1、、混合基組#p b3lyp/GenECP opt Gen自己在輸入文件末尾定義基組，ECP使用腰勢空行g03 opt空行0 1空行C H O 0碳氫氧數字0GEN6-31G*基組名*結束符號Ru P Cl 0Ru P Cl數字0GENLan12dz基組名*結束符號空行Ru P Cl 0Ru P Cl數字0ECPLanl2dz基組建議你查看 GEN關鍵字。上述，如不加 ECP亦可。二、出現錯誤提醒:（一）出現名言提示，表明是正常結束的；19999終止，是因為循環次數不夠。建議用optcyc=100-999增加循環；或者把輸出結果做為輸入結構再次優化！1、 是我感覺你要是 maxcycle=200

2、還是999死的話，就減小一下步長試試，可能會有用的！ maxstep=12、 該先看下收斂指標是不是很接近了，如果很接近就繼續做（讀chk）或取出最后一個坐 標繼續算，如果相差很遠，可以加非線形實驗下，再一個就是加大循環，縮短步長。（二）L202是重新定位坐標，計算對稱性，檢查變量的，它出錯應該就是輸入結構有問題。三、過渡態尋找過渡態的時候，可以用TS,QST2和QST3方法,那一種方法的效果更好一些 ？”取決于 計算前所擁有的信息量。當然，信息越多，結果越有把握。所以， QST3最有把握。如果沒 有任何初始信息，那就沒有什么選擇了。“我想不同的輸入方法肯定不會產生一樣的結果，那輸入過程中限制

3、它們間相對位置的條件是什么呢？ ”如果輸入不同會導致結果不同，那么應當全面考慮。首先可以用化學知識篩選。如果此后仍有多種可能性，就應當通過計算比 較。我算過的用HF方法虛頻超過1000,而用DFT只要100-300.所以說方法很重要。但是，只 要你找到的TS虛頻與反應的方向一致并且 IRC已經驗證，這個 TS就是可信的。虛頻也不 能太小，比如小于 100.過渡態與你的產物相差甚遠說明在這條反應路徑上還有過渡態你沒有找到在優化過渡態的時候圈數設為100,步長5,怎么輸入opt (TS, calcFC, maxcyc=100, maxstep=5)是這樣尋找過渡態不是一件容易的事(對于我和大多數剛

4、涉及量化的人來說)，因此我希望通過寫這個經驗小結能對大家有些幫助。1. 首先遇到的問題是，用哪種方法來尋找過渡態？GAUSSIAN提供的方法是 QSTN和TSN方法。兩種方法各有優點和缺點。QSTN方法特別QST3方法要求輸入反應物，過渡態的猜測結構，產物這三者的結構。特別麻煩。但很管 用，一般不會出現不收斂的情況。對于TSN (對應關鍵詞為 OPT=TS)方法，只要求輸入過渡態的初始結構，但這個初始結構非常的關鍵，如果結構不好，則很容易出現不收斂的情況。所以我建議，如果是剛開始做過度態的話，用QSTN方法是好的選擇，等有了感覺”之后，再用TSN方法。2. 怎么解決經常出現的錯誤？在找過度態的

5、時候， 經常碰到的一些問題就是(1 )不收斂，(2)有一個錯誤的本征值 (錯誤信息為：there is a wrong sign eigenvalue in hessian matrix.), (3)和 LINK9999 錯誤導致退出。對于不收斂的情況，可以分為兩類，比如提示信息里的 CONVERGENCE FAILER提 醒收斂到了 10(-5 )，而此時你設定的 SCF循環次數也僅僅是 64步，那么完全有希望通過 加大SCF循環次數來達到收斂的目的。倘若只收斂到10 (-3)或10 (-2 ),此時加大循環次數可能就沒用了。結果還是CONVERGE FAILERo此時可采用SCF=QC ,

6、來達到強制收斂的目的。因為SCF=QC ( LINK508 )的計算量比默認的 L502要大，所以不到萬不得以就不 用它了。出現第二個錯誤可以直接用關鍵詞OPT=NOEIGEN來實現。LINK9999出錯是因為已經走完了默認的步數，但還未完成。系統會自動跳出。出現這種情況大多數就是因為優化步數和SCF步數超過了默認值。可用 OPT (MAXCYCLE=100 )和SCF (MAXCYCLE=300 ) 來改錯。3. 怎么樣控制過渡態的優化，使得過渡態不至于收斂到其他的分子結構中去？我用GAUSS VIEW 可以解決這個問題，當剛開始運行 GAUSSIAN時，你用GVIEW去打開輸出文件時，你可

