復(fù)生物重復(fù)microRNA4.0特點(diǎn)100%覆蓋miRBaseV2013lncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.0HTA2.0(Human)EG1.0-Human/MouselncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.14LNCRNA芯片實(shí)驗(yàn)流程樣本RNA抽提&質(zhì)檢cDNA合成及片段化生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化LNCRNA芯片實(shí)驗(yàn)流程樣本RNA抽提&質(zhì)檢15SNP/CNV芯片SNP6.0CytoScan750KCytoScanHDOncoScan訂制芯片SNP/CNV芯片SNP6.016Cyto芯片適用樣本細(xì)胞組織血液唾液骨Cyto芯片適用樣本細(xì)胞17CytoHD高覆蓋率270萬(wàn)CNV探針75萬(wàn)SNP探針高性能特異性靈敏度高分辨率~1marker/1-3KB~1marker/5KBCytoHD高覆蓋率270萬(wàn)CNV探針75萬(wàn)SNP探針高性18Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件19Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件20純合雜合純合雜合21父本母本子代父本母本子代22Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件23Cyto系列芯片價(jià)值雜合性缺失單親二倍體三倍體樣本異質(zhì)性家系分析Cyto系列芯片價(jià)值雜合性缺失單親二倍體三倍體樣本異質(zhì)性家系24甲基化芯片HumanPromoter1.0R甲基化芯片HumanPromoter1.0R25DNA甲基化CpG島在CpG甲基化結(jié)合蛋白和DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變成為5’甲基胞嘧啶。通常是基因的啟動(dòng)子區(qū)域，5’端非翻譯區(qū)和第一個(gè)外顯子區(qū)，CpG序列密度非常高，超過(guò)均值5倍以上，為鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶的富集區(qū)。DNA甲基化CpG島在CpG甲基化結(jié)合蛋白和DNA甲基化轉(zhuǎn)移26研究甲基化意義腫瘤DNA甲基化過(guò)低CpG島高甲基化發(fā)育出生后發(fā)育衰老整體甲基化水平研究甲基化意義腫瘤DNA甲基化過(guò)低CpG島高甲基化發(fā)育出生后27Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件28樣品交聯(lián)染色質(zhì)片段化CHIP洗滌純化PCR擴(kuò)增DNA片段化標(biāo)記雜交洗脫掃描樣品交聯(lián)染色質(zhì)片段化CHIP洗滌純化PCR擴(kuò)增DNA片段化標(biāo)29Promoter1.0R實(shí)驗(yàn)流程Promoter1.0R實(shí)驗(yàn)流程30生活中的辛苦阻撓不了我對(duì)生活的熱愛(ài)。12月-2212月-22Monday,December26,2022人生得意須盡歡，莫使金樽空對(duì)月。10:29:0910:29:0910:2912/26/202210:29:09AM做一枚螺絲釘，那里需要那里上。12月-2210:29:0910:29Dec-2226-Dec-22日復(fù)一日的努力只為成就美好的明天。10:29:0910:29:0910:29Monday,December26,2022安全放在第一位，防微杜漸。12月-2212月-2210:29:0910:29:09December26,2022加強(qiáng)自身建設(shè)，增強(qiáng)個(gè)人的休養(yǎng)。2022年12月26日10:29上午12月-2212月-22精益求精，追求卓越，因?yàn)橄嘈哦鴤ゴ蟆?6十二月202210:29:09上午10:29:0912月-22讓自己更加強(qiáng)大，更加專(zhuān)業(yè)，這才能讓自己更好。十二月2210:29上午12月-2210:29December26,2022這些年的努力就為了得到相應(yīng)的回報(bào)。2022/12/2610:29:0910:29:0926December2022科學(xué)，你是國(guó)力的靈魂；同時(shí)又是社會(huì)發(fā)展的標(biāo)志。10:29:09上午10:29上午10:29:0912月-22每天都是美好的一天，新的一天開(kāi)啟。12月-2212月-2210:2910:29:0910:29:09Dec-22相信命運(yùn)，讓自己成長(zhǎng)，慢慢的長(zhǎng)大。2022/12/2610:29:09Monday,December26,2022愛(ài)情，親情，友情，讓人無(wú)法割舍。12月-222022/12/2610:29:0912月-22謝謝大家！生活中的辛苦阻撓不了我對(duì)生活的熱愛(ài)。12月-2212月-2231Affymetrix基因芯片產(chǎn)品Affymetrix基因芯片產(chǎn)品32Upto~7,000,000features

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chip5-11μmRNAtargetThousandsofcopiesofaspecificoligonucleotideprobeineachfeatureRawdataimagewith1-6.9

milliondifferentcomplementaryprobes

Oligonucleotideprobe*****1.28cmHybridizedprobecell*5”5”Upto~7,000,000features/c33芯片產(chǎn)品分類(lèi)表達(dá)譜芯片-mRNA3’IVTWTMicroRNA芯片lncRNA芯片SNP/CNV芯片甲基化&轉(zhuǎn)錄因子芯片芯片產(chǎn)品分類(lèi)表達(dá)譜芯片-mRNA34表達(dá)譜芯片3’IVTHumanU133Plus2.0MouseU4302.0RatU2302.0PrimeView&AlmacXcelWTHuman/Rat/MouseGene1.0STHuman/Rat/MouseExon1.0STHTA2.0表達(dá)譜芯片3’IVT35表達(dá)譜芯片探針設(shè)計(jì)Exon1.0ST基因組DNA初始轉(zhuǎn)錄本RNA可變剪切轉(zhuǎn)錄本Gene1.0ST3’端表達(dá)譜表達(dá)譜芯片探針設(shè)計(jì)Exon1.0ST基因組DNA初始轉(zhuǎn)錄36表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢cDNA合成及片段化生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢37Gene系列芯片TranscriptcoverageofthearrayHumanGene1.0STArrayHumanGene2.0STArrayTotalRefSeqtranscripts

