1、創新小組成員專用入門指南ZMFU勤奮是一個草根的王道1. MS建模2. Linux 常用命令3. VI 編輯器常用命令4. 對計算作業的操作MS建模中常用命令的快捷鍵1. MS中的命令簡介MS所有的命令都有鼠標執行方式和鍵盤執行方式，其鍵盤方式成為快捷方式。三維窗口可以在不同模式中，如選擇、旋轉、縮放等。根據這些模式確定鼠標左鍵具體執行什么命令。有些鼠標鍵盤命令不管視圖處于什么模式都可以使用，這稱為默認命令，它們Chart可以在任何模式中使用。其它命令只適于特定模式。圖形窗口（View）也這樣。2. 默認視圖改變命令復位到原來位置 Home平移鼠標中鍵拖動平移鼠標滾輪拖動平移 ALT + 鼠標

2、右鍵拖動縮放鼠標左右鍵一起拖動放大 +（小鍵盤上的加號）縮小 - （小鍵盤上的減號）放大特定區域R + 左鍵拖動繞 X Y 軸旋轉窗口中間右鍵拖動繞 Z 軸旋轉窗口邊緣右鍵拖動繞 X 軸旋轉 X + 右鍵拖動繞 Y 軸旋轉 Y + 右鍵拖動Z 軸旋轉 Z + 右鍵拖動繞 X 軸順時針旋轉 45°向上鍵繞 X 軸逆時針旋轉 45°向下鍵繞 Y 軸順時針旋轉 45°向左鍵繞 Y 軸逆時針旋轉 45°向右鍵3. 默認選擇選定單個對象單擊對象取消選定空白處單擊切換對象選擇 CTRL + 鼠標單擊加入選擇對象 SHIFT + 鼠標單擊重新索套選取 Q + 鼠標左鍵

3、拖動切換索套選取 Q + CTRL + 鼠標左鍵拖動添加索套選取 Q + SHIFT + 鼠標左鍵拖動重新開始矩形選取 E + 鼠標左鍵拖動切換矩形選取 E + CTRL + 鼠標左鍵拖動加入矩形選取 E + SHIFT + 鼠標左鍵拖動取消選擇 CTRL + D選擇父結構 +單擊對象全部選擇 CTRL + A同種類型的全部選定ALT + 雙擊對象4. 默認結構編輯剪切 CTRL + X拷貝 CTRL + C粘貼 CTRL + V刪除 DELETEX Y 平面內平移選定的對象SHIFT + 鼠標中間拖動X Y 平面內平移選定的對象SHIFT + ALT +鼠標右鍵拖動相對屏幕水平移動選定對象S

4、HIFT + X + 鼠標中間拖動相對屏幕豎直移動選定對象SHIFT + Y + 鼠標中間拖動相對屏幕垂直移動選定對象 SHIFT + Z + 鼠標中間拖動（也不成功。）相對屏幕水平移動選定對象SHIFT + ALT-鼠標水平移動相對屏幕豎直移動選定對象SHIFT + ALT-鼠標豎直移動相對屏幕垂直移動選定對象SHIFT + ALT- Z 鼠標移動沿著 XY軸旋轉選定對象 SHIFT + 鼠標右鍵在靠近窗口中央拖動沿著 Z 軸旋轉選定對象 SHIFT + 鼠標右鍵窗口邊緣拖動繞 X 軸旋轉選定對象 SHIFT + X + 鼠標右鍵拖動繞 Y 軸旋轉選定對象 SHIFT + Y + 鼠標右鍵拖

5、動繞 Z 軸旋轉選定對象 SHIFT + Z + 鼠標右鍵拖動選擇模式下選擇多個對象鼠標左鍵拖過對象取消選擇鼠標左鍵在空白處拖動旋轉模式下繞 XY軸旋轉鼠標左鍵拖動縮放模式下縮放鼠標左鍵拖動平移模式下平移鼠標左鍵拖動草畫原子模式下開始添加原子空白處單擊鼠標在已有原子上再加原子在原子上單擊創建化學鍵先后單擊這兩個原子XY方向平移原子單擊原子并拖動。合并兩個原子把一個拖到另一個上移動已畫原子鼠標拖動它前后移動已畫的原子ALT + 鼠標左鍵拖動改變已畫化學鍵的長度 SHIFT + ALT + 鼠標左鍵拖動添加原子并停止草畫左鍵雙擊停止草畫 ESC停止草畫單擊活動窗口以外地方改變化學鍵的數目單擊化學鍵