7、以看到你的過渡態的初始輸入結構，當一個循環過后(從上一個LINK502到下一個LINK502 ),你再打開輸出文件，你就可以清晰地看到優化一步后分子的構型，這 樣就可以隨時監控過度態分子的結構，倘若已經有收斂到其他分子構型的趨勢時，你就可以把它給KILL 了，而不至于需要等全部工作結束后，打開輸出文件才知道已經不是想要的過 渡態了。 如果收斂到其它的構型上去，可以考慮縮小OPT的步長.iop(1/8=2 或3)即可。4. 還需要加其它的關鍵詞嗎？建議在OPT中加入CALCFG這樣可以加大找到過渡態的幾率。本人深有體會！5. 如何控制尋找過渡態的步長？這個可以用IOP來實現。具體相應的IOP是i

8、op(1/8)=2 ,此語句說明在找過度態的時候， 以2A (A為基本單位長度)為單位來尋找過渡態。6. 我用高斯03做了兩個穩定點 A和B的過渡態TS，發現頻率文件的振動方向還不足以證 明TS就是A和B的過渡態，所以，我又接著做了IRC，結果發現IRC正方向走出的結構與A結構差別很小，而反方向走出的結構與B相差太大，是不是說明這個求出的TS不是AB的過渡態？ 那就應該不是，可是你的這個ts也是反映路徑當中的一個 ts,他前后走出的東西也是 im,你如 果想要得出AB之間的過渡態的話，最好就用qst2和qst3方法找.四、奧奧的輸入文件%mem=8mw%rwf=1,2000mb,2,2000m

9、b,3,2000mb%chk=ts-1 +#P B3LYP/6-311G(d) fopt=(ts,Z-matrix,calcfc) optcyc=90 iop(5/13=1) iop(9/6=150) iop(1/11=1) freq*1 2C5.1, r1X,1,1.,2,a151.1, r2,3,a1,2,180.,0Variables:r1=2.85080391r2=1.88789137a1=21.74742362 iop(5/13=1) iop(9/6=150) iop(1/11=1)吉大 ADF 20:54:02第一個是優化用的第三個是找過渡態用的吉大 ADF 20:54:15第二也

10、可以不加吉大 ADF 20:54:44比較沒有第一個你就是基本的優化都會出問題ComputerGirl 20:54:55這幾個字段是連在一起用的嗎？還是做優化用一個，做過渡態用另一個。吉大 ADF 20:55:18優化穩定體時第一個就行吉大 ADF 20:55:29過渡態時第一個和第三個吉大 ADF 20:55:33第二個不用加第二個算能量時會用到Image point= NEB五、IRC計算程老師：IRC=(forward 或 backward stepsize=n) n 是個自然數，一般可以為6.一定要有你算過渡態的CHK文件啊！是從 CHK文件讀數據的。不是有混合基組的話，如果有多個虛頻

11、，說明未找到能力最高點。有機金屬配合物很復雜，又使用混合基組，所以情況很復雜，要靠IRC內稟反應坐標掃描了。在我看來，這樣的計算就未必準。結果非常依賴基組的大小。DFT那是半經驗方法哦在斷裂鍵和生成鍵上家極化函數好一些，也好不到哪去。不必了。這種方法用頻率驗證意義不大 程老師：可以進行頻率驗證的，過渡態一般有且只有一個虛頻（負頻），大小不一定，與要斷裂鍵或新生成鍵的鍵長有關系。程老師 14:14:01一般要IRC掃描確定過渡態。如果熟練的話，可以不用 IRC掃描即可確定過渡態宏師姐20:27:35算完后要導出坐標，在過渡態的基礎上算頻率的宏師姐20:28:36過渡態直接ts就可以了，可以和頻率