covered36,07940,716NM?RefSeqcodingtranscript,

well-establishedannotation32,02030,654NR?RefSeqnon-codingtranscript,

wellestablishedannotation2,9675,638XM?RefSeqcodingtranscript,

provisionalannotation579996XR?RefSeqnon-codingtranscript,provisionalannotation5133,428lincRNAtranscripts46611,086RefSeq(Entrez)genecount21,01424,838Gene系列芯片Transcriptcoverageof38EXON系列芯片DesignStatisticsSummaryProbeSets1.4millionExonClusters>1millionSupportedbyPutativeFull-LengthmRNA289,961probesetsSupportedbyEnsemblTranscripts306,583probesetsSupportedbyEST665,175probesetsSupportedbyMouseorRatmRNA220,262probesetsSupportedbyGenePrediction883,105probesetsProbeSelectionRegionAlongtheentirelengthofthetranscriptsProbes/ProbeSelectionRegion4BackgroundSubtractionStrategyMedianintensityofupto1,000backgroundprobeswiththesameGCcontentTotalFeaturesPerArray>5,500,000InterrogatedStrandSense2EXON系列芯片DesignStatisticsSumm39HTA2ArraycontentProteincodingcontentNon-proteincodingcontentGenes(transcriptclusters)44,69922,829Transcripts245,34940,914Exons560,472109,930Exonclusters296,05882,444Splicejunctions(probesets)339,1460HTA2ArraycontentProteincodin40表達(dá)譜芯片應(yīng)用U133——經(jīng)典，相對(duì)舊，無(wú)價(jià)格優(yōu)勢(shì)，不做推薦Gene系列——基本，僅滿(mǎn)足一般表達(dá)量檢測(cè)需求Exon系列——全面，精確表達(dá)量檢測(cè)HTA2——最佳，最全&最精確表達(dá)量EG1.0——最佳，唯一能夠獲得轉(zhuǎn)錄本表達(dá)量表達(dá)譜芯片應(yīng)用U133——經(jīng)典，相對(duì)舊，無(wú)價(jià)格優(yōu)勢(shì)，不做推薦41MicroRNA芯片MicroRNA4.0microRNAPre-microRNAsnoRNA&scaRNAMicroRNA芯片MicroRNA4.042microRNA芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢Poly(A)加尾&FlashTagBiotinHSR連接生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化microRNA芯片實(shí)驗(yàn)步驟樣本RNA抽提&質(zhì)檢43microRNA4.0特點(diǎn)100%覆蓋miRBaseV20包括所有數(shù)據(jù)庫(kù)記錄的物種人2578小鼠1908大鼠728重復(fù)性>0.95技術(shù)重復(fù)生物重復(fù)microRNA4.0特點(diǎn)100%覆蓋miRBaseV2044lncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.0HTA2.0(Human)EG1.0-Human/MouselncRNA芯片Human/Mouse/RatGene2.45LNCRNA芯片實(shí)驗(yàn)流程樣本RNA抽提&質(zhì)檢cDNA合成及片段化生物素標(biāo)記芯片雜交-洗脫-掃描芯片數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化LNCRNA芯片實(shí)驗(yàn)流程樣本RNA抽提&質(zhì)檢46SNP/CNV芯片SNP6.0CytoScan750KCytoScanHDOncoScan訂制芯片SNP/CNV芯片SNP6.047Cyto芯片適用樣本細(xì)胞組織血液唾液骨Cyto芯片適用樣本細(xì)胞48CytoHD高覆蓋率270萬(wàn)CNV探針75萬(wàn)SNP探針高性能特異性靈敏度高分辨率~1marker/1-3KB~1marker/5KBCytoHD高覆蓋率270萬(wàn)CNV探針75萬(wàn)SNP探針高性49Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件50Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件51純合雜合純合雜合52父本母本子代父本母本子代53Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件54Cyto系列芯片價(jià)值雜合性缺失單親二倍體三倍體樣本異質(zhì)性家系分析Cyto系列芯片價(jià)值雜合性缺失單親二倍體三倍體樣本異質(zhì)性家系55甲基化芯片HumanPromoter1.0R甲基化芯片HumanPromoter1.0R56DNA甲基化CpG島在CpG甲基化結(jié)合蛋白和DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變成為5’甲基胞嘧啶。通常是基因的啟動(dòng)子區(qū)域，5’端非翻譯區(qū)和第一個(gè)外顯子區(qū)，CpG序列密度非常高，超過(guò)均值5倍以上，為鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶的富集區(qū)。DNA甲基化CpG島在CpG甲基化結(jié)合蛋白和DNA甲基化轉(zhuǎn)移57研究甲基化意義腫瘤DNA甲基化過(guò)低CpG島高甲基化發(fā)育出生后發(fā)育衰老整體甲基化水平研究甲基化意義腫瘤DNA甲基化過(guò)低CpG島高甲基化發(fā)育出生后58Affymetrix基因芯片產(chǎn)品課件59樣品交聯(lián)染色質(zhì)片段化CHIP洗滌純化PCR擴(kuò)增DN