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文檔簡介
1、一、實驗目的1、學會從實際操作出發,掌握程序的使用,得到正確的數據。2、學習Gaussian程序使用,運用程序進行凡種分子模型的構建及優化。3、利用Gaussian程序對分子體系薛定謬方程所代表的化學理論加深理解。4、掌握構建分子模型的方法和分子兒何構型的輸入方法,為目標分子設定計算 坐標,模擬化學分子,能夠正確解讀計算結果,采集有用的結果數據。二、實驗原理1、Gaussian程序可以作為功能強大的工具,用于研充許多化學領域的課題,例 如取代基的影響,化學反應機理,勢能曲面和激發能等等。它還可以預言分子和 化學反應的許多性質,如,分子能量和結構、過渡態的能量和結構、電子密度分 布、熱力學性質、
2、振動頻率、紅外和拉曼光譜、NMR化學位移、極化率和靜電 勢,等等。本實驗教材的重點,通過駐點(分子和反應勢能面上的極小點和鞍點) 的優化和性質計算,進行結構與性質關系的預測和化學反應動力學,包括反應速 率和反應機理的預測。2、HF方程自洽場近似:在結構化學中,“變數分離”方法對于單電子體系(氫原 子和類氫離子)的Schrodinger方程進行精確求解。但是對于多電子的分子體系, 由于第i個電子與其余電子間的排斥能取決于所有電子的坐標,使這種分離變為 不可能。但可以在定核近似下將核的運動分離出去后,在固定的核勢場中近似求 解多電子體系的能量本征方程。具體做法是,對第i個電子,可以假定一個單電子的
3、分子軌道(單電子近似),并 將它用現成的原子軌道線性展開(LCAO近似)。這時,Schr6dinger方程由微分方 程變成一個齊次線性的代數方程組。求解該方程組,即求各分子軌道能級及相應 的分子軌道展開系數。具體過程是在給定的核坐標下,先猜測一組展開系數(極 端情況均為0),代入方程組得到一組新的系數,再代入方程組求解,周而復始, 直到前后兩組系數相同,稱為“自恰場迭代”。這就是HF自恰場分子軌道方法。3、基組用于描述體系波函數的若干具有一定性質的函數。基組是量子化學從頭 計算的基礎,在量子化學中有著非常重要的意義。洌rgl, A) = (x- 4)lx(y- Ay)ly(z- A)lzxex
4、pKO-A),A: Gauss函數中心I:角量子數三、儀器設備與軟件計算機、GaussView程序、Gaussian程序四、實驗數據處理(一)、在水分子中(、分子總能(與以及電子動能(幽、電子與核的吸引能 (莊)、電子排斥能(E於和FMO能(即HOMO與LUMO能),核對各能量之間的關 系;分子中的各個原子上的靜電荷以及化學鍵的鍵電荷,分子的偶極矩。核排斥能(9. 2065538966a u.分子總能(-76. 0232281985a u.電子動能(雁)75. 81500790115a u.電子與核的吸引能(物-198. 9309839994a. u.電子排斥能(龐)37. 886194003
5、19a. u.HOMO 能-0. 49716a u.LUMO 能0. 21238a u.(2)核對各能量之間的關系分子總能 Etot = ZJIe EE + NN與分別為-20. 56036, -1. 34091, -0. 70404,-0. 56899 , -0. 49716 得Etot =-76. 02256011與程序運算出的結果-76. 0232281985比較相近,誤差計算得0. 0008788%o可 知該計算方法可行。(3)分子中的各個原子上的靜電荷0-0.673213H0.336606H0. 336606(4)化學鍵的鍵電荷=0. 308856ex2=0. 617712e(5)分
6、子的偶極矩=2. 1842(二)、請記錄第二題至第七題中第一次和最后一次的分子總能,偶極矩,原 子電荷,分子兒何構型。(2)田0分子的幾何構型優化102H 1 rl3H lr2 2 alEtot(a.u.)各原子電荷(e)點群分子幾何構型偶極矩優化前-76. 022541656710-0. 6763172H0.3376703H0.338647Csrl=0. 960 r2=0. 970 al=104. 52.1911優化后-76. 02361510-0.6706862H0.3353423H0.335344Csrl=0. 943043r2=0. 943061al=105. 9682. 1476H2
7、0分子結構的優化102H 1 rl3H 1 r 2 alEtot(au)各原子電荷(e)點群鍵長r(A)鍵角偶極矩優化前-76. 022985082810 -0. 6745822H 0. 3372912H 0. 337291c2vrl=0. 960 a2=104. 52.1870優化后-76. 02361510 -0. 6706862H 0. 3353433H 0. 335343c2vrl=0. 943053 al=105. 96822.1476乙烯分子結構的優化1C2CIrl3Hlr22al4Hlr22al 3180.05H2r21al 30.06H2r21al 40. 0Etot(au)各