12、同時算。不需要再優化宏師姐20:29:13出現虛頻是很正常的，要把他們消去。只有一個的虛頻才算是過渡態宏師姐20:31:26不用，可以再優化，有時候如果結構有對稱性可能會出現虛頻。或者你上網上查怎么消虛頻，然后把它消去，消去以后在優化。過渡態比較難找的宏師姐 20:32:25我消虛頻的辦法是找到虛頻對應的坐標把它加在新的優化好的坐標上，然后重新優化。宏師姐20:33:31只要有一個虛頻都可以做irc,也就是你只要找到過渡態就可以做irc宏師姐20:43:44很小的虛頻也不行的，過渡態只能有一個虛頻。過多的虛頻是要消去的，那就表明你現在的結構不是過渡態，那么你在做IRC是沒有意義的小木蟲上說對于

13、irc不收斂你可以加iop （1/13=5）試試關于過渡態與反應物接近，還與是與產物接近，有一個它Hammond's Postulate，大意是：如果在反應過程中有兩個狀態（比如說一個過渡態和一個反應中間體）相繼出現，并且這兩這個假定的一個有用推論就是, 一個反應是放熱反應， 渡態就與反應物相近， 態就是前過渡態。要是走構型就直接個狀態的能量相差不大，那么這兩個狀態相互轉變時的分子構型也不會有太大變化。過渡態的分子結構會與在能量上和它相近的組分相似。如果那么反應物的能量高于產物的能量，但過渡態能量最高，在能量上過根據Hammond's Postulate,它的分子結構也與反應物

14、相近。 這個過渡IRC(MAXPOINT=400,CALCFC,stepsize=5,MAXCYCLE=600,forward)#b3lyp/6-311g*SCF(MAXCYCLE=400)謝謝1.請問，在I RC計算中出現L 5 0 8錯誤應該怎么辦啊？ scf cannot converge even using scf=qc, there is no good enough solution for this error but to use better initial guess for calculation.e.g. use guess=read to read scf from

15、 similar molecule ( cation, anion, different spin states, neibor in perodic table, etc.); or change starting geometrylink 下面加上這個 geom=check guess=check頻率在進行Gaussian計算時，經常會出現多個虛頻個，每個都只有一30 20左右，但是如果結構改動過大，則一不小心，虛頻就會更大。消除虛頻的主要方法是改變構型。其次在計算上 還可以嘗試：nosymm;加大循環次數；提高收斂度；iop(1/8=1)等。通常對于勢能面很平，較小的虛頻很難消除。為了解

16、決以上的這種現象，按如下的步驟一步步調整：1) .在優化時采用 Scf(tight)的選項，增加收斂的標準。再去計算頻率。如果還有虛頻， 參見下一步。2) .對稱性的影響，很多情況下的虛頻是由于分子本身的對稱性造成的。這樣，在優化 時，如果必要，要將對稱性降低，還有，輸入文件有時是用內坐標。建議如果有虛頻的話， 將內坐標改成直角坐標優化。但是有時這一方法也并沒有多大作用。3) .如果上述方法還有虛頻，看一下虛頻，找到強度較大的，將在頻率中產生的原子的振 動坐標加到相應的輸入文件中。這樣，重新計算。直到虛頻沒有。比較好的做法是分子結構輸入用直角坐標，將這些產生虛頻的振動坐標直接與原始坐標相加。加

17、的時候不一定要將坐標直接相加，可以選擇權重如1/3相加等。4) .實際上，如果分子柔性較大，很難找到最低點，這是電子結構計算的問題，這種情 況下，需要動力學的 東西，用構象搜尋的辦法解決。如：模擬退火，最陡下降法，淬火法 等。將得到的能量最低的構象做一般的電子結構計算，這樣，應當沒有問題。當出現兩個以上虛頻時，可以先看一下振動模式。如果多余的虛頻，和想要的振動模式發生 在不同原子上，可以先固定過渡態模式所對應的原子，然后做opt到minimal, 一般可以把多余的虛頻去掉，再放開做全優化。opt(maxcyc=500)這么的Opt= (QST2, maxcyc=500)字昔誤提醒：CConne

18、ctionGLOG:Parse_GLOG()Gaussian error detectedLast line read = 218856這個錯誤是你把東西考到你的D盤或者別的盤里就能打開了gv有時吧U盤當作中文目錄you see?如果不收斂時強制收斂,QC表強制的意思，CONVER=6表示收斂到小數點后六位，原來是八位scf=(qc,conver=6)用Gaussian進行溶劑計算 用SCRF鍵詞，可以指定它給出的系列溶劑(默認為 H2Q可供選擇的有19種 溶劑，可以在SCR慶鍵詞里面查到，也可以寫成 SCRF=NN=1到19,分別對應N 所代表的溶劑也可以用自己設定的溶劑但是要在輸入它的介電