6、在化學鍵中插入原子ALT + 單擊化學鍵替換元素 ALT +單擊原子畫環模式下創建新環空白處單擊創建芳香環 ALT + 空白處單擊向已存原子上添加環此原子上單擊向已存原子上添加芳香環 ALT + 單擊此原子把環加到已存化學鍵上單擊化學鍵把芳香環加到已存化學鍵上 ALT +單擊化學鍵旋轉已畫環左鍵拖動選擇新環的原子數目數字鍵3-8畫原子團片斷建立獨立原子團空白處單擊向原子上添加原子團單擊頭上的原子添加原子團并旋轉在頭上原子單擊并拖動結合兩個原子團片斷 ALT +分別單擊兩個原子團頭上的原子改變原子團結合點雙擊原子團頭上的原子測量 / 改變模式下建立新的監視器單擊原子或鍵使能監視器單擊不活動的監視

7、器使監視器不活動單擊監視器修改活動監視器鼠標左鍵拖動改變活動監視器中的固定原子 ALT + 鼠標左鍵拖動取消測量設定 ESC取消測量設定活動窗口外單擊Linux 常用命令1、 cd（ 1） 功能說明：切換目錄。（ 2） 經典用法：#cd -切換到當前用戶的主目錄#cd -返回前一次切換的目錄#cd /-切換到根目錄#cd .-切換到當前目錄的上一層目錄2、 pwd（ 1） 功能說明：顯示當前工作目錄的絕對路徑。3、 ls（ 1）功能說明：列出當前目錄的內容。（ 2）經典用法：#ls-列出所在目錄中的文件和文件夾#ls > php_log-清空php_log文件中內容4、 cp（ 1）功能

8、說明：實現文件或目錄的復制。（ 2）經典用法：#cp a.txt b.txt-同目錄下復制，相當于重命名#cp a.txt b.txt /home/melody-可以同時復制兩個或多個文件到一個目錄#cp -r /home/melody /home/james-當復制目錄時要用-r參數5、 rm（ 1）功能說明：刪除目錄或文件（ 2）文件一旦通過 rm 命令刪除，則無法恢復，所以必須格外小心，個人狀態不好時慎用。（ 3）經典用法：#rm -r home-當刪除目錄時要加上-r參數#rm -r *-刪除當前目錄下所有文件及目錄6、 mv（ 1）功能說明：移動文件或目錄（ 2）經典用法：#mv a

9、.txt b.txt#mv /home/melody/* .-將 /home/melody 下的所有文件和目錄移動到當前目錄下，看清楚命令后面有個.7、 cat（ 1）功能描述：把檔案串連接后傳到基本輸出（熒幕或加 >filename 到另一個檔案）（ 2）經典用法：#cat -n textfile1 > textfile2-把textfile1的檔案內容加上行號后輸入 textfile2這個檔案里#cat -b textfile1 textfile2 > textfile3-把 textfile1和 textfile2的檔案內容加上行號（空白行不加）之后將內容附加到text

10、file3里#cat /proc/cpuinfo-查看 cpu 信息#cat /proc/loadavg-查看系統負載8、 find（ 1）功能說明：在文件系統中查找滿足條件的文件。（ 2）經典用法：#find-不帶任何參數，在屏幕上遞歸顯示當前目錄下的文件列表#find -name 'd*'-使用通配符查找以d 字母開頭的文件名#find -path '*server*'-匹配文件路徑名#find -regex '.*'-使用正則表達式匹配文件路徑名#find /home -size +1G-查找 /home目錄下大于1G的文件#find /

11、-empty-查找系統中為空的目錄或文件9、 mkdir（ 1）功能說明：創建目錄。（ 2）經典用法：#mkdir -p /melody/james-逐級創建目錄#mkdir -m 700 /home/melodymelody 并指定權限為700-在 /home下創建新目錄10、 rmdir（ 1）功能說明：刪除一個空目錄。（ 2）沒有寫權限或目錄非空則無法刪除。11、 du（ 1）功能說明：計算文件或目錄所占的磁盤空間。（ 2）我們經常會查看服務器上哪個文件或文件夾比較大，這個命令很有用。（ 3）經典用法：#du -sh-顯示所在目錄的大小#du -sh *-列出所在目錄中各文件或目錄的大小

12、12、 df（ 1）功能描述：檢查文件系統磁盤占用情況（ 2）經典用法：#df -hl-查看磁盤占用情況，檢查剩余空間13、 free（ 1）功能描述：顯示內存狀態（ 2）經典用法：#free -m - 查看內存使用量和交換區使用量， -m 參數以 MB 為單位顯示14、 grep（ 1）功能描述：查找文件里符合條件的字符串（ 2）強大的文本搜索工具，它能使用正則表達式搜索文本，并把匹配的行打印出來，這個命令在做網站統計的時候很有用，以后可能會寫專門的文章介紹（ 3）經典用法：#grep MemTotal /proc/meminfo-查看內存總量#grep MemFree /proc/memi

