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文檔簡介
1、NTSYS-PC使用說明1、生成矩陣:在excel按如下規則輸入數據,A1=1表示有帶記為1,B1=13表示擴增的總條帶數, C1=7表示樣本數,D1=0表示無帶記為0。第二行表示的是樣本名稱。從第三行開始的A列表示引物名稱。見下圖:輸入完畢后,將文件以Microsoft excel 5.0/95工作薄的格式存盤。2、生成系統樹:打開NTSYS-PC程序,點擊similarity出現如下界面:再點擊Qualitative data,出現下面的界面:點擊input file,打開生成的excel文件,點擊out file起一個文件名(假設叫A),然后點擊compute按鈕。繼續點擊cluster
2、ing,出現下面的界面, 再點SHAN,出現如下界面:點擊input file,打開文件剛才保存的文件111,點擊out file起一個文件名(假設叫222),把In case of ties改為Find,然后點擊compute按鈕。計算完成!點擊input file,打開文件A,點擊out file起一個文件名(假設叫B),然后點擊compute按鈕。然后點Graphics再點tree plot,出現下面的界面:點擊input file,打開文件B,然后點擊compute按鈕,就會出現聚類圖。3、生成遺傳相似度表:點File中的Edit file,打開文件A,再點compute按鈕,就會得到
3、遺傳相似度表。這個軟件的功能很強大,但我也只會做聚類圖和遺傳相似度,如果其他朋友還會使用其它功能,請多交流。缺失數據可用999代替,寫在列的后面,軟件就可以識別了TREE plotDisplays a tree matrix (such as produced by the SAHN module) or the NJOIN module. The algorithm used to convert a tree matrix into a dendrogram display is given in Rohlf (1975a). A generalization of this proced
4、ure is used to plot a tree with different heights for each OTU.The tree is displayed only a page at a time. The number of OTUs per page can be changed by either opening the plot options window or by pressing the + or - keys. The current page to be displayed can be selected either from the plot options window or by pressing the z and x keys.<Parameters> Progr
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