19、常數和溶劑半徑A0介電常數可以查化學手冊，A0可以用Volume關鍵詞進行計算計算方法可以選擇 PCM和 Dipole 兩種模型 e.g. # RHF/6-311+G(d,p) QPT=Vtight Freq SCRF(PCM,Solvent=4) Test在甲醇溶劑中用PCMJ法進行優化和頻率計算Frequence calculations must be run as a seperate job step for SCRF calculations.(Qpt Freq does not do what might be expected)Reference: Exploring chem

20、istry with electronic structure methods Running SCRF calculation. sothis example is not accurate.錯誤提示：我覺得是，類似的問題如下ZZZY= -36.8108 XXYY= -3348.7631 XXZZ= -2487.6433 YYZZ= -1137.9718XXYZ= 94.1140 YYXZ= -65.0780 ZZXY= -70.7703N-N= 2.709998116592D+03 E-N=-1.489621355248D+04 KE= 3.981653343482D+03Exact po

21、larizability: 490.904 -43.677 431.547 42.754 -2.982 143.667Approx polarizability: 521.672 -44.663 496.046 54.897 -8.847 176.906D1PCM: PCM CHGder 1st derivatives, ID1Alg=0 FixD1E=F DoIter=F I1PDM=0.D2PCM: PCM 2nd derivatives, FixD2E=F I1PDM=0.D2PCM-2 allocation failure: iend,mxcore= 119167574 9936197

22、5Error termination via Lnk1e in e:g03wl701.exe at Mon Jun 28 05:48:45 2004.Job cpu time: 0 days 6 hours 5 minutes 37.0 seconds.File lengths (MBytes): RWF= 943 Int= 0 D2E= 0 Chk= 3 Scr= 1Sum of APT charges= 0.35270:電荷總和不為零.但 Sum of Mulliken charges= 0.00000.此外錯 誤還在：D2PCM-2 allocation failure.但不知該怎樣處理

23、，還請大家幫忙看看.多謝！ 會不會是內存不夠？"%mem=95MW"內存設置的是 760MB,總共只有1G的內存，就是在往大里設，也大不了多少 了 .不過很有可能是內存的問題，因為我作了幾個小分子的運算(在同一水平上),沒出錯.現在已把內存設到820MB(我用的是XP操作系統，本身就需要很大的空間),到明天看情況如何吧.多謝！ 內存不足，我計算的分子比你的少10來個原子，也必須用 900M內存呢我在rb3lyp/3-21g*和CIS/sto-3g下運算，一出錯就是加內存條，逼得我重新買了一塊主板， 已經1.28G內存了，大一點的基組還是不能用。驕陽(250573296) 9

24、:00:55mxcore= 106368996 104443047前面是你需要的最小空間，后面是你給的空間驕陽(250573296) 9:01:15應該是讀寫文件比較大，放不下了%rwf=分開寫幾個試試看%rwf=e:1,2gb,e:2,2gb,e:3,2gb,-1（可以多建幾個的.）這個命令的意思是在 e盤下建立四個 RWF文件，前三個的容量大小均為2G,名字分別為1.2.3。最后-1表示e盤下所剩的可用空間為第四個RWF的空間。不過高斯對單個 RWF文件的大小有限制，所以第四個RWF的空間也應該不超過 2G才對。如果將e改為F,則表示在F盤下建立一個 RWF文件。這樣我們就可以在不同的分區

25、下建立RWF文件了。加極化函數這個使用程序自帶的，自定義的是這樣加的（大致是這樣的）%chk=a.chk%mem=800mb%nproc=2# opt（maxcyc=500） freq b3lyp/gen0 1C 06-31G*C 0d 10.6*這是加一個指數為 0.6的d極化函數。呵呵，關于極化函數表，我用的是香港科技大學林鎮陽先生的，如果需要，我可以發給你。老林是做金屬有機非常好的，他說內地第一批公費出國的人員。 對于有些加，有些不加大問題，一般說來，要反應的原子、也就是即將斷裂或新生成鍵的原子必須加，其他可以不加。關于一個問題：一、請問大家下面的輸入文件該怎么寫啊？我剛學不久希望那位高

26、手能幫好好解釋一下謝謝先用小基組，低精度算法優化一下，以得到較好的初始構型， 再用高精度的計算接著算。如果前面的方法保留了 chk文件，重新計算時需要使用 geom=allcheck讀入構型（就不必麻 煩地寫構型了）， guess=read （讀入初始波函數，可以加快第一步 SCF收斂）。1 # opt HF/sto-3g2 # opt b3lyp/6-31g geom=check guesss=chk先進行第一步計算，然后進行第二步計算，這之間不能改 CHK文件的名字，路徑也要一樣，就OK 了另外選用什么樣的基組，要根據你的體系來確定，呵呵二、求助在 Gaussian 運行中出現 Error

27、 termination via Lnkle in d:beifengw98-5.4l609.exe.錯誤，用什么方法可以解決？其命令行是#p Density=Current AIM=All b3lyp geom=connectivity gen pseudo=read是scf不收斂，要用scf=qc【分享】Gaussian計算中分子總能H各項的意義在HFSCF方法計算中，體系采取固定核近似后，體系的哈密頓算符分為電子哈密頓和核哈密 頓兩部分，電子哈密頓分為三部分，電子動能，電子間斥能，及核電排斥，通過單電子近似，得到單 電子的HF方程，自洽場的結果得到了電子的能量.核哈密頓分為兩部分，核動能

28、及排斥，由于核固定動能為零，只剩下一項，因此體系的能量就是電子能量加上核斥能，這就是我們計算得到的分子總能量，因為分子在OK時仍在平衡位置振動，要加上零點校正.最后結果即例子中的Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130在分子的熱力學計算中，包括了零點能的輸出，零點能是對分子的電子能量的矯正，計算了在0K溫度下的分子振動能量.但我們計算的熱力學數據并不總是在OK時，為了計算在較高溫度下的能量，內能也要考慮到總能量中，它包括平動能，轉動能，和振動能.注意在計算內能的 時候，已經考慮了零點能.下面是一個計算實例Temperature

29、 298.15 Kelvin. Pressure 1.0000 Atm.Zero-point correction= 0.029201Thermal corection to Energy= 0.032054Thermal correction to Enthalpy= 0.032999Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.008244Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130Sum of electronic and thermal Energies= -113.834277Su

30、m of electronic and thermal Enthalpies= -113.833333Sum of electronic and thermal Free Energies= -113.858087后面四行的四個能量分別為E0, E，H，G.計算為E0=E(elec) + ZPEE=E0 + E(vib) + E(rol) + E(transl)H=E + RTG=H - TS上例是在298.15K和1.0Atm下計算的熱力學狀態函數，EO即我們的分子體系總能量，而在 求298.15K下的內能E時，要加上平動能，轉動能，和振動能，由統計熱力學知，這三項處于激發 能級，注意這里的

31、ZPE實際上就是對應 E(vib)在OK時的能量，但現在并非0K，有關能量隨溫 度變化公式可參考統計熱力著作，最后得到的E就是平常所指的內能U,這正是統計熱力學中對內能的定義.對H，G狀態函數，不再敘述.由于本版無法上傳公式，還請見諒，有關內容請參看相關著作Gaussian中關于基組設置的簡單介紹基組有兩種，一種是全電子基組，另一種是價電子基組。價電子基組對內層的電子用包含了相對論效應的腰勢(縮寫PP,也稱為模型勢，有效核勢，縮寫ECP)進行近似。以錮原子為例，可以輸入下面的命令來觀察錮原子3-21G基組的形式：# 3-21G GFPrintIn0,2In輸出結果為：3-21G (6D, 7F

32、)S 3 1.00 N=1 層，s 軌道 .1221454700E+05 .6124760000E-01 .1848913600E+04 .3676754000E+00 .4063683300E+03 .6901359000E+00SP 3 1.00 N=2 層，s 和 p 軌道.5504422550E+03 -.1127094330E+00 .1523702990E+00.1197743540E+03 .8344349530E-01 .6096507530E+00.3866926950E+02 .9696880360E+00 .3970249500E+00SP 3 1.00 N=3 層，s