13、nfo-查看空閑內存量15、 ps（ 1）功能描述：報告程序狀況（ 2）經典用法：#ps -ef-查看所有進程16、 top（ 1）功能描述：顯示、管理執行中的程序（ 2）經典用法：#top-實時顯示進程狀態VI 編輯器的實用指南編輯一個文本vi filename插入模式I 進入編輯狀態 - 插入R進入編輯狀態 - 替換退出編輯器:w將緩沖區寫入文件，即保存修改:wq保存修改并退出:x保存修改并退出:q退出，如果對緩沖區進行過修改，則會提示:q!強制退出，放棄修改查找替換/pattern向后搜索字符串patternpattern向前搜索字符串patternn 下一個匹配 ( 如果是 / 搜索，

14、則是向下的下一個，搜索則是向上的下一個 )N 上一個匹配 ( 同上 ):%s/old/new/g搜索整個文件，將所有的old 替換為 new:%s/old/new/gc 搜索整個文件，將所有的 old 替換為 new，每次都要你確認是否替換復制粘貼dd 刪除光標所在行dw刪除一個字 (word)x 刪除當前字符X 刪除前一個字符D 刪除到行末在有的版本中，可以用回格鍵刪除。yy 復制一行，此命令前可跟數字，標識復制多行，如 6yy ，表示從當前行開始復制 6 行yw復制一個字y$復制到行末p 粘貼粘貼板的內容到當前行的下面P 粘貼粘貼板的內容到當前行的上面VASP使用手冊（完善中）在 Linu

15、x 系統下計算軟件VASP的使用一、建好 5 個輸入文件（ POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS, 一個提交文件）1， POSCAR手動建立， vi POSCAR.還可以在 MS的幫助下建立2， INCAR咱們組有公用標準的 INCAR文件，進行不同的計算只需改其中的幾個參數就可以了3， POTCAR從 cluster 上的某個目錄下面拷貝過來，放到要計算的目錄里如果要算多個元素的體系，使用命令Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt > POTCAR4, KPOINTS 文件，從別處拷貝一個，修改里面的參數即可5，提交文件都可以用現成的，在老節點上

16、（ node1node21）使用 lsf.sub新節點上使用yzx8vasp ( 記不清了，用綠襯底標出)二、三、在服務器上編譯vasp ，一般管理員或別的用戶以及編譯過了，本平 臺 編 譯 好 的 目 錄 在或，編譯使用的mpi 可能不同。將上面目錄下的可執行文件vasp 拷貝到用戶工作目錄下或者在作業提交腳本里通過目錄找到可執行文件vasp。提交任務使用命令qsub lsf.sub或者 qsub yzx8vasp之后會自動產生例如的字樣，這個8026 表示的就是你提交的這個任務的任務號碼四、查看任務qstat a 或 qstat -n一般只需要看3 列五、六、第一列：任務序號第二列：使用者

17、賬戶最后一列：計算消耗的時間殺某一個任務由于任務提錯了或別的原因，不想要算某一個任務了。殺死（刪除）這個任務使用命令：eg?: qdel 8024意思為刪除任務號為8024 的任務提取有用信息任務結束后，任務序列號就會消失，這時進入計算的目錄可以刪除的文件，計算完成后有用的文件為（ OUTCAR，CONTCAR，CHG， OSZCAR， DOSCAR）1在 OUTCAR中看費米能級grep “ Fermi? ” OUTCAR最后一個結果就是2 CHG是用來看電荷密度圖的將 CHG下載到電腦上，放到VESTA中看電荷密度圖3 CONTCAR放到 VESTA中看幾何結構圖4從 OSCAR中可以快速的查找到計算的總自由能最后一行，“ F = ” 后面的值即是5 DOSCAR中存放的是態密度信息使用楊宗獻老師編的 fortran 小程序處理 DOSCAR，用命令 trandos.x DOSCAR之后會產生一個 total 文件，將 total 文件下載到電腦中，導入到 origin 畫圖軟件即可看到態密度信息。（前提是會使用 origin 的基本導入和畫圖功能）七、最常用的計算1結構優化目的是找到最優結構對于晶胞，要找出能量最低的晶格常數，具體可以參照金剛石結構的那個例子Si對于表面，更加簡單 ?: 在 POSCAR中確定優化的原子層數，在 INCAR