8、原子電荷(e)點群鍵長r(A)鍵角偶極矩優化前-78.0375635128C-0. 256016C-0. 256016H 0. 128008H 0. 128008H 0. 128008H 0. 128008D2hrl=l. 320 r2=l. 090 al=120. 00.0優化后-78.0388415C-0.254369C-0. 254369H 0. 127184H 0. 127184H 0. 127184H 0. 127184D2hrl=l. 316479r2=l. 076391 al=121. 7440.0CHsF的結構優化1C2F Irl3Hlr2 2 al4Hlr2 2 al 3 a
9、25H1 r2 2 al 3 一 a2Etot (a u)各原子電荷(e)點群鍵長r(A)鍵角偶極矩優化前-139. 038953831CO. 083769F-0. 408530H 0. 108254H 0. 108254HO. 108254Gvrl=l. 380 r2=l. 090 al=110. 6 a2=12O. 02. 0454優化后-139. 0397359C 0. 086603F-0. 407186H 0. 106861HO. 106861H 0. 106861Gvrl=l. 365 r2=l. 083 al=109. 2 a2=12O. 01. 9819(6-l)C2H2分子的結
10、構優化6J.26 22| IHcc1111111111.09攻3文1C2C1 rl3X11. 0290. 04X21. 0190.030. 05H1 r2 390.02180.06H2 r2 490.01180.0Etot (a u)各原子電荷(e)點群鍵長r (A)鍵角偶極矩優化前-76. 8089840259C -0. 247270C -0. 247270H 0. 247270HO. 247270Dcohrl=l. 260r2=l. 0900. 0優化后-76. 8218374C -0. 233445C-0. 233445H 0. 233445HO. 233445Dcohrl=l. 186
11、066r2=l. 0568780. 0(6-2)計算吠喃CHO分子的結構Etot (& u)各原子電荷(e)點群鍵長r(A)鍵角偶極矩優化前-228. 6229328760 -0. 599644C 0. 173718C 0. 173718C-0. 208696C-0.208696H 0. 176472H 0. 176472HO. 158328H 0. 158328rl= 1.400 r2= 1.350 r3= 1.080 r4= 1.090al = 107.0 a2= 108. 0 a3= 0.0 a4=120. 0a5=127. 0 a6=180. 01. 0915優化后-228. 6329
12、4150-0.543418C0.169040C0.169040C-0.223076C-0.2230766H0.1661587 H0.1661588H0.1595889H0.159588rl= 1.344 r2=l. 339 r3 =1.068 r4=l. 070 al=107. 1 a2=110. 8 a3=0. 0 a4=116. 292 a5=126. 704 a6=180. 00. 7715ala3a2a3a2a6a4a6a4a3a5a3a511 11r r rr2r3r3r4r44C5C6H7H8H卯102C3C五、分析討論1、在處理線性分子(如C02、C2H2)時,為何要使用虛原子(
13、x)?使用虛原子主要目的是1)避免鍵角180或接近180。,則無法形成有效二面 角2)保持分子對稱性需要3)利用實驗數據來處理些特殊問題。2、內坐標的定義,特別是平面和非平面二面角的右手規則。內坐標是描述體系內部運動的坐標。坐標平面內坐標軸上的點橫坐標x與縱坐 標y二者至少有一個為0,當且僅當該點是原點時x與y同時為0,所以有xy=0.對于N 原子分子,其內坐標共有3N6 (直線型分子為3N5)個。常用的內坐標有三種, 鍵長、鍵角和二面角,即用鍵長、鍵角和二面角定義原子核的位置。平面二面角的右手規則:用右手,大拇指豎直,與四指垂直.然后四指按順序指 向形成平面的三個原子,此時大拇指的方向為法向量1,以此方法得到另一個平 面的法向量2,如果方向相同,則兩平面的二面角為0,如果相反,則兩平面的 二面角為180.非平面
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