33、和 p 軌道.4702931320E+02 -.2758954250E+00 -.1408484750E+00.2249642350E+02 .5977348150E-01 .5290866940E+00.6697116970E+01 .1082147540E+01 .6620681110E+00D 3 1.00 N=3 層，d 軌道.1021735600E+03 .1205559000E+00.2839463200E+02 .4884976000E+00.8924804500E+01 .5850190000E+00SP 3 1.00 N=4 層，s 和 p 軌道.6572360380E+01

34、 .4284830560E+00 .1091304620E-01.2502157560E+01 -.4633643610E+00 .5036758870E+00.9420245940E+00 -.8219679320E+00 .5581808650E+00D 3 1.00 N=4 層，d 軌道.4535363700E+01 .2508574000E+00.1537148100E+01 .5693113000E+00.4994922600E+00 .3840635000E+00以上都是內層電子軌道，每個軌道用三個高斯型函數擬合， 也就是3-21G中的3。SP 2 1.00 N=5 層，s 和 p

35、 軌道.1001221380E+01 -.4364171950E+00 -.2316333510E-01.1659704190E+00 .1189893480E+01 -.9903308880E+00這是價電子軌道，每個軌道用二個高斯型函數擬合，也就是 3-21G中的2。SP 1 1.00 N=6 層，s 和 p 軌道 .5433974090E-01 .1000000000E+01 .1000000000E+01這是空軌道，每個軌道用一個高斯型函數擬合，也就是 3-21G 中的 1。可見3-21G是全電子基組。再看看錮原子LanL2DZ基組的結果：LANL2DZ (5D, 7F)S 2 1.0

36、0.4915000000E+00 -.4241868100E+01.3404000000E+00 .4478482600E+01S 1 1.00.7740000000E-01 .1000000000E+01P 2 1.00.9755000000E+00 -.1226473000E+00.1550000000E+00 .1041757100E+01P 1 1.00.4740000000E-01 .1000000000E+01這些都是價電子軌道。在ECP上加上了雙zeta（DZ）基組。所以LanL2DZ是價電子基組。在GAUSSIAN 中，CEP也是很重要的價電子基組，并且 98版中對元素的適用范

37、圍擴大 到了 86號元素Rn。需要注意的是，超過了 Ar元素后，每一種元素的CEP-4G , CEP-31G,CEP-121G是等價的（和加了極化 *的CEP還是有區別的）。SDD適用于除了 Fr和Ra以 外的所有元素，但是結果的準確性并不太好。另外，在下面的兩個網址，有幾乎整個周期表元素的腰勢下載，不過我想不出那些短壽命的超鈾元素有什么用：http:/www.mapr.ucl.ac.be/ABINIThttp:/www.theochem.uni-stuttgart.de需要注意的是有些方法不需要輸入基組，像各種半經驗方法，G1, G2等等。收斂種類自洽場收斂是指幾何結構固定，從給定初始軌道猜

38、測得到得到Hartree-Fock軌道，是與與軌道有關的（g03中的guess關鍵詞），因為分子軌道是由原子軌道線性組合得到的，如何得到 這樣的組合系數使得軌道滿足一定的條件小總的能量最低。從數學上講就是用迭代法解一組非線性的方程組。幾何收斂是從給定一個分子的初始結構得到一個駐點（能量對坐標的一階導數為零），駐點的性質（局域最小點或者過渡態或者其它）通過二階導數（頻率分析）來確定（g03中的opt和freq關鍵詞）。比如對于優化局域最小點，從數學上講就是對于一個多維函 數，通過某種優化方法，找到它的最小值。出現自旋污染怎么解決Annihilation of the first spin con

39、taminant:S*2 before annihilation 1.0749, after 0.7526Convergence failure - run terminated.一般來說，自旋污染超過了10%的計算結果都需要重新審視的，尤其是 DFT計算的結果。解決的方法很簡單，Stable測試以及Stable優化，在優化的得到的波函數的基礎上再優化結 構。Stable測試：# HF/6-31+g* stable ,注意只要里邊有一個負值就表示不穩定，結果會明確提示你穩定與否的Stable 優化：# HF/6-31+g* stable =opt 要保留 CHK 文件再優化結構：一定要從剛才得

40、到的 CHK文件中讀取波函數，然后：# HF/6-31+g* opt freq 等 等的。在一個機器上加幾組計算任務windows下高斯多步計算，不知道該怎么弄？就是先優化完一個結構之后，自動開始下一個優化（和第一個不是同一個文件），謝謝 有沒有輸入文件的例子啊 ？ %chk=a.chk %mem=800mb# hf/3-21g optoptA0 1A結構坐標 （空格）-link-%chk=b.chk%mem=800mb# hf/3-21g optoptB0 1B結構坐標用bcf文件就可以啊 如!user created batch file list!start=1 !e:calCH4-td

41、-opt.gjf , e:calCH4-td-opt.oute:calC2H6-631g-opt.gjf , e:calC2H6-631g-opt.out【原創】幾個處理輸入輸出文件的shell腳本。Linux下的shell腳本是一種批處理語言，可以把單個的命令組合起來，又能夠進行判斷循環等流程控制。當面對成百上千個的輸入輸出文件需要操作時候，除了shell ,你還能選擇什么呢？這里列出幾個常用的操作，并給出相應的解析，希望能對大家有所幫助。2-5樓1把當前目錄下所有的gjf文件用g03計算 2修改gjf的開頭3把out文件的能量提取出來，存儲到get_energy.log 中，同時生成以能量

42、值為文件名的out文件，便于排序篩選4把out文件的最后一個坐標做成gjf文件，并賦予新的關鍵詞10樓使用方法all_g03.sh#!/bin/bashfor inf in *.gjfdooutf='echo $inf|tr"gjf" "out"'g03 < $inf >$outfdone該文件可以把當前目錄下所有的gjf文件用g03計算，文件名后綴自動改為 out。解析#!/bin/bash在shell腳本中，以#開頭的行是注釋，但在文件最開始的以#!開頭的行指定解析這個腳本所用的程序。此處是 bash,還可以是csh,py

43、thon, tcl等若干。for inf in *.gjfdo,Done循環，變量為inf ,變量取值為當前目錄下的所有*.gjf 文件。outf='echo $inf|tr"gjf" "out"'$inf: shell中變量取值時候需要在前面加$,當變量名為多個字符時候最好用echo $inf: 顯示inf的值，此處在每次循環時候為某一個*.gjf的文件名echo $inf|tr "gjf""out":把 inf 替換為 out,為同 windows 下的 g03 兼容，用 out 做后綴outf

44、='echo $inf|tr "gjf""out"' :給 outf 賦值g03 < $inf >$outf用g03計算，從inf輸入，outf輸出change_keyword.sh#!/bin/bashdir=ckoutmkdir $dirfor i in *.gjfdo echo "#b3lyp/6-31g opt" >> $dir/$i echo "$i" >> $dir/$iecho "" >> $dir/$iecho &q

45、uot;0 1" >> $dir/$ised '1,5d' $i >> $dir/$iecho "" >> $dir/$idone此腳本可以批量修改 gjf的開頭，輸出文件在一個新的文件夾中，文件名不變。解析dir=ckoutmkdir $dir創建一個叫ckout的目錄，用于存放新生成的文件。echo "#b3lyp/6-31g opt" > $dir/$iecho "" >> $dir/$iecho "$i" >> $d

46、ir/$iecho "" >> $dir/$iecho "0 1" >> $dir/$i新gjf文件的開頭部分，可以根據需要修改。echo"" >> $dir/$i:寫入一個空行sed '1,5d' $i >> $dir/$i把舊的gjf文件的坐標部分寫入新文件，'1,5d'刪除(d)文件的1-5行，5可以根據需要修改。echo "" >> $dir/$i在文件末尾寫入新的空行get_energy.sh#!/bin/bash

47、 dir=get_energymkdir $(dir for i in *.outdoen='more $i | grep 'Energy'| tail -n 1 | cut -c 13-20'cp - $i $dir/$en_$iecho "$i $en" >> get_energy.logdone此腳本可以把out文件的能量提取出來，存儲到get_energy.log中，同時生成以能量值為文件名的out文件，便于排序篩選。解析en='more $i | grep 'Energy'| tail -n 1

48、| cut -c 13-20'獲取能量值。grep'Energy':對不同的文件，能量的表達不同，am1用” Energy”，hf用 E(RHF),可以根據實際選擇。Tail - n 1:對于opt任務，此處可以選擇最后一個能量值cut -c 13-20:截取能量值，13-20個字符，未必就是這么多，可以通過試用得到。注意前面不要有空格和減號。cp $i $dir/$en_$i復制文件到新的目錄，并命名為能量_原文件名echo "$i $en" >> get_energy.log統計能量到新的文件。out2gjf.sh#!/bin/bas

49、hdir=out2gjfmkdir $dirfor i in *.outdofil='echo $i|tr "out" "gjf"'n='more $i|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8'(n=n+2)echo "#hf/3-21g opt" > $dir/$filecho "" >> $dir/$fil echo $i >> $dir/$fil echo "" >> $(di

50、r/$(filecho "0 1" >> $(dir/$(filido=0while($(ido < 30)do(m=n+ido)more - $i |head -n$m|tail -n 1|cut -c 14-99 >> $(dir/$(fil(ido=ido+1)doneecho "" >> $dir/$fildone此腳本可以把out文件的最后一個坐標做成gjf文件，并賦予新的關鍵詞。解析fil='echo $i|tr "out" "gjf"'給變量f

51、il賦值，輸入文件的后綴名改變為gjfn='more $i|cat -n|grep Number|tail -n 1|cut -c 1-8'尋找最后一個坐標所在的位置，n為行號。ido=0while($ido < 30)do(m=n+ido)more - $i |head-n $m|tail -n 1|cut -c 14-99 >> $dir/$fil(ido=ido+1)done把分子坐標寫入新的gjf文件這里30為分子的原子數，使用時根據體系原子數修改說一說這些腳本的使用方法。以第一個為例首先給那個all_g03加上可執行權限chmod u+x all_g

52、03.sh然后把它放到一個 PATH包含的路徑下面，進入存放 gjf的目錄，輸入all_g03.sh &或是把它放到那些gjf里面，輸入./all_g03.sh，這時那個腳本會依次計算這個目錄下的所有gjf文件。后面加&實在后臺執行，這時可以輸入exit ,關閉終端，回去睡覺好了com,程序為g98等，都可以修改。還可以加一句，在這些腳本都很簡單，可以根據自己的實際情況修改或擴展。比如輸入文件后綴為 計算結束之后關機。* Warning!: The largest alpha MO coefficient is 0.11062683D+02分子軌道的系數超過了100Gradie

53、nt too large for Newton-Raphson use scaled descent instead是用了最速下降法取代了牛頓法進行局部優化沙漠之鷹 <mr.cobra>9:24:28局部優化的方法通常有爬坡法、最速下降法和牛頓法，其中爬坡法適用于任何情況，最速下降法要求勢能面的一階導數不變號，牛頓法則要求二階導數也不變號，在后面的帖子中會陸續介紹。收斂速度最快的算法適應的條件最苛刻。在guassian中采用一種稱為 Berny搜索的算法，實際上是對這三種算法的綜合運用NBO1. NBO(Natural Bond Orbital)，自然鍵軌道分析程序，在量化軟件 J

54、aguar , Q-Chem , PQS , NWChem , GAMESS-US (含PC GAMESS)和Gaussian 中都包含了此程序或接口。目前是 5.0 版。2. Gaussian-03 users should therefore include IOp(5/48=10000)3. #p B3LYP/Gen pseudo=read Pop=NBORead pop=regC O H 06-31G(d)*Zn 0LANL2DZ*Zn 0LANL2DZ$nbo bndidx $end4. NPA相對于傳統的Mulliken集居數分析，具有更高的數值穩定性，能更好地描述有較高離子特征

55、化合物的電子分布，克服了 Mulliken集居數分析方法的弱點：會產生沒有物理意義的負集居數值； Mulliken 集居數隨所選基組不同差異很大，尤其是當基組擴大到更高精度時會失去意義；對于具有 明顯離子特征的化合物而言，Mulliken 集居往往給出不合理的電荷分布圖。而且自然集居數分析基于正交歸一化基組橫跨整個軌道空間，本質上是波函數，而不是篩選的特殊軌道基，因而不論基組怎樣擴大，其占據數都能收斂于一較穩定值。5. PBC:周期性邊界條件，算高分子，晶體等的，但在用 NBO的時候可能不好用6. NBO輸出文件：Bond types; Hybrid descriptors(Osgupancy) Bond orblta1/ CccffLcicnt/ HybridsBD ( 1) t 1 一 AT:29,05%；Ci .5S9C*FTI